新书介绍

正现代分子生物学技术及实验技巧本书系统介绍了现代分子生物实验技术。第1~6章包括质粒的提取和目的基因的获得、基因的克隆和重要分子的筛选以及目的基因的表达和检测;第7~14章涉及近年来发展起来的一些新技术,包括报告基因分析、差异基因表达谱分析、蛋白质-核酸相互作用技术、蛋白质-蛋白质相     

新书介绍

<正>现代分子生物学技术及实验技巧本书系统介绍了现代分子生物实验技术。第1~6章包括质粒的提取和目的基因的获得、基因的克隆和重要分子的筛选以及目的基因的表达和检测;第7~14章涉及近年来发展起来的一些新技术,包括报告基因分析、差异基因表达谱分析、蛋白质-核酸相互作用技术、蛋白质-蛋白质相     

新书介绍

正现代分子生物学技术及实验技巧本书系统介绍了现代分子生物实验技术。第1~6章包括质粒的提取和目的基因的获得、基因的克隆和重要分子的筛选以及目的基因的表达和检测;第7~14章涉及近年来发展起来的一些新技术,包括报告基因分析、差异基因表达谱分析、蛋白质-核酸相互作用技术、蛋白质-蛋白质相互作用技术、细菌体内同源重组技术、转基因动物、基因打靶技术和流式细胞术;第15~17章介绍了一些新的分子生物学研究技术,包括干细胞的分离培养与诱导分化技术、小RNA的构建及实验技术、非编码RNA数据库及在线分析工具。     

蛋白质-蛋白质相互作用及其抑制剂研究进展

蛋白质-蛋白质相互作用在细胞活动和生命过程中扮演着非常重要的角色。基因调节、免疫应答、信号转导、细胞组装等等都离不开蛋白质-蛋白质的相互作用。近几年,靶向蛋白质-蛋白质相互作用及其抑制剂研究也逐渐成为研究的热点;但是蛋白质复合物相互作用界面的一些特点和性质,如相互作用界面较大、结合界面较为平坦等,使蛋白质-蛋白质相互作用及其抑制剂研究充满了挑战。本文主要总结了蛋白质-蛋白质相互作用界面的一些性质和特点,分析了界面特性与其抑制剂设计的关系,并讨论了蛋白质-蛋白质相互作用的理论预测方法及其抑制剂的类型和特点,最后又通过实例说明了如何进行蛋白质-蛋白质相互作用抑制剂的设计。     

噬菌体展示技术的理论基础及其在感染性疾病防治中的应用

噬菌体展示技术是一种高通量研究基因功能、蛋白质表达及其相互作用的有效方法,具有与生物芯片一样的大量快速检测、发现并鉴定功能基因及蛋白质-蛋白质相互作用的优点。我们着重介绍噬菌体展示技术的种类、原理,及其在感染性疾病防治中的应用。     

免疫沉淀技术的最新进展

免疫沉淀(Immunoprecipitation,IP)技术是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法.也是确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的有效方法.免疫沉淀技术现已广泛应用于基因、蛋白质以及它们之间相互作用等领域的研究,并且其可与多种技术联合应用,也可合并一些实验方法进行多方面探索.本文将主要介绍染色质免疫沉淀技术、蛋白质免疫沉淀技术和放射免疫沉淀技术的原理和方法,并对它们相应的应用作简要的说明.     

基于质谱技术的蛋白质互作研究进展

蛋白质作为生命活动的执行者,其功能往往体现在与其他蛋白质的相互作用中,研究蛋白-蛋白相互作用对于人们深入了解和预防传染病、靶向治疗多基因疾病、阐明蛋白质的分子作用机制及各种复杂的生命现象具有重要意义。目前,有多种技术被用来研究蛋白间的相互作用,研究难点在于实时捕获瞬时或弱蛋白质间的相互作用,质谱技术（mass spectrometry, MS）可在某种程度上解决该难点。由于质谱技术可研究简单的蛋白质复合物再到大规模的蛋白质组实验,基于质谱技术研究蛋白质间相互作用被越来越多地应用于科学研究中。综述了蛋白质间相互作用检测方法的研究进展,重点介绍了氢氘交换质谱法和化学交联质谱法研究蛋白质间相互作用的优缺点及其应用,最后对基于质谱技术研究蛋白质间相互作用进行了总结与展望,以期为深入开展相关研究提供借鉴。     

功能蛋白微阵列的作用

对蛋白质阵列的两大功能—分子识别和酶活测定进行了阐述.其中前者包括蛋白质-D N A间的相互作用、蛋白质-蛋白质复合体的相互作用、蛋白质-小分子之间的相互作用;后者包括阵列蛋白作为底物来测酶活、阵列蛋白作为酶的酶活.     

生物质谱在蛋白-蛋白相互作用研究中的应用

生物体中的蛋白质通常是通过与其它蛋白质相互作用来发挥功能,因此研究蛋白-蛋白相互作用对于阐明蛋白质的分子作用机理乃至细胞的生命过程具有重要意义。目前研究蛋白-蛋白相互作用的手段有多种,近年随着生物质谱技术的飞速发展,以质谱为工具来研究蛋白质相互作用的方法得到越来越广泛的应用。本文主要介绍利用质谱技术来研究蛋白质相互作用的方法,总结前人的一些研究成果并进行展望。     

重组微生物生理学

重组微生物生理学主要研究外源基因与宿主的相互作用以及细胞生理状态对这种相互作用的影响。宿主与外源基因的相互作用可发生在复制、分配、表达、代谢等各种水平,主要的分子机制为核酸-核酸、核酸-蛋白质的相互作用,一些小分子化合物可作为信号或效应子参与大分子的相互作用。重组微生物生理学研究主要包括下列三方面工作:1.噬菌体、质粒与宿主的相互作用以及基因工程菌中目的基因的复制、分配和表达规律。2.微生物响答系统的响答及适应的分子机制及其对外源基因调控的影响。3.细胞生长速率对宿主基因和外源基因调控的影响。这些工作融合了分子水平和细胞水平的研究,模糊了分子生物学和生理学的界限,成为基因工程的理论基础之一。美国微生物学会自1987年起把重组微生物生理学列为年会的一个独立专题。 外源基因与宿主的相互作用 噬菌体和质粒等染色体外基因与宿主基因处于一种依赖、互补和竞争的复杂关系。     

蛋白质表面氨基酸特性研究进展

分布在蛋白质分子表面的暴露于溶剂的氨基酸所具有的一些特性对蛋白质的折叠和聚合过程、蛋白质-蛋白质相互作用以及蛋白质的功能具有重要影响。本文分析了蛋白质表面氨基酸在疏水性、保守性、静电势及结构方面的一些特性,阐述了近年来国际上利用这些特性对蛋白质-蛋白质相互作用界面进行预测的方法,最后介绍了几款预测蛋白质表面氨基酸的软件。     

原生动物八肋游仆虫cDNA文库的构建

细胞内蛋白质合成过程是一个由多种蛋白质相互作用参与调节的开放系统,形成了复杂的mRNA代谢和蛋白质翻译为核心的基因表达调控的网络和信号转导途径。【目的】为了获得更多参与调节蛋白质合成终止过程的蛋白质种类和功能信息,进一步了解其中的网络和信号转导途径,本研究构建了原生动物八肋游仆虫的cDNA文库。【方法】构建过程严格遵循Clontech公司的BD MatchmakerTM Library ConstructionScreening kit提供的方案进行文库构建和筛选.【结果】首次得到了可用于筛选功能基因的原生动物纤毛虫的cDNA文库,文库滴度为2.437×107cfu/mL。利用第二类肽链释放因子为诱饵,筛选得到了一些可能与之相互作用的蛋白质,其中包括一个可能编码RNA解旋酶的基因序列。该文库为进一步筛选和研究八肋游仆虫功能基因提供了便利的平台。     

蛋白质相互作用数据库

随着“蛋白质组学”的蓬勃发展和人类对生物大分子功能机制的知识积累,涌现出海量的蛋白质相互作用数据。随之,研究者开发了300多个蛋白质相互作用数据库,用于存储、展示和数据的重利用。蛋白质相互作用数据库是系统生物学、分子生物学和临床药物研究的宝贵资源。本文将数据库分为3类：（1）综合蛋白质相互作用数据库;（2）特定物种的蛋白质相互作用数据库;（3）生物学通路数据库。重点介绍常用的蛋白质相互作用数据库,包括BioGRID、STRING、IntAct、MINT、DIP、IMEx、HPRD、Reactome和KEGG等。     

植物蛋白质亚细胞定位相关研究概述

蛋白质在植物细胞内的定位是了解蛋白质功能、 基因调控和蛋白质-蛋白质相互作用的关键.近年来随着各种蛋白质亚细胞定位方法的快速发展和技术的不断提升,蛋白质亚细胞定位实现了高通量、活体动态研究.本文总结了植物蛋白质亚细胞定位的常用技术,以及常用细胞器特异性标记的研究进展,并对此领域研究的发展前景做出了展望.     

人TRIM28基因及蛋白质的生物信息学分析

[目的]通过生物信息学预测分析人TRIM28基因的启动子及蛋白质的理化性质、信号肽、亲疏水性、跨膜区域、蛋白结构、与之相互作用的蛋白质及功能。[方法]使用相应软件分析TRIM28相关信息。[结果]TRIM28的3个启动子中第一个通过甲基化对其表达影响较深;TRIM28蛋白质是由835个氨基酸组成的无信号肽、无跨膜结构的不稳定亲水蛋白质,等电点为5.52,哺乳动物中高度保守;二级结构包括10个α螺旋和12个β折叠片层,三级结构构建需更多可靠的模板;TRIM28主要定位于细胞核,自身及相互作用蛋白质主要参与染色质修饰及DNA损伤修复过程。[结论]TRIM28第一个启动子甲基化影响其表达,蛋白质无信号肽、无跨膜结构、不稳定系数高达46.43,属不稳定亲水蛋白质,定位细胞核,参与染色质修饰和DNA损伤修复。     

双杂合系统及其应用

蛋白质与蛋白质的相互作用是生物体内包括复制、转录、分泌、信号传导、代谢等生命活动得以进行的物质基础．以基因工程技术为基础的双杂合系统可以在体内检测蛋白质与蛋白质的相互作用,并推广应用到寻找同某已知蛋白质相互作用的未知蛋白质,直接克隆未知蛋白质的基因,鉴别同已知蛋白质相互作用的关键氨基酸残基,绘制蛋白质联系图谱等．双杂合系统在药物设计中的应用使其具有更重大的实用价值．     

评估蛋白质相互作用可信度的生物信息学方法

随着基因组规模的高通量实验鉴定技术和计算预测方法的发展,出现了大量蛋白质相互作用数据,但大规模蛋白质相互作用数据中的较高比例的假阳性影响了相互作用数据的质量。生物信息学方法能够从已有的数据和知识出发,通过计算方法系统评估大规模蛋白质相互作用的可信度。本文从过程模型设计、数据集构建、特征选择与综合属性抽取、一些算法使用、实例概述等方面介绍了生物信息学方法评估蛋白质相互作用可信度的研究特点与进展。     

酵母双杂交及其衍生系统

蛋白质是基因的表达产物,由于蛋白质间的相互作用可以表现出基因的关联性,随着基因组序列的破译,研究蛋白质间的相互作用关系显得日益重要。详细介绍了目前在研究蛋白质间相互作用中十分重要的酵母双杂交系统及其多种衍生系统的原理及其理论与实践意义。     

蛋白质-蛋白质界面热点残基预测及其在线工具

蛋白质-蛋白质结合热点是界面中对结合自由能有着显著贡献的一小簇残基。捕捉和揭示这类热点残基可以加深对蛋白质间相互作用机制的理解,为蛋白质工程和药物设计提供指导。但实验技术费时费力且代价昂贵。计算工具可用于辅助和补充实验上的尝试。该文较详细、系统地介绍了蛋白质界面热点的特性、计算预测的策略与技术,并应用实例进一步说明这些方法学的特征;还介绍了界面热点的数据库和一些主要的在线预测工具,旨在为设计、挑选和应用这类工具解决特定问题的研究人员提供指南。     

基于蛋白质互作网络挖掘自闭症谱系障碍的功能模块与核心基因

自闭症谱系障碍(autism spectrum disorder, ASD)是一种具有高遗传性、临床异质性和生物复杂性的神经行为障碍类疾病。为挖掘ASD发生发展过程中的功能模块与核心基因,本文从自闭症谱系障碍疾病数据库获取ASD相关基因;利用STRING数据库构建ASD相关基因的蛋白质互作网络;通过MCODE算法对蛋白质互作网络进行模块分析并筛选核心基因;最后对各功能模块进行KEGG通路分析,根据富集到的通路类别评估功能模块之间的相互作用。结果显示, 3个疾病基因数据库筛选出182个共有基因,构建的蛋白质互作网络包含171个节点和1 041条边,其中NRXN1、GRIN2B、GRIN2A、DLG4、NLGN3、MECP2、CNTNAP2、BDNF、NLGN4X、FMR1等23个基因具有较高的连通度(degree)。从蛋白质互作网络中分析得到5个功能模块,包括68个核心基因。KEGG富集分析发现功能模块参与多个生物学通路,包括细胞黏附分子、钙离子通路、神经活性的配体-受体相互作用、多巴胺能神经突触等。分析结果提示,挖掘的ASD功能模块和核心基因大多集中在神经元活动、信号分子和信号传导等,且各模块相互作用共同影响ASD的发生发展。