中国典型冻土区土壤可培养细菌多样性

[目的]对比分析中国典型高纬度冻土区和高海拔冻土区土壤可培养细菌的多样性.[方法]采用NM、TSA 、R2A 3种培养基分离培养不同冻土区土壤可培养细菌,用通用引物扩增分离的细菌16S rRNA基因,根据系统发育分析进行鉴定.[结果]从6个样品中得到冻土土壤可培养细菌的菌落数量为4.70×103 -2.57×105 cfu/g(土壤干重),根据不同的菌落形态分离出144株可培养细菌.纯培养物的16S rRNA基因部分序列分析表明:我国高纬度冻土区土壤样品中的细菌分别属于Firmicutes分支(59.52％)、Gammaproteobacteria 分支(38.10％)、Betaproteobacteria分支(2.38％),其中假单胞菌属(Pseudomonas)、芽胞杆菌属(Bacillus)、类芽胞杆菌属(Paenibacillus)的菌株为该区域的三大优势菌群.我国高海拔冻土区土壤样品中分离细菌属于Gammaproteobacteria分支(89.22％)、Firmicutes分支(8.82％)和Bacteroidetes分支(1.96％)o优势菌群为假单胞菌属( Pseudomonas).[结论]我国高纬度冻土区和高海拔冻土区土壤具有较高的可培养细菌多样性;不同类型冻土区土壤可培养细菌群落组成不同.本文研究结果将为我国冻土区土壤细菌资源研究与利用提供理论依据.     

九香虫(椿象)体内可培养细菌的多样性分析

【目的】认识药用昆虫九香虫(Aspongopus chinesis Dallas)成虫体内可培养细菌资源多样性。【方法】运用纯培养法、反转录重复因子扩增(BOXA1R-PCR)分析技术、16S r RNA基因测序和系统发育分析对样品中可培养细菌进行多样性研究,测定了分离菌株的抗菌特性、吲哚乙酸(IAA)含量和产淀粉酶活性等指标。【结果】通过6种不同培养基共分离得到52株菌落特征不同的细菌菌株。基于菌落特征和BOXA1R-PCR图谱选取12株代表菌株用于16S r RNA基因序列测定。16S r RNA基因序列系统发育分析显示,52株菌株分属于芽孢杆菌属(Bacillus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)和伯克霍尔德氏菌属(Burkholderia)4个属,其中芽孢杆菌属(Bacillus)为优势菌属。分离到的52株细菌有44株(占总分离菌株的84.6%)表现出对供试病原菌具有较好的抑制作用,高达94.2%的分离菌株能产IAA,有43株(占总分离菌株的82.7%)表现出淀粉酶活性。【结论】九香虫内细菌种群较为多样,具有潜在应用价值。     

云南个旧锡矿区可培养细菌多样性及其重金属抗性

摘要:【目的】揭示个旧锡矿区尾矿库和矿坑土壤中可培养细菌的多样性;发掘一批锡矿区土壤细菌菌株并对其Pb2+、Cd2+耐受性进行评价。【方法】采用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对样品中可培养细菌多样性进行研究,平板法评价代表菌株对Pb2+、Cd2+的耐受性。【结果】使用2种培养基从尾矿库和矿坑土壤中分离到214 株细菌,对其中107株代表菌株的16S rRNA基因序列系统发育分析结果显示,菌株分属细菌域的5个门、12个目、25个科、42个属;其中变形菌门(Proteobacteria)是优势类群,占总菌株数的69.2%;假单胞菌属(Pseudomonas)菌株是优势物种,占24.8%;2株菌代表了2个潜在新类群。对105株代表性菌株的重金属耐受性研究表明,耐受浓度1000 mg/LPb2+或Cd2+的菌株分别占73.3%和8.6%,菌株对Pb2+的耐受性明显好于Cd2+;分离自锡尾矿库的菌株耐受不同浓度Pb2 +和Cd2 +菌株比例明显高于矿坑来源的菌株;分离自锡尾矿区的2 株菌(DT47-2A 和DT50-1)对1000 mg/L浓度Pb2+和Cd2+均具耐受性。【结论】个旧锡矿区土壤可培养细菌具有丰富的多样性,而且蕴含着不少潜在新类群;该环境中含有大量Pb2+、Cd2+耐受菌株,并对Pb2+、Cd2+具有较强的抗性或适应性。     

硇洲岛潮汐带牡蛎相关可培养细菌多样性

[目的]了解南海硇洲岛潮汐带香港巨牡蛎(Crassostrea hongkongensis)相关可培养细菌的多样性.[方法]应用纯培养法分离样品中的细菌(含放线菌),采用基于16S rRNA基因序列的系统发育分析方法研究这些分离菌株的生物多样性.[结果]用补充0-25％(W/V) NaC1的MA、MH和NA培养基从样品中分离到102株细菌,在形态观察和部分生理生化实验结果的基础上去冗余,选取74个代表性菌株进行基于16S rRNA基因序列的系统发育分析.结果表明,这些菌株归为38个物种,属于4个大的系统发育类群(Gamma-Proteobacteria,Alpha-Proteobacteria,Bacteroidetes,Firmicutes)的16个科、18个属.大多数菌株属于Gamma-Proteobacteria亚门(45株,60.8％),其余依次是Firmicutes门(12株,16.2％)、Bacteroidetes门(11株,14.9％)和Alpha-Proteobacteria亚门(6株,8.1％).大多数菌株与其系统发育关系最密切的有效发表种典型菌株之间(16S rRNA基因序列相似性为94.3％-99.8％)存在一定的遗传差异,其中JSM 111069可能代表Carnobacteriaceae科的潜在新属;菌株JSM 111039和JSM 111085可能分别代表Bacillus属的两个新物种,菌株JSM 111020、JSM 111072和JSM 111090可能分别代表Pseudoalteromonas、Proteus和Idiomarina属的新物种.[结论]南海硇洲岛潮汐带牡蛎中存在较为丰富的原核生物多样性,并潜藏着一定数量的微生物新类群(物种).     

硇洲岛海胆可培养细菌的多样性

摘要：【目的】研究南海硇洲岛马粪海胆（Hemicentrotus pulcherrimus）可培养细菌多样性。【方法】采用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对样品中细菌（含放线菌）多样性进行研究。【结果】用补充0～2.0 mol/L NaCl的MA、ISP 2、NA、SWA和HAA培养基从海胆样品中分离到106株细菌菌株,根据形态观察和部分生理生化实验结果去冗余,选取34个代表性菌株进行基于16S rRNA基因序列的系统发育多样性分析。结果表明,这些分离菌株代表21个物种,属于3个大的系     

香樟产芽孢内生细菌的系统发育多样性

为了解香樟产芽孢内生细菌的多样性,采用改良的NA培养基分离、去除冗余及芽孢染色,得到40株产芽孢内生细菌,占分离所得内生细菌总数的29.9%,其中根、茎、叶中分别分离到25、5和10株。16SrRNA序列系统发育分析结果表明,这40株菌分属于Bacillus、Lysinibacillus、Paenibacillus和Brevibacillus属的12个种;7株菌的16SrRNA部分序列与数据库中模式菌株对应序列相似性小于97%,代表着潜在新类群的存在。同时,3个部位分离出的产芽孢内生细菌既呈现出一定程度的细菌区系相似性,又表现出细菌区系的器官特异性。     

野生及温室盆栽蕙兰可培养根内生细菌的遗传多样性

惠兰(Cymbidium faberi)是中国兰属代表种之一,具有很高的观赏价值和经济价值,对其内生细菌进行研究不仅可以丰富植物内生细菌资源,还可以为探讨兰花与微生物之间的相互作用关系提供基础数据。本研究采用分离培养方法及16S r RNA基因序列测定对天目山野生蕙兰、在温室培养1年后的蕙兰根内生细菌遗传多样性进行了研究。结果表明:从野生蕙兰根内分离得到的97株细菌分属于变形菌门的α-变形菌纲、β-变形菌纲、γ-变形菌纲及厚壁菌门的13个属,其最优势类群为γ-变形菌纲(86.60%),Lelliottia(26.80%)为最优势菌属。从温室盆栽蕙兰根内分离得到的52株细菌分属于变形菌门的α-变形菌纲、β-变形菌纲、γ-变形菌纲及放线菌门的9个属,优势类群为β-变形菌纲(48.08%),优势菌属为草螺菌属(Herbaspirillum)(34.62%),其中菌株eh R17为潜在的新种。这些结果表明天目山野生蕙兰可培养根内生细菌多样性较其在温室培养1年后更为丰富,同时也说明植物内生细菌的群落结构与生长环境密切相关。     

宜宾浓香型白酒酿造过程中可培养细菌的系统发育多样性

【目的】为较系统地了解宜宾浓香型白酒酿造过程中可培养细菌的多样性,得到一些潜在的微生物资源。【方法】采用改良的NA培养基和高氏I号培养基分离、去除冗余,测定所得细菌纯培养物的16S rRNA基因,进行系统发育分析。【结果】分离得到603株细菌,4株菌的序列与GenBank中典型菌株序列相似性低于97%,代表着潜在新类群;599株菌与GenBank中34个属、101个种的典型菌株序列相似性大于97%,其中以Bacillus为绝对优势菌(315株),Streptomyces(121株)、Lysinibacillus(35株)、Staphylococcus(45株)为次优势菌,其余各属菌株均在10株以下。而且有16个属均只检测到1株菌。【结论】宜宾浓香型白酒发酵过程中的细菌呈现出较为丰富的多样性和一定的稳定性。     

一平浪盐矿古老岩盐沉积中可培养细菌的系统发育多样性研究

运用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对云南省一平浪盐矿古老岩盐沉积中可培养细菌的多样性进行了研究。用补充0.5~3.5mol/L NaCl的MBA和ISP2琼脂培养基从卤水、岩盐和盐土样品中分离到38株细菌,用细菌通用引物进行16S rRNA基因扩增和序列测定,用相关软件进行序列相似性搜索、比对和系统发育分析。结果表明,38个分离菌株可分为31个物种,属于4个大的系统发育类群(Proteobacteria,Bacteroidetes,Firmicutes,Actinobacteria)、17个科、24个属。多数菌株属于Proteobacteria门(18株,47.3%;Gamma-Proteobacteria,31.5%;Alpha-Proteobacteria,15.8%)和Firmicutes门(13株,34.2%)。这些分离菌株中,至少有3个菌株可能代表3个不同属的3个新物种:Y3、Y15和Y25分别代表Idiomarina属、Salinicoccus属和Saccharospirillum属的新物种;而菌株Y21有可能代表Staphylococcaceae科的一个新属。从以上结果可以看出,一平浪盐矿古老岩盐沉积中存在较为丰富的微生物物种多样性和系统发育多样性,并且潜藏着新的微生物资源。     

蕙兰根内可培养细菌的物种多样性

以MS基本培养基添加蕙兰菌根浸出液制成的培养基进行分离培养的方法,从野生蕙兰（Cymbidium faberi）根部首次分离到内生细菌。经过分离纯化培养获得纯菌株27株。经过16S rDNA基因序列测序,并与GenBank数据比对,其相似性均在98%以上,分析鉴定结果表明,存活的22株菌可分为8属14种。分别隶属于伯克氏菌属（Burkholderia）、假单胞菌属（Pseudomonas）、芽胞杆菌属（Bacillus）、Leifsonia属、贪食菌属（Variovorax）、欧文氏菌属（Erwinia）、Duganella属和不动杆菌属（Acinetobacter）。对这些菌株进行分离培养及鉴定有助于理解兰花与微生物之间的相互作用关系,为开发利用这些微生物开辟新的思路。     

大小兴安岭针叶树倒木上木腐真菌的物种多样性

木腐真菌在森林生态系统中具有丰富的物种多样性, 并在倒木的降解过程中发挥重要的生态功能。针叶树是大小兴安岭森林生态系统的优势树种, 因此研究针叶树倒木木腐真菌物种多样性和影响其物种分布的相关环境因子有助于揭示大小兴安岭森林生态系统物质循环的机理。本研究收集了近16年对大小兴安岭地区冷杉属(Abies)、落叶松属(Larix)、云杉属(Picea)和松属(Pinus) 4类针叶树倒木上1,561份木腐真菌标本的采集信息, 统计了物种种类及其腐朽类型, 并选取具有代表性的地点开展木腐真菌群落多样性及其与环境因子的相关性分析。结果显示, 大小兴安岭针叶树倒木木腐真菌有166种, 隶属于70属, 其中白腐真菌有111种, 占所有种类的66.9%, 褐腐真菌为55种, 占所有种类的33.1%。在4类针叶树倒木上均能生长的真菌种类有19种, 占所有种类的11.5%, 其中柔丝干酪孔菌(Oligoporus sericeomollis)是各类倒木上木腐真菌群落中的优势种。大兴安岭地区落叶松属为优势寄主, 其倒木上生长的木腐真菌种类数和个体数在4类倒木中均为最高; 而小兴安岭地区松属倒木上木腐真菌种类数和个体数比其他3类倒木高, 是该地区的优势寄主。对6个代表性地区木腐真菌群落的研究显示, 有11种真菌在6个地区均有分布, 小兴安岭地区木腐真菌多样性普遍高于大兴安岭地区; 聚类分析显示树种比地理位置对木腐真菌物种分布的影响更大。     

小兴安岭大亮子河国家森林公园不同生境下土壤细菌多样性和群落结构

土壤细菌是森林生态系统的一个重要组成成分, 是生态系统中物质循环和能量流动的重要参与者, 细菌群落组成和生物多样性是反映土壤生态功能的重要指标。本文利用高通量测序技术分析了大亮子河国家森林公园内红松(Pinus koraiensis)林、落叶松(Larix gmelinii)林、蒙古栎(Quercus mongolica)林、枫桦(Betula costata)林、针阔混交林、灌木林和草甸等7种不同生境土壤细菌群落组成和多样性的差异性, 探讨该地区土壤细菌群落对不同生境的响应, 为地区森林生态系统的经营管理及生态系统稳定性的维护提供科学理论基础。在门的水平上, 各生境的细菌群落组成基本一致, 其中变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia)在7种生境土壤中相对丰度均大于10.0%, 是细菌中的优势菌门。在属的水平上, 共测得245个菌属, 各样地共有属118个, 占总属数的48.2%, 占总相对丰度的97.8%; 优势菌属分别为Spartobacteria_ genera_incertae_sedis、Gaiella、Gp16、Gp4, 占总相对丰度的47.0%, Spartobacteria_genera_incertae_sedis在7种生境土壤中丰度均最高。7种生境下的土壤细菌多样性和土壤理化因子存在着显著的差异, 红松林的土壤细菌群落多样性和丰富度均高于其他生境。土壤pH是大亮子河森林公园影响土壤细菌多样性的关键因子。     

大兴安岭地区可培养毛霉门真菌多样性与分布

为查明大兴安岭地区可培养毛霉门真菌的资源、多样性及其分布, 本研究选取9个代表市县, 采集了279份枯枝落叶、腐殖质、土壤和粪便样品, 采用稀释平板挑取法、稀释平板切块法和样品直接培养挑取法进行分离培养。通过形态初步观察鉴定, 共得到毛霉门真菌1,153株。选取代表性的菌株706株, 基于真菌分子条形码ITS rDNA进行分子系统发育多样性分析, 明确了毛霉门真菌总计3目8科10属38种。优势属为被孢霉属(Mortierella)、伞形霉属(Umbelopsis)和毛霉属(Mucor), 优势种为类变形被孢霉(Mortierella amoeboidea)、冻土毛霉(Mucor hiemalis)和深黄伞形霉(Umbelopsis isabellina)。本文同时汇总了全国已报道毛霉亚门和被孢霉亚门共计26属的分布, 分析了大兴安岭优势属和优势种在全国的分布。按三大主要生态区(东部湿润、半湿润生态区, 西北干旱、半干旱生态区和青藏高原高寒生态区)对所有属进行区域分析, 结果表明: 有9个属在3个大区都有分布; 对特有属而言, 东部湿润、半湿润生态区发现9个, 西北干旱、半干旱生态区仅有1个, 青藏高原高寒生态区未发现。     

东北大小兴安岭地区梅衣科岛衣类和袋衣类地衣物种多样性

东北大小兴安岭地区是中国地衣的重要分布地之一, 蕴藏着丰富的地衣生物多样性。本研究基于259份标本馆馆藏及采集自东北大小兴安岭31个保护区的新鲜地衣标本, 结合形态学、解剖学、化学和DNA片段的综合分析, 鉴定并报道了该地区梅衣科岛衣类和袋衣类地衣11属31种, 包括环北极成分13种, 东亚成分11种, 世界广布成分3种, 中国特有成分3种, 欧亚成分1种。与之前记录和报道的该地区同类地衣物种组成进行对比, 结果显示隶属于2属的6种地衣在该地区未被重新发现, 表明这些地衣在该地区的分布可能大大萎缩乃至消失, 尤其是属于东亚成分的袋衣属2种: 粉袋衣(Hypogymnia farinacea)和日光山袋衣(H. nikkoensis), 自最初以东北大小兴安岭标本为凭证在中国报道分布后, 30余年未再新增任何标本信息, 日光山袋衣在近期中国大型真菌红色名录评估中被推测处于易危状态。     

大小兴安岭地区伞菌和牛肝菌类区系

2014-2016年间, 对大小兴安岭地区伞菌和牛肝菌类的物种多样性和区系组成等进行了研究。对野外采集的3,363份标本整理鉴定, 共鉴定出661种(包括变种), 隶属于1门4纲18目61科180属。其中食用菌185种, 药用菌92种, 有毒菌110种。区系组成上, 含有10种及以上的优势科有16科, 共计519种, 占大小兴安岭地区伞菌和牛肝菌类总科数的27.87%, 总种数的78.51%。含有10种以下的共有45科, 而种数仅为142种, 占总种数的21.48%, 在本区系中为从属地位。含有5种及以上的优势属有29个, 占总属数的16.11%, 共计412种, 占总种数的62.33%。物种的地理区系组成上主要以北温带分布种、世界广布种和欧亚大陆分布种为主, 其中北温带分布种216种, 占大小兴安岭地区大型真菌总种数的32.68%; 世界广布种167种, 所占比例为25.26%; 欧亚大陆分布种161种, 所占比例为24.36%。     

大小兴安岭地区菌物多样性与分布格局

<正>菌物广泛分布于自然界中,具有丰富的物种多样性,在工农林业生产以及环境保护中发挥着重要作用。据估测,世界上有150万余种菌物,中国可能有18万余种;然而,目前全世界只报道了约10万余种,中国只发现了14,000余种。由此可见,自然界中还有大量的菌物种类有待发现。菌物作为国家重要的战略生物资源,对其开展广泛系统地资源调查、收集并保藏,能够为我国生物资源的进一步开发利     

大小兴安岭地区红菇属物种多样性及其地理成分

红菇属(Russula)真菌广泛分布于世界各地并与多种植物根系共生形成外生菌根, 对于森林生态系统的多样性维持与群落构建具有重要的作用。我国东北大小兴安岭地区是欧亚和美洲北温带地区生物群落交流的关键地区之一, 但该地区有关外生菌根真菌的区系研究较少。本研究对采自大小兴安岭的96份红菇标本进行了形态学鉴定和ITS序列分析, 通过结合世界范围内红菇属代表性物种(146个种)的ITS序列构建了红菇属系统发育图谱。结果表明, 大小兴安岭地区红菇属有46个分类单元, 其中包括37个种和9个未定种。对大小兴安岭地区37种红菇的地理成分分析表明, 北温带分布成分有13种、温带-热带共有成分8种、欧亚成分9种、世界广布成分7种。本研究表明大小兴安岭地区的红菇具有丰富的物种多样性, 而且具有明显的北温带区系特征, 同时也具有一定的区域特殊性。     

Diversity of bacterial community in freshwater of Woopo wetland

Diversity of bacterial community in water layer of Woopo wetland was investigated. Cultivable bacterial strains were isolated by the standard dilution plating technique and culture-independent 16S rRNA gene clones were obtained directly from DNA extracts of a water sample. Amplified rDNA restriction analysis (ARDRA) was applied onto both of the isolates and 16S rRNA gene clones. Rarefaction curves, coverage rate and diversity indices of ARDRA patterns were calculated. Representative isolates and clones of all the single isolate/clone phylotype were partially sequenced and analyzed phylogenetically. Sixty-four and 125 phylotypes were obtained from 203 bacterial isolates and 235 culture-independent 16S rRNA gene clones, respectively. Bacterial isolates were composed of 4 phyla, of which Firmicutes (49.8%) and Actinobacteria (32.0%) were predominant. Isolates were affiliated with 58 species. Culture-independent 16S rRNA gene clones were composed of 8 phyla, of which Proteobacteria (62.2%), Actinobacteria (15.5%), and Bacteroidetes (13.7%) were predominant. Diversity of 16S rRNA gene clones originated from cultivation-independent DNA extracts was higher than that of isolated bacteria.     

胜利油田单12高温油藏非培养和富集培养样品的细菌组成特性

[目的]通过比较分析油藏样品的微生物群落结构特点,认识油藏微生物的生态功能.[方法]利用3种油藏微生物研究中常用的富集培养方法,对胜利油田单12区块S12-4油井产出水样品进行了选择性富集培养,运用构建16S rRNA基因文库的方法分析了富集样品和非培养样品的细菌多样性.[结果]通过16S rRNA基因序列比对发现,非培养样品、异养菌富集样品、烃降解菌富集样品和硫酸盐还原菌富集样品中的优势菌分别为Pseudomonas属,Thermotoga属,Thermaerobacter属和Thermotoga属的成员.多样性分析结果表明,非培养样品的微生物多样性最丰富,同时非培养样品和富集样品的微生物群落结构存在很大的差异,富集样品中的微生物包括优势菌在油藏原位环境中含量很低.[结论]细菌组成差异的比较结果,对油藏微生物的生态功能研究和微生物驱油潜力评估具有重要意义.     

大兴安岭落叶松林不同演替阶段土壤细菌群落结构与功能潜势

采用土壤细菌16S rDNA高通量测序方法研究了大兴安岭汗马自然保护区落叶松林不同演替阶段的土壤细菌群落结构和功能.结果表明: 不同演替阶段落叶松林土壤细菌优势门为变形菌门、酸杆菌门、疣微菌门、拟杆菌门、放线菌门、浮霉菌门和绿弯菌门,随着演替的进行,酸杆菌门相对丰度逐渐增加,绿弯菌门相对丰度逐渐减少,优势门相对丰度在不同演替阶段不同.细菌群落α多样性在不同演替阶段间无显著差异,但其群落结构分别在落叶松幼龄林与中龄林、幼龄林与过熟林、近熟林与成熟林之间存在显著差异.土壤氧化还原电位、土壤pH和有效磷是影响细菌群落结构的主要环境因素,其中土壤氧化还原电位对微生物群落结构影响最大.随着演替的进行,细菌参与的固氮作用、反硝化作用、氨氧化作用、木质素降解作用呈逐渐减弱的趋势,硫酸盐异化还原作用呈先降后升的趋势,碳固定作用呈先升后降的趋势,碱性磷酸酶没有明显的变化规律,影响土壤功能的主要因素有土壤有效磷和氧化还原电位等.