计算闭锁群体5个混合家系亲缘系数的探讨

亲缘系数（coefficient of relationship）也叫 遗传相关（genetic relationship),是数量遗传中 的重要参数,在计算遗传力、估计育种值、制定 综合选择指数中都有重要的应用意义闺。如果 根据谱系图逐对计算后代亲缘系数然后求平均 数的方法计算混合家系的亲缘系数,工作量大 且容易出错。吴常信闭曾导出计算一个“全同 胞一半同胞刀混合家系亲缘系数的近似公式;张 文灿（动物数量遗传通讯,1982）将吴常信的近 似公式推广到由S个“全同胞一半同胞刀混合家 系组成的群体,导出了计算全群亲缘系数的近 似公式;庞航(31根据全概率公式,导出计算一 个混合家系和S个混合家系亲缘系数的一般公 式。他们的近似或一般计算公式都是在假定雄、 雌亲间或各雄亲间,雄、雌亲间,各雌亲间无亲 缘关系的前提下导出的。对于闭锁群体,在低世 代时,满足或基本满足这些假定,用所导出的公 式计算亲缘系数是较为满意的,但随世代的增 加,各雄亲间,雄、雌亲间,各雌亲间常常存在程 度不同的亲缘关系。若仍采用他们所导出的公 式计算亲缘系数,往往偏低,世代越多,相差越 大。不宜用他们的公式计算闭锁群体S个混合 家系的亲缘系数。然而在闭锁育种中又需要较 准确地计算出闭锁群体混合家系的亲缘系数。 为了解决这个问题,本文首先对混合家系亲缘 系数提出一个较通俗的定义,然后根据这个定 义对计算闭锁群体S个混合家系亲缘系数进行 了探讨。     

一种新的分子遗传相似度计算方法

指出了Nei氏遗传相似度仅仅是用来描述两个二进制变量差异或相似程度的一种距离系数或相似系数,与个体间亲缘程度没有必然联系.根据亲缘系数的定义,提出新的遗传相似度计算公式即rA(x,y)=(2N2xy)/(NxNy)或rA(x,y)=(N2xy)/(NxNy).并通过实例验证了该公式可用于判断个体间亲缘程度方面。 Abstract:Nei's genetic similarity was only described as a kind of distance coefficient for binary system variables and it have not positive connection with the relationship between individuals.According to the definition of the relationship coefficient,a new formula which is about genetic similarity is put forward as following:rA(x,y)= It is verified by an example that this formula can be used to judge the relationship between individuals.     

一种新的分子遗传相似度计算方法

指出了Nei氏遗传相似度仅仅是用来描述两个二进制变量差异相似程度程度的一种距离系数或相似系数,与个体间亲缘程度没有必然联系。根据亲缘系数的定义,提出新的遗传相传相似计算公式即rA(x,y)=2N^2xy/NxNy或rA(x,y)=N^2/NxNy。并通过实例验证了该公式可用于判断个体间亲缘程度方面。     

动物的亲缘选择

总结了亲缘选择的概念并对亲缘系数的计算方法进行了归纳，对利他行为、适合度、广义适合度、亲缘系数的基本概念进行了阐述，另外还总结了基于亲缘选择的利他行为发生的条件，说明了亲缘选择在人类家族企业中的应用，对亲缘选择理论的学术价值和局限性进行了讨论。     

怎样计算亲属关系的亲疏远近?

我国1981年施行的新婚姻法规定三代以内的旁系血亲禁止结婚.其道理可通过计算亲属关系的亲疏远近得到回答。在医学遗传学上要测定两个人之间的亲缘关系,是通过计算两个人之间的亲缘系数(r)表明彼此之间亲疏远近程度的不同,也就是计算有关两个人在某一位点上有同一基因的概率,或者说计算两个人从共同祖先接受某一基因的概率。我们先以计算母女之间的亲缘系数为例,说明亲缘系数的计算方法(图1)。设父亲(P_1)的某一位点上的两个等位基因是A_1A_2,母亲(P_2)的相对某一位点上两个等位基因是A_3A_4,     

杏鲍菇菌种遗传多态性的ISSR分析

采用ISSR(Inter-simple Sequence Repeat)分子标记技术并应用NTSYSpc 2.10e生物软件对20株杏鲍菇菌种进行遗传聚类分析。结果表明,从22条引物中筛选出11条扩增条带清晰、多态性好的ISSR引物,共获得74个ISSR标记位点,51个多态性位点,多态比率为68.92%,产物片段大小在100~5 000 bp之间。聚类分析发现,遗传相似系数在0.828时,20株杏鲍菇菌种分为4个类群,当遗传相似系数达到0.896时,分为12个类群,杏528寿与其他菌种的亲缘系数最远,具有独立的遗传体系。     

怎样计算近婚系数

有五代以内亲缘关系的两个人结婚,称为近亲结婚。近亲结婚者可能从共同的祖先得到同一基因,他们结婚后又有可能把同一基因遗传给他们的子女,子女得到这样一对基因的概率(机会),就是近亲结婚所生子女的近婚系数F。一个个体的近婚系数,等于它的亲代的亲缘系数r的1/2(表1)。 (一)常染色体基因近婚系数计算法     

小麦21条染色体RFLP作图位点遗传多样性分析

对来自世界11个国家的15个小麦品种(系)(Triticum aestivum L.AABBDD,2n = 42)472个RFLP位点的遗传多样性进行了检测,并进行了逐条染色体分析,结果发现:(ⅰ) 15个品种在各条染色体上的聚类各不相同.根据472个遗传位点遗传多样性数据,15个品种可聚类为4类,Synthetic,Hope, Timgalen各为一类,其余品种为一类,遗传距离远近恰与其所携带的小麦亲缘种染色体数目有关.(ⅱ)普通小麦遗传多样性非常贫乏,不同国家来源的品种相似系数高达0.8以上,多数品种间的大多数位点无遗传多样性,有53%的位点在供试的栽培品种中完全无多样性.(ⅲ)以四倍体小麦(AABB)和粗山羊草(DD)为亲本的品种(系)中,其对应的染色体上有较高的遗传多样性,其中有49.4%的等位变异在供试栽培种中没有发现,说明小麦的原始供体种是丰富现代栽培小麦遗传多样性的重要资源.(ⅳ) 根据遗传多样性位点及其作图位置, 可以检测到小麦栽培品种与其亲缘种杂交后代中亲缘种的染色体(片段).(ⅴ)在小麦的A,B,D3个基因组中, B基因组的遗传多样性最高,D基因组最差(尤以1D最甚),A基因组居中.(ⅵ)中国古老栽培品种中国春(CS)与国外栽培品种主要差异表现在染色体1B,3B和5A上,并发现了12个中国春的特异等位变异.认为现代栽培小麦遗传多样性狭窄是目前小麦育种难以取得突破的关键问题之一,并对如何丰富小麦的遗传多样性提出了建议.     

一个估计阈值模式中各级亲属预期发病率的公式

本文根据阈值模型理论,推导一个计算阈值性状中患者各级亲属的预期发病率的公式。 公式为 [X_r]=X_g-rh~2a_g 式中,X=阈值与平均的正态离差;a=患者与群体平均的平均离差;h~2=遗传率;r=亲缘系数;下标g指一般群体;下标r指患者亲属。 与Falconer公式和Edwards近似公式相比较,无论在计算结果的精确度上,或者使用简便上均有一定的好处。     

天鹅洲迁地保护江豚种群近亲繁殖状况评估

长江江豚(Neophocaena asiaeorientalis asiaeorientalis)已处于极度濒危状况,迁地保护被认为是避免其灭绝最有希望的保护措施。本文选用21个多态性微卫星标记对2010年10月天鹅洲迁地保护江豚种群进行了亲子鉴定和亲缘关系分析,以检测该种群的近亲繁殖状况,为种群管理提供参考信息。本研究从18个体中检测到3个父-母-子家庭,以及母子和父子各1对。由于检测到的亲子关系较少,单从亲子鉴定结果不能判断该种群是否存在近亲繁殖。然而,亲缘关系分析结果表明,该迁地保护江豚种群的平均亲缘系数r为0.118 2,候选亲本间亲缘系数r为0.115 2,均显著高于长江江豚自然种群。而且,天鹅洲迁地保护江豚种群中具有亲缘关系的个体对达26.14%,高于自然种群6倍以上。此外,该种群的近交系数(Fis)为0.046。基于亲缘系数和近交系数的分析结果均表明,该种群存在较高的近交风险或者可能已经发生近交。本研究建议将种群中亲缘关系最多的雌性F34和雄性M45移出,并以每代(约5年)按雌雄1∶1的比例引进2头可繁殖个体,以降低近亲繁殖风险。此外,建议尽快为该迁地保护江豚种群构建遗传谱系,以便今后开展种群遗传管理。     

神农架川金丝猴人工补食群的遗传多样性和亲缘关系

以湖北神农架国家级自然保护区的川金丝猴人工补食群体为研究对象,利用微卫星遗传标记对该群体的遗传多样性和亲缘关系进行研究,并对其种群的遗传多样性发展趋势进行了预测。结果显示,12个微卫星位点在该补食群体中共检测到50个等位基因,平均观察杂合度和平均期望杂合度分别为0.668和0.630,多态信息含量为0.442-0.696,平均0.567。亲权鉴定中共鉴定出11个父-母-子单元,各单元未有近亲繁殖的状况。亲缘系数结果显示具有亲缘关系的个体对达21.64%,群体平均亲缘系数为0.1108,现6个家庭单元中有两对候选亲本具有亲缘关系,表明该群体存在较高的近交风险。遗传多样性变化趋势的模拟结果表明,种群的数量对遗传多样性的影响比较大,群体中雄雌比例也对遗传多样性的损失有影响;为避免近亲交配,保持群体的遗传多样性水平,建议进一步做好人工补食群金丝猴的个体识别,完善家庭系谱,明确繁殖个体的遗传背景;引入一批有效的建群者来增加种群的数量及优化雄雌的比例。     

25份槭属优良种质资源亲缘关系的ISSR分析

槭属植物是世界园林绿化中的重要植物种类,种质资源丰富且大多数种类具有重要的观赏价值。针对目前我国槭属植物杂交育种工作中面临的品种混杂不清、亲缘状况不明等情况,该研究采用ISSR分子标记对槭属25份植物材料进行了亲缘关系分析。结果表明:选用12条扩增带型清晰且重复性好的引物共获得84条谱带,其中81条呈多态性,多态性比例(PPB)达96.43%,表明槭属植物遗传多样性较高。25份槭属植物材料的遗传相似性系数介于0.405与0.952之间,平均值为0.627,表明不同品种或物种之间遗传相似性系数变化较大。根据Nei遗传相似性系数,在0.578处,UPGMA结果将25份植物材料分为2个类群,其中鸡爪槭品种(或变种)聚为一类,显示了各品种(或变种)之间具有较高的亲缘关系,其余槭属植物则聚为类群II;在0.646处,可进一步分为6个亚类群,部分鸡爪槭品种间表现出了叶形、叶色等表型形状与其遗传关系的相关性。研究未发现鸡爪槭品种(或变种)的亲缘关系与地理分布存在相关性。我国槭树资源丰富,但目前我国对槭树新品种的开发及选育工作仍十分薄弱,建议采取自行选育结合国外引进新品种的方式,丰富我国的槭树种质资源。     

单元内混合家系相关法估算遗传力及遗传相关的探讨

本文取单元内同胞相关法和混合家系亲缘相关法估算畜禽遗传参数之长,推导出单元内混合家系相关法。用这种方法估算遗传参数,既能消除环境单元间的差异,又能充分利用全同胞和半同胞资料,具有扩大信息来源,提高估算准确性和计算方便的优点。     

三个黄颡鱼群体遗传多样性及亲缘关系的微卫星标记分析

利用微卫星标记技术对3个黄颡鱼群体(W S、TE和QF)的遗传多样性及亲缘关系进行研究。通过筛选的30个引物对3个黄颡鱼群体基因组DNA的扩增,获得了19个有效引物,其中有6个微卫星位点具有多态性,并计算出了3个黄颡鱼群体间的遗传相似系数和遗传距离,TE和QF群体间的遗传相似系数最大(0.8736),遗传距离最小(0.1790);W S和QF群体间的遗传相似系数最小(0.7284),遗传距离最大(0.2768)。同时运用聚类分析(UPGMA)的方法建立了3个黄颡鱼群体的系统发生树。     

种畜生产性能测验的评定中采用简化动物模型的BLUP法研究

本文是探讨采用简化动物模型计算最优线性无偏预测值(BLUP)的方法。BLUP是一种评定种畜遗传价值的有效方法,但是如果涉及的动物很多,则需要解较大系列的方程,常使计算代价很大,而采用一种减少评定种畜育种值的元素数的等价线性模型,可以大大简化计算。这里利用普通动物模型和简化动物模型,以包括父亲和外祖父后裔测验资料的一组简单数据为例,对比说明这两种解法计算的BLUP值的恒等性。一般采用包括父亲和外祖父的简化模型与普通模型比较,方程组的阶数可缩小30—50％左右,解亲缘系数矩阵的逆阵和混合模型方程组所需时间减少到10％左右,计算机的存储记忆也大大减少。     

分子标记及其在核桃遗传多样性研究中的应用

核桃是我国重要的坚果和木本油料树种之一,具有重要的学术研究和经济价值。现代分子标记技术的迅速发展为核桃的种质鉴定、遗传育种、遗传多样性分析、亲缘鉴定等提供了崭新途径。本文主要介绍RFLP、RAPD、AFLP及SSR等几种分子标记技术的主要原理、特点以及在核桃遗传多样性方面的研究进展,分析了分子标记在核桃遗传多样性研究中的主要问题,并对其发展提出了展望。     

不同来源鼠李糖乳杆菌的随机扩增多态DNA分析

[目的]建立鼠李糖乳杆菌(Lactobacillus rhamnosus,Lr)菌株之间的分子鉴别方法并分析不同分离株之间的遗传多样性.[方法]从56份采集自中国新疆和田和广西巴马瑶族自治县的长寿老人粪便样本中分离得到的乳酸菌中,经生理生化分析和API 50CHL试验条鉴定,获得10株Lr.对10株Lr分离株和1株Lr标准株ATCC7469进行了随机扩增多态DNA分析,从50条随机引物中筛选到5条在菌株水平上具有鉴别力的引物P14、OPG28、OPG25、P7和P4并建立和优化了Lr菌株RAPD指纹图谱扩增方法.根据RAPD结果计算菌株间的遗传相似系数并进行聚类分析.[结果]获得了清晰稳定的DNA指纹图谱,扩增产物大小在100～2000bp之间,菌株间呈现显著的DNA多态性,不同来源的Lr分离株的遗传相似系数在0.581～0.935之间,在相似系数0.80水平上可以将11株Lr菌株分为5个类群,其中分离自新疆和田的Lr菌株归在类群B和类群C,而分离自广西巴马瑶族自治县的Lr菌株归在类群D和类群E.[结论]应用RAPD方法对Lr菌株进行分子鉴别是可行的,不同来源的Lr之间存在着较大的种内遗传多态性和不同的亲缘关系.     

不同密度下拟南芥的亲缘选择

亲缘选择理论认为亲缘个体之间通过亲缘认知而相互合作以增加其适合度。前期的相关研究证实了一些植物物种之间具有亲缘选择作用,而且不同物种对亲缘选择的响应方式各有差异。但是,现有的试验物种较少,且未考虑其他环境因子的影响。为了验证拟南芥(Arabidopsis thaliana)不同生态型对亲缘选择的响应方式,本试验选取3个拟南芥生态型[Columbia(Col)、Landsbergerecta(Ler)和Wassileskijia(Ws)]作为研究对象,在3种密度条件下,通过测度植物表型特征(株高、莲座面积、叶面积和种子数等)和各构件生物量特征(根、茎、叶和种子生物量)在亲缘处理组和非亲缘组的差异,来探索密度对亲缘选择结果的影响。结果表明,拟南芥各生态型亲缘组与非亲缘组差异主要表现在地上部分,而地下部分在亲缘和非亲缘组并没有显著差异;3种生态型拟南芥对亲缘选择的响应方式不同,Col主要表现在种子生物量上,Ler主要表现在叶和茎生物量上,Ws主要表现在种子和茎生物量上;拟南芥不同生态型对亲缘选择的响应方式依赖于种植密度,密度是影响拟南芥亲缘选择表现的重要因素。     

性染色体微卫星标记在亲缘鉴定中的应用

性染色体短串联重复序列(short tandem repeat,STR),又称微卫星DNA(micro satellite DNA)作为一种特殊的遗传标记在法医学个体识别及亲缘鉴定中发挥着重要的作用。该文对亲子鉴定概念、原理和方法等基础知识以及性染色体STR的研究历史、特点以及局限性等进行综述,为性染色体STR在法医学、遗传学等方面的推广应用提供参考。     

利用Excel电子数据表计算遗传相似系数的方法

利用分子标记技术对生物物种群进行类群分类时,一般需要通过分析电泳图谱获得0/1矩阵,通过统计计算来得到其遗传相似系数和遗传距离指数。科学工作者常借助计算器徒手计算,容易出错,速度又慢。本文介绍一种以MicrosoftExcel电子数据表为平台,能较轻松又准确地根据0/1矩阵实现遗传相似系数和遗传距离指数计算的操作方法。