常用的生物统计方法及其R语言实现

统计分析是科学研究中一个极其重要的环节.本文以昆虫学研究为实例,利用模拟数据,总结了14种常用的生物统计方法及其R语言实现,重点强调了如何根据科学问题和样本数据的具体情形选取合适的统计方法.这些统计方法包括可用于均值比较分析的符号检验、Wilcoxon符号秩检验、t-检验、Wilcoxon秩和检验、Kruskal-Wa...     

几种数量综述方法的介绍与比较

综述是科学研究中的一种重要方法,数量综述较传统的叙述性综述有许多优多,文章介绍并比较了目前在科学研究中比较流行的几数量综述方法.     

生命科学研究中常用模式生物

模式生物是生命科学研究的重要材料,目前公认的用于生命科学研究的常见模式生物有噬菌体、大肠杆菌、酵母、线虫、果蝇、斑马鱼、小鼠、拟南芥等.这8种常用模式生物对生命现象的揭密和人类疾病治疗的探索等都所做出了重大贡献,对其在生命科学研究中的历史轨迹、各自优势、技术手段、热点研究、发展前景等系统而又简要的了解,有助于具体而又生动地体察到模式生物在今天生命科学发展中的重要地位和推动生命科学及医学进步的不可替代的巨大潜力.     

多重耐药铜绿假单胞菌群体感应系统与主动外排基因表达的研究

目的研究临床多重耐药铜绿假单胞菌群体感应(QS)系统与主动外排泵MexAB-OprM系统基因表达水平与抗生素耐药关系。方法收集苏州市立医院和上海市江湾医院2011年2月至6月间临床标本中分离的铜绿假单胞菌,定量分析细菌生物被膜形成能力;MIC法检测细菌抗生素耐药性,用多重聚合酶链反应(PCR)扩增群体感应系统lasI、lasR及主动外排泵系统mexA基因,实时定量逆转录RT-PCR检测lasI、lasR和mexA基因的相对表达量。结果临床样本分离出84株铜绿假单胞菌,其中产生物被膜菌58株,占比69%;多重耐药菌共24株,占比28.6%;多重耐药菌株中产生物被膜有11株,占45.8%;多重耐药菌中mexA基因表达上调有18株,占75%;lasI基因表达上调有8株,占33.3%。结论多重耐药菌株的生物被膜形成率显著低于非多重耐药组,多重耐药铜绿假单胞菌的主动外排泵MexAB-OprM系统基因表达出现显著上调,生物被膜菌的lasI基因表达显著上调而lasR基因的表达无明显变化。     

抽样理论及其应用(Ⅰ) 第一讲 简单抽样与分组抽样

1.1.引言抽样是生物科学研究中一个最基本的步骤。文献[1]是抽样理论的比较经典的著作,国内已将该书译成中文,已经出版。目前国内的教材中,[2]虽然篇幅较小,却是值得一读的。国内还有不少教材与文献中散见这方面的内容。     

构建我国生物多样性评价的指标体系

生物多样性指标体系的建设过程长期而复杂,需要结合科学研究、监测以及决策制定,并基于合理的结构进行指标设计.构建适宜的生物多样性评价指标体系、监测评估生物多样性状况及变化趋势,已被纳入我国国家生物多样性战略及其行动计划.本文结合国内外经验,从指标的逻辑框架、空间尺度、时间尺度、指标类型、评价方法等5个方面探讨了指标体系构...     

Bootstrap方法及其在生物学研究中的应用

Bootstrap方法是以原始数据为基础的模拟抽样统计推断法,特别适用于那些难以用常规方法导出的参数的区间估计、假设检验等问题.本文介绍了该方法的基本思想及具体步骤,并附有生物学研究中应用的实例.生物科学中有许多数据总体分布信息往往很难确定,难以用常规的方法进行统计分析,因此Bootstrap方法在生物科学研究中具有很大的应用价值.     

基于Illumina RNA-Seq短序列的转录组从头组装软件比较与优化

利用公共数据库中果蝇F1代和栽培水稻基于高通量Illumina测序平台的RNA-Seq短序列数据,比较了8个(ABySS,Velvet,SOAPdenovo,Oases,Trinity,Multiple-k,T-IDBA and Trans-ABySS)转录组从头组装软件.结果显示,在基于单一k-mer和多重k-mer方法的两类软件中,Trinity和Trans-ABySS分别表现出最好的组装性能,而其它软件性能比较接近.我们还发现基于多重k-mer比单一k-mer可以组装获得更多的总碱基数目,但是即使利用最好的多重k-mer组装软件,所获得的数据质量也比研究人员所期望的要低.鉴于此,我们提出了“ETM”优化方法,将多重k-mer方法组合到Trinity中,使其在具有最好的组装性能的基础上兼具了多重k-mer的优势,测试结果显示了该方法具有一定的优越性.我们的研究结果为用户选择合适的软件提供了依据,对推动基于高通量Illumina测序的转录组研究具有重要意义.     

生物教学中如何注重生物科学史的学习例析

生物科学史是生物学家在进行生命科学研究中所采用的研究方式、思维方和智慧结晶的客观史实。生物科学史中不仅说明了相关的科学知识的发现过程,更蕴含着科学探究方法、思维方式等教育素材,对学生的素质教育有着不可替代的作用。本文就教学中如何注重生物科学史的学习作了例析。     

多重PCR-DHPLC快速检测食品中产志贺毒素大肠杆菌

应用多重PCR(motiplex PCR)结合变性高效液相色谱技术(denaturing high-performanceliquid chromatography,DHPLC)建立了快速检测食品中产志贺毒素大肠杆菌O111和O157的方法.以基因wzxO111、rfbEO157为靶基因,建立多重PCR-DHPLC方法,进行特异性和灵敏度测试,同时进行RT-PCR检测比较灵敏度.该方法具有良好特异性,可以一次PCR扩增同时检测O111、O157;灵敏度达到25 CFU/mL.129份牛肉样品中检出1例O111,3例O157阳性;74份鸡肉样品中检测出O111、O157阳性各1例,67份蔬菜样品中未检测到O111、O157.本文建立O111、O157多重PCR-DHPLC检测方法,操作简便,特异性强,适用于产志贺毒素大肠杆菌筛选检测.     

实验动物与生物安全

实验动物是从事科学研究、教学、生产、检定等的重要工具和支撑条件.随着科学技术的飞速发展,科学研究中使用的实验动物和实验用动物的种类、品系越来越多,生物安全问题已经明显地威胁到生物多样性、生态环境和人类健康.本文分析了实验动物的潜在生物安全危害,探讨了实验动物生物安全管理方面存在的问题并就应对实验动物生物安全提出了一些建议.     

生物工程

现代生物工程,是随着生物学的研究发展起来的新兴技术领域。对生物技术的开发,极有可能带出一批新兴的工业,人们称之为“生物工业”。生物技术,是指从生物科学研究中产生出来的可以应用于工农业生产、提高生产力的技术方法和工     

简讯

河北省河北省教育科学研究所在石家庄召开了一次全省中学生物实验教学研究会。会上有二十五名代表做了生物实验教学的经验介绍。包括在生物实验教学中培养学生三大能力(1. 观察能力。2.逻辑思维能力。3. 实际操作能力。)配合     

分子动态模拟及其在生物大分子研究中的应用

生物分子动念模拟技术是运用计算机对生物大分子的结构、功能、质子运动轨迹以及生物分子间的相互作用进行预测,是研究生物分子结构和功能的重要手段.该文介绍分子动态技术的原理及其在生命科学研究中的应用和研究进展,分析目前存在的问题,并提出对未来工作的展望.     

在开展生物百项科技活动中培养学生的科学素质

开展生物百项科技活动,不仅是为了让学生通过观察和实验验证知识,掌握生物技能,更重要的是让学生亲自参与探究过程,学会科学研究的方法,并通过观察、实验、实习、参观和讨论等形式,培养学生实事求是的科学态度。因此,在生物百项活动中,我们强化了实验的探究过程,...     

蛋白质组学在农业生物科学研究中的应用

蛋白质组学是后基因组时代的新兴研究领域,详细介绍了蛋白质组学的原理和方法在农业生物科学研究中的最新应用进展,提出了蛋白质组学技术目前所面临的问题,并展望了今后的发展前景.     

药物外排泵与生物被膜在微生物耐药机制中的相关性研究进展

生物被膜是介导微生物耐药与多重耐药的一大热点机制,涉及微生物的生长代谢、耐药基因等基因表型改变、群体感应系统的调控及药物外排泵等多重因素。耐药基因、药物外排泵与生物被膜在微生物耐药机制中,具有复杂而密切的相互影响。分别从生物被膜对药物外排泵、耐药基因的影响,药物外排泵对生物被膜的影响,以及药物外排泵和微生物生物被膜共同的调节因素,对近年来的相关研究进展作一综述。     

几种常用草履虫培养和观察方法及改进

草履虫 Paramoecium caudatum是动物学教学最常用的实验材料之一,一般采用人工方法培养提高草履虫的纯度,以便于应用于教学和研究.本文记述了11种培养方法和8种观察草履虫的方法,并对其中的一些做了一定的改进,旨在为生物实验教学及科学研究提供参考.在培养过程中除应关注所用的培养物质外,还应综合考虑pH、温度、天敌、有机化合物、金属离子对培养过程的影响.     

纳米级金微粒在DNA生物传感器研究中的应用

纳米金颗粒具有独特的物理、化学性质和良好的生物兼容性,已广泛应用于生命科学研究中的示踪技术.将该技术与DNA传感器相结合,可显著提高生物传感器的灵敏度,缩短检测时间和提高检测通量,已成为近年来的研究重点.     

“光合作用”(第1课时)的教学设计

以生物科学史为载体,采用逻辑思维法教学策略,解析光合作用发现过程经典实验的科学思维方法,师生互动学习生物科学研究的一般方法,自主构建光合作用概念,理解光合作用过程与本质。