羊驼皮肤中核糖体蛋白L34（RPL34）基因表达的分析

从羊驼皮肤eDNA文库中筛选到冗P￡34的克隆,经PCR鉴定并测序得知：一种克隆的大小为270bp（命名为尺P躬4,）,另一种克隆的大小为470bp（命名为RPL34Ⅱ）。序列分析发现,RPL34Ⅰ和Ⅱ在核苷酸水平上,5’UTR区不具有同源性,3’UTR区具有同源性;在氨基酸水平上,部分具有高度同源性;分子进化树分析表明二者具有不同的进化速率。此外,RPL34Ⅰ和Ⅱ对应于不同的转录本。通过以上结果分析,认为RPL34Ⅰ和RPL34Ⅱ二者同时在羊驼皮肤中表达,可能是RPIJ34的两个剪接体,发挥不同的生物学功能。     

核糖体DNA ITS区序列在植物分子系统学研究中的价值

本文就近年来国内外有关被子植物核糖体ＤＮＡ中的内转录间隔区（ＩＴＳ）序列在植物属内,近缘属间乃至科内系统发育研究中的应用,结合作者在中国姜科山姜属（Ａｌｐｉｎｉａ Ｒｏｘｂ．）上的研究,对ＩＴＳ区序列在植物分子系统学研究中的价值作一简要综述,对其应用前景也进行了讨论。     

家蚕核糖体蛋白L7基因cDNA序列的克隆和分析

为了研究家蚕孤雌生殖的调节机制,应用二维凝胶电泳(2DE)技术分离正常生殖的家蚕卵与孤雌生殖家蚕卵的差异蛋白质,在蛋白质水平上筛选与家蚕孤雌生殖过程相关的重要蛋白质.利用MALDI-TOF-TOF MS分析这些差异蛋白,获得了大量小肽的序列特征.BLAST搜索本实验室构建的cDNA文库,获得了1个与家蚕孤雌生殖相关的核糖体蛋白L7基因.根据已有的cDNA文库,采用RACE方法克隆得到该核糖体蛋白基因的全长cDNA.利用生物信息学的方法和工具,对这个基因在核酸水平和蛋白质水平分别作了详细的分析和讨论并进行蛋白结构预测.结果表明,核糖体L7基因的cDNA全长为858 bp,编码区包含6个外显子,共编码268个氨基酸残基,蛋白的疏水性平均值为-0.586,分子量大小为30 kD,极性的最大值为 39.616,最小值为0.451,等电点为10.52.分子系统分析显示,该蛋白与Apis, Lysiphlebus 和Meladema中的核糖体蛋白L7具有较高的同源性.     

兔骨形态发生蛋白15 cDNA部分序列的克隆及其在卵母细胞中的表达

采用RT-PCR法从新西兰大白兔卵巢中克隆出BMP15基因部分cDNA片段,经blast分析后,发现其与猪、牛、绵羊、山羊、人和小鼠的同源性达到了83%—90%。同时,利用实时荧光定量RT-PCR方法检测了BMP15mRNA在卵母细胞体外成熟培养过程中(IVM)的表达变化情况,结果表明:在兔卵母细胞体外成熟过程中,该基因在未成熟卵母细胞中表达水平较低,在培养16h其表达丰度达到峰值,并与卵丘扩展时间相一致,随后下降,推测BMP15可能在兔卵丘细胞扩展中发挥重要作用。     

核糖体DNA在黏菌分子系统学研究中的应用与发展

文中综述了核糖体基因在黏菌分子系统学研究中应用现状,并就目前黏菌分子系统中存在的问题及发展方向提出了看法。     

兔骨形态发生蛋白15cDNA部分序列的克隆及其在卯母细胞中的表达

采用RT-PCR法从新西兰大白兔卵巢中克隆出BMP15基因部分cDNA片段,经blast分析后,发现其与猪、牛、绵羊、山羊、人和小鼠的同源性达到了83％-90％。同时,利用实时荧光定量RT-PCR方法检测了BMP15mRNA在卵母细胞体外成熟培养过程中（IVM）的表达变化情况,结果表明：在兔卯母细胞体外成熟过程中,该基因在未成熟卵母细胞中表达水平较低,在培养16h其表达丰度达到峰值,并与卵丘扩展时间相一致,随后下降,推测BMP15可能在兔卵丘细胞扩展中发挥重要作用。     

兔骨形态发生蛋白15 cDNA部分序列的克隆及其在卵母细胞中的表达(英文）

采用RT-PCR法从新西兰大白兔卵巢中克隆出BMP15基因部分cDNA片段,经blast分析后,发现其与猪、牛、绵羊、山羊、人和小鼠的同源性达到了83%—90%。同时,利用实时荧光定量RT-PCR方法检测了BMP15 mRNA在卵母细胞体外成熟培养过程中（IVM）的表达变化情况,结果表明：在兔卵母细胞体外成熟过程中,该基因在未成熟卵母细胞中表达水平较低,在培养16 h其表达丰度达到峰值,并与卵丘扩展时间相一致,随后下降,推测BMP15可能在兔卵丘细胞扩展中发挥重要作用。     

核糖体rDNA ITS序列在真菌学研究中的应用

rDNA序列的同源性和变化性使其用于真菌各级水平的系统学研究,其中ITS区进化速率较快、长度适中,广泛用于属内种间或种内群体的系统学研究。该文就rDNA序列结构特点、ITS序列在真菌分子系统学及病原学中的应用等方面进行综述。     

海鲈核糖体蛋白L8cDNA的克隆与进化分析

本文构建了海鲈(Lateolabrax japonicus)头肾全长eDNA文库.PCR方法扩增得到海鲈的核糖体蛋白L8基因,全长848bp,编码257个氨基酸,含有L2及L2-C两个保守区.进化分析结果表明,以L8为参照的进化鉴定结果同经典的分子生物学标准18s鉴定结果十分相似,因此核糖体蛋白L8基因L8可以作为鉴定物种进化程度的新标准.     

豌豆核糖体小亚基蛋白S21的cDNA克隆、序列分析及在G2豌豆中的表达研究

以G2豌豆幼苗为材料,构建了滴度为6.5×106pfu的cDNA文库,用同源序列筛选法从该文库中得到一个全长465bp的cDNA。杂交分析认为它是一完整的cDNA序列。DNA序列分析表明,它拥有一个282bp的开放读码框,编码94个氨基酸。计算机同源序列比较发现,它可能编码豌豆核糖体小亚基蛋白S21(RS21-PEA),因为该序列与已知的玉米、水稻S21在氨基酸全序列水平上有32%～35%的同源性,并含有与RNA结合的特征结构域。进化树分析显示S21蛋白可在一定程度上反映生物的进化及遗传变异趋势。     

线粒体控制区在鱼类种内遗传分化中的意义

线粒体DNA（mtDNA）作为分子标记已被广泛应用于各物种系统发生的研究。mtDNA控制区序列（D-Loop）以其较高的突变积累对于研究物种种内的遗传分化具有重要价值。鱼类是脊椎动物中最原始但在种属数量上又最占优势的类群,其物种繁多,分布广泛,起源复杂,研究其系统发生历来是令人饶有兴趣的课题。D-Loop在研究鱼类种内遗传分化中具有多方面的重要意义。近年来,已有越来越多的研究工作将D-Loop作为分子标记来探讨各种鱼类的种内遗传分化,并且获得了许多有启发性的结果。青海湖是我国内陆最大的咸水湖,湖中主要鱼类为青海湖裸鲤（Gymnocypris przewalskii）,D-Loop分析初步结果显示青海湖及其周围河流中的裸鲤似乎没有新的种内遗传分化现象。      

以核糖体蛋白L7/L12为分子标志物精准检测肺炎链球菌的研究

目的:以核糖体蛋白L7/L12为标志物,探索一种胶体金免疫层析法快速检测肺炎链球菌的方法。方法:分析核糖体蛋白L7/L12基因序列,构建原核表达载体,表达纯化重组蛋白,免疫BALB/c小鼠制备单克隆抗体;利用无标记分子相互作用仪检测抗原抗体亲和力;以双抗夹心法研制胶体金免疫层析检测试纸条,并对其特异性、敏感性及稳定性进行验证分析。结果:筛选得到两株高效分泌单克隆抗体的杂交瘤细胞株,两种单克隆抗体均与抗原有高的亲和力并且无竞争,制作的试纸最低检出限为1. 0×105CFU/ml;其与肺炎链球菌有特异性反应,而与其它9种常见呼吸道病原菌均无交叉反应;试纸条在25℃下保存12个月仍具有良好的重复性和稳定性。结论:RP-L7/L12可作为肺炎链球菌的检测标志物,以其单抗制备的胶体金免疫层析试纸可适用于肺炎链球菌的快速检测。     

Mitochondrial Ribosomal Protein L11 Gene of Dictyostelium discoideum Resides not in the Nuclear Genome but in the Mitochondrial Genome

During the course of analysis of the mitochondrial genome ofthe cellular slime mold, Dictyostelium discoideum, we founda gene (rpl11) for mitochondrial ribosomal protein L11 (RPL11),having 172 amino acid residues. Southern blot analysis revealedthat the gene resided in the mitochondrial DNA as a singlecopybut not in the nuclear DNA. From Northern blot experiments,one major mRNA (about 27 kb) and two minor mRNAs (about 4 and5 kb) for the gene were detected in the mitochondria. This isthe first report showing that the active gene for RPL11 stillresides in the mitochondrial genome and has not been transferredto the nuclear genome in D. discoideum.     

巴西橡胶树线粒体50S核糖体蛋白L21cDNA的克隆与分析

在橡胶生产中,死皮生理综合症严重制约了橡胶树(Hevea brasiliensis)单产的提高。在早期构建的差减文库中,筛选到一条在死皮植株中下调表达的基因片段,该片段编码的蛋白与线粒体50S核糖体蛋白L21(mRPL21)同源。通过ESTs序列拼接和RT-PCR,获得一条853 bp的cDNA序列(命名为HbmRPL21,GenBank登录号为HM800425),该序列包含一个完整的开放读码框,编码271个氨基酸,理论分子量为30.52 kD,等电点为8.40。同源比对表明,植物和动物界间mRPL21序列差异很大,而植物界内则相对比较保守。生物信息学分析表明,HbmRPL21是一个包含Ribosomal_L21p保守结构域的线粒体定位蛋白。     

硬软蒺藜rDNA-ITS基因序列的测定和比较

用CTAB法提取总DNA,合成位于18 S rDNA和26S rDNA上的两条各20bp的引物,通过PCR扩增ITS的全序列,对PCR产物直接测序,分别获得了硬蒺藜(Tribulus terrestris L.)和软蒺藜(Atriples centralasiatica Iljin)的核糖体RNA基因-rDNA内转录间隔区(ribosomal DNA internal transcribed spacer,rDNA-ITS)的序列643 bp和607bp,其碱基总差异率为36.16%,其中,ITS1的碱基差异率为55.81%;5.8 S的碱基差异率为6.59%;ITS2的碱基差异率为56.77%.这种差异,以及基因序列本身,为硬软蒺藜的区别和种质资源鉴定提供了分子依据.     

核糖体蛋白L6/Taxreb107的核定位信号的分析

核糖体蛋白L6（RpL6,Taxreb107）含有三个具有核定位信号特征的基序.用作者构建的核定位信号捕获系统分析了这些核定位信号是否具有介导蛋白质进行核转位的功能.将RpL6/Taxreb107分段插入核定位信号捕获载体的克隆位点后转化宿主酵母,发现其前两个核定位信号可以介导融合蛋白进入细胞核,而第三个核定位信号无此作用.将RpL6/Taxreb107分段与绿色荧光蛋白融合后转染培养的哺乳类细胞,证实了以上在酵母中所得的结果.进一步发现RpL6/Taxreb107的前两个核定位信号同时具有核仁定位的功能.当在细胞中表达的早期,进入核内的融合蛋白优先定位于核仁.这些结果一方面有助于理解RpL6/Taxreb107核转位的机理,同时说明作者构建的核定位信号捕获系统也可用在蛋白质中寻找核定位信号.     

探讨rDNA ITS区作为果蝇Drosophila nasuta分子系统发育研究的价值

测定了果蝇ｎａｓｕｔａ亚群７个分类元和外群Ｄ．ｉｍｍｉｇｒａｎｓ的核糖体基因转录间隔区（ＩＴＳ,ｉｎｔｅｒａｎｓｃｒｉｂｅｄ ｓｐａｃｅｒ）,包括５．８ＳｒＤＮＡ和２ＳｒＤＮＡ长约１．１ｋｂ的ＤＮＡ片段序列。结果表明：Ｄ．ｐａｌｌｉｄｉｆｒｏｎｓ、Ｔａｘｏｎ Ｉ、Ｔａｘｏｎ Ｊ享有共同的序列;Ｄ．ａｌｂｏｍｉｃａｎｓ则与Ｄ．ｓ．ｎｅｏｎａｓｕｔａ共享１个序列。序列之间存在少量的插入缺失和碱基替代。     

Ribosomal protein-dependent orientation of the 16 S rRNA environment of S15

Ribosomal protein S15 binds specifically to the central domain of 16 S ribosomal RNA (16 S rRNA) and directs the assembly of four additional proteins to this domain. The central domain of 16 S rRNA along with these five proteins form the platform of the 30 S subunit. Previously, directed hydroxyl radical probing from Fe(II)-S15 in small ribonucleoprotein complexes was used to study assembly of the central domain of 16 S rRNA. Here, this same approach was used to understand the 16 S rRNA environment of Fe(II)-S15 in 30 S subunits and to determine the ribosomal proteins that are involved in forming the mature S15-16 S rRNA environment. We have identified additional sites of Fe(II)-S15-directed cleavage in 30S subunits compared to the binary complex of Fe(II)-S15/16 S rRNA. Along with novel targets in the central domain, sites within the 5' and 3' minor domains are also cleaved. This suggests that during the course of 30S subunit assembly these elements are positioned in the vicinity of S15. Besides the previously determined role for S8, roles for S5, S6+S18, and S16 in altering the 16 S rRNA environment of S15 were established. These studies reveal that ribosomal proteins can alter the assembly of regions of the 30 S subunit from a considerable distance and influence the overall conformation of this ribonucleoprotein particle.     

球毛壳菌60S核糖体蛋白L10a基因克隆与特性分析

用粗糙脉孢菌（Neurospora crassa）XP_322380和赤霉菌（Gibberella zeag）PH-1（EAA76971）的60S核糖体蛋白L10a基因（60S ribosomal protein L10a,RPL10a）蛋白序列对球毛壳菌（Chaetomium globosum）ESTs序列数据库进行tBlastn检索,获得了球毛壳菌RPL10a cDNA序列。cDNA序列长765bp,开放阅读框654bp,编码217个氨基酸组成的多肽,蛋白分了量为23．9kD。BlastP分析表明该基因氨基酸序列与粗糙脉胞菌相似最高为89％;与玉蜀黍黑粉菌（Ustilago maydis）相似性最低为78％。cDNA序列及推测的氨基酸序列在GenBank登录（登录号分别为AY669070,AAT74578）。