适于转基因油菜RT73品系特异性检测的标准分子构建及其适用性鉴定

针对目前转基因产品检测标准物质缺乏的难题,构建适于转基因油菜RT73品系特异性检测的标准分子pEASY-RT73.其包含转基因油菜RT73品系3'端侧翼序列,油菜内标准基因HMG和PEP片段.对其在定性和定量检测中的适用性进行了实验室内部验证,结果表明,标准分子pEASY-RT173高度特异于转基因油菜RT73品系.以标准分子为标准品的普通PCR扩增中,3个目标片段的检测下限(LOD)均为10拷贝.实时荧光PCR检测的LOD均为25拷贝,定量下限(LOQ)均为50拷贝.以标准分子为标准品构建的标准曲线反应效率介于0.96-1.02间,相关系数均大于0.999.分别以PEP和HMG为内标准基因对5个盲样的测试结果显示,测量值与设定值间偏差(Bias)介于-14.13%-14.29%间,SD小于0.20,RSD小于18.0%.因此,标准分子pEASY-RT73可很好地替代植物来源阳性标准品用于转基因油菜Rt73及其来源产品品系特异性检测.     

用于筛查转基因作物成分的质粒标准分子的研制

为弥补传统标准物质的缺乏,构建了一种可用于筛查转基因作物成分的质粒标准分子。首先,通过PCR扩增获得454 bp的RBCL基因、236 bp的CaMV35S启动子以及200 bp的NOS终止子目的片段,经两次重叠延伸PCR扩增将上述3个片段连接成849 bp的重组子。随后,将该重组子克隆至pMD18-T载体,经PCR扩增、测序分析后成功获得阳性重组质粒pMD-RBCL-CaMV35S-NOS。进一步的替代性研究显示,该重组质粒DNA与标准物质基因组DNA的检测分析结果一致。因此,该重组质粒标准分子可作为阳性标准物质用于转基因作物成分的初步筛查检测。     

转基因大豆、玉米、油菜和水稻品系特异性检测质粒标准分子的快速构建及应用

本文采用重叠延伸PCR技术快速构建了转基因大豆GTS40-3-2、玉米NK603、油菜RT73和水稻TT51-1的4种品系作物的质粒标准分子.经快速PCR鉴定及测序分析验证后,将构建的阳性质粒标准分子应用于实时荧光定量PCR标准曲线的构建,并建立其相应的荧光定量PCR检测体系,同时对该体系的扩增效率、精确度、灵敏度等指标进行了评估. 结果显示,建立的实时荧光定量PCR检测体系中,目标序列的扩增效率均在97.434%~101.479%正常范围内（R2≥0.995）,定量极限为20 copies,表明我们已成功构建了这4种转基因作物的品系质粒标准分子,并能有效应用于实时荧光定量PCR标准曲线的构建.     

适于转基因水稻RJ5检测的质粒DNA标准物质的研制

标准物质对于实时荧光定量PCR进行转基因作物及其产品的定量分析尤为重要,但我国转基因生物的标准物质研制还处于初级阶段,因此研制新型的标准物质对解决转基因标准物质匮乏有着重要的意义。本研究针对转基因水稻RJ5构建了质粒标准分子pRJ5,并对其进行定量适应性鉴定、均匀性测试、稳定性考察,并利用数字PCR方法测定其量值。结果表明,以质粒分子pRJ5为标准物质构建的标准曲线具有良好的反应效率和线性相关性及良好的重复性和重演性。在定量PCR体系检测极限(LOD)低至5 copies/μL,定量极限(LOQ)约为10 copies/μL。均匀性测试的数据表明,质粒标准分子在管间和管内无明显差异,具有良好的均匀性。稳定性测试的结果表明,该质粒标准分子至少可以稳定地保存半年以上。数字PCR(3D-d PCR)的量值测定准确度良好。实际样品的定量分析偏差范围在1.31%至2.44%,相对标准偏差值在0.98%至10.05%。以上结果说明了质粒标准分子pRJ5适合作为标准物质对转基因水稻RJ5进行定量检测。     

转基因水稻“科丰6号”实时荧光PCR定性定量检测方法研究

旨在建立转基因水稻"科丰6号"外源基因和边界序列的实时荧光PCR检测方法,为科丰6号定性定量检测提供技术支持。根据外源基因和边界序列信息,设计实时荧光PCR探针引物,优化体系,对不同转基因产品和不同转基因含量的"科丰6号"水稻进行检测。结果显示,所设计的引物探针具有很好的特异性,与其他转基因水稻品系、转基因玉米、转基因棉花、转基因番茄和非转基因水稻均无非特异性反应,对转基因水稻"科丰6号"的检测灵敏度达到0.01%。建立的科丰6号实时荧光PCR检测方法重复性好、灵敏度高,能够达到目前国际上转基因产品定量检测的标准,为该水稻品系的定性定量检测提供技术支持。     

EvaGreen实时荧光定量PCR检测猪圆环病毒2型方法的建立

根据GenBank中的猪圆环病毒2型(PCV2)ORF4基因序列设计一对特异性引物,通过常规PCR扩增PCV2的ORF4基因,并将其纯化的PCR产物克隆入pMD18-T载体中,构建重组质粒。应用该重组质粒进行EvaGreen实时荧光定量PCR,建立了PCV2 DNA的标准曲线,并进行熔解曲线分析。结果显示:建立的EvaGreen实时荧光定量PCR特异性强,与其他非靶标病毒基因不发生交叉反应;灵敏度高,最高可检测到10拷贝/μL的病毒量;重复性好,3个浓度的批间和批内的变异系数均小于2.5%;对118份临床样品进行检测,阳性样品25份,阳性率为21.2%,检测结果与普通PCR相符率为99.2%,其中一份样品经荧光PCR检测为PCV2阳性,普通PCR检测为阴性。结果表明,建立的EvaGreen实时荧光定量PCR方法具有特异性强、敏感度高、重复性好、简便快捷等特点,可用于临床PCV2感染的早期诊断以及分子流行病学调查。     

拟除虫菊酯降解酶基因APs实时荧光定量PCR检测方法的建立

本研究建立了一种能够快速、灵敏地检测来源于铜绿假单胞菌GF31中拟除虫菊酯降解酶基因APs的SYBR GreenⅠ相对实时荧光定量PCR方法。通过克隆构建APs目的基因及16S rRNA内参基因重组质粒,分别制备了质粒标准品SgI-pET30a、PA-pET30a、Pep-pET30a以及16S r RNA-p ET30a;绘制标准曲线,建立了实时荧光定量PCR体系。结果显示,在质粒标准品浓度为0.001~10 ng范围内,实时定量PCR标准曲线的线性关系良好,APs和16S r RNA的标准曲线R~20.99,扩增效率=95%~105%;熔解曲线呈单峰,特异性良好;扩增曲线呈S型,CT值在各梯度间均匀变化、重复性好;将建立的相对实时荧光定量PCR方法应用于检测工程菌及野生菌APs基因的m RNA表达水平,2~(-△△Ct)法计算得工程菌SgI、PA及Pep的表达量分别为野生菌的1 898、1 314和956倍。     

人4型腺病毒拷贝数SYBR Green Ⅰ实时定量PCR检测方法的建立

目的:建立检测人4型腺病毒拷贝数的荧光定量PCR方法。方法:提取本实验室构建的4型腺病毒全基因组质粒,以梯度稀释质粒为标准模板,选取人4型腺病毒六邻体区域基因设计一对特异性引物,进行SYBR GreenⅠ荧光定量PCR扩增并制作标准曲线。结果:标准曲线为y=-4.284x+53.468,由全基因组质粒所构建的标准曲线线性关系良好,扩增反应Ct值与拷贝数的对数呈线性关系(R2=0.999 609),检出敏感度可达1×102拷贝/μL,且与其他几种腺病毒无交叉反应。用该方法检测4型腺病毒感染细胞2、12和24 h后的病毒拷贝数,其病毒拷贝数随时间增加,与细胞病变(CPE)变化保持一致,且荧光定量PCR的测量结果稳定(变异系数6%)。结论:建立了检测人4型腺病毒基因拷贝数的荧光定量RT-PCR方法,该方法灵敏度高、特异性强。     

乳酸菌表达CRISPR gRNA载体的构建与鉴定北大核心

[目的]构建并筛选重组gRNA(向导RNA)表达质粒p SJCR-LDH和p SJCR-C9PX,并对gRNA在乳酸菌中的表达进行鉴定。[方法]通过PCR技术扩增复制子SH71、氯霉素抗性基因CM和gRNA表达盒片段。将CM片段分别与gRNA表达盒进行融合,再与SH71复制子进行无缝克隆。通过转化,构建重组质粒p SJCR-LDH和p SJCR-C9PX。应用PCR、RT-PCR、Real-Time PCR对重组质粒进行鉴定,gRNA表达验证及拷贝数检测。[结果]PCR及RT-PCR结果显示获得169 bp大小目的条带,表明获得重组质粒载体且该gRNA表达载体在植物乳杆菌WCFS1株、CGMCC1.557株、乳酸乳球菌MG1363株中均成功表达,绝对荧光定量PCR检测获得LDH-gRNA标准曲线为y=-3.480log X+45.34,扩增效率为93.8%;C9PX-gRNA标准曲线为y=-3.327log X+37.07,扩增效率为99.8%。[结论]为利用CRISPR基因编辑技术在乳酸菌中进行基因操作奠定基础,为乳酸菌载体构建提供方法。     

应用实时荧光PCR技术定性定量检测改良品质的转基因小麦

目的:对转入高分子量谷蛋白亚基的小麦中转基因成分进行实时荧光PCR定性定量检测。方法:针对转基因小麦品系中通用的ubiquitin启动子,NOS终止子以及标记基因bar基因进行定性筛选检测,同时用已知为单拷贝的Wx012基因作为小麦物种内源特异参照基因,用单粒B73转基因小麦提取基因组DNA建立内源基因和外源基因的标准曲线,对转基因小麦样品A进行定量检测,同时优化实时荧光PCR条件反应条件。定量检测结果为5.35%。结果:研究的实时荧光PCR技术对转基因小麦中转基因成分能够快速准确地进行定性定量检测。     

Validation of a cotton-specific gene, Sad1, used as an endogenous reference gene in qualitative and real-time quantitative PCR detection of transgenic cottons

Genetically modified (GM) cotton lines have been approved for commercialization and widely cultivated in many countries, especially in China. As a step towards the development of reliable qualitative and quantitative PCR methods for detecting GM cottons, we report here the validation of the cotton (Gossypium hirsutum) endogenous reference control gene, Sad1, using conventional and real-time (RT)-PCR methods. Both methods were tested on 15 different G. hirsutum cultivars, and identical amplicons were obtained with all of them. No amplicons were observed when DNA samples from three species of genus Gossypium, Arabidopsis thaliana, maize, and soybean and others were used as amplified templates, demonstrating that these two systems are specific for the identification and quantification of G. hirsutum. The results of Southern blot analysis also showed that the Sad1 gene was two copies in these 15 different G. hirsutum cultivars. Furthermore, one multiplex RT-quantitative PCR employing this gene as an endogenous reference gene was designed to quantify the Cry1A(c) gene modified from Bacillus thuringiensis (Bt) in the insect-resistant cottons, such as Mon531 and GK19. The quantification detection limit of the Cry1A(c) and Sad1 genes was as low as 10 pg of genomic DNA. These results indicat that the Sad1 gene can be used as an endogenous reference gene for both qualitative and quantitative PCR detection of GM cottons.     

转基因抗草甘膦油菜的检测方法

目的:建立检测田间转基因抗草甘膦油菜的方法。方法:用CTAB法提取DNA,经PCR分别扩增内参基因BnACCg8,及抗草甘膦外源基因CP4-EPSPS、FMV 35S启动子和E9 3’终止子等4种基因的片段,以琼脂糖凝胶电泳对扩增产物进行分析比对。结果:抗草甘膦油菜中分别扩增出与外源基因FMV 35S启动子、E9 3’终止子和CP4-EPSPS大小一致的片段。结论:该方法能有效地用于转基因抗草甘膦油菜的检测。     

利用根箱法解析转基因抗虫棉花重组DNA在土壤中的分布

利用根箱法对转基因抗虫棉花根部土壤进行分区采集,并采用新建立的土壤中转基因抗虫棉花重组DNA的半定量PCR检测方法对转基因抗虫棉花3个生长时期(播种后40、50和60d)不同根区土壤中内参磷酸果糖激酶(PFK)基因片段、35S-Cry1A构建特异性片段和35S-NPTII构建特异性片段进行分析,探索转基因抗虫棉花重组DNA在土壤中的分布特点。结果表明:播种后第40天、第50天的全部根表、根际及1个非根际土壤样品中检测到磷酸果糖激酶基因片段,第60天的全部土壤样品中检测到磷酸果糖激酶基因片段;第40天、第50天各有2个根表和1个根际土壤样品中检测到35S-Cry1A构建特异性片段,而非根际土壤样品中未检测到35S-Cry1A构建特异性片段,第60天的全部根表、根际及1个非根际土壤样品中检测到35S-Cry1A构建特异性片段,35S-Cry1A构建特异性片段相对量变化与磷酸果糖激酶基因片段基本一致;第40天、第50天和第60天全部根表土壤样品和第60天全部根际土壤样品中检测到35S-NPTII构建特异性片段,而在其他土壤样品中各有2个检测到35S-NPTII构建特异性片段,35S-NPTII构建特异性片段相对量变化与35S-Cry1A构建特异性片段基本一致;35S-Cry1A和35S-NPTII构建特异性片段与内参磷酸果糖激酶基因片段在土壤中的分布特点相似,主要分布在根表和根际土壤中,并随着棉花生长期的推进分布范围逐渐扩大。     

一种简便、快捷的胰蛋白酶抑制剂基因的分离与克隆方法

从 3个豇豆品种幼嫩叶片中分离出核基因组 DNA,参照已知的几种 Bowman-Birk型胰蛋白酶抑制剂基因序列 ,设计合成了 2 7bp,且含有 Bam H I位点的寡核苷酸引物 ,分别以 3种豇豆核基因组 DNA为模板 ,PCR扩增 ,均得到长度约为 3 40 bp的 DNA片段。产物 DNA片段经 DNA序列分析 ,结果表明三者的碱基序列相同 ,与报道的胰蛋白酶抑制剂基因相比 ,同源性为 1 0 0 %和 99.7%。     

抗草甘膦转基因大豆PCR检测及问题探讨

转基因植物的检测具有重要的意义。用抗草甘膦转基因大豆中的外源CaMV35S启动子、CP4 EPSPS和巢式PCR引物,应用PCR方法,从中扩增出预期大小的DNA片段。将扩增产物回收后测序,经同源性分析扩增产物为CaMV35S启动子和CP4 EPSPS的一部分序列。与常规PCR相比,巢式PCR在检测转基因大豆中具有更高的特异性。讨论了PCR检测过程中假阴性和假阳性的原因。     

抗草甘膦转基因大豆PCR的检测

目的:建立快速、有效的鉴别转基因作物与非转基因作物及其产品的检测方法体系。方法:用抗草甘膦转基因大豆中的外源CaMV35S启动子和CP4-EPSPS基因引物,应用PCR方法,从中扩增出预期大小的DNA片段,将扩增产物回收后测序。结果:经同源性分析,扩增产物为CaMV35S启动子和CP4-EPSPS基因的一部分序列。结论:初步建立了转基因大豆的检测方法,同时讨论了PCR检测过程中假阴性和假阳性的原因。     

Organization of the yeast ribosomal RNA gene cluster via cloning and restriction analysis.

The restriction endonuclease EcoR1 cleaves Saccharomyces cerevisiae DNA, which codes for ribosomal RNA (rRNA), into seven fragments, A second restriction endonuclease, HindIII, cleaves the same yeast ribosomal DNA into two fragments. These two restriction enzymes each yield DNA segments that total about 5.9 megadaltons. The "repeat unit" of the yeast genes coding for rRNA is thus about 5.9 megadaltons or about 9000 base pairs long. The two HindIII-cleaved DNA fragments as well as one of the EcoR1-cleaved DNA fragments were purified and amplified by cloning in Escherichia coli. Three of the seven EcoR1-generated DNA fragments could then be ordered by treating the two cloned HindIII DNA fragments with EcoR1. This led the assignment of the two HindIII restriction sites. The various restriction DNA fragments were hybridized directly from the gel utilizing 32P-labeled 5 S, 5.8 S, 18 S, and 25 S rRNA. Identification of the various DNA restriction segments then led to the final ordering of the DNA fragments. The gene coding for the 5 S RNA is adjacent to the gene coding for the 35 S precursor rRNA. These two groups of genes thus occur as a cluster in the following sequence: [5 S-spacer]-[spacer-18 S-5.8 S-25 S-spacer]-[spacer-5 S]. The actual map of the DNA restriction fragments is presented.     

菠菜甜菜碱醛脱氢酶基因在棉花中的过量表达和抗冻耐逆性分析

分离出菠菜甜菜碱醛脱氢酶基因(SoBADH)构建成由CaMV35S驱动的双元植物表达载体pBSB, 农杆菌菌株LBA4404携带该载体转化棉花, 获得转基因棉花植株。65株转基因植株经过PCR筛选、Southern blotting分析证明有45株为成功的转化株, 外源基因已经被整合到棉花的染色体组中, 并以单拷贝插入居多。对部分株系的SoBADH基因的表达进行分析表明均有较高的mRNA和蛋白的表达。经测定这些株系中的甜菜碱脱氢酶活性显著提高, 达到0.66~1.70 nmol/min/mg水平。同时这些转基因株系在盐胁迫下比对照长势强, 株高和地上部分的鲜重显著高于非转基因对照; 在低温胁迫下, 这些转基因株系表现出显著的抗冻性能。结果表明菠菜甜菜碱醛脱氢酶能够在异源植物棉花中过量表达, 并具有较高的酶活性, 转基因棉花可作为抗逆育种的种质材料。     

A pSC101-derived plasmid which shows no sequence homology to other commonly used cloning vectors

We have constructed a plasmid cloning vector, pGB2, which is derived from the Escherichia coli plasmid pSC101. The plasmid, which specifies resistance to spectinomycin and streptomycin, contains unique restriction sites for the enzymes HindIII, PstI, SalI, BamHI, SmaI and EcoRI. pGB2 shows no sequence homology, as detected by DNA-DNA hybridization, to several widely used vectors such as pBR322, pUC8 and phage lambda L47.1. Amongst other applications, DNA fragments can be cloned into the plasmid and then radioactive plasmid DNA can be used as a probe to screen recombinant DNA libraries.     

Ribosomal RNA genes of Saccharomyces cerevisiae. II. Physical map and nucleotide sequence of the 5 S ribosomal RNA gene and adjacent intergenic regions.

A DNA fragment containing the structural gene for the 5 S ribosomal RNA and intergenic regions before and after the 35 S ribosomal RNA precursor gene of Saccharomyces cerevisiae has been amplified in a bacterial plasmid and physically mapped by restriction endonuclease cleavage and hybridization to purified yeast 5 S ribosomal RNA. The nucleotide sequence of the DNA fragments carrying the 5 S ribosomal RNA gene and adjacent regions has been determined. The sequence unambiguously identifies the 5 S ribosomal RNA gene, determines its polarity within the ribosomal DNA repeating unit, and reveals the structure of its promoter and termination regions. Partial DNA sequence of the regions near the beginning and end of the 35 S ribosomal RNA gene has also been determined as a preliminary step in establishing the structure of promoter and termination regions for the 35 S ribosomal RNA gene.