鼻咽癌恶性转化基因Tx中3.0kb片段序列分析

从中国人鼻咽癌细胞株 CNE2中克隆分离出的恶性转化基因 Tx,其基因长度为 1 6kb.在对其中 2 .8kb片段测序的基础上 ,对其中 Xho /Eco R 长度约 3.0 kb的片段 ( Tx3.0 )进一步进行了测序 ,并利用生物信息学技术分析认为 ,Tx3.0与人类免疫球蛋白 kappa( Igκ)轻链基因高度同源 ,并直接映射于 J区 .Tx3.0中除有编码免疫球蛋白 kappa链的 J2、J3、J4及 J5基因片段外 ,在各个片段间不仅有 TATA box、CAAT box和 Poly A等经典的调控序列 ,还有 NF- IL6的反应元件、某些转录因子的识别序列、以及核基质结合序列等 .据此以及 2 .8kb序列的分析结果 ,对 Tx3.0下游 1 .0 kb片段序列进行了预测 .对 Tx3.0基因片段的研究为进一步研究 Tx基因在鼻咽癌发病中的作用 ,提供了重要信息 .     

蕨类植物问荆DEAD box RNA解旋酶基因的克隆与分析

DEAD box RNA解旋酶参与RNA多方面的代谢,在植物生长发育和逆境反应中起重要作用。本研究从蕨类植物问荆(Equisetum arvense)中克隆到一条DEAD box RNA解旋酶cDNA全长序列,命名为EaRH1,并在GenBank注册登记（KJ734026）。序列分析显示：该cDNA全长3230bp,包含一个从487bp到2799bp编码770个氨基酸的开放读码框,其对应的蛋白序列包含9个保守模块结构。EaRH1与其它物种DEAD box RNA 解旋酶蛋白序列比对结果显示：模块Ⅰa、Ⅱ和Ⅲ序列几乎完全相同,模块Q、Ⅰ和 Ⅳ序列存在一些差异。EaRH1与江南卷柏(Selaginella moellendorffii)基因组一条假定序列相似度高达69%,其中相似度最高的区域集中在包含9个保守模块的结构域。系统进化树分析显示：EaRH1与拟南芥(Arabidopsis thaliana)DEAD box RNA解旋酶At3g22320在氨基酸序列上有相对较高的同源性。序列结构比较和进化分析可推测出EaRH1可能参与植物体生长发育、miRNA生物合成、与RNA结合蛋白的相互作用和非生物胁迫应答。本文的研究为探索问荆DEAD box RNA解旋酶的进一步功能提供参考。     

用改良消减杂交筛选类风湿性关节炎滑膜细胞中高表达基因

 为了研究类风湿性关节炎 (rheumatoid arthritis,RA)滑膜细胞 (fibroblast- like synovialcells,FLS)过度增殖和破坏软骨的分子机理 ,利用改良消减杂交法以骨性关节炎 (osteoarthritis,OA)病人滑膜细胞为对照 ,筛选 RA滑膜细胞中的高表达基因 .将得到的基因片段克隆入质粒载体 ,通过反向点杂交排除假阳性克隆后 ,将阳性克隆进行核酸序列分析 ,最后用 Northern杂交方法检测一些高表达基因在 RA和 OA病人滑膜细胞中的表达水平 .结果显示 ,共分离到 1 50个 RA高表达基因片段 ,其中长于 1 0 0 0 bp的片段占 8% (1 2 /1 50 ) ,长于 40 0 bp的片段占 36.7% (55/1 50 ) ,在大于 40 0 bp的片段中 ,假阳性率为 2 3.7% (1 3/55) .在测序的 1 8个片段中 ,已知基因有 1 2个 ,其中包括 IGF- 1结合蛋白 (IGFBP)特异性丝氨酸蛋白酶、层粘连蛋白受体和组织蛋白酶 B等 .新序列有 6个 ,其中两个序列分别与 Ring- box蛋白 1和 SON DNA结合蛋白同源 .对 IGFBP特异性丝氨酸蛋白酶、层粘连蛋白受体和组织蛋白酶 B基因的 Northern杂交分析显示 ,在 RA病人滑膜细胞中 ,这些基因的表达水平高于 OA病人滑膜细胞 .这些结果提示 ,这种改良消减杂交法是一种简便有效的分离差异表达基因的方法 ;IGF- 1结合蛋白特异性丝氨酸蛋白酶、层粘     

南丰蜜橘β-胡萝卜素羟化酶基因的克隆和序列分析

以南丰蜜橘[Citrus reticulata Blanco var.kinokuni(Tanaka)H.H.Hu]基因组DNA为模板,根据已报道的柑橘β-胡萝卜素羟化酶基因保守序列设计4对引物,进行PCR扩增,得到4条长度为470、761、294和991 bp的片段.将这些片段克隆到pMD18-T载体,并进行测序.测序结果拼接成1条2 326 bp的序列.分析发现该序列含6个内含子,7个外显子.内含子两侧有典型的GT-AG保守序列.该序列中预测的编码序列与温州蜜柑、拟南芥等植物的β-胡萝卜素羟化酶基因序列保守性达80%以上,表明该序列确实为β-胡萝卜素羟化酶基因.该基因编码了1个含311个氨基酸的蛋白.将该序列递交到GenBank数据库,序列号为AM408552.     

大尺蠖核型多角体病毒多角体蛋白基因的结构分析

大尺蠖核型多角体病毒(BsNPV)的多角体蛋白基因(ocu)定位在2．3kb的BamHl—H片段上,用xho1、sma1、HindIII和PstI构建了H片段的物理图谱,并测定了两端636bp序列。在5’端发现了杆状病毒ocu基因共有的典型特征,即：ATG起始区;启动子区(14bp保守序列);TATA box和CATA box区等。单一xhoI位点在ATG上游-15bp处,适于作为构建ocu基因转移载体的插入位点。在这一基因5’端序列中发现了五个反转重复单元CGAGC GCTCG,讨论了这一单元在杆状病毒ocu基因高效表达中的调控功能。     

粘虫核型多角体病毒凋亡抑制基因的定位、序列和启动子结构

以AcNPV凋亡抑制基因p35为探针,与LsNPV DNA的限制性片段和LsNPV DNA EcoRV片段杂交,发现EcoRV 5.5kb片段有强烈的杂交信号.将此片段亚克隆后,测定了1244bp序列,发现一个完整的ORF,推导的302个氨基酸与AcNPV p 35蛋白有70.4%的氨基酸同源性,证明所测ORF为LsNPV的p 35基因.结构分析发现其5′端有早期基因启动子元件GC、ACGT和TATA box.有22 bp的顺向重复序列,包括由两个重叠的TATA box和上下游两个ACGT motif组成的两套启动子元件,这些结构特征与AcNPV的凋亡抑制基因十分相似.     

棉花nodulin-like基因及其启动子的结构特征和遗传表达

用同尾酶反向PCR技术(Ⅱ-PCR)和快速分离目的基因cDNA 5'未知序列方法(RICUP)首次从陆地棉品种Y18(Gossypium arboreum L.Y18)中分离到nodulin-like基因的全长cDNA、DNA和启动子序列.结果表明,该基因全长为2 353 bp,具有5个内含子和6个外显子.cDNA全长1480 bp,含有一个1125 bp的ORF结构,编码375个氨基酸,在GenBank nr数据库中没有与之同源的基因序列,在EST数据库中仅有一条733 bp的亚洲棉纤维EST序列(GenBank登录号:BF271235)与之有92%的同源性.Nodulin-like基因的启动子全长1 969 bp,启动子区域具有Initiator、TATA box、CAAT-like box和富含AT序列等启动子特征序列.Southern blot结果表明:该基因在棉花基因组中有一个拷贝.Northern blot结果表明:该基因在棉花的蕾、花、纤维和铃壳等生殖器官中呈优势表达.本研究有望为改良棉花生殖器官的农艺性状提供靶基因,并为解决目前转基因抗虫棉"前期抗虫性强、后期抗虫性弱"这一生产实际问题提供有效的表达调控元件.     

恶性疟原虫红内期Pf332抗原基因未知序列的测定及分析

测定恶性疟原虫红内期Pf332抗原 (Ag332 )基因的未知序列 ,并进行序列分析 .根据非洲恶性疟原虫Palo alto株Pf332基因的G1片段序列 ,设计 1对引物 ,从中国恶性疟原虫海南株 (FCC1 HN)基因组DNA中扩增出P332 1片段 .Pf332基因中经常出现SVTEEI短肽的编码序列 ,据此分别设计非特异的正、反义寡核苷酸引物 (NSP1、NSP2 ) ,应用低严谨PCR(LSPCR)分别扩增出P332 1邻近的未知序列片段P332 up1和P332 dow1.根据恶性疟原虫Palo alto株Pf332基因G1片段上、下游的G9和C1片段序列以及测定的P332 up1和P332 dow1序列 ,分别设计 2对特异引物继续扩增邻近的未知序列片段P332 up2和P332 dow2 .根据P332 dow2片段的 3'端序列 ,设计 2条特异引物分别与非特异引物NSP2行LSPCR和巢式PCR ,扩增出P332 dow2邻近的未知序列片段P332 dow3.对获得的Pf332基因片段进行序列测定 ,并用分子生物学软件辅助进行序列分析 .序列测定和拼接结果显示 ,共获得了连续 6 14 4bp的恶性疟原虫FCC1 HN株Pf332基因序列 .序列分析表明 ,所获得的 614 4bp序列位于Pf332基因的编码区内 ,不含内含子 ,编码 2 0 4 8个氨基酸残基 ,包含 5个氨基酸残基重复区 .对恶性疟原虫FCC1 HN株Pf332基因 6 14 4bp序列的测定和分析 ,为获得Pf332全基因     

矮牵牛中查尔酮合成酶基因A (chsA) 2个启动子的克隆和分析

查尔酮合成酶(chalcone synthase,CHS)是类黄酮类物质生物合成途径中的第一个关键酶,其控制基因chs为超家族基因.根据前人报道的矮牵牛查尔酮合成酶基因A(chsA)启动子的保守序列设计1对特异性引物,从矮牵牛基因组DNA中通过1次PCR同时扩增出长为550 bp和354 bp的启动子(分别命名为PchsA-L和PchsA-S,GenBank登录号:EF199747和EF199748),其中PchsA-L与PchsA-S相比,除个别碱基有差异外,在88～269 bp多出一段182 bp的序列,其中103～201 bp含有典型的内含子特征.应用DNAStar软件分析表明2条序列均含有普通启动子的保守序列TATA box、CCAAT box、capsite(CCATAA),并含有花中特异表达启动子的特征序列TACPyAT box、anther box(TAGAAGTGACAGAAAT)、G-box(CACGTG)、box1元件(ATGTCACGTGCCATC)和box2元件(TGTGTTGAAGGTTTGCTA).对克隆启动子所用的矮牵牛后代群体进行分析,130个单株中只含有PchsA-S的有13株,只含有PchsA-L的有20株,同时含有2个启动子的有97株.2个启动子在后代中发生了分离,但其分离比并不符合1∶2∶1.克隆启动子所用的矮牵牛有14条染色体,为二倍体.DNA印迹表明2个启动子在基因组中均是多拷贝.qRT-PCR分析显示:未经过紫外光处理的花中以及经过紫外光处理的花中,PchsA-L启动子驱动的chsA基因与PchsA-S启动子驱动的chsA基因表达都未见明显差异;在紫外光处理的幼苗叶片中表达量相应地比紫外光处理的花中的表达量增高;在紫外光处理的幼苗叶片中,PchsA-L启动子驱动的chsA基因比PchsA-S启动子驱动的chsA基因表达量显著增高;而未经过紫外光处理的幼苗叶片中,PchsA-L启动子驱动的chsA基因、PchsA-S启动子驱动的chsA基因都没有检测到明显的表达信号.结果表明:在矮牵牛中chsA基因存在2个独立的启动子PchsA-L和PchsA-S;启动子PchsA-L中182 bp类内含子特征的序列具有显著提高chsA基因在紫外光处理的幼苗叶片中表达量的功能.     

斑马鱼外源基因acta1-AcGFP重组及其最佳注射浓度初探

肌动蛋白纤维(actin filament)又称微丝(microfilament,MF),由肌动蛋白(actin)组成,是骨骼肌的重要组成部分.通过PCR从斑马鱼基因组DNA中分离得到大小为2 019 bp的α肌动蛋白1(α-actin1)启动子所在区域片段.序列分析表明,该片段序列与NCBI公布的α-actin1基因5′侧翼区相应序列的相似性为98.7%,并且含有多个MEF2,E-box等对肌肉表达起调控作用的顺式元件以及在转录中起重要作用的TATA-box.将该启动子片段与绿色荧光蛋白基因(AcGFP)重组,构建肌动蛋白特异性表达载体.采用显微注射法,将线性化表达载体注入斑马鱼受精卵中,获得转绿色荧光蛋白基因斑马鱼,平均表达率最高为16.5%.并初步确定400 ng/μl为外源基因(acta1-AcGFP)的最佳注射浓度.通过观察发现,AcGFP基因主要在骨骼肌中表达,且表达量随仔鱼肌肉的发育呈增长趋势.证明了分离得到的α-actin1启动子所在区域片段具有有效的驱动功能,为进一步开展转基因观赏鱼的研究与开发提供了依据.