电泳洗脱法纯化共价闭环质粒DNA

质粒DNA的分离纯化通常采用传统的氯 化艳-溪化乙锭密度梯度离心法⁴⁾,此法结果理 想,但耗钱多,费时长,不是目前我国一般实验 室所能常用的。而琼脂糖凝胶电泳不仅能将分 子量不同的DNA区分,还能区分共价闭环 (ccc) DNA和开环（(oc) DNA³⁾,并在此基础上 建立了从电泳后的琼脂糖凝胶中回收DNA的 方法。但在回收过程中容易造成cccDNA出现 缺刻(nick）而转变为ocDNA⁸⁾.     

在琼脂糖凝胶表面上进行细菌转化

这里介绍一篇分子遗传学中极为新颖而方便的一个方法;能在分离DNA的琼脂糖凝胶上直接进行转化,不仅粗制的,纯比的、重组的DNA都可用,而且DNA用量极微(7.5ng),并可区分差异仅500碱基对的质粒DNA,从不同构型的质粒DNA带上都可出现转化子,不需特殊的仪器设备。     

关于“细胞分裂中染色体与DNA的放射性追踪”试题特点及难点突破

关于"细胞分裂中染色体与DNA的放射性追踪"的试题,抓住细胞分裂和DNA半保留复制知识间的密切联系,对学生的知识和能力进行考查,综合性强,有一定难度,学生错误率较高。在教学中指导学生应用画图法解答这类试题,用双螺旋表示DNA分子,用双色笔画图以区分放射性DNA链和无放射性DNA链,帮助学生将抽象的问题直观化,从而使学生能正确理解题意,顺利解决问题。     

ISSR鉴定亲缘关系非常近的芒果栽培品种

用ISSR技术鉴定7个吕宋芒品种(系)和柳州吕宋芒。从30个引物中筛选出6个多态性好的ISSR引物建立DNA指纹图谱用于区分吕宋芒品种(系)。分析DNA指纹图谱,发现这6个引物中每个引物都能区分吕宋系列品种(系),表明ISSR-PCR技术对芒果品种(系)的鉴定非常有效,能区分亲缘关系很近的品种(系)。基于69条多态性条带的聚类分析结果,发现吕宋芒和其它供试的7个品种(系)同源性低,而这7个品种(系):高州吕宋芒、湛江吕宋芒、田阳香芒、金钱芒、柳州吕宋芒、粤西一号、攀西红吕宋同源性较高,可归为一类。     

异双聚体电泳及其在遗传学差异筛选中的应用

介绍了一种灵敏、简便、快速测定双链PCR产物或DNA片断单个碱基差异的方法。该法借助常规PAGE电泳,能区分出有单个碱基错配而发生构型改变的异双聚体与碱基互补配对的同源双聚体双链DNA分子;并判断出序列中碱基错配的百分率。     

异双聚体电泳及其在遗传学差异筛选中的应用

介绍了一种灵敏、简便、快速测定双链PCR产物或DNA片断单个碱基差异的方法。该法借助常规PAGE电泳,能区分出有单个碱基错配而发生构型改变的异双聚体与碱基互补配对的同源双聚体双链DNA分子;并判断出序列中碱基错配的百分率。     

三种DNA指纹图谱技术在菌株分型中的应用

旨在通过ERIC-PCR、BOX-PCR、RAPD等技术对4株地芽孢杆菌属菌株进行DNA指纹图谱分析,找到一种适合于地芽孢杆菌属尤其是嗜热脂肪地芽孢杆菌的菌株分型方法。4株地芽孢杆菌属菌株呈现出4种不同的指纹图谱,其中ERIC-PCR的方法获得的条带较为清晰,实验方法较为简便快捷,且能相对较好地区分不同株系;BOX-PCR的方法得到的条带相对较少,不能很好地区分同一种菌的不同株系;RAPD的方法获得的条带相对较多,区分性更高,但同时也增加了一部分工作量和成本。3种菌株分型技术均能有效的区分地芽孢杆菌属菌株,其中ERIC-PCR是一种最有效最便捷区分嗜热脂肪地芽孢杆菌不同株系的方法。     

牛奶掺豆浆和奶粉的PCR检测

以光明纯牛奶和酸奶、蒙牛纯牛奶和酸奶为材料,按不同浓度在牛奶中掺杂豆浆和奶粉,提取DNA,利用PCR技术检测牛奶掺杂后的多态性情况。结果表明,用引物S111进行PCR扩增可以有效地区分牛奶、酸奶、豆浆,并且区分不同品牌牛奶的产品;用引物S1015和S109进行PCR扩增能检测出牛奶中是否掺杂了豆浆,检出限为3%;用引物S111进行PCR扩增能检测出牛奶中是否掺杂奶粉,检出限为40%。     

基于EMA-qPCR的茄科青枯菌活体检测技术的建立

【目的】利用特异性核酸染料叠氮溴乙锭(Ethidium monoazide bromide, EMA)与实时荧光定量PCR技术相结合, 建立一种能有效区分青枯菌死活细胞的检测方法。【方法】样品DNA制备前经EMA渗透预处理, 再进行实时荧光定量PCR特异扩增菌体DNA。【结果】终浓度为2.0 mg/L的EMA能有效排除1.0×107 CFU/mL灭活青枯菌细胞DNA的扩增, 对活细胞和不可培养状态(Viable but non-culturable, VBNC)活菌的DNA扩增均没有影响。当每个定量PCR反应体系中的活细胞在5.0×100?5.0×104 CFU范围内时, 扩增Ct值与定量PCR反应体系中活细胞CFU对数值呈良好的负相关性(R2=0.992 5)。比较EMA-qPCR法和平板计数法对经过不同温度短期保存的青枯菌检测结果发现, 待检样品可在24 °C与4 °C冷藏条件下短期保存。【结论】本研究建立的EMA-qPCR方法能有效检测青枯菌VBNC细胞和有效区分死活菌, 避免或减少青枯菌PCR检测的假阳性和假阴性。     

武夷山及周边地区黄精植物ISSR分子标记鉴定及HPLC指纹图谱研究

采用ISSR分子标记鉴定方法及HPLC色谱方法对武夷山及周边地区5份黄精植物样本进行DNA分子标记鉴定及指纹图谱分析,并通过聚类分析软件分别探讨其遗传相关聚类图谱。ISSR分子标记法能较好地对5份黄精植物样本进行区分,HPLC指纹图谱分析同样表明5份黄精样本化学成分存在一定的差别。DNA分子标记及HPLC指纹图谱分析的遗传相关聚类分析结果相似,表明武夷山及周边地区的野生黄精种质资源存在明显的差别。     

基于DNA条形码技术的楠属和润楠属5种木材的识别

楠属与润楠属的许多树种的木材都属于珍贵木材,这些木材的解剖构造特征非常相似,仅仅依据传统的识别方法难以将这些木材准确识别出来。通过采用分子生物学中的DNA条形码技术对5种来自于楠属和润楠属的木材进行分子鉴定,试图从分子水平识别5种木材。以楠属的闽楠(Phoebe bournei)、桢楠(Phoebe zhennan)、紫楠(Phoebe sheareri)和润楠属的建润楠(Machilus oreophila)、刨花润楠(Machilus pauhoi)为研究对象,采用Qiagen试剂盒法提取木材总DNA,并分别对5个树种的ycf3、psb C-trn S、rpo C1和ITS这4段DNA序列进行PCR扩增,并对PCR产物进行测序和序列的比对分析。测序分析所得5个树种的ycf3序列中,共有6个多态性位点,根据其差异可将桢楠、建润楠、刨花润楠从中区分出来,但是闽楠和紫楠之间不能区分。psb C-trn S序列的比对结果显示共有7个多态性位点,可以将紫楠、建润楠和刨花润楠区分出来,但其余两个树种难以区分。5个树种的ITS序列仅有1个多态性位点,可以对两个属间进行区分,不能进行种间的区分。5个树种的rpo C1序列完全一致,不能用于区分这几个树种。综合来看,将ycf3和psb C-trn S这两段DNA条形码结合起来对比分析,可以将5种木材在分子水平区分开来。从5个树种的ycf3序列构建的系统发育树来看,几个树种基本可以正确聚类,作为区分几个树种的参考。     

ITS作为粒毛盘菌属DNA条形码的探索

以种内与种间差异以及PCR扩增和测序成功率为评价DNA条形码的重要指标,探索ITS序列作为粒毛盘菌属DNA条形码的可行性。结果表明,ITS成功区分了研究涉及的22个种,其PCR扩增和测序成功率为100%,该片段有望成为该属区分物种的DNA条形码。     

SNP分型前的PAGE检测

目的：探讨单核苷酸多态性(single nucleotide polymmphism,SNP)分型前聚丙烯酰胺凝胶电泳(polyaerylamide gel electro—phoresis,PAGE)的作用。方法：对3个DNA片段(DAOA基因的片段E1和E2、RGS4基因的片段S4)的PCR产物先用PAGE分析,然后用变性高效液相色谱(denaturing high performance liquid chromatography,DHPLC)分型,并比对结果。结果：PAGE能将片段E1、E2和S4中同一位点的SNP杂合子样本和纯合子样本区分开来,还能进一步将片段S4中SNP位点的2种不同纯合子样本区分开来。结论：PAGE能提高SNP的检测效率,而且具有成本低,操作简便的特点。     

微生态细菌的遗传学分类方法研究进展

目前建立了多种对微生态细菌鉴定分型的DNA分析技术,这些方法使细菌分类的水平不断提高,由最初的区分不同属、种的细菌发展到同种不同株细菌分类区分。本文对这些遗传学方法的原理、特性进行了简单的介绍和比较。     

云南常见药用石斛DNA条形码筛选

选择云南省内常见的12种药用石斛，采用分子生物学鉴定技术筛选其适用的DNA条形码序列。以12种药用石斛共36个样品为材料，提取样品总DNA，对核基因片段ITS和ITS2、叶绿体基因片段psbA-trnH和matK序列进行扩增、测序，结合GenBank下载部分石斛序列；利用生物信息学软件进行序列分析和系统发育分析。结果表明，4条序列扩增和测序成功率均为100%；4条序列没有明显的Barcoding Gap，但ITS序列与ITS2序列的种内和种间重叠部分较少，有偏向两端的趋势；系统发育树显示，ITS和psbA-trnH序列能成功区分12种云南常见的药用石斛，ITS2序列未能区分长距石斛(Dendrobium longicornu)和矮石斛(D. bellatulum)，matK序列仅区分6种石斛。建议以ITS和psbA-trnH序列作为云南药用石斛鉴定序列，为药用石斛的种源鉴定提供理论依据。     

DNA指纹图谱在乳酸菌分类鉴定中的应用

目的 探讨DNA指纹图谱在乳酸菌分类鉴定中的应用。方法 选用S23随机引物,对乳酸菌基因组DNA进行RAPD随机扩增,获得能够区分不同菌株的DNA指纹图谱,依据图谱DNA条带的多态性,对10株乳酸菌菌株进行分类与鉴定。结果 实验室保藏菌株LAP2、LAT、LAM、LAC和LAO之间的基因组DNA相似性达80%,亲缘关系最为相近,而LAB菌株与所有菌株的亲缘关系最远。结论 DNA指纹图谱技术与常规方法结合使用,将使乳酸菌的分类、鉴定更为准确、便捷。     

两种等位基因特异性扩增方法在结肠癌K-ras癌基因点突变检测中的应用比较

针对传统电泳检测方法存在操作复杂、费时等缺点,提出一种用于检测K-ras癌基因点突变的实时荧光等位基因特异性扩增（Allele specific amplification,ASA）方法。该法采用突变型引物对结肠癌基因组中的K-ras基因进行等位基因特异性扩增,只有突变型样品能被顺利扩增出双链DNA产物,该产物能与双链DNA染料SYBR GreenⅠ结合,产生荧光信号从而被检测到。通过对荧光域值和溶解曲线分析来区分不同的基因突变类型。该法可以检测到野生型DNA中含量为1/1 000的突变型DNA,整个检测时间小于1 h。我们用该法检测31例结肠癌样品中K-ras基因密码子12发生的点突变,其中有15例检出为阳性。此外,还采用等位基因特异性扩增结合电泳分析对样品进行了检测,并对两种方法进行了比较。结果显示：实时荧光等位基因特异性扩增方法具有操作简便、快速、检测成本低等优点,为临床诊断基因突变引起的疾病提供了一种可行的手段。     

光敏生物素标记法制备HPV DNA探针

本文将PBR322与HPV重组质粒DNA转化大肠杆菌HB101株,经氨苄青霉素—四环素平板筛选转化成功的菌落,将其扩增、提取质粒DNA,纯化后用限制性内切酶酶切,琼脂糖凝胶电泳区分不同大小的限制性内切片段,并用电洗脱法回收7.9Kb的HPV DNA片段。在高能卤素灯光照下标记光敏生物素制备HPV DNA探针,并检测其特异性和敏感性。结果表明:此探针具有较高敏感性,可达2.5pg;并且具有较强的特异性。     

细菌分类与鉴定的新热点:16S-23SrDNA间区

随着分子生物学的迅速发展 ,细菌的分类鉴定亦从传统的表型分类进入到各种基因型分类水平 ,如(G+ C) mol%、DNA杂交、r DNA指纹图、质粒图谱和 16 S r DNA序列分析等。R RNA存在于所有细菌中 ,r RNA基因由保守区和可变区组成 ,在细菌中高度保守。R RNA基因包含 5’端到 3’端的若干种成分 ,分别是 16 Sr DNA、间区、2 3Sr DNA、间区和 5Sr DNA。16 S- 2 3Sr DNA间区近年来在细菌系统发育学 ,特别是相近种和菌株的区分和鉴定方面倍受关注。作     

棉花2个多标记基因系及其杂交后代AFLP分析

应用AFLP分子标记技术,对陆地棉两个多标记基因系T582和T586及其杂交后代F1等进行了DNA多态性分析。结果表明:在58对EcoRI/MseI引物组合中,筛选出41对引物组合具有多态性,多态性的引物组合占筛选总组合的70.69%。AFLP分子标记具有高度的多态性,非常适于基因组差异较小的(棉花)材料之间的多态性筛选。采用聚丙烯酰胺银染法显带技术,AFLP进行PCR扩增能看到30~80条DNA亮带,且检测灵敏度高,可区别只相差十几个bp甚至几个bp大小的DNA片段。但AFLP标记以显性标记占绝对优势,共显性标记比率极少,故而难以区分种质的杂合和纯合,这是它的惟一不足之处。