实时检测限制性内切酶活性的发夹型荧光探针

基于分子信标的原理 ,设计了一种发夹型荧光探针作为限制性内切酶作用的专一底物 ,来研究限制性内切酶的剪切作用。检测BglII和NcoI表明 ,这种探针不仅可以灵敏、实时地指示内切酶的活性 ,采用不同荧光标记的探针还可以同时特异地显示双酶切反应中两个酶各自的活性。并且以Rotor Gene 2 0 0 0实时荧光PCR仪作仪器检测 ,实现了高通量的操作。利用其特有的作变温曲线的功能 ,能很好的区分限制性内切酶与发夹型荧光探针的特异剪切与非特异的结合     

板齿鼠线粒体DNA的研究

本文应用ＡｐａＩ、ＢａｍＨＩ、ＢｃｌＩ、ＢｇｌＩ、ＣｌａＩ、ＥｃｏＲＩ、ＥｃｏＲＶ、ＨｉｎｄＩＩ、ＰｓｔＩ、ＰｖｕＩＩ、ＳａｃＩ、ＳｃａＩ和ＸｂａＩ等１３种限制性内切酶对板齿鼠线粒体ＤＮＡ（ｍｔＤＮＡ）进行限制性片段长度多态（ＲＦＬＰ）分析,并用双酶解法构建其限制性内切酶图谱。结果表明板齿鼠存在３种ｍｔＤＮＡ单倍型,可通过限制酶ＰｖｕＩＩ、ＨｉｎｄＩＩ和ＡｐａＩ区分,呈现ＤＮＡ多态性和种内遗传变异。与小家鼠、褐家鼠ｍｔＤＮＡ限制性片段的数据相比较,板齿鼠和这两种鼠ｍｔＤＮＡ存在明显差异。板齿鼠ｍｔＤＮＡ限制性内切酶图谱的建立,为进一步系统研究鼠科动物的遗传分化提供了依据。     

分子生物学技术讲座（二）——分子克隆中所用的酶

限制性内切酶及其它DNA与RNA修饰酶是分子克隆技术的基本工具。1限制性内切醉和DNA甲基化酶限制性内切酶能特异地结合于一段被称为限制性内切酶识别序列的特定的DNA序列或附近的序列,并在此切割DNA双链。它可以分成3类：Ⅰ类和Ⅲ类在同一蛋白分子中兼有修饰（甲基化）作用及依赖于ATP的限制（切割）活性。Ⅰ类酶结合于识别序列,但随机切割DNA;Ⅲ类酶能在识别序列位点切割DNA。在分子克隆中1类和皿类酶都不常用。D类限制一修饰系统限制性内切醇和修饰（甲基化）酶不在同一蛋白分子中,限制性内切酶能专一地切割识别序列,并不依…     

鱼类基因组结构研究——Ⅰ.染色体的限制性内切酶显带

本文报道了1种新的鱼类染色体研究方法——限制性内切酶显带技术。我们应用限制性内切酶Bsp631等分别对黄鳝和长春鳊的染色体进行显带处理,结果表明,Bsp631能使这两种鱼的染色体发生稳定的带纹分化:适度的处理产生多重的G-带状带型,而过度的处理则产生特殊的限制性内切酶抗性带型。根据显带结果分析,我们对鱼类染色体限制性内切酶显带的可行性和实用价值进行了讨论。     

无缝克隆技术的研究进展

DNA克隆技术是分子生物学和基因工程研究必备的工具之一,但传统的以限制性内切酶酶切/连接为手段的克隆技术存在依赖限制性内切酶、连接效率低、耗时长和引入额外序列等缺点。近年来,无缝克隆技术发展迅猛,大量商业化克隆试剂盒也趋于成熟并在实验室被广泛应用,有力推动了蛋白质工程以及合成生物学的发展。本文从无缝克隆原理出发,对近年来发展出来的基于外切酶、PCR技术、同源重组、热稳定的连接酶等原理的无缝克隆技术进行了分类和讨论。特别是新酶资源的不断发现,如核酸外切酶XthA、FnCas12a突变体,与现有技术的相互融合,如Rec/ET重组和核酸外切酶共同使用,将有力推动无缝克隆技术的发展。     

微量限制性酶切法快速鉴定阳性重组克隆

介绍了一种简便的能在１ｈ内阳笥重组克隆的方法。该方法准确性高于ＰＣＲ法,比常规先小鼠提取质粒再酶切鉴定的方法简便、快速。同时配制的１种适合多种酶切反应的缓冲液,每种限制性内切酶在该缓冲液中的活笥与其最适下的活性相当。２种或２种以上的酶切反应可以同时在这种缓冲液中进行,不用更换缓冲液一步安成。     

限制性酶

核酸限制性内切酶是识别双链DNA中专一序列的酶,主要从原核生物中提取。限制性内切酶可分为三类:第Ⅰ和第Ⅲ类酶在同一旦白中具有修饰作用(甲基化作用)和需要ATP的限制性裂解的活性。这两种酶都识别底物DNA中非甲基化的序列,不过第Ⅰ类酶的作用是随机的,第Ⅲ类酶则切DNA的专一位点。     

RT-PCR和酶切方法区分猪瘟疫苗毒与野毒的研究

建立了套式RT-PCR与限制性内切酶酶切相结合的区别猪瘟兔化弱毒疫苗株与猪瘟病毒田间分离株的诊断方法。通过对猪瘟兔化弱毒疫苗株与猪瘟石门株E2基因主要抗原编码区序列进行限制性内切酶酶切位点分析,分别找出猪瘟兔化弱毒疫苗株与猪瘟石门株各自独有的限制性内切酶酶切位点,结果二者分别有10和16个独有的限制性内切酶的酶切位点;分别对17株猪瘟病毒E2基因主要抗原编码区序列进行这26个限制性内切酶酶切位点分析,结果表明有3个限制性内切酶（HgaI、Hin8I及Hsp92I）的酶切位点在HCLV株序列是独有的;利用HgaI限制性内切酶分别对HCLV、HCVSM及5株不同基因群的猪瘟病毒田间分离株进行酶切鉴定,结果只有HCLV株能够被HgaI酶切成2个片段,而其它的毒株则不能被切开。同时测定了套式RT-PCR方法的敏感性及特异性,结果其敏感性可达到0．2MLD,而对BDV以及BVDV均不能特异扩增。本方法的建立无疑对猪瘟在我国的控制和消灭具有重要的意义。     

乳糖诱导剂及培养条件对C型产气荚膜梭菌茁β_2毒素基因表达影响

本研究对已构建的含茁2毒素基因重组质粒pE TXB2进行限制性核酸内切酶酶切鉴定,并用SDS-PAGE检测在不同培养条件下茁2毒素基因的表达情况。经酶切鉴定证实pE TXB2重组质粒含有茁2毒素基因而且阅读框架和基因序列正确。同时,采用乳糖诱导剂通过改变培养基的pH值、培养温度、诱导剂的加入量及诱导时间四个方面对茁2毒素基因表达进行调控,从而为茁2毒素基因工程菌的工业化生产提供了可靠的试验数据。     

限制性内切酶NotⅠ提纯的新工艺

目前有关限制性内切酶NotⅠ的性质特征及功能机制等方面的研究日渐增多,但商品化NotⅠ及某些限制性内切酶的价格依然居高不下,其主要原因在于表达量低、提纯程序繁琐、得率低等问题的存在。为探索限制性内切酶NotⅠ提纯的新工艺,从豚鼠耳炎诺卡菌(Nocardia otitidis-caviarum)中克隆出限制性内切酶NotⅠ的基因并使之在大肠杆菌中高效表达。首先将由成团肠杆菌(Enterobacter agglomerans)中克隆所得甲基化酶EagⅠM(EagⅠ methylase gene)基因连接到pBR322载体上,转化大肠杆菌ER2566,将豚鼠耳炎诺卡菌中克隆所得的限制性内切酶NotⅠR(NotⅠrestriction endonuclease gene)基因连接到表达载体pACYC184-PT₇上,将此重组质粒转化到上述已转入甲基化重组质粒pBR322-EagⅠM的ER2566中,构建成NotⅠ蛋白表达菌ER2566 。重组工程菌经IPTG诱导可表达限制性内切酶NotⅠ,并对诱导条件进行优化使之以可溶形式高效表达。应用KTA purifier 100蛋白纯化系统,对纯化工艺进行创新,通过DEAE Sephrose FF离子交换层析、phenyl HP疏水层析和Superdex 75 10/300 GL分子筛层析对蛋白进行提纯。纯化后NotⅠ经酶活力及纯度鉴定,其比活力为1.37×10⁶U/mg,提纯35倍,得率为17.8％,产量达9.8×10⁶ Units /g wet cell,提纯时间缩减为原来的1/10,在产量和效率上较以前报道均有很大提高。该纯化工艺的新方法,为实验室制备及工业化生产Ⅱ型限制性内切酶提供了进一步的借鉴。且该酶的成功获得为后续研究提供了材料,为更多新发现内切酶的成功克隆提供了参考。     

限制性内切酶NotI提纯的新工艺

目前有关限制性内切酶Not I的性质特征及功能机制等方面的研究日渐增多,但商品化Not Ⅰ及某些限制性内切酶的价格依然居高不下,其主要原因在于表达量低、提纯程序繁琐、得率低等问题的存在.为探索限制性内切酶Not Ⅰ提纯的新工艺,从豚鼠耳炎诺卡菌(Nocardia otitidiscaviarum)中克隆出限制性内切酶Not Ⅰ的基因并使之在大肠杆菌中高效表达.首先将由成团肠杆菌(Enterobacter agglomerans)中克隆所得甲基化酶Eag I M(Eag I methylase gene)基因连接到pBR322载体上,转化大肠杆菌ER2566,将豚鼠耳炎诺卡菌中克隆所得的限制性内切酶Not IR(Not I restriction endonuclease gene)基因连接到表达载体pACYC184-PT7上,将此重组质粒转化到上述已转入甲基化重组质粒pBR322-Eag I M的ER2566中,构建成Not I蛋白表达菌ER2566[pBR322-Eag I M,pACYC184-PT7-Not I R].重组工程菌经IPTG诱导可表达限制性内切酶Not Ⅰ,并对诱导条件进行优化使之以可溶形式高效表达.应用(A)KTA purifier 100蛋白纯化系统,对纯化工艺进行创新,通过DEAE Sephrose FF离子交换层析、phenyl HP疏水层析和Superdex 75 10/300GL分子筛层析对蛋白进行提纯.纯化后Not Ⅰ经酶活力及纯度鉴定,其比活力为1.37 × 10(6)U/mg,提纯35倍,得率为17.8%,产量达9.8×10(6)Units /g wet cell,提纯时间缩减为原来的1/10,在产量和效率上较以前报道均有很大提高.该纯化工艺的新方法,为实验室制备及工业化生产Ⅱ型限制性内切酶提供了进一步的借鉴.且该酶的成功获得为后续研究提供了材料,为更多新发现内切酶的成功克隆提供了参考.     

RT-PCR和酶切方法区分猪瘟疫苗毒与野毒的研究*

建立了套式RT-PCR与限制性内切酶酶切相结合的区别猪瘟兔化弱毒疫苗株与猪瘟病毒田间分离株的诊断方法。通过对猪瘟兔化弱毒疫苗株与猪瘟石门株E2基因主要抗原编码区序列进行限制性内切酶酶切位点分析,分别找出猪瘟兔化弱毒疫苗株与猪瘟石门株各自独有的限制性内切酶酶切位点,结果二者分别有10和16个独有的限制性内切酶的酶切位点;分别对17株猪瘟病毒E2基因主要抗原编码区序列进行这26个限制性内切酶酶切位点分析,结果表明有3个限制性内切酶(HgaI、Hin8I及Hsp92I)     

限制性内切酶介导的重叠延伸在人环氧合酶-1(COX-1)基因克隆中的应用

建立一种用于克隆全长基因的、限制性内切酶介导的重叠延伸法 .对全长基因进行分段扩增 ,并利用适当的限制性内切酶对基因序列内相应的限制性位点进行酶切 ,从而使分段扩增片段得以重叠并互为模板 ,在DNA聚合酶的作用下延伸获得全长基因 .将环氧合酶 1 (COX 1 )基因的外显子 9巧妙地拼接到了缺失外显子 9的COX 1cDNA片段中 ,获得了COX 1基因的全长cDNA .该方法分 3步进行 .首先 ,通过RT PCR分别扩增跨外显子 9的cDNA片段和缺失外显子 9的cDNA片段 ,并克隆到pMD1 8 T载体上 ;其次 ,PCR扩增外显子 9片段 ,限制性内切酶StuI酶切缺失外显子9cDNA片段的重组质粒 ,二者以一定的比例混合 ,互为模板 ,在pfuDNA聚合酶的作用下进行延伸 ,从而产生一个双链的DNA分子 .最后 ,以延伸产物为模板 ,用COX 1cDNA两端的引物进行PCR扩增 ,产生包含外显子 9的COX 1基因的全长cDNA .这种限制性内切酶介导的重叠延伸方法 ,对于克隆mRNA剪接水平上受调控的基因尤为有用 ,同时也为基因的重组和修饰提供一个新的思路     

达乌尔鼠兔和高原鼠兔肝脏线粒体DNA的限制性内切酶图谱的比较研究

达岛尔鼠兔肝细胞线粒体DNA(mtDNA),经限制性内切酶HindI、HindII,EcoRI和BamHI酶切后分别产生5、4、3、2个片段。通过琼脂糖凝肢电泳对这些片段进行测定,并画出其酶切图谱。高原鼠兔肝细胞mtDNA经限制性内切酶EcoR I和BamH 1酶切后,分别产生4、2个片段,对其片段的分子量也进行了测定。测定结果,达乌尔鼠兔肝细胞mtDNA的分子量为10.25MD(兆道尔顿)．大小为16.25kbp(千碱基对);高原鼠兔肝细胞mtDNA的分子量为9.31MD,大小为l5.066kbp。并对两种鼠免的限制性内切酶片段进行了比较讨论。     

适于AFLP分析的酵母菌DNA提取方法

采用3种方法对不同酵母菌的总DNA进行提取, 经琼脂糖凝胶电泳、ND-1000 型微量紫外分光光度计检测以及酶切、连接、预扩增试验结果的分析, 表明采用改良氯化苄法提取酵母菌的总 DNA 质量最好, 基本无 DNA 碎带, 蛋白质污染小。通过对野生酵母菌菌株的验证试验, 进一步证明采用改良氯化苄法提取的总 DNA 产量稳定、重复性好, 可以直接用于限制性内切酶酶切试验, 完全适于 AFLP 分析及一些其它分子生物学研究的要求。     

关于限制性核酸内切酶的几个“一定”问题

限制性核酸内切酶是现代分子生物学实验过程中常用的工具酶之一,在不同版本的教材中均作为重点内容要求学生掌握。结合教学实践,从限制性核酸内切酶的识别序列、切割位点及在基因工程中的应用等几个方面进行了比较、分析,进而总结了几个关于限制性核酸内切酶的几个"一定"问题。     

适于AFLP分析的酵母菌DNA提取方法

采用3种方法对不同酵母菌的总 DNA 进行提取,经琼脂糖凝胶电泳、ND-1000 型微量紫外分光光度计检测以及酶切、连接、预扩增试验结果的分析,表明采用改良氯化苄法提取酵母菌的总 DNA 质量最好,基本无 DNA 碎带,蛋白质污染小.通过对野生酵母菌菌株的验证试验,进一步证明采用改良氯化苄法提取的总 DNA 产量稳定、重复性好,可以直接用于限制性内切酶酶切试验,完全适于 AFLP 分析及一些其它分子生物学研究的要求.     

分子信标检测限制性内切酶活性的新型荧光分析方法

利用分子信标被切割后荧光信号的变化.发展了一种简便的检测限制性内切酶活性的新型荧光分析方法.以限制性内切酶Xsp I为例.将其识别位点嵌入具有茎环结构的分子信标探针(Molecular Beacon,MB)的环状部分,利用这种分子信标在溶液中形成的瞬时二聚体结构,实现了限制性内切酶对分子信标的切割.在优化的条件下,反应初速度与酶的浓度成正比,线性范围为0.05～50 U/mL,检测限为0.05 U/mL.通过改变分子信标环部的识别位点的序列.还可以检测其他限制性内切酶如Alu I的活性.     

Hin P_1I底物片段d-ATGCGCAT的固相磷酸三酯法合成

本文报道用固相磷酸三酯法化学合成了限制性内切酶HinP_1Ⅰ的底物片段d-ATGCGCAT。固相载体采用β-丙氨酰基聚苯乙烯树脂(2%交联度)。合成的产物经顺序分析得到证明,同时能被限制性内切酶HinP_1Ⅰ识别并在专一位置上水解。     

一种简单、快速的苏云金芽胞杆菌基因组DNA提取方法

从培养时间、裂解溶液、抽提和沉淀时间等方面对苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis,Bt)基因组DNA提取技术进行改进.提取8株对蛴螬有杀虫活性的野生Bt菌株的基因组DNA,分析其纯度,并进行PCR分析与酶切分析.试验结果表明,新的提取方法耗时36 min,明显短于旧方法所用时间(97 min);两种方法提取的基因组DNA A260/A280均大于1.8,无明显区别;琼脂糖凝胶电泳结果显示,上样量相同时,新方法提取的基因组DNA浓度是旧方法的5倍以上;新方法提取的基因组DNA能作为模板灵敏地扩增出测试基因,所提取的DNA能被限制性内切酶完全酶切,证明DNA具有很高的纯度.本研究改进的基因组DNA提取方法耗时短、产量高,并能满足PCR扩增、酶切等分子生物学需要.