尿样在SELDI技术中的优化研究

目的：建立表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱（SELDI．TOF／MS）技术检测尿液样本的方法。方法：采用SELDI技术及弱阳离子交换表面蛋白芯片（CM10）对糖尿病病例组和正常对照组的尿液样本进行分析,从尿液标本的采集、样品保存、上样浓度的控制、实验仪器的内外校准、实验结果重复性验证与分析等方面进行实验条件的优化。结果：反复冻融3次以上的样品经SELDI检测的出峰数量和峰强度情况较差;以1：1或1：2的浓度作倍比稀释后的样本经芯片检测得到的蛋白峰强度和蛋白数量最优;对两组样本重复检测3次,蛋白丰度的平均变异系数（CV值）分别为0．121和0．095;两组样本共检测到202个蛋白峰,其中差异表达蛋白29个,在肝纤维化组中表达上调13个,表达下调16个。结论：初步建立了SELDI技术检测尿液样本的方法,提高了SELDI技术检测尿液样本的质量。     

以SELDI芯片进行细胞标本蛋白分析的方法学研究

目的:探讨以SELDI芯片技术进行细胞标本蛋白分析的最适方法及条件,筛选细胞标本蛋白表达差异。方法:对细胞标本分别用超声裂解法,U9细胞裂解缓冲液配方和自配细胞裂解液提取蛋白,以BCA法测定蛋白浓度;分别以磁珠活化后点样和生物芯片处理器点样使蛋白样品与芯片结合;并对提取蛋白进行检测,比较不同蛋白浓度梯度点样及WCX2,SAX2,IMAC-Cu,H50芯片捕获蛋白差异,用WCX2芯片筛选蛋白差异表达。结果:相同培养条件细胞以上述三种不同蛋白提取方法获得的蛋白浓度分别为:0.25±0.034μg/μl,0.6±0.06μg/μl,1.02±0.077μg/μl;生物芯片处理器点样法操作简单,要求样本量较少,点样时间短;SELDI芯片蛋白质峰图谱与蛋白浓度呈较好的正相关;WCX2,SAX2,H50,IMAC-Cu芯片捕获的蛋白质种类有较大区别;在分子量1000～300000Da范围内,以WCX2芯片共检测到87个差异蛋白峰,其中17个呈趋势变化。结论:上述三种方法比较,选用自配的细胞裂解液提取蛋白的浓度较高且更适于芯片研究;生物芯片处理器能较好地使蛋白与芯片结合;SELDI芯片能准确定位蛋白,且其蛋白质峰与被测蛋白浓度呈正相关变化;SELDI各芯片捕获蛋白类型不同,选择适宜芯片或联合运用芯片检测更易获得较理想蛋白差异表达结果。     

分枝杆菌特征性蛋白的筛选

目的研究分枝杆菌蛋白表达,筛选分枝杆菌特征性蛋白,为分枝杆菌的快速鉴定奠定基础。方法选取分枝杆菌标准菌株,提取细菌蛋白,干化学法测蛋白浓度,应用表面增强激光解吸电离飞行时间质谱技术（SELDI-TOF-Ms）检测分枝杆菌蛋白表达,和非分枝杆菌蛋白指纹图谱比较,筛选分枝杆菌特征性蛋白。重复测定20次分枝杆菌蛋白标本,评价SELDI检测分枝杆菌蛋白分子量的重复性。结果耻垢分枝杆菌ATCC 14468有约20个蛋白峰,结核分枝杆菌ATCC 25177、土地分枝杆菌ATCC 15755、胞内分枝杆菌ATCC 13950、耻垢分枝杆菌ATCC 607有近40个蛋白峰。与非分枝杆菌蛋白指纹图谱相比,4个蛋白峰为分枝杆菌所特有。SELDI重复检测20次分枝杆菌蛋白标本显示同一蛋白峰的分子量变异系数≤0．05％。结论分枝杆菌有其特征性蛋白峰,可能有助于分枝杆菌的快速鉴定。     

危重病人预警蛋白质组指纹与肿瘤患者生存关系的报告

目的:探讨危重病人预警蛋白质(lost goodwill target,LGT)多肽谱指纹的峰型和丰度对判断肿瘤患者病情发展及预后的意义.方法:对接受SELDI(Surface enhanced laser desorption/ionization-time of flight-mass spectrometer)技术检测的178名患者生存期与死亡时间进行调查,并根据SELDI检测所获得的指纹图中,以LGT指纹存在与否,分成无峰组、单峰组、双峰组、三峰和多峰组.采用多因素方差分析和COX风险回归模型分析的方法,比较四组中哪一种状态下死亡风险最大.结果:恶性肿瘤患者经SELDI技术检测所获取的指纹图中,如果LGT呈阴性表达,死亡风险低于单、双峰组,远低于三峰和多峰组;LGT呈三峰和多峰表达,其死亡风险远高于单、双峰组,差异有统计学意义(P<0.05),死亡率极高.结论:采用SELDI技术检测肿瘤患者的血清,LGT出现三峰和多峰表达,提示肿瘤患者病情即将恶化,该指纹标识为LGT阳性指标;单、双峰者为疑似指标;LGT指纹阴性表达,肿瘤患者近期预后良好,死亡风险极小.     

大肠埃希菌蛋白指纹图谱的建立

目的建立大肠埃希菌（Escherichia coli,E．coli）蛋白指纹图谱,为Ecoli感染快速诊断奠定基础。方法收集临床分离E.coli88株,提取细菌DNA,PCR检测Ecoli 16S rRNA。蛋白提取液提取细菌蛋白,干化学法测蛋白浓度,应用表面增强激光解析电离飞行时间质谱技术（SELDI-TOF-MS）检测Ecoli蛋白,采用Ciphergen Pro-teinchip软件自动采集数据。重复测定20次Ecoli混合标本,评价SELDI检测Ecoli蛋白分子量的重复性。结果E．coil标准菌株ATCC 25922和临床分离株均可检出16S rRNA。AU芯片能捕获近30个E．coli蛋白峰,其中19个蛋白峰构成E．coli特征性蛋白指纹图谱,各蛋白峰在临床分离E．coli间分子量变异系数≤0．2％。SELDI重复检测20次E．coli混合标本显示同一蛋白峰的分子量变异系数≤0．05％。结论E．coli在分子量3～20kD范围内具有特征性蛋白指纹图谱,为快速诊断E.coli感染提供了新思路。     

表面增强激光解吸离子化技术稳定性的分析

目的:表面增强激光解吸离子化(surface enhanced laser desorption/ionization,SELDI)技术的重复性和稳定性进行分析.方法:将17名患者分成A、B两组,A组12名肿瘤患者清晨空腹血,离心后分成两份:一份立即行SELDI技术检测,另一份-80℃保存一周后再行检测;B组5名肿瘤患者连续两天各采血一次,并于采血当天行SELDI技术检测.所捕获的指纹经Biomarker Wiz-ard3.1、ProteinChip 3.2和Biomarker Pattern软件分析有无差异指纹.结果:两种采样方法都发现了差异指纹,其中有部分差异指纹在两种采样方法的检测中都出现,所有差异指纹M/Z(质荷比)由731到1167.结论:SELDI技术的确存在有重复性差、系统不稳定因素,但都发生在M/Z小分子量位段,对大位段数据分析未发现有明显影响.     

基于表面增强拉曼光谱的冠心病前瞻性诊断方法研究

前期研究表明血小板衍生生长因子-BB(platelet-derived growth factor-BB,PDGF-BB)与冠心病关系密切,本文基于表面增强拉曼光谱(surface-enhanced Raman spectroscopy,SERS)方法,结合PDGF-BB拉曼频移为1 509 cm~(-1)的拉曼特征峰,对60例冠心病患者,其中包括20例行皮冠状动脉介入治疗术(percutaneous coronary intervention,PCI)病人与40例未行PCI病人的尿液样本以及18例健康人尿液样本进行分析。结果显示:行PCI病人的尿液样本SERS光谱中可以检测到1 509 cm~(-1)的拉曼特征峰;而在健康人与大多数未行PCI病人的尿液SERS光谱中则检测不到。与临床资料对比发现,尿液SERS光谱与冠状动脉造影技术在判断心血管堵塞程度是否达到70%以上吻合度较高。基于表面增强拉曼光谱的冠心病检测方法有望发展为一种无创的冠心病前瞻性诊断工具,对于冠心病疑似病例是否需要行PCI提供可靠的临床诊断依据。     

寨卡病毒感染者血液、尿液和唾液中IgA抗体水平初步研究

为研究寨卡病毒(ZIKV)感染者血清、尿液和唾液样本中特异性IgA抗体水平,进一步了解ZIKV感染免疫机制,本研究重组表达制备寨卡病毒NS1蛋白,对其浓度、纯度进行鉴定,初步评估了NS1蛋白抗原性,并建立间接酶联免疫(Indirect-ELISA)方法,检测患者临床血清、尿液和唾液样本中的寨卡特异性IgA抗体。利用健康人群血清、尿液和唾液标本,评估检测方法的特异性,并确定以阴性对照的均值加3倍标准差作为判定检测结果的阈值,特异性为100%。对经病毒核酸检测所确诊病例的33份血清样本、4份尿液样本和3份唾液样本进行检测。选择3份具有较高IgA抗体水平的血清,通过2倍系列稀释的方法评价了血清样本中特异性IgA抗体的滴度,可有效检出经3 200倍以上稀释的血清样本中的IgA抗体。重复性检测实验显示板间变异系数为(3.0±0.8)%,板内变异系数为(2.7±1.0)%。寨卡患者血清、尿液和唾液样本中的特异性IgA抗体的检出率分别为75.8%(25/33)、100%(4/4)和33.3%(1/3),提示IgA抗体在3种体液标本中均具有显著的存在,具有充当体外诊断指标的意义。同时尿液、唾液标本中特异性IgA抗体的存在,提示潜在的粘膜免疫效应,有助于增强对病毒体内播散和体外传播的理解,也初步提示了寨卡病毒NS1蛋白可用于相关免疫学诊断试剂的研发。     

地龙蛋白对人增生性瘢痕细胞增殖抑制作用机制研究

目的:研究地龙蛋白对人增生性瘢痕细胞增殖抑制作用机制。方法:培养人增生性瘢痕成纤维细胞(HSF),将传代好的HSF细胞分为四组,分别加入地龙样品浓度为0 mg/m L(对照组)、0.3125 mg/m L(低剂量组)、0.625 mg/m L(中剂量组)、1.25 mg/m L(高剂量组)。应用MTS法检测细胞活力,流式细胞仪检测细胞凋亡率,RT-PCR法和Western-blot法测定Cyclin D1、Caspase-3、TGF-β1的表达,Western-blot法测定Bcl-2、Mcl-2的表达。结果:地龙蛋白对HSF细胞的增殖活力有抑制作用。浓度0.625mg/m L、1.25 mg/m L样品组作用细胞48 h后凋亡率为分别为31.5%和69.2%,(P0.01);RT-PCR显示,浓度0.625 mg/m L、1.25mg/m L样品组能够增加Caspase-3的基因表达,降低Cyclin D1的基因表达,降低TGF-β1的基因表达,(P0.01);浓度0.3125mg/m L样品组与空白对照组比较有显著性差异(P0.05)。W-B方法显示,各样品组能够增加Caspase-3的蛋白表达量,降低Cyclin D 1的蛋白表达量,降低TGF-β1的蛋白表达量,(P0.01);浓度0.625 mg/m L、1.25 mg/m L样品组能够降低Bcl-2蛋白表达量,(P0.01);浓度0.3125 mg/m L样品组Bcl-2的蛋白表达量与空白对照组比较有显著性差异(P0.05)。结论:地龙蛋白诱导细胞死亡,作用机制与下调Cyclin D1的基因和蛋白表达,上调Caspase-3的基因和蛋白表达,下调TGF-β1的基因和蛋白表达,下调Bcl-2蛋白表达量有关。     

杏仁核SIRT1对慢性束缚应激大鼠抑郁样行为的影响

目的:观察杏仁核沉默信息调节因子1(SIRT1)蛋白对慢性束缚应激(CRS)大鼠抑郁样行为的影响。方法:60只SD雄性大鼠随机分为6组(n=10):正常对照组(Control)、慢性束缚应激组(CRS)、CRS+氟西汀(FLU)组(CRS+FLU)、CRS+生理盐水组(CRS+NaCl)、CRS+SIRT1过表达组(CRS+AAV-SIRT1)和CRS+空载体组(CRS+AAV-EGFP)。除了正常对照组,其余各组均接受慢性束缚应激造模21 d。造模结束后,氟西汀组和生理盐水组大鼠每天分别灌胃给予氟西汀(10 mg/kg)或生理盐水(10 mg/kg),持续3周;SIRT1过表达组和空载体组大鼠分别脑立体定位,注射腺相关病毒AAV-SIRT1或AAV-EGFP于杏仁核,待病毒表达3周;正常组和抑郁症组大鼠则不给予任何药物。应用糖水偏好实验(SPT)、旷场实验(OFT)和强迫游泳实验(FST)检测各组大鼠的抑郁样行为学变化;蛋白免疫印迹实验检测大鼠杏仁核中SIRT1蛋白的表达;免疫荧光技术检测大鼠杏仁核中SIRT1阳性细胞数量。结果:与正常对照组相比,CRS抑郁大鼠杏仁核中SIRT1蛋白...     

Recent advances in the study of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus replication and pathogenesis

It has now been over twenty years since a novel herpesviral genome was identified in Kaposi's sarcoma biopsies. Since then, the cumulative research effort by molecular biologists, virologists, clinicians, and epidemiologists alike has led to the extensive characterization of this tumor virus, Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus(KSHV; also known as human herpesvirus 8(HHV-8)), and its associated diseases. Here we review the current knowledge of KSHV biology and pathogenesis, with a particular emphasis on new and exciting advances in the field of epigenetics. We also discuss the development and practicality of various cell culture and animal model systems to study KSHV replication and pathogenesis.     

The structure, reproduction and taxonomy of Vidalia and Osmundaria (Rhodophyta, Rhodomelaceae)

Comprises species occurring mostly in subtidal habitats in tropical, subtropical and warm-temperate areas of the world. An analysis of the type species, V. spiralis (Sonder) Lamouroux ex J. Agardh, a species from Australia, establishes basic characters for distinguishing species in the genus. These characters are (1) branching patterns of thalli, (2) flat blades that may be spiralled on their axis, (3) width of the blade, (4) primary or secondary derivation of sterile and fertile branchlets and (5) position of sterile and fertile branchlets on the thalli. Application of the latter two characters provides an important basic method for separation of species into three major groups. Osmundaria , a genus known only in southern Australia, was studied in relation to Vidalia , and its separation from the Vidalia assemblage is not accepted. Species of Vidalia therefore are transferred to the older genus name, Osmundaria. Two new species, Osmundaria papenfussii and Osmundaria oliveae are described from Natal. Confusion in the usage of the epithet, Vidalia fimbriala Brown ex Turner has been clarified, and Vidalia gregaria Falkenberg, described as an epiphyte on Osmundaria pro/ifera Lamouroux, is revealed to be young branches of the host, Osmundaria prolifera.     

New or rare chromosome counts in Artemisia L. (Asteraceae, Anthemideae) and related genera from Kazakhstan

Fifteen chromosome counts of six Artemisia taxa and one species of each of the genera Brachanthemum, Hippolytia, Kaschgaria, Lepidolopsis and Turaniphytum are reported from Kazakhstan. Three of them are new reports, two are not consistent with previous counts and the remainder are confirmations of very scarce (one to four) earlier records. All the populations studied have the same basic chromosome number, x = 9, with ploidy levels ranging from 2x to 6x. Some correlations between ploidy level, morphological characters and distribution are noted.     

肝癌中HBV和HCV基因和抗原的分布及意义

采用原位分子杂交方法检测HCV RNA及HBV X基因;采用免疫组织化学方法研究HCV核心抗原,非结构区C33c抗原及HBxAg在肝细胞肝癌中的定位及分布.结果表明(1)HCV RNA、HBV X基因在肝细胞肝癌组织检出率分别为40%(55/136)和82%(112/136).HCV RNA定位于癌细胞的胞浆内,阳性细胞呈散在、灶状及弥漫分布三种形式;HBV X基因在肝癌细胞中的分布呈胞浆型、核型及核浆型,阳性细胞也呈上述三种分布形式;(2)HCV C33c抗原、核心抗原在肝细胞肝癌中的阳性率为81%(133/164)及86%(141/164).C33c抗原定位于癌细胞及肝细胞的胞浆内;核心抗原既定位于癌细胞核中,又可定位于胞浆中.C33c抗原阳性细胞以灶状分布为主;而核心抗原阳性细     

Selection with two alleles and complete dominance

For a plant selection model with frequency-independent viabilities, fertilities and selfing rates, it is shown that apart from global fixation, for certain parameter combinations a protected polymorphism and facultative fixation (either allele may become fixed according to initial frequencies) may both occur. Facultative fixation requires different selling rates for the dominant and recessive type. Protection of the polymorphism requires resource allocation for male and female function. In this connection the problem of purely genetically caused population extinction is discussed.
For general frequency dependence and regular segregation, the chances for establishment of a completely recessive gene are compared to those of a completely dominant gene. It is proven that the process of establishment of the recessive gene, despite a fitness advantage, may be considerably endangered by drift effects if random mating prevails. The recessive gene may reach the same effectivity in establishment as a dominant gene, only if the recessive homozygote mates exclusively with its own type during the period of establishment.