一种从人血凝块中提取基因组DNA的方法

介绍了一种新的从人血凝块中提取基因组DNA的方法,用该方法提取的DNA成功地应用于PCR和限制性酶切等后续实验中。基本过程为首先机械粉碎,然后高盐高EDTA溶液处理,含蛋白酶K和SDS的消化液变换温度消化,苯酚氯仿抽提。     

用PCR扩增和克隆鸡传染性贫血病毒全基因组DNA

根据已发表的序列,分别在鸡贫血病毒（ＣＡＶ）环形基因组ＤＮＡ（全长２．３ｋｂ）的ＥｃｏＲＩ位点和ＢａｍＨＩ位点的两侧选择适当序列合成两对引物,用ＰＣＲ技术,从斑点杂交检测到病毒核酸的ＣＡＶ感染的ＭＤＣＣＲＰ１细胞基因组ＤＮＡ中,分别扩增出包含ＥｃｏＲＩ和ＢａｍＨＩ分割开的病毒基因组两部分（１．５ｋｂ和０．８ｋｂ）约１．５ｋｂ和约１．２５ｋｂ的两个片段。再将其中相应序列拼接克隆进ｐＵＣ１８载体,获得包含ＣＡＶ全基因组序列ＤＮＡ片段的克隆质粒ｐＣＡＶ２．４。酶切分析表明,该质粒具有预期的ＢａｍＨＩ位点、ＰｓｔＩ位点、ＨｉｎｄⅢ位点,而预期的ＥｃｏＲＩ位点消失。重组质粒插入ＤＮＡ片段的两端序列分析表明,质粒ｐＣＡＶ２．４是包含ＣＡＶ全基因组序列的重组质粒,插入ＤＮＡ片段序列中的ＥｃｏＲＩ位点序列发生了一个碱基突变。     

用PCR扩增和克隆鸡传染性贫血病毒全基因组DNA

根据已发表的序列,分别在鸡贫血病毒(CAV)环形基因组DNA(全长2.3kb)的EcoRI位点和BamHI位点的两侧选择适当序列合成两对引物,用PCR技术,从斑点杂交检测到病毒核酸的CAV感染的MDCC-RP1细胞基因组DNA中,分别扩增出包含EcoRI和BamHI分割开的病毒基因组两部分(1.5kb和0.8kb)约1.5kb和约1.25kb的两个片段.再将其中相应序列拼接克隆进pUC18载体,获得包含CAV全基因组序列DNA片段的克隆质粒pCAV2.4.酶切分析表明,该质粒具有预期的BamHI位点、PstI位点、HindⅢ位点,而预期的EcoRI位点消失.重组质粒插入DNA片段的两端序列分析表明,质粒pCAV2.4是包含CAV全基因组序列的重组质粒,插入DNA片段序列中的EcoRI位点序列发生了一个碱基突变.     

野生山梨基因组DNA提取方法和部位比较

以野生山梨(Pyrus ussuriensis Maxim)嫩叶、一年生枝韧皮部和成熟叶片为材料,分别用CTAB,改良CTAB+高盐+5%PVP和试剂盒3种方法提取基因组DNA,通过测OD值、DNA琼脂糖凝胶电泳和SSR引物扩增检验.结果表明:韧皮部和嫩叶是最理想的提取DNA材料,改良CTAB法是比较理想的方法,试剂盒是提取DNA最简便快捷的有效方法.     

细菌基因组DNA提取方法概述

细菌基因组DNA提取是分子生物学研究的基础,DNA提取的质量和效率可直接影响后续实验结果的准确性和精确性。综述并比较了近10年细菌DNA提取的几种方法,分析不同方法的提取效率,以期为分子生物学研究提供更可靠的基础。     

一种通用的基因组DNA提取方法

目的:探讨一种通厢的基因组DNA提取方法.方法:采用改良的膜法分别从动植物组织、外周血、细菌、细胞等标本提取基因组DNA,DNA样品经紫外吸收、琼脂糖凝胶电泳、PCR扩增和酶切进行榆测.结果:该方法提取的基因组DNA纯度较高,电泳条带清晰,DNA质量能满足下游分子生物学研究的需要.结论:该方法简便快速、适用范围广,是提取基因组DNA的一种有效方法.     

木棉基因组DNA提取方法的比较研究

木棉组织细胞含有多酚类、糖类、萜类化合物和其他次生代谢物质,很难得到高质量的基因组DNA。为了获得高质量的木棉基因组DNA,本实验以两个不同地方采集的木棉成熟叶片为材料,采用CTAB法、SDS法、普通试剂盒、磁珠法试剂盒以及对以上4种方法进行改良后的4种方法,提取总的木棉DNA。通过微量紫外-分光光度计、琼脂糖电泳对所提取DNA的纯度、得率,毒害及耗时等方面进行了比较。结果表明:经改良后提取的DNA质量都有所提高,且改良的磁珠法试剂盒效果最佳,可直接用于下游分子生物学实验。     

木棉基因组DNA提取方法的比较研究

木棉组织细胞含有多酚类、糖类、萜类化合物和其他次生代谢物质,很难得到高质量的基因组DNA。为了获得高质量的木棉基因组DNA,本实验以两个不同地方采集的木棉成熟叶片为材料,采用CTAB法、SDS法、普通试剂盒、磁珠法试剂盒以及对以上4种方法进行改良后的4种方法,提取总的木棉DNA。通过微量紫外-分光光度计、琼脂糖电泳对所提取DNA的纯度、得率,毒害及耗时等方面进行了比较。结果表明:经改良后提取的DNA质量都有所提高,且改良的磁珠法试剂盒效果最佳,可直接用于下游分子生物学实验。     

杨梅基因组DNA提取方法筛选和优化研究

选择具有代表性的杨梅品种20份,分别采用CTAB法和SDS法,选取嫩叶进行基因组DNA提取比较研究,结果表明,由于叶片中含有较高的酚类物质,相对来说CTAB法优于SDS法,提取的基因组DNA色泽白亮且数量多,而且同一提取方法如CTAB法,不同品种之间提取得率也有较大差异。在CTAB法的基础上,选取两个品种研究水浴时间对DNA提取的影响,发现DNA得率随水浴时间的延长呈现抛物线态势,最佳水浴时间随样品颗粒的大小而变化,一般最佳时间为30～40min,样品颗粒较细时水浴时间以30min为最佳,较粗时则为40min。添加异丙醇量以2/3为好,析出DNA的最佳离心速度和时间分别为5 000r/min和10～15min。     

仿刺参基因组DNA提取方法改进

开发了利用仿刺参管足活体取样提取基因组DNA的方法。按照传统方法提取仿刺参基因组DNA需要杀死实验对象并剖取体腔内纵肌(通常100mg)作为实验材料,并且实验过程中常常因为仿刺参的生物学性状而影响最终实验效果。以仿刺参在生活状态下拔取少量管足(10～20mg即可)作为取样源,在保持仿刺参的生活力不受影响的同时提高了取样效率。对仿刺参基因组DNA的提取方法进行了改进优化,并在常规海洋动物基因组DNA提取方法的基础上增加了部分操作步骤。与常规的基因组DNA提取方法相比,改进后的方法获取的基因组DNA完全符合后续实验要求。而且可随时根据即时效果(中间检测)和后续实验要求调整实验步骤,更增加了实验的可操作性。     

A Suite of Microsatellite Markers Optimized for Amplification of DNA From Addax (Addax nasomaculatus) Blood Preserved on FTA Cards

The addax (Addax nasomaculatus) is a critically endangered antelope that is currently maintained in zoos through regional, conservation breeding programs. As for many captive species, incomplete pedigree data currently impedes the ability of addax breeding programs to confidently manage the genetics of captive populations and to select appropriate animals for reintroduction. Molecular markers are often used to improve pedigree resolution, thereby improving the long‐term effectiveness of genetic management. When developing a suite of molecular markers, it is important to consider the source of DNA, as the utility of markers may vary across DNA sources. In this study, we optimized a suite of microsatellite markers for use in genotyping captive addax blood samples collected on FTA cards. We amplified 66 microsatellite loci previously described in other Artiodactyls. Sixteen markers amplified a single product in addax, but only 5 of these were found to be polymorphic in a sample of 37 addax sampled from a captive herd at Fossil Rim Wildlife Center in the US. The suite of microsatellite markers developed in this study provides a new tool for the genetic management of captive addax, and demonstrates that FTA cards can be a useful means of sample storage, provided appropriate loci are used in downstream analyses. Zoo Biol 31:98;–106, 2012. © 2011 Wiley Periodicals, Inc.     

Detection of Salmonella sp. in Dermanyssus gallinae using an FTA filter-based polymerase chain reaction

Salmonella spp. bacteria are responsible for some of the most important zoonoses worldwide. Because Dermanyssus gallinae (DeGeer) (Acari: Dermanyssidae) has been recently reported to be an experimental vector of Salmonella Enteritidis, it would be of benefit to evaluate the presence of this bacterium in mites. A molecular detection tool associating a simple filter-based DNA preparation with a specific 16S rDNA Salmonella sp. polymerase chain reaction (PCR) amplification was described. The limit of detection with this method was 2 x 10(4) bacteria per mite. To adapt this technique for large-scale studies, two sizes of mite pools were tested and a preliminary investigation was carried out on mites from 16 currently or previously contaminated farms. Mites sampled from one farm of each type were positive for Salmonella, suggesting that Dermanyssus could act as a reservoir between flocks. In further investigations, it will be necessary to carry out a large-scale study to assess the role of D. gallinae in the epidemiology of avian salmonellosis.     

FTA-DNA直接提取法在病原真菌分子鉴定中的应用

目的建立并评价FTA-DNA直接提取法在病原真菌分子鉴定中的应用。方法采用whatman FTA-DNA直接提取法从25个不同种属的45株培养的菌株和6例临床标本中提取病原真菌DNA,用于病原真菌的测序鉴定。配制不同浓度的孢子悬液探索该方法的检测限和安全性。结果 45株菌株扩增后均能得到1条清晰的DNA扩增片段,并成功测序。应用该方法亦成功从腹水、胸水、口腔拭子、宫颈拭子来源的临床标本中直接提取DNA并成功鉴定病原真菌。该DNA提取方法联合降落PCR能检测到1.0×103个cell/mL的孢子悬液,1.0×104个cell/mL及以下浓度的孢子悬液可以被FTA卡完全灭活。结论 FTA-DNA直接提取法可快速有效地从培养的菌株及部分临床标本中提取并保存病原真菌DNA,用于病原真菌的测序鉴定。     

固相滤纸法测定鼠肝糖原合成酶的活性

探求简捷有效的测定鼠肝糖原合成酶活性的方法. 固相滤纸法测定该酶活性,并与文献报告的漂洗法进行比较,且用此方法观察糖尿病鼠肝糖原合成酶的活性. 两种方法所测得放射性计数无明显差异;糖尿病鼠肝糖原合成酶的活性明显降低. 固相滤纸法是一种较简捷,方便,不易污染的测定糖原合成酶的方法.     

Chelex-100法及酚氯仿法提取阴道毛滴虫DNA的比较

目的-比较Chelex-100法和酚氯仿法提取阴道毛滴虫基因组DNA。方法-分别用Chelex-100法和酚氯仿法提取阴道毛滴虫基因组DNA,用PCR法检测DNA提取的有效性。结果两种方法提取的DNA经PCR扩增均有特定的条带。结论-两种方法均能提取阴道毛滴虫DNA。Chelex-100方法简便、省时,较适用于分子生物学研究及临床PCR扩增使用。     

Chelex-100快速提取放线菌DNA作为PCR扩增模板

旨在建立有效扩增16S rRNA基因序列的放线菌DNA快速提取的方法。采用Chelex-100法提取放线菌DNA,使用PCR扩增16S rRNA基因序列评价提取核酸的质量。结果显示,Chelex-100法能够在10 min之内从放线菌中快速提取DNA,所提取的DNA可以直接用于PCR扩增反应,PCR扩增产物电泳条带清晰,符合理论预期结果。因此,Chelex-100法提取放线菌DNA可以作为16S rRNA基因序列PCR扩增的模板,该方法具有经济、简便、快速的特点,适合于放线菌菌株大规模地筛选和分类鉴定。     

一种保藏小单孢菌的简便方法─滤纸保藏法

用滤纸法保藏７２株小单孢菌在冰箱１０℃无干燥条件下,保藏７年５个月后检查其存活率、抗菌活力,观察其形态特征、培养特征和生化特征。结果表明,所保藏的菌种全部存活,且抗菌活力、生理特征等保持原有菌株的特征水平。我们认为,用滤纸法保藏小单孢菌效果好,方法简便,适用于在临床上、工业生产上和科研中有实用价值的庆大霉素、小诺霉素、西梭霉素、小单孢菌的保藏。     

一种保藏小单孢菌的简便方法─滤纸保藏法

用滤纸法保藏７２株小单孢菌在冰箱１０℃无干燥条件下,保藏７年５个月后检查其存活率、抗菌活力,观察其形态特征、培养特征和生化特征。结果表明,所保藏的菌种全部存活,且抗菌活力、生理特征等保持原有菌株的特征水平。我们认为,用滤纸法保藏小单孢菌效果好,方法简便,适用于在临床上、工业生产上和科研中有实用价值的庆大霉素、小诺霉素、西梭霉素、小单孢菌的保藏。     

碱裂解法提取质粒DNA的研究

对质粒DNA及其结构、形态和功能进行了综述 ,介绍了碱裂解法提取质粒DNA的基本步骤 ,并对其提取过程中的注意事项进行了剖析 ,分析比较了不同提取方法的优点     

三种提取柱状黄杆菌基因组DNA方法的比较

采用酚氯仿抽提法、CTAB法和SDS-蛋白酶K法分别对鱼类病原菌柱状黄杆菌提取基因组DNA。使用超微量紫外分光光度计和琼脂糖凝胶电泳检测所提取的基因组DNA的产量和质量,并用PCR扩增对DNA进行了评价。结果显示,3种方法均可提取到柱状黄杆菌的基因组DNA,并能有效扩增细菌16S rDNA序列,但CTAB法提取的DNA产量和质量最高,CTAB法可以作为柱状黄杆菌DNA提取以开展分子生物学研究的首选方法。