人体微生物组

<正>化学工业出版社出版[美]D.N.弗雷德里克斯编。本书旨在对人体发现的微生物多样性进行概览,并介绍以往在微生物群落与人体健康关系方面所做的研究工作。全书共十四章,第一章介绍了人体微生物组计划(HMP);第二章和第三章介绍人体微生物组的研究工具;第四章从数学角度解释了微生物群落结构与多样性;第五至第九章介绍了身体各部位(呼吸道、口腔、生殖道和肠道)的微生物群落;第十章和第十一章综述了利用动     

人体微生物组

<正>化学工业出版社出版[美]D.N.弗雷德里克斯编。本书旨在对人体发现的微生物多样性进行概览,并介绍以往在微生物群落与人体健康关系方面所做的研究工作。全书共十四章,第一章介绍了人体微生物组计划(HMP);第二章和第三章介绍人体微生物组的研究工具;第四章从数学角度解释了微生物群落结构与多样性;第五至第九章介绍了身体各部位(呼吸道、口腔、生殖     

科技图书

<正>病原生物与免疫学刘文辉,赵海燕主编西安交通大学出版社2014年2月出版《病原生物与免疫学(全国医药类高职高专规划教材·护理专业)》分上、下两篇共二十四章,上篇病原生物学:第一章到第九章介绍以细菌为代表的原核细胞型微生物的基础知识及临床常见致病菌;第十、十一章简要介绍病毒的基础知识及临床常见病毒;第十二章介绍真菌;第十三章到第十六章介绍人体寄生虫学。下篇医学免疫学:第十七章到第二十二章主要介绍免疫学基础知识;第二十三、二十四章介绍免疫学在临床的实际应用。     

人体肠道微生物多样性和功能研究进展

人体肠道中庞大而复杂的微生物群落对人体自身代谢表型有深远的影响.肠道微生物群落在亚种或菌株水平上表现出极大的多样性.利用微生物分子生态学、元基因组学和代谢组学研究方法,发现肠道微生物与宿主表现出共进化的特点,肠道微生物群落及其基因组为宿主提供了互补的遗传和代谢功能,表现出互惠共生关系.但是,肠道微生物群落中影响宿主代谢表型的关键功能菌鉴定及其作用模式问题仍然悬而未决,综合运用多种高通量研究方法和多维数据分析方法可能成为解决这个问题的突破口.     

人体肠道细菌群落与疾病

肠道定植有100万亿细菌,这占到了人体细菌总量的绝大多数。一旦肠道菌群失调,就会产生一系列疾病。本文介绍了人体肠道细菌群落异常与5种肠道疾病和5种肠道外疾病的关系,并推荐用益生菌和益生素来治疗人体肠道细菌群落异常。为了解人体肠道细菌群落和人体健康的关系,美国国立卫生研究院已启动了人类微生物组计划,欧洲委员会也正在资助人类肠道宏基因组学项目,而中国在此项目中亦取得了可喜进步。基于肠道宏基因组的个体化医疗时代已不再遥远。     

肠道微生物群落对于饮食改变的反应

<正>人体肠道内的微生物群落能影响消化能力、抵御感染和降低自体免疫疾病的患病风险,甚至能控制人体对癌症治疗药物的反应。但目前影响肠道微生物群落的因素尚不清晰。近期,美国华盛顿大学医学院Jeffrey I.Gordon等研究员发现肠道微生物群落会随着饮食方式的改变而做出不同反应。为了研究饮食方式改变对于肠道微生物群落的影响,研究人员分别采集了限制卡路里、纤维素丰富饮食者(CRON)以及     

微生物与生命健康专题序言

人体微生物组是指人体内由微生物组成的共生生态群落,其动态平衡与人体健康密切相关。微生物组被公认为可在人体中起调节免疫、代谢、消化吸收作用的重要"器官",可与包括肺、肠道、阴道、大脑在内的多个器官产生联系,并逐步成为治疗癌症、冠心病、神经系统疾病等疑难杂症的潜在靶点。近年来,随着微生物组测序与分析技术的飞速发展,从微生物组角度发现人体微生物与多种疾病的关系并探索新的治疗方法已成为国际科研的热点与前沿。为了进一步促进人体微生物在生命健康领域的研究,《生物工程学报》特组织出版专题,重点阐述了人体微生物组的研究方法、人体微生物组与疾病以及干预方法等方面的研究进展,为推动微生物组在生命健康领域的快速发展提供理论基础。     

元基因组学及其在转化医学中的应用

微生物群落遍布于人体的每个角落,与人共生并对人体健康产生重要和深刻的影响。与人类共生的全部微生物的基因组总和称为“元基因组”或“人类第二基因组”。研究人体微生物群落及相关元基因组数据,对转化医学领域的基础研究和临床应用具有重要的价值。通过对生物医学相关的高通量元基因组数据进行分析,不仅能为基础医学研究向医学临床应用转化提供新思路和新方法,而且具有广阔的应用前景。基于新一代测序技术产生的数据,元基因组分析技术和方法能够弥补以往人体微生物先培养后鉴定方法的缺陷,同时能有效鉴定和分析微生物群落的组成及功能,从而进一步探究和揭示微生物群落与机体生理状态之间的关系,为解决许多医学领域的难题提供了全新的切入角度和思维方法。文章系统介绍了元基因组研究的现状,包括元基因组的方法概念和研究进展,并以元基因组在医学研究中的应用为着眼点,综述了元基因组在转化医学方面的研究进展,进一步阐述了元基因组研究在转化医学应用领域中具有的重要地位。     

口腔微生物与全身健康研究进展

口腔微生物是定植于人体口腔的微生物集合。众多研究证实,口腔微生物与多种口腔感染性疾病及系统性疾病紧密相关。随着“人类微生物组计划”及其他微生物宏基因组学相关项目的开展,人们对口腔微生物群落的认识不断深入。本文基于最新研究进展,就口腔微生物的组成、演替特点、与口腔和全身系统性疾病的关系及与肠道微生物的交互作用进行综述。     

中国传统酿造食品微生物生态学及其研究策略

中国传统酿造食品的生产通常是在开放度高、周围环境条件粗放、微生物群落结构时空差异显著批次间变化规律类似的微生态环境中进行的.其过程具有生产原料成分多样、参与的微生物种类多、代谢反应复杂、工艺繁复以及产品组分复杂等特征,从而导致科学阐释其过程代谢机理存在着巨大的挑战.基因组学、转录组学等组学技术以及基于现代检测技术的代谢组学方法的发展和应用,为应用微生态学方法研究其过程的微生物群落结构与功能、群落内部以及与环境的交互作用规律提供了有力的支撑.本文结合本研究团队前期研究工作,综述了近年来传统酿造食品微生物生态学的研究进展,从系统解析酿造微生物群落结构与代谢功能入手,解析微生物群落及个体功能并实现理性调控的传统酿造微生物群落研究策略,包括把握微生物群落三个要素:结构、功能、调控;解析好两个互动:酿造群落内的交互作用,群落与外部环境的交互作用;抓住一个关键:群落中的关键核心功能微生物(群).在上述基础上努力实现传统食品酿造过程中的微生物功能可控、酿造过程可控和产品品质可控的三个目标.     

基于宏组学方法认识微生物群落及其功能

进入后基因组学时代,测序技术飞速发展,测序成本明显下降,形成了涵盖宏基因组学、宏转录组学和宏蛋白质组学的宏组学技术,推动了对微生物群落的多样性、结构及潜在基因功能方面的深入研究。最近随着整合的宏组学技术的提出及应用,全面系统分析微生物群落动态变化及其代谢功能已成为可能,这将成为微生物生态学研究的新趋势。本文综述了宏组学在研究海洋湖泊、深海热泉、人体肠道、牛瘤胃生境、森林土壤与堆肥生境等环境中微生物群落的结构和功能方面的最新进展与成功应用案例。     

人体鼻咽部微生物群落多样性研究进展

定殖于鼻咽部的微生物与人体始终处于动态生态平衡,对于维持人体健康发挥着重要作用,也与多种上呼吸道疾病的发生发展有密切关系。鼻咽部微生物之间及其与宿主之间的相互作用是引发人体上呼吸道疾病的重要因素。微生物的培养方法与分子生物学技术的结合使人们越来越深入地了解人体鼻咽部微生物群落的组成和结构。定殖于人体鼻咽部的微生物以肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae)和流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae)等潜在致病菌为主。本文将分别从鼻咽部微生物与机体的平衡关系、鼻咽部微生物群落的研究方法以及鼻咽部微生物群落的组成及其相互关系三个方面,综述近年来鼻咽部微生物群落结构的相关研究进展,从而为指导实践提供可靠的理论依据。     

肺部真菌微生物组研究进展

人体微生物组在健康维护与疾病发展过程中发挥着重要作用。最新研究发现,曾经被视为无菌部位的肺部,其微生物构成也非常丰富,不过针对肺微生物组方面的研究仍然处于早期阶段。真菌及相关基因产物作为人体微生物组的重要组成部分,其在肺部或其他疾病发生与防治方面所具有的潜在功能和意义尚不清晰。本文主要对肺部真菌微生物组的研究技术方法、群落结构特征与功能作用等进行综述,分析了该研究领域目前存在的主要不足,并提出了相关研究建议。     

肠道微生物群落对于饮食改变的反应北大核心CSCD

人体肠道内的微生物群落能影响消化能力、抵御感染和降低自体免疫疾病的患病风险,甚至能控制人体对癌症治疗药物的反应。但目前影响肠道微生物群落的因素尚不清晰。近期,美国华盛顿大学医学院Jeffrey I.Gordon等研究员发现肠道微生物群落会随着饮食方式的改变而做出不同反应。     

基于16S rRNA基因测序分析微生物群落多样性

微生物群落多样性的研究对于挖掘微生物资源,探索微生物群落功能,阐明微生物群落与生境间的关系具有重要意义。随着宏基因组概念的提出以及测序技术的快速发展,16S rRNA基因测序在微生物群落多样性的研究中已被广泛应用。文中系统地介绍了16S rRNA基因测序分析流程中的四个重要环节,包括测序平台与扩增区的选择、测序数据预处理以及多样性分析方法,就其面临的问题与挑战进行了探讨并对未来的研究方向进行了展望,以期为微生物群落多样性相关研究提供参考。     

《实验微生物生态学》简介

《实验微生物生态学》(Experimental Microbial Ecology)一书,是一本有关微生物生态学试验技术综合评论的著作,由R.G.Burns和J.H.Slater主编,有48名在微生物生态学、教学和研究方面有成就的学者参与编写而成。英国布莱克威尔科学出版社1982年出版。全书共687页,分六部分36章,全面概括了与微生物生态学有关的主题、实验方法及其发展动向。第一部分所有六章(1—6章),从微生物作为生态系统的一个成员,论述微生物的基础,介绍了细菌、     

人体皮肤微生物群落研究进展

皮肤作为人体最大的器官,上面定居着各种各样的微生物,它们大部分是无害的,甚至对人体有益。皮肤表面的生态环境因不同的表面特征和外部因素而呈现不同的格局,使得分布于皮肤上的微生物群落出现差异。分子生物学技术的发展使研究皮肤表面微生物群落的高度多样性和多变性成为可能,而且可从生态系统角度去理解和认识皮肤微生物。本文就皮肤微生物群落的主要特点、微生物群落与疾病的联系及其具体应用等方面作一综述。     

微生物分子生态学研究方法及其存在的缺陷

微生物群落多样性是微生物生态学和环境学研究的重点之一.分子生物学方法应用于微生物群落结构分析使得对环境样品中占大多数的不可培养微生物的研究成为了可能.然而,PCR过程中的偏差(bias)会引起结果并不能如实地再现原始的群落结构,随着多个宏基因组项目的研究,发现所谓的“通用引物”并不能覆盖全部的微生物类型,即使可以添加简并碱基,也无法与通过宏基因组得到的rRNA序列完全匹配,这导致了在诸多研究中会忽略环境中的微生物群落.即使是不经过PCR扩增的元基因组和元转录组学研究方法,对于分子微生物群落也存在着一定的问题.     

宏基因组样本数据的分析比较与分类

宏基因组学研究试图通过测序并分析微生物群落的DNA序列,以理解环境微生物的组成及其与环境的交互作用。宏基因组学革命性地改变了微生物学,使得以免培养的方式研究复杂生物系统中的微生物群落成为可能。第二代测序技术的不断进步和生物信息学的高速发展促进了高通量宏基因组研究的发展,大批高质量的宏基因组数据不断产生并对科学界开放,宏基因组学的重要作用被科学界广泛认可。与此同时,对应个体不同健康状态和人体不同部位的大量宏基因组样本数据不断产生,使得比较和分类宏基因组样本在微生物学研究上变得更加重要,比较宏基因组学成为宏基因组学的重要分支。主要介绍了宏基因组数据的分析比较,以及样本分类的相关研究和算法。     

硫酸黏菌素残留对土壤微生物群落结构特征的影响

采用氯仿熏蒸法和磷脂脂肪酸(phospholipid fatty acid,PLFA)方法,分析了硫酸黏菌素(colistin sulfate,CS)残留后土壤微生物群落结构的变化.结果表明:硫酸黏菌素(wCS≥5mg·kg-1)对土壤微生物生物量碳影响显著,土壤中硫酸黏菌素浓度愈高,微生物生物量碳愈低,50 mg·kg-1的硫酸黏菌素处理使土壤微生物生物量碳下降52.1%.在整个采样周期中,每克土壤总PLFA含量在硫酸黏菌素胁迫下出现明显降低,且存在一定的剂量依赖效应.第7、49天时,低浓度组(wCS=0.5 mg·kg-1)和对照组分异不明显,第21、35天时,处理间土壤微生物群落结构多样性类型分异显著,其中高浓度组(wCS=50 mg·kg-1)与对照组分异最大.表明硫酸黏菌素可致土壤微生物群落结构多样性改变,并表现出时间差异.这可能与硫酸黏菌素在土壤中化学结构发生了改变和降解有关.