一种简单、有效的适于PCR操作的放线菌DNA提取方法

目的:利用改良酶法发展了一种从微量(几百微升)发酵液中快速安全的提取放线菌基因组DNA的方法。方法:利用溶菌酶破壁,蛋白酶K和SDS除蛋白,成功提取较高质量的放线菌基因组DNA,所得的DNA可作为PCR反应的模板进行16SrRNA等基因有效扩增。结果:能从海绵和土壤分离的放线菌中成功提取基因组DNA。结论:该方法操作简单、费用低廉、不使用酚、氯仿等有毒害作用有机试剂,非常适于长期从事放线菌操作的研究人员。为大量放线菌菌株的快速鉴别、高通量筛选和系统分类研究创造了条件。     

1种小麦白粉病菌DNA基因组的微量简捷提取方法

为了寻找适合小麦白粉菌基因组DNA微量提取的方法,分别采用改进破壁法,液氮研磨法和溶菌酶消化法进行破壁,提取专性寄生菌小麦白粉菌DNA。结果表明,用改进的破壁方法,仅用3~10 mg的分生孢子粉所获得DNA的收率为（12.23±3.46）~（40.32±5.67）ng/mg,且OD260/OD280比值为1.71~1.92之间,说明该破壁方法获得的DNA收率大且纯度高。通过PCR反应获得了良好的效果。同时该方法也适用于小麦条锈菌和大麦白粉菌专性寄生菌DNA的提取。     

一种简易的分离根癌土壤杆菌质粒的方法（简报）

土壤杆菌属的一些菌含有分子量达100兆道尔顿的大质粒。根癌土壤杆菌的Ti质粒是潜在的植物遗传工程载体。目前制备这类大质粒主要用Currier＆Nester[1]和van Larebeke ＆ Schell[2]的方法。一般认为土壤杆菌破壁困难,需用溶菌酶、蛋白酶。虽然Currier＆Nester[1]把DNA变性后以酚和氯仿-异戊醇清除了一些染色质,但残存染色质仍多。两法最后都靠密度梯度离心法获得纯质粒。这样,就限制了制备Ti质粒的规模。我们采用Hensen＆Olsen[3]4 ％SDS和热冲击方法破壁,在控制温菌量和破壁液比例的条件下,不用酶也能破壁。然后,用酚和氯仿-异戊醇抽提去蛋白;不经 DNA变性,用Zasloff等人的酸酚法去染色质DNA; 再用Humphreys等人的方法,以PGA6000沉淀浓缩质粒DNA.经琼脂糖电泳鉴定,得单一DNA带,无染色质扩散带。这就为大规模制备根癌土壤杆菌Ti质粒提供了可能。目前正在进一步工作。     

孢子丝菌病快速诊断方法的探究

目的研究申克孢子丝菌DNA提取方法;探索申克孢子丝茵的种特异性引物,运用聚合酶链反应方法鉴定申克孢子丝菌;从而为临床孢子丝茵病的分子诊断奠定基础。方法用Viscozyme L酶替代液氮研磨破壁提取孢子丝菌的基因组DNA;根据申克孢子丝茵钙调蛋白基因序列设计一对寡核苷酸引物,分别对52株申克孢子丝菌及3种6株普通真茵的基因组DNA进行PCR扩增。结果用Viscozyme L酶替代液氮研磨破壁成功提取出孢子丝菌的基因组DNA。特异性引物对52株申克孢子丝菌可扩增出一条约430 bp的片段,而对念珠菌、曲霉、黑霉基因组DNA扩增结果均为阴性。结论用Viscozyme L酶替代液氮研磨破壁提取孢子丝菌基因组DNA与传统的CTAB法相比不仅操作更简便,而且避免了液氮研磨过程中难于避免的污染。运用我们所设计的特异性引物,结合PCR方法对申克孢子丝菌进行分子鉴定,结果显示不仅该引物对申克孢子丝菌特异、敏感而且该方法简便、快捷;可用于申克孢子丝菌病的临床诊断。     

一种快速提取真菌染色体DNA的方法

介绍了一种适用于多种真菌染色体DNA的快速提取方法。该方法用石英砂振荡破壁 ,快速便捷地提取真菌染色体DNA ,提取时间仅用 1～ 2h。作者应用该方法成功地提取了粗糙脉胞菌 (Neurosporacrassa)、米曲霉 (Aspergillusoryzae)、羊肚菌 (Morchellaesculcnta)、酿酒酵母 (Saccharomycescervisae)等 4种不同真菌的染色体DNA ,所提DNA片段均大于2 0kb ,可直接用于限制性内     

一种简便、快速、高效适合PCR的真菌DNA提取方法

目的探索一种新的真菌DNA提取方法,该方法操作简便,提取效率高,耗时较短,应用范围广。方法将酶消化和Chelex-100提取DNA方法联合起来,配制一种新的DNA提取试剂。通过真菌ITS4和ITS5通用引物进行PCR,对新的DNA提取试剂同市售的Takara lysis buffer在DNA提取方面的效能进行评价,同时对DNA浓度和纯度进行测定。结果实验所用34株真菌,自配试剂成功提取出32株真菌DNA;Takara lysis buffer成功提出27株真菌DNA。对于两种方法都没能提出DNA的2株真菌,经液氮研磨破壁后,自制试剂均成功提取;而Takara lysis buffer仅成功提取DNA 1株。结论同市售试剂Takara lysis buffer比较,自配DNA提取液提取DNA质量相对较高,可用于临床常见感染真菌的PCR诊断。对于某些真菌,提取DNA之前先进行菌体破壁是必要的。     

白念珠菌破壁方法的研究应用进展

细胞壁作为真菌中特殊和必须的细胞结构,相对于哺乳动物的细胞膜更加坚硬,难以用简单的方法使其充分破碎。因此,达到理想的破壁效果是白念珠菌研究中的关键步骤之一。在提取白念珠菌RNA、DNA和蛋白质等细胞组分的过程中,为获得足量和稳定的实验样品。该文对多种白念珠菌破壁方法作一综述,以便为白念珠菌相关研究提供适用、高效的破壁方案。     

一种高效提取真菌总DNA的方法

<正>在真菌的分子生物学研究中,快速高效地提取质量优良的DNA有着重要意义。目前使用的真菌DNA提取方法步骤大体相似,主要差别在于采用何种方法来打破细胞壁这一关键环节。常用的破壁方法主要有冷冻干燥研磨法、玻璃珠机械破壁法、酶解法和氯化苄法等(吴志红2001)。通常冷冻干燥研磨法多用液氮来处理,一般是直接在液氮中研磨     

广西沿海地区红树林根系土壤中放线菌的分离与鉴定

本研究通过分离纯培养,从广西北海及防城港红树林根系土壤中分离出放线菌并提取其总DNA,用放线菌通用引物对获得菌株的16S rDNA进行PCR扩增,对获得的扩增产物进行DNA序列测定及菌株鉴定.研究结果表明,从红树林根系土壤样品中分离出15株典型放线菌菌株.16S rDNA测序比对鉴定结果显示,15株典型放线菌菌株中有12株属于链霉菌属(Streptomyces),是常见菌属;3株属于拟诺卡氏菌属(Nocardiopsis),为稀有放线菌.本研究分离纯化获得15株典型放线菌,初步揭示了广西沿海地区红树林土壤中放线菌的多样性.     

Chelex-100快速提取放线菌DNA作为PCR扩增模板

旨在建立有效扩增16S rRNA基因序列的放线菌DNA快速提取的方法。采用Chelex-100法提取放线菌DNA,使用PCR扩增16S rRNA基因序列评价提取核酸的质量。结果显示,Chelex-100法能够在10 min之内从放线菌中快速提取DNA,所提取的DNA可以直接用于PCR扩增反应,PCR扩增产物电泳条带清晰,符合理论预期结果。因此,Chelex-100法提取放线菌DNA可以作为16S rRNA基因序列PCR扩增的模板,该方法具有经济、简便、快速的特点,适合于放线菌菌株大规模地筛选和分类鉴定。     

微波法快速提取放线菌基因组DNA

原有的放线菌基因组DNA提取方法费时、费力、费用高,且对极端环境放线菌成功率较低。利用微波热振惊提取固体培养基表面放线菌菌落基因组DNA,具有快速、简便、费用低廉等优点。所得的基因组DNA可作为PCR反应的模板进行16S rRNA基因有效扩增。这为大量放线菌菌株的快速鉴别和系统分类创造了条件。     

微波法快速提取放线菌基因组DNA*

原有的放线菌基因组DNA提取方法费时、费力、费用高 ,且对极端环境放线菌成功率较低。利用微波热振惊提取固体培养基表面放线菌菌落基因组DNA ,具有快速、简便、费用低廉等优点。所得的基因组DNA可作为PCR反应的模板进行 1 6SrRNA基因有效扩增。这为大量放线菌菌株的快速鉴别和系统分类创造了条件。     

高质量毕赤酵母基因组DNA提取方法比较

旨在比较5种毕赤酵母基因组DNA的提取法,以便获得简便高效的提取高质量酵母基因组DNA的优化方法。分别使用蜗牛酶破壁法,超声波破碎法,液氮研磨法,Lyticase破壁法,试剂盒法提取毕赤酵母基因组DNA,然后进行DNA电泳检测以及紫外分光光度计测定DNA浓度和纯度。结果显示,5种方法均能提取出酵母基因组DNA,而酶法所提取的酵母基因组DNA质量最好。由此证实,蜗牛酶法成本低、效果好,是理想的提取高质量酵母基因组DNA的方法,完全满足后续试验要求。     

一种高效可直接用于PCR扩增的不吸水链霉菌基因组DNA的提取方法

通过对提取不吸水链霉茵基因组DNA的冻融法、微波法和溶茵酶破壁法等几种方法进行对比、分析,得出结论:溶茵酶破壁法所提取的不吸水链霉茵基因组DNA可直接用于PCR扩增.这为今后不吸水链霉菌相关基因的实验研究提供了可靠的理论依据.     

游动放线菌科的研究IlI．游动放线菌属的三个新种

从北京土壤中分离出5株放线菌,经过形态,培养特征、生理生化、细胞壁组份及DNA中GC％含量的研究,这5株菌都形成孢囊,孢囊孢子有鞭毛,能游动,细胞壁组份11型,属于游动放线菌科中游动放线菌属。经与国内外已知种比较,定为三个新种：丛鞭毛游动放线菌新种(Actinoplanes tuftoflagellus n. sp．);梨形游动放线菌新种(Actinoplanes pyriforinis n. sp.)绛红褐游动放线菌新种(Actinoplanes purpeobrunneus n. sp.)。     

辐射污染区土壤中放线菌的分离及多样性

从辐射污染区采集42份土样, 分别采用6种分离培养基进行放线菌的分离, 共获得152株放线菌。经形态、核糖体DNA扩增片段限制性内切酶(Amplifed ribosomal DNA restriction analysis, ARDRA)分析比较, 选取其中的60株进行16S rRNA基因测序。通过序列比对、聚类分析, 60株菌分布在放线菌纲中的12个属, 链霉菌属占大多数, 有大量稀有放线菌, 这表明辐射污染区具有较丰富的放线菌属种多样性。     

放线菌的分子分类

在放线菌分类学研究中,最初是根据形态特征、生理生化特征等表观分类学特征进行研究。随着分子生物学的飞速发展,放线菌的分类鉴定亦从传统的表型分类进入到各种基因型分类水平。分子分类在放线菌分类研究中起到越来越重要的作用,目前放线菌的分子分类研究主要包括:G Cmol%测定、DNA杂交、核酸结构分析以及DNA指纹图谱分析等方面。     

降解DNA为5’-脱氧单核苷酸的菌种筛选

从土壤样品中分离到1000余株霉菌、放线菌和细菌。测定它们降解热变性DNA能力的结果指出,5株霉菌和14株放线菌降解能力较强,其中M996霉菌降解能力最强,经鉴定为烟曲霉(Aspergillus~umigatus Frcscnius)。这株菌降解DNA的产物经过纸电泳、纸层析、离子交棰柱屡析和特异性酶分析,证明为dAMP、dGMP、HCMP和dTMP。     

水霉拮抗放线菌的分离、筛选与鉴定

目的:以珍珠健康养殖水体底泥为材料分离放线菌,筛选对水产动物水霉病病原菌有抗菌活性的放线菌。方法:采用稀释涂布法,选用萘啶酮酸和放线菌酮双抗平板分离获得放线菌;以黄颡鱼和湘云鲫鱼卵水霉病原菌为靶标菌,采用琼脂块法测试所分离菌株抗水霉菌活性及其稳定性;对拮抗活性强的放线菌采用形态观察和16S r DNA序列分析进行分类鉴定。结果:从分离获得的27株放线菌中筛选出3株对水霉病原菌有拮抗活性的菌株QF1、DNC17和QHV2,其中QHV2抗菌活性与稳定性最好;形态学观察与16S r DNA序列分析结果表明QF1、DNC17和QHV2均属于链霉菌属(Streptomycete sp.),分别鉴定为Streptomyces diastatochromogenes、Streptomyces variabilis和Streptomyces collinus。结论:3株放线菌对水霉病原菌具有较好的拮抗活性,具有开发成抗水霉药物的潜在价值。     

DNA提取方法对盐环境放线菌多样性分析的影响

[目的]研究DNA提取方法对盐环境中放线菌的16S rDNA RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism,限制性片段长度多态性)多样性分析结果的影响.[方法]采用CTAB-SDS法、玻璃珠法和反复冻融法3种方法提取焉耆盐场土壤样品DNA,利用放线菌特异性引物扩增16S rDNA并分别构建文库.采用HaeⅢ限制性内切酶对阳性克隆进行RFLP分析,选取不同的克隆进行测序、比对并构建16SrDNA序列系统发育树.[结果]3种DNA提取方法构建的16S rDNA克隆文库OTUs-(Operational Taxonomic Unit)数不同,其中CTAB-SDS法获得35个OTUs,玻璃珠法获得19个OTUs,反复冻融法获得14个OTUs.3种方法中有52％的OTUs序列与已知可培养的放线菌或未发表的克隆子序列相似性较低,可能代表着放线菌新的类群;3种方法得到的放线菌均分布于放线菌纲(Actinobacteria)的放线菌亚纲(Actinobacteridae)、酸微菌亚纲(Acidimicrobidae)和红色杆菌亚纲(Rubrobacteridae).[结论]DNA提取方法是影响评价放线菌多样性的重要因素.本研究所采用的DNA提取方法各自存在一些优缺点,因此评估盐环境中的微生物多样性时建议采用几种方法组合.而焉耆盐场这一盐环境可能存在丰富的放线菌物种多样性,并蕴藏着新的分类单元有待进一步研究.