Focus: Microbiome: The Hoops,Hopes, and Hypes of Human Microbiome Research

Recent developments in sequencing methods and bioinformatics analysis tools have greatly enabled the culture-independent analysis of complex microbial communities associated with environmental samples, plants, and animals. This has led to a spectacular increase in the number of studies on both membership and functionalities of these hitherto invisible worlds, in particular those of the human microbiome. The wide variety in available microbiome tools and platforms can be overwhelming, and making sound conclusions from scientific research can be challenging. Here, I will review 1) the methodological and analytic hoops a good microbiome study has to jump through, including DNA extraction and choice of bioinformatics tools, 2) the hopes this field has generated for diseases such as autism and inflammatory bowel diseases, and 3) some of the hypes that it has created, e.g., by confusing correlation and causation, and the recent pseudoscientific commercialization of microbiome research.     

营养风险筛查在结直肠癌快速康复外科治疗中的作用

目的:探讨营养风险筛查在结直肠癌快速康复外科治疗中的作用,提高结直肠癌患者术后的营养状况和胃肠道免疫功能,促进胃肠道功能的恢复。方法:收集60例结直肠癌择期手术患者,并将其随机分为快速康复组(FTS)和传统治疗组,分别用快速康复措施和传统方法进行围手术期的处理,其中引入术前营养风险筛查和预防性营养干预,比较两组患者的术后营养状况与胃肠道免疫功能及术后肛门排气时间、术后住院日、住院总费用的差异。结果:与传统组相比,FTS组术后血清白蛋白(ABL)水平明显升高(P0.01),C反应蛋白(CRP)水平明显降低(P0.01),术后胃肠功能恢复更早,术后住院日更短(P0.05),但两组的住院总费用和并发症的发生率比较无明显差异(P0.05)。结论:术前营养风险筛查并营养干有助于结直肠癌的快速康复外科治疗。     

植物微生物组的功能及应用研究进展

健康的植物中生活着多种多样但分类学结构不同的微生物群落,它们在所有可接触到的植物组织中定殖.这些微生物群落赋予植物宿主健康优势,包括促进宿主植物生长、营养吸收、抗逆性和对病原菌的抵抗力等.植物菌群及其相互作用具有高度的多样性,多种因素决定着群落的组成和功能.虽然从19世纪开始植物菌群就被人们所认识,但对其功能及应用的相...     

人类微生物组测序与比较研究

人体微生物群系影响人类的健康,与人类的各种疾病,如肥胖、糖尿病、冠心病、结肠癌等的发生具有密切的关系.近年来,人类微生物组研究日益受到重视.综述人类微生物组的测序和比较研究进展.     

微生物组学及其在厌氧消化中的研究进展

我国每年产生大量的有机废弃物,如果处置不当将会对生态、气候以及人类健康造成重大影响。厌氧消化是一种可靠的、绿色的、可持续的有机废弃物处理方式,但由于缺乏准确有效的监测手段,厌氧消化微观过程常常被视为“黑盒”。随着微生物组学的发展,学者们在菌群与运行参数关联性分析、代谢途径分析等方面有了更深入的认识。本文从“三阶段、四菌群”的厌氧消化过程出发,介绍了常用微生物组学的类型,包括:16S rRNA基因组、宏基因组、宏转录组和宏蛋白组;详细阐述了物种组成分析、α多样性分析、OTU相似性分析以及多元统计学分析等6种常用的微生物群落生物信息学分析方法;系统回顾了厌氧消化过程的微生物学研究进展,以期能为分析厌氧消化的微生物群落结构和功能、开发新的厌氧消化工艺和技术提供支持。