基于TCGA与Oncomine数据库挖掘MKL-1基因在KIRC中的临床意义

[目的]阐明MKL-1基因在肾透明细胞癌中的表达情况与临床意义。[方法]从TCGA与Oncomine数据库中收集与MKL-1的表达相关的数据,对收集到的数据进行荟萃分析,同时使用Kaplan–Meier方法分析MKL-1的表达量与生存的相关性。[结果]从Oncemine数据库中共收集到154项与MKL-1有关的研究,分析表明在MKL-1在9种癌症中表达上升,且在肾透明细胞癌中的表达显著性上升(P <0. 05)。进一步分析发现MKL-1与癌症患者的特征无显著性关系,但与预后成负相关性。最后通过蛋白质网络预测MKL-1相互作用的蛋白。[结论]基于不同数据库深度挖掘提示MKL-1基因在肾透明细胞癌中高表达,并与肾透明细胞癌的预后有显著相关性,有望被用作肾透明细胞癌的治疗的新靶点。     

基于Oncomine数据库探究COL1A1基因在胰腺癌中的表达及意义

[目的]探究COL1A1基因在胰腺癌中的表达及临床意义。[方法]收集Oncomine和NCBI/GEO Profiles数据库中关于COL1A1的信息,对目前数据库中资料再次进行分析,并对其在胰腺癌组织和正常胰腺组织中的表达进行荟萃分析,使用Kaplan-Meier Plotter在线数据库分析该基因是否与胰腺癌患者的预后相关。[结果]Oncomine数据库中共收集了400项不同类型的研究。其中COL1A1高表达有86项研究,低表达有6项研究。共有8项研究涉及COL1A1在胰腺癌组织与正常组织中的表达,包括209例样本,与正常组织相比,COL1A1在胰腺癌组织中高表达(P<0.05)。NCBI/GEO Profiles数据库分析发现TGF-β处理48 h后COL1A1表达升高。Kaplan-Meier Plotter数据库分析表明COL1A1高、低表达组胰腺癌患者的总体生存率(OS)无统计学差异(HR=1.4,95%CI:0.92~2.12,P=0.11),但高表达组胰腺癌患者的无复发生存(RFS)明显差于低表达组(HR=5.05,95%CI:1.48~17.24,P=0.0044)。[结论]COL1A1基因在胰腺癌组织中的表达明显高于正常组织,低表达患者的RFS延长。可见靶向COL1A1的药物有望改善胰腺癌患者的预后。     

基于Oncomine数据库分析COL5A2基因在胰腺癌中的表达及其临床意义

目的:探讨COL5A2基因在胰腺癌中的表达及临床意义.方法:收集Oncomine和NCBI/GEO Profiles数据库中关于COL5A2的信息,对目前数据库中的资料进行二次分析,并对其在胰腺癌组织和正常胰腺组织中的表达进行荟萃分析,利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析COL5A2与胰腺癌患者预后的...     

基因表达谱微阵列网络数据库在肿瘤研究中的应用

基因表达谱微阵列数据库是一类可提供存储、查询、下载分析的在线网络数据库,在肿瘤相关领域的研究中提供了大量的数据来源。由于微阵列分析对于无生物/医学信息学专业背景的研究人员仍然有较多困难,致使该数据库的使用尚未普及。本文从数据查询、下载分析和使用方法等方面对常用基因表达谱微阵列数据库进行概述,并对现阶段基因表达微阵列数据库的应用策略进行总结,旨在帮助该领域研究的初学工作者了解数据库的基本知识并推动其在科研工作中的应用。     

基于Oncomine和TCGA数据挖掘分析MTERF2在胰腺癌中的表达及临床意义

目的:探究人线粒体转录终止因子2(MTERF2)在胰腺癌中的表达及临床意义。方法:检索Oncomine数据库中的MTERF2信息,对其在胰腺癌组织和正常胰腺组织中的表达进行荟萃分析;从美国癌症基因组图谱(TCGA)中下载胰腺癌数据集MTERF2 RNA Seq V2数据及临床病理资料;利用R 2.15.3软件分析MTERF2表达量与临床病理参数的相关性及预后;利用Kaplan-Meier生存函数分析MTERF2表达量和胰腺癌患者预后的关联。结果:Oncomine数据库中共收集了586个不同类型的研究结果,其中关于MTERF2表达有统计学差异的研究有58个,MTERF2表达增高的研究有26个,表达减低的研究有32个。共有9项研究涉及MTERF2在胰腺癌组织和正常组织中的表达,包括226例临床样本,与对照组相比,MTERF2在胰腺癌中低表达(P=7.34×10-6)。TCGA胰腺癌数据集中共收集179例具有临床病理参数的病例及其对应的MTERF2 mRNA表达量。剔除病理参数不详或不完整的病例,利用R 2.15.3软件分析发现,MTERF2 mRNA表达量与胰腺癌患者T分期、M分期、癌症类型及原发部位存在显著相关(均P<0.05),而与患者的年龄、性别、N分期、AJCC病理分期、等级、组织学类型及饮酒史无显著相关(均P>0.05)。Kaplan-Meier生存分析发现,胰腺癌患者MTERF2的表达水平与总生存率(OS)无显著相关性(P>0.05),而与无病生存率(DFS)显著相关(P<0.001)。结论:Oncomine和TCGA数据挖掘显示,人MTERF2在胰腺癌组织中低表达,且MTERF2表达量与胰腺癌患者总生存率无显著相关性,与无病生存率有显著相关性。     

转基因小鼠在肿瘤研究中的应用

将可能激发肿瘤的基因导入小鼠受精卵,已制备了许多具有癌症倾向的小鼠系。这些小鼠能使人在整体水平系统研究不同癌基因在细胞分化、增殖中的作用以及在肿瘤发生中癌基因间的协同作用。同时,这些小鼠具有对病毒和化学致癌物敏感的倾向,因而为潜在致癌原测试,治疗和预防肿瘤药物的筛选提供了很有价值的研究模型。 过去20年,用分子克隆和基因转移等手段,将癌基因导入特定细胞以研究癌基因在细胞转化过程中的作用机制,取得了可喜进展。     

基因表达系列分析(SAGE)技术在肿瘤研究中的应用

基因表达系列分析(serial analysis of gene expression,SAGE)是一项高效、快捷、低成本的研究生物基因表达水平的方法,广泛用于各种肿瘤的分析研究。SAGE技术对于全面分析肿瘤组织基因表达谱、寻找肿瘤特异性表达新基因、发现肿瘤组织特异标志物和揭示肿瘤发病的分子机制发挥重要的作用。随着“肿瘤基因组解剖工程”(CGAP)的进行,CGAP SAGE可以通过网站分析和展示SAGE数据,并自动的将基因名称和SAGE转录物水平联系起来。因此,这为SAGE技术深入和广泛研究肿瘤提供了方便。     

GEO-基因表达综合数据库的应用与数据挖掘

高通量微阵列杂交技术和测序技术的快速发展,产生了大量的基因数据,生物信息迅速膨胀成为数据的海洋。为适应这种高通量基因表达数据的不断增长和人们共享数据的需要,各种数据库应用而生,其中,NCBI（national center for biotechnology information）的基因表达综合数据库（gene expression omnibus,GEO）是世界上最大的储存高通量分子丰度数据的公共数据库,用户可以提交、储存和检索多种形式的数据并免费使用。迄今为止,GEO已收录了300000个样本的数据,涉及16亿个基因表达丰度数据,涵盖500多种生物体,广泛覆盖各种生物学内容。GEO数据库操作简单,数据全面,免费共享的优势为后期数据挖掘和信息推广提供了良好的平台。文章概述了GEO数据库的结构、数据的提交、检索和其在分子生物学领域中的应用前景。登陆GEO数据库的网址为：http：／／www．ncbi．nlm．nih．gov／geo。     

基于大数据分析CAP2基因在肝细胞癌中的表达意义

[目的]研究CAP2基因在肝细胞癌中的表达及临床意义.[方法]对TCGA和Oncomine数据库中CAP2进行检索,并对所获取的数据二次分析.[结果]Oncomine数据库中共收集了33项(高表达14项、低表达19项)CAP2在肿瘤组织与正常对照组织中表达差异具有统计学意义的结果.肝细胞癌中CAP2高表达有5项,低表达...     

基因表达差异显示分析技术在创伤研究中的应用

基因是细胞增殖,分化,成熟等各项生命活动的调控中心,也是许多痢疾发生,发展和转归的决定性因素。基因表达的变化必然导致细胞,组织,器官乃至整个机体的各种异常。包括创伤在内的各种内外刺激,都可不同程度地引起基因表达的变化,最终妨碍机体健康。随着生物信息学的逐渐兴起和分子生物学的不断发展并向其他学科的逐渐渗透,业已建立起一系列研究基因表达变化的切实可行的技术手段（即“基因表达差异分析技术”,如DNA微阵列）,对捕获基因表达的种种变化具有重要价值。这些技术已经在肿瘤及其他疾病的研究中得到广泛应用,近几年也逐渐进入创伤研究领域,在一定程度上推动了创伤研究的发展。     

豚鼠气道及肺组织原癌基因表达与哮喘的相关研究

目的：为研究原癌基因在哮喘发病中的作用。方法：以卵白蛋白致敏豚鼠建立哮喘模型,用Ｄｏｔ－ｂｌｏｔ、Ｎｏｒｔｈ－ｅｒｎ－ｂｌｏｔ分子杂交及免疫组化技术,分别观察正常及哮喘发作后豚鼠气道上皮及肺组织中原癌基因ｃ－ｆｏｓ、ｃ－ｍｙｃ的表达水平。结果：正常豚鼠气道及肺组织中ｃ－ｆｏｓ及ｃ－ｍｙｃｍＲＮＡ无或很少表达,哮喘发作后豚鼠气道上皮及肺组织中ｃ－ｆｏｓ和ｃ－ｍｙｃｍＲＮＡ表达明显增强,３０ｍｉｎ达高峰,发作后４ｈ降至正常水平。地塞米松对ｃ－ｆｏｓ及ｃ－ｍｙｃｍＲ－ＮＡ有部分抑制作用。结论：原癌基因ｃ－ｆｏｓ及ｃ－ｍｙｃ在哮喘发病过程中可能起一定作用。     

甲胎蛋白对HeLa细胞N-ras、p53和p21~(ras)表达的促进作用

大量研究已证明甲胎蛋白 (alpha fetoprotein ,AFP)对肿瘤细胞的增殖具有调节作用 .为探讨AFP对细胞生长促进作用的分子机理 ,采用从人脐带血中提取的AFP作用于体外培养的HeLa细胞 ,用Northern印迹分析法分析不同作用时间时细胞N rasmRNA的表达以及用Western印迹分析法分析p5 3、p2 1ras的表达 .结果发现 ,在AFP(2 0mg L)作用后 ,HeLa细胞的N rasmRNA、p5 3蛋白质和p2 1ras蛋白质的表达量与对照组比较在 12h和 2 4h时都有明显增加 .AFP的作用均可被抗AFP单克隆抗体所拮抗 .实验结果提示 ,AFP对细胞生长的调节作用可能通过促进这些原癌基因的表达来实现 .     

Cloning and characterization of the gene encoding the highly expressed ribosomal protein l3 of the ciliated protozoan Tetrahymena thermophila. Evidence for differential codon usage in highly expressed genes

We have cloned and characterized the cDNA and the macronuclear genomic copy of the highly conserved ribosomal protein (r-protein) L3 of Tetrahymena thermophila. The r-protein L3 is encoded by a single copy gene interrupted by one intron. The organization of the promoter region exhibits features characteristic of ribosomal protein genes in Tetrahymena. The codon usage of the L3 gene is highly biased. A thorough analysis of codon usage in Tetrahymena genes revealed that genes could be categorized into two classes according to codon usage bias. Class A comprises r-protein genes and a number of other highly expressed genes. Class B comprises weakly expressed genes such as the conjugation induced CnjB and CnjC genes, but surprisingly, this class also contains abundantly expressed genes such as the genes encoding the surface antigens SerH3 and SerH1. Codon usage is slightly more restricted in class A than in class B, but both classes exhibit distinct and different codon usage biases. Class A genes preferentially use C and U in the silent third codon positions, whereas class B genes preferentially use A and U in the silent third codon positions. The analysis suggests that two different strategies have been employed for optimization of codon usage in the A+T-rich genome of Tetrahymena.     

Microarray technology GEM microarrays and drug discovery

Incyte Genomics' GEM™ Gene Expression Microarray is a proven genomics tool used by a large number of pharmaceutical companies to speed up the drug discovery and development process. The development and integration of this technology, together with Incyte's sequence databases and clone resources, have resulted in GEM microarrays that span approximately 60,000 human genes as well as approximately 60,000 plant, rat, mouse, yeast, and bacterial genes. The technology underlying the use of these arrays and their application to the drug discovery process is highlighted. Journal of Industrial Microbiology & Biotechnology (2002) 28, 180–185 DOI: 10.1038/sj/jim/7000136 Received 16 November 2000/ Accepted in revised form 01 March 2001     

Ikaros通过靶向调控 c-KIT抑制B-ALL白血病细胞的增殖

Ikaros是一种重要的造血细胞分化与发育调控因子,其基因结构、蛋白质活性的改变与淋巴细胞白血病的发生密切相关。致癌基因c-KIT与白血病的发生有直接联系,但Ikaros与c-KIT之间的调控关系尚未见报道。本研究报道,在人急性B淋巴细胞白血病（B-acute lymphoblastic leukemia, B-ALL）细胞中,Ikaros可靶向调控c KIT基因的转录与蛋白质表达。通过在人B ALL细胞系Nalm6中分别高表达和shRNA干扰Ikaros后,qRT-PCR与 Western 印迹结果显示,Ikaros可直接抑制c-KIT基因的表达。双荧光素酶报告实验检测Ikaros及其突变体对c-KIT基因的直接靶向作用。结果显示,野生型Ikaros可明显抑制c-KIT的表达,而突变体则不能。进一步利用染色质免疫共沉淀技术（chromatin immunoprecipitation,ChIP）,检测Ikaros对c-KIT上游启动子序列的结合活力。结果显示,Ikaros蛋白在c KIT的上游调控区约-500 bp处有明显的结合。Ikaros通过靶向c-KIT上游启动子,抑制c-KIT表达,抑制B-ALL细胞的增殖,为临床治疗白血病提供了新思路。     

GEO(Gene Expression Omnibus ）:高通量基因表达数据库

 GEO(Gene Expression Omnibus)数据库包括高通量实验数据的广泛分类,有单通道和双通道以微阵列为基础的对mRNA丰度的测定;基因组DNA和蛋白质分子的实验数据;其中包括来自以非阵列为基础的高通量功能基因组学和蛋白质组学技术的数据也被存档,例如基因表达系列分析（serial analysis of gene expression,SAGE）和蛋白质鉴定技术.迄今为止,GEO数据库包含的数据含概10 000个杂交实验和来自30种不同生物体的SAGE库.本文概述了GEO数据库的查询和浏览,数据下载和格式,数据分析,贮存与更新,并着重分析GEO数据浏览器中控制词汇的使用,阐述了GEO数据库的数据挖掘以及GEO在分子生物学领域中的应用前景.GEO可由此公众网址直接登陆http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/geo/.