AGT基因单倍型与原发性高血压

选取血管紧张素原（angiotensinogen, AGT）基因启动子区 -217, -152, -20, -6, 内含子1 的+31, 第二外显子T174M（3889）和 T235M（4072）共7个位点,对497例的样本（高血压患者298例,血压正常对照199例） 用PCR-RFLP、和最大期望值（expectation maximization,EM）算法为基础的最大似然法(maximum likelihood estimate,MLE)检测和估算,本群体AGT基因A-6G,C+31T,T235M三位点两两存在完全连锁不平衡(D^,=1);G-217A和G-152A位点,G-152A和3889T位点平衡传递。存在7种单倍型,单倍型H2(-217: A, -152: G, -20: A, -6: G, +31: T, 174: T, 235: M) 在正常血压个体中的频率高于高血压组。研究结果提示AGT基因中H2单倍型可能与控制血压的保护性因素连锁不平衡。此外,本研究结果支持基因剂量效应可能存在于单倍型中,而不与单个位点直接关联。     

单倍型分析技术研究进展

单倍型是指共存于单条染色体上的一系列遗传变异位点的组合,每条染色体都有自己独特的单倍型。单倍型分析技术作为一种常用的数据分析方法,是寻找单染色体上杂合SNP变异位点的有效方法,也对挖掘致病基因、寻找疾病治疗新方法有重要作用。它主要包括间接推断法和直接实验法。文中介绍了各种单倍型分析方法及应用,尤其详细介绍了单分子稀释法和保留邻近性的转座酶测序法,同时对单倍型分析技术的应用前景进行了展望。     

主要组织相容性复合体单倍型鸭抗原处理相关转运体单抗的制备

目的制备鸭抗原处理相关转运体(TAP)特异性单抗,为深入利用实验鸭开展免疫学研究提供实验材料。方法利用大肠埃希菌诱导表达主要组织相容性复合体(MHC)单倍型HBW-SPF鸭TAP蛋白肽结合区片段,表达产物经镍柱纯化后免疫BALB/c小鼠,采用ELISA技术筛选特异性单抗分泌杂交瘤细胞株。将阳性细胞株制备小鼠腹水,作为一抗,与多次截短表达TAP蛋白肽结合区进行蛋白免疫印迹试验,鉴定单抗针对的抗原表位。通过间接免疫荧光试验比较该单抗对实验鸭和鸡外周血淋巴细胞的反应性,利用免疫组织化学技术检测对SPF鸡、SPF鸭、鹌鹑、鹅和SPF猪的特异性。结果获得一株鸭TAP单抗1A6,抗原表位位于²⁹⁷NARHQMLQQAVLDATAGTGMVVQEAI³²²,对鸡和鸭外周血淋巴细胞具有免疫荧光反应性;在鸡和鸭的肠黏膜固有层检测到大量特异性信号,在猪、鹌鹑和鹅没有检测到信号。结论获得了一株具有鸡和鸭反应性的抗原转运相关体特异性的单抗,可运用于禽类实验动物在禽病学和禽免疫学方面的研究。     

猪单个精子单倍型分析方法研究

应用引物延伸预扩增,内嵌引物设计策略进行了ＰＣＲ扩增并结合聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染技术,对猪单个精子１２号染色体上４个微卫星位点进行了ＰＣＲ扩增。结果表明,上述技术的应用可以清晰地鉴定出每个精子的单倍型,单精子分型技术的应用为猪高精度遗传作图及需要样本量足够的大遗传现象研究提供了独特的工具。     

汉族人线粒体DNA单倍型与散发型帕金森病关系的研究

目的：研究汉族人线粒体DNA（mtDNA）单倍型与散发性帕金森病（PD）的关系。方法：用酚／氯仿法从65例PD患者和50名健康者（对照组）的外周静脉血中提取基因组DNA,通过斑点杂交方法对PD患者和对照组的10个单核苷酸多态性（SNP）位点（G1719A,G4580A,C7028T,G8251A,G9055A,A10398G,A12308G,G13366A,C13708T,G16391A）和单倍型进行检测。结果：PD组G1719A突变5例、G9055A突变2例、C13708T突变4例,对照组G1719A突变1例,2组的突变率无显著性差异（P〉0.05）。PD组H单倍型54例（83.1％）,其他11例（16.9％）;对照组H单倍型49例（98.0％）,其他1例（2.0％）。结论：10398G不是汉族人散发性PD发病的易感因子,也没有保护作用;不宜用H、I、J、K、T、U、V、w和x等9个mtDNA单倍型来评估汉族人散发性PD发病风险。     

入侵我国红火蚁的三种单倍型

红火蚁Solenopsis invicta Buren是重要的经济害虫,特别是在农业和生态系统危害方面。2004年底在广东和香港的部分地区发现红火蚁入侵。本文用线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ（CO Ⅰ）基因对境内的13个种群进行了入侵蚁巢是否独立传入进行了分析。通过对共计28个蚁巢56个体的包含904个碱基的CO Ⅰ基因分析,发现入侵中国的红火蚁中存在3种单倍型。基于未修正的配对序列变异分析表明,单倍型Ⅱ与单倍型Ⅲ之间的变异最小。而香港种群同时具有这三种单倍型,是入侵中国的红火蚁种群中多样性最丰富的地区。这三种单倍型都分别在阿根廷红火蚁种群中有记录。同源性分析显示,中国的红火蚁可能起源于阿根廷或南美洲,而香港可能是所研究种群的第一入侵地点。     

HBZ在人类T淋巴细胞白血病1型病毒HTLV-1致癌中的功能

人类T淋巴细胞白血病1型病毒(Human T-cell leukemia virus type 1,HTLV-1)是与人类疾病发生密切相关的逆转录病毒,HTLV-1的感染可引起成人T细胞白血病(Adult T-cell leukemia,ATL)。HBZ(HTLV-1bZIP factor)是由HTLV-1前病毒反义链编码的病毒蛋白。在HTVL-1所编码的病毒基因中,HBZ是唯一一个在所有ATL病人样品中持续、稳定表达的病毒基因。而且,HBZ在HTLV-1诱发肿瘤的过程中发挥着极其重要的作用。近十年来对HBZ结构及其功能的研究成为白血病研究领域的热点。因此,本文就HBZ在HTLV-1致癌机制方面的相关研究成果作一综述。     

Rh系统单倍型在中国人群中的分布

对中国已发表的125个人群Rh血型系统表型分布频率数据进行了收集和整理。用累积计算法（Counting method)重新计算单倍型频率,通过各单倍型的分布差异分析中国不同地区不同种族、人群的遗传差异,分组比较了不同地区汉族和少数民族人群的基因多样度和基因分化度,结果表明南方少数民族和北方少数民族民族亚群体基因多样度有明显差异,用不同方法计算中小组遗传距离并进行聚类分析。最后,计算了除维吾尔族和哈萨克族外的68个人群间的遗传距离并聚类比较,结果表明Rh基因单倍型的分布与地理分布基本相符。     

单倍型及其在菌物学研究中的应用

单倍型分析在人和动、植物的许多学科领域都取得了丰硕的研究成果。本文主要介绍了单倍型的概念、研究方法,以及常用的可视化网络分析软件的操作步骤,同时综述和讨论了单倍型在菌物学一些领域,如种群的遗传多样性、生物地理来源及迁徙、复合种群中隐存种的界定及其与系统发育关系、生物入侵及新兴病原的单倍型分析侦测等的研究进展,以期为菌物学向更深层次发展提供新的视角和途径。     

微单倍型遗传标记的法医基因组学研究

微单倍型(microhaplotype, MH)是在一定DNA片段范围之内,由至少两个单核苷酸多态性位点组成的遗传标记。MH兼具无stutter伪峰、多态性丰富以及扩增子较小等特点,有望成为法医学上的一种新型遗传标记。为了从全基因组维度上分析MH的特征,进一步发掘其应用潜能,本研究基于千人基因组计划中105个中国南方汉族个体的全基因组测序数据,构建了迄今为止最全面的MH数据集。结果表明,人类基因组中350bp范围之内的MH位点数量共计9,490,075个,且微单倍型分布密度对染色体变异水平具有提示作用。从多种碱基跨度范围对MH的多态性分析表明,其多态性潜能可达到或者超过常用短串联重复序列位点的水平。此外,本文归纳总结了MH组装灵活等特点,并提出了构建微单倍型数据库的方案。     

福建省马铃薯晚疫病菌线粒体DNA单倍型分析

为明确福建省马铃薯晚疫病菌线粒体DNA单倍型组成和分布情况,采用PCR-RFLP方法分析了2010—2012年从福建省7个地区（福州,长乐,漳州,青口,龙海,霞浦,龙岩）分离的526个马铃薯晚疫病菌株的线粒体DNA单倍型及频率分布。结果表明Ⅰa型为主要单倍型,占72．8％,其次是Ⅱb型,占26．42％,最少的Ⅱa型,占0．76％,没有检测到Ⅰb型。与文献报道历史材料相比较,说明福建省马铃薯晚疫病菌线粒体DNA单倍型的组成发生较大变化,而且福建省马铃薯晚疫病菌线粒体单倍型组成比云南、四川和贵州等地区更为复杂。     

贵州三都水族Y染色体单倍型频率分析

在92例贵州三都水族个体中,用PCR-RFLP法研究由11个单核苷酸多态位点(SNPs)组成的Y染色体单倍型频率分布,结果显示该人群的Y染色体主要为南方特异的H11和H9单倍型,两者频率高达90.22％。主成分分析结果显示其父系遗传结构与我国黎族、布依族等汉藏语系壮侗语族民族最为接近。通过Y染色体的遗传学观察与历史记载和语言学分类有较好一致性。 Abstract:Non-recombination region of Y-chromosome is a useful marker in tracing evolutionary history of paternal lineage.In the present study,total 92 individuals from Shui ethnic group in Sandu Shui Ethnic Group Autonomous County of Guizhou Province were inspected with 11 SNP sites including M7,M9,M15,M45,M89,M95,M119,M122,M130,M134 and YAP on Y-chromosome.All the subjects were required to be unrelated and without intermarriage with other ethnic groups within three generations.The haplotypes were analyzed by PCR-RFLP method.Four haplotypes H5,H8,H9 and H11 were detected with frequencies of 0.054,0.044,0.315 and 0.587,respectively.Principle component indicated that the paternal lineage of Shui ethnic group is much closer to Li ethnic group of Hainan Province and Bouyei ethnic group of Guizhou Province,which belong to the group of Zhuang-Dong branch of Sino-Tibetan language family.In addition genetic study of Shui coincides with its linguistic distribution.     

口腔扁平苔藓患者的CIITA基因单倍型分析

目的:分析CIITA基因中单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)的单倍型与口腔扁平苔藓(Oral Lichen Planus,OLP)之间的关系,并探讨计算单倍型的新方法。方法:在得到42名患者与86名对照的CIITA基因中15个SNP位点的信息后,通过Haploview和SHEsis软件以及本研究组设计的频数计数法进行单倍型分析。组间比较使用χ2检验,并以P=0.05作为统计检验标准。结果:在本研究群体中,CIITA基因上的15个SNP位点能够形成两个单体域(haploblock),其中由位点rs6498124,rs11647384和rs4774所组成的单倍型GAC在三种单倍型分析方法中均显示出显著的统计学差异(Haploview:Chi2=6.127,P=0.013;SHEsis:Chi2=6.469 P=0.011;频数计数法:Chi2=5.460,P=0.019)。结论:在由CIITA基因的SNP位点rs6498124,rs11647384,rs4774组成的单体域中,单倍型GAC对OLP的患病具有潜在的保护性。频数计数法显示,rs4774位点本身的保护性及其与同一单体域内另外两个位点之间的完全连锁不平衡关系是单体型GAC显示出保护性的主要依据。提示单倍型对疾病易感性的解释在于其中的特定SNP位点等位基因型,及其该位点与其它相关位点间的连锁不平衡关系。     

一种单核苷酸多态性的单倍型分析技术

运用多步PCR和测序技术,完成基因组中相距较远的单核苷酸多态位点的单倍型构建。通过设计2条等位基因特异性引物,扩增大片段DNA(10kb左右),以此大片段DNA作为下一轮PCR反应的模板,再在该片段中设计待检测区域的PCR引物,进行第2轮PCR。对PCR产物进行测序分析,确定其多态位点处的等位基因。结合第1轮PCR中的等位基因特异性引物,即可确定该大片段DNA中不同单核苷酸多态性构成的单倍型。以脂蛋白脂酶基因为例,应用其启动子区以及第4外显子区的等位基因特异性引物扩增约16kb的DNA片段,然后检测位于该片段中第2、3外显子的多态性。在￡-尸￡-基因第2内含子中发现了 13557G→A多态性。经分析确定出-421G／ 13557G／ 15222A、-421A／ 13557G／ 15222A、-421G／ 13557G／ 15222G、-421G／ 13557A／ 15222A等4种单倍型。等位基因特异性PCR结合小片段测序是一种快捷高效的对相距较远的多个SNP进行单倍型构建的新策略。     

强直性肌营养不良症DMPK基因CTG重复序列与Alu±1kb单倍型研究

强直性肌营养不良(myotonic dystrophy,DM)是由于DMPK基因3′非翻译区CTG重复序列异常扩展所致的、主要累及神经肌肉系统的常染色体显性遗传病。在该基因的第8内含子中还存在一个Alu重复序列的1kb插入/缺失多态性,即Alu±1kb多态性。为了帮助阐明汉族人群中DM突变的起源,并为解释DM在不同群体中发病率的差异提供更多依据,本文从300例已知CTG拷贝数的正常汉族群体中随机挑选60例,首先通过PCR扩增确定其Alu±1kb多态性,然后对Alu±1kb和CTG双杂合的标本,采用长PCR方法先行扩增含Alu±1kb和CTG重复序列的DNA片段,再分别对含Alu(＋)和Alu(－)的DNA片段中的CTG拷贝数进行常规PCR分析,以确定二位点的单倍型。结果表明60例正常人中二位点间呈连锁不平衡。其单倍型为:（CTG）5均与Alu(＋)连锁;多数(CTG)11～14与Alu(－)连锁;在两个(CTG)≥19的等位基因中一个与Alu(＋)连锁,另一个与Alu(－)连锁。各民族相关资料的比较提示,汉族人群中(CTG)11～14与非洲黑人的起源可能不同;(CTG)19～30/Alu－1kb在汉族人群中的频率远比欧洲人群的高;(CTG)19～30/Alu－1kb与(CTG)19～30/Alu＋1kb在汉族人群中是以一定比例共存的;(CTG)19～30在不同民族间的起源不尽相同;如果从(CTG)5到(CTG)19～30的假设成立的话,则很可能是一个较为复杂的过程。 Abstract：Myotonic dystrophy(DM),an autosomal dominant disease of the neuromascular system,is caused by expansion of the CTG repeats in the 3＇untranslated region of the DMPK gene.In the eighth intron of this gene,there is another polymorphism－the insertion/deletion of 1kb Alu repeat(Alu±1kb).In order to help elucidate the origin of DM mutation in Chinese Han patients,and explain the difference of incidence of DM in different populations,60 normal Han individuals were randomly chosen from 300 Chinese,whose CTG copy number had been previously ascertained.The polymorphism of Alu±1kb of the 60 cases were firstly analyzed by in vitro amplification;then the 22 cases in which both sites were heterozygous were analyzed as following:the fragments containing both Alu±1kb and CTG repeat sequence were first amplified by long PCR method;and then the CTG copy numbers were analyzed in the Alu(＋)and Alu(－)alleles.In the 60 cases studied,a remarkable linkage disequilibrium between CTG triplet repeats and Alu±1kb were observed.All the(CTG)5 alleles were linked with Alu(＋),and most of the(CTG）11－14 alleles were linked with Alu(－);one of the two alleles of(CTG）≥19 was linked with Alu(＋),the other was linked with Alu(－).This suggests that the origin of(CTG)11－14 in Chinese Han may be different from that of African Blacks;the frequency of (CTG)19－30 /Alu－1kb in Chinese Han might be much higher than that in Europeans Caucasians.The(CTG)19－30/Alu－1kb and(CTG)19－30/Alu＋1kb coexist in Chinese Han in some proportion;the origin of (CTG)19－30 in different population may be different;if the hypothesis of(CTG)5 to(CTG)19－30 is true,then the progress should have been a relatively complicated process.     

强直性肌营养不良症DMPK基因CTG重复序列与Alu±1kb单倍型研究

强直性肌营养不良(myotonic dystrophy,DM)是由于DMPK基因3′非翻译区CTG重复序列异常扩展所致的、主要累及神经肌肉系统的常染色体显性遗传病。在该基因的第8内含子中还存在一个Alu重复序列的1kb插入/缺失多态性,即Alu±1kb多态性。为了帮助阐明汉族人群中DM突变的起源,并为解释DM在不同群体中发病率的差异提供更多依据,本文从300例已知CTG拷贝数的正常汉族群体中随机挑选60例,首先通过PCR扩增确定其Alu±1kb多态性,然后对Alu±1kb和CTG双杂合的标本,采用长PCR方法先行扩增含Alu±1kb和CTG重复序列的DNA片段,再分别对含Alu(＋)和Alu(－)的DNA片段中的CTG拷贝数进行常规PCR分析,以确定二位点的单倍型。结果表明60例正常人中二位点间呈连锁不平衡。其单倍型为:（CTG）5均与Alu(＋)连锁;多数(CTG)11～14与Alu(－)连锁;在两个(CTG)≥19的等位基因中一个与Alu(＋)连锁,另一个与Alu(－)连锁。各民族相关资料的比较提示,汉族人群中(CTG)11～14与非洲黑人的起源可能不同;(CTG)19～30/Alu－1kb在汉族人群中的频率远比欧洲人群的高;(CTG)19～30/Alu－1kb与(CTG)19～30/Alu＋1kb在汉族人群中是以一定比例共存的;(CTG)19～30在不同民族间的起源不尽相同;如果从(CTG)5到(CTG)19～30的假设成立的话,则很可能是一个较为复杂的过程。 Abstract：Myotonic dystrophy(DM),an autosomal dominant disease of the neuromascular system,is caused by expansion of the CTG repeats in the 3＇untranslated region of the DMPK gene.In the eighth intron of this gene,there is another polymorphism－the insertion/deletion of 1kb Alu repeat(Alu±1kb).In order to help elucidate the origin of DM mutation in Chinese Han patients,and explain the difference of incidence of DM in different populations,60 normal Han individuals were randomly chosen from 300 Chinese,whose CTG copy number had been previously ascertained.The polymorphism of Alu±1kb of the 60 cases were firstly analyzed by in vitro amplification;then the 22 cases in which both sites were heterozygous were analyzed as following:the fragments containing both Alu±1kb and CTG repeat sequence were first amplified by long PCR method;and then the CTG copy numbers were analyzed in the Alu(＋)and Alu(－)alleles.In the 60 cases studied,a remarkable linkage disequilibrium between CTG triplet repeats and Alu±1kb were observed.All the(CTG)5 alleles were linked with Alu(＋),and most of the(CTG）11－14 alleles were linked with Alu(－);one of the two alleles of(CTG）≥19 was linked with Alu(＋),the other was linked with Alu(－).This suggests that the origin of(CTG)11－14 in Chinese Han may be different from that of African Blacks;the frequency of (CTG)19－30 /Alu－1kb in Chinese Han might be much higher than that in Europeans Caucasians.The(CTG)19－30/Alu－1kb and(CTG)19－30/Alu＋1kb coexist in Chinese Han in some proportion;the origin of (CTG)19－30 in different population may be different;if the hypothesis of(CTG)5 to(CTG)19－30 is true,then the progress should have been a relatively complicated process.     

乌拉尔图小麦Viviparous-1基因的单倍型及其表达特性研究

该研究采用PCR和半定量RT-PCR方法,对乌拉尔图小麦（Triticum urartu）休眠基因Viviparous-1A（Vp-1A）的单倍型进行分析,并通过建立系统进化树,对Vp-1A基因在乌拉尔图小麦、普通小麦和其他近缘种间的系统发育关系进行分析。结果表明：（1）在20份乌拉尔图小麦中共发现4种新等位变异类型,分别命名为TuVp-1Abgi、TuVp-1Adfi、TuVp-1Aefi和TuVp-1Acgh。与普通小麦的TaVp-1Aa(AJ400712)基因相比,这4种单倍型主要是在第3内含子中有多个TTC不同重复,在第2和第5内含子中存在序列的缺失以及SNPs;（2）用ABA处理种子胚后,4种不同单倍型材料的mRNA表达水平发生变化,表明这4种单倍型对ABA敏感性不同;（3）乌拉尔图小麦中Vp-1A基因不同单倍型,在第2、第3和第5内含子中碱基序列的插入和缺失,影响了Vp-1A基因的表达特性及对ABA的敏感性,从而影响种子休眠特性;（4）鉴定和分析发现,乌拉尔图小麦TuVp-1Adfi单倍型可作为小麦穗发芽抗性资源。     

人嗜T淋巴细胞Ⅰ型病毒(HTLV-Ⅰ)与神经系统疾病关系的初步研究

1980年,美国的Poiesy和日本的Miyoshi等先后发现人类第一个C型逆转录病毒,后国际上统一命名为人嗜T淋巴细胞Ⅰ型病毒(HTLV-1)。这类病毒以人T_4细胞亚群为靶细胞,并与成人T细胞白血病有病原学关系。1985年,Gessain等报告在热痉挛性瘫痪病人(Tropical Spastic Paraparesis,TSP)血清和脑脊液中查出HTLV-Ⅰ抗体,1986年又在Colombia、Jamaica、Trinidad、Tobago和Ivory Coast等一些国家和地区,也发现某些慢性脊髓神经病变患者(症状相似于TSP病人)的血清和脑脊液中有HTLV-Ⅰ抗体存在。     

线粒体单体型与线粒体相关的人类疾病

线粒体是一种拥有自身遗传体系的半自主细胞器,它的遗传物质线粒体DNA(mitochondrial DNA,mt DNA)随着人类的迁移、隔离、进化而形成了广泛的线粒体基因组多态性,同一祖先所具有的一些相同mt DNA SNP位点的集合称为线粒体单体型.不同的线粒体单体型会在一定程度上影响线粒体功能,从而影响整个细胞的生长,并在某些情况下导致一些个体的病变,例如Leber遗传性视神经病变、母系遗传性耳聋、Ⅱ型糖尿病、帕金森以及各种癌症等复杂疾病.本文列举总结了几种线粒体相关疾病及其与线粒体单体型如A、B、D、F、G、H、J、K、M、N、T、U、Y及一些有特点的多态位点如G11778A、A1555G、T3394C、G10398A等的相关性.