西藏扎布耶茶卡盐碱湖古菌多样性的非培养技术分析

采用非培养技术,直接从西藏扎布耶茶卡盐碱湖样品中提取微生物总DNA。以样品总DNA为模板,PCR扩增湖中古菌的16S rDNA序列。扩增产物经过克隆并随机挑选60个克隆进行测序得到它们的16S rDNA部分序列,大部分序列与嗜盐碱古菌的16S rDNA相近。在系统发育树上,部分克隆与已知古菌属归于同一分支,主要分布在嗜盐菌科的Natronococcus、Natronorubrum、Natronobacterium、Natronomonas、Natrinema、Halorubrum、Haloterrigena和Halorhabdus等8个嗜盐古菌属中, 也有一些克隆形成了独立的分支。它们共同显示出扎布耶茶卡湖中的古菌具有丰富的多样性。     

极端嗜盐菌 16S rDNA的PCR扩增

四株嗜盐菌Haloarcula vallismortis(EM201)、Haloferax denitrificans(EM303)、A_5和B_2已通过一对特定引物用PCR技术从总DNA中扩增出各自的16SrDNA片段,分子大小在1.47kd左右.DNA杂交也表明这些PCR产物具有嗜盐菌的同源性.     

极端嗜盐硫解酶基因的克隆和氨基酸组成分析

根据嗜盐菌(Halobacterium salinarum)NRC\|34001中硫解酶的基因序列信息,采用PCR技术从菌株Halobacterium sp.ZP\|6中克隆了极端嗜盐硫解酶的基因,并对此酶的氨基组成进行了分析。同非嗜盐硫解酶相比,极端嗜盐硫解酶不但含有较多的负电荷氨基酸,较少的正电荷氨基酸和强疏水氨基酸,而且同类氨基酸中的小氨基酸含量明显增高。这表明极端嗜盐硫解酶的嗜盐特性不单来自形成的分子静电屏蔽网和疏水作用的调节,且与分子表面张力减小密切相关。     

新疆青海中度嗜盐放线菌生物多样性初步研究

从我国新疆、青海等地采集数份盐碱土样或泥样,采用淀粉-酪素琼脂培养基、甘油天门冬酰胺琼脂培养基、土壤浸汁琼脂培养基分别从中分离到8株、32株中度嗜盐放线菌菌株。经形态、生理学特性与全细胞壁氨基酸组分分析结果比较,选取其中的14株进行16S rDNA序列分析。就物种多样性而言,新疆、青海分离到中度嗜盐放线菌分布至少有3个科,5个属。其中有拟诺卡氏菌科（Nocardiopsaceae）的拟诺卡氏菌属(Nocardiopsis)和链单孢菌属（Streptomonospora）;假诺卡氏菌科(Pseudonocardiaceae)的普氏菌属(Prauserella)和糖单孢菌属(Saccharomonospora);链霉菌科(Streptomycetaceae)的链霉菌属(Streptomyces)。就地区分布来讲,新疆分离到的中度嗜盐放线菌种类要远高于青海。     

将一株原红霉素链霉菌转入拟无枝菌酸菌属的分类学研究

对保藏的红霉素链霉菌AS4.894、AS4.198的化学分类研究表明,它们的胞壁类型为IV/A型,不属于胞壁为Ⅱ型的链霉菌属。菌株AS4.198与已由Labeda(1987)转入糖多孢菌属(Saccharopolyspora),定名为Saccharopolyspora erythreus的菌株相似;菌株AS4.894虽然胞壁型与糖多孢菌相似,但磷酸类脂为PⅡ型,应转入拟无枝菌酸菌属(Amycolatopsis Lechevalier,1986)。通过与红霉素糖多孢菌(Saccharopolyspora erythreus)和白色拟无枝菌酸菌(Amycolatopsis alba,A83850~T)进行比较,菌株AS4.894的生长Ph范围广泛,耐盐和耐50℃高温,DNA G+C mol％高,区别于拟无枝菌酸菌属中的任何已知种,而建议命名为新种——红霉素拟无枝菌酸菌(Amycolatopsis erythreus comb.nov.)。     

芝田硫化叶菌Ssh7蛋白的进化保守性及DNA结合特性

嗜酸热古菌——芝田硫化叶菌(Sulfolobus shibatae)合成大量7 kD DNA结合蛋白Ssh7. Southern杂交结果显示, 该菌基因组中含有两个编码Ssh7蛋白的基因, 分别命名为ssh7a和ssh7b. 对这两个基因进行了克隆、序列测定和在大肠杆菌中的表达. 测序结果表明, 两个Ssh7多肽仅在3个氨基酸位置上有差异; 此外, ssh7a和ssh7b的顺式调控序列也十分相似, 提示存在着维持两个基因的序列和表达都不变的选择压力. 杂交结果还显示, 与芝田硫化叶菌一样, 硫磺矿硫化叶菌(Sulfolobus solfataricus)基因组中也含有两个编码7 kD蛋白的基因. 结合其他报道, 这一结果提示编码7 kD蛋白的基因可能在硫化叶菌种间分歧形成之前发生了基因复制. 采用电泳迁移率改变试验(EMSA)分析了天然及重组Ssh7蛋白与双链DNA片段之间的相互作用. 天然和重组蛋白的EMSA行为相似, 说明Ssh7与DNA的相互作用既不受发生在天然蛋白赖氨酸残基上的甲基化的影响, 也不受两种多肽异构体之间在序列上的差异的影响. 在所采用的实验条件下, Ssh7与双链DNA片段结合时的结合位点大约为6.6 bp, 表观解离常数为(0.7~1.0)×10^-7 mol/L. 此外, Ssh7与负超螺旋DNA的结合强于与线性和松弛DNA的结合.     

嗜热放线菌类群分类的研究IV．诺卡氏菌科嗜热种的研究

从亚热带地区土壤中分离出属于诺卡氏菌科的一些嗜热菌种,经52℃培养,通过形态、培养特征、生理生化特性及细胞壁组份等的研究,证明有与诺卡氏菌科菌种共同的特征,区别于这类菌的特性是嗜热性。本文报道属于3个属的4个新种：热黄色诺卡氏菌、Nocardia the-rmoflava n. sp.、热紫色诺卡氏菌 Nocardia thermoviolacea n. sp.、热酒红放线多孢菌Actinopolyspora thermovinacea n. sp.、热丁香类诺卡氏菌 Nocardioides thermolilacinus n. sp.。     

嗜热菌Thermus sp. YBJ-1的分离和淀粉酶基因的克隆

从西藏热泉水样分离得到一株嗜热菌（YBJ-1）,其16S Rdna（1511bp）序列与栖热菌（Thermus scotoductus ITI252T）的同源性为98%。 通过PCR技术将Thermus sp. YBJ-1的淀粉酶基因(amyT)全长开放阅读框克隆到T载体。分析表明, amyT的ORF全长为1767bp,编码588个氨基酸。推导的氨基酸序列与嗜热脂肪芽孢杆菌的阿尔法环糊精酶（Bacillus stearothermophilus alpha cyclodextrinase） 和栖热菌Thermus sp.IM6501的麦芽糖淀粉酶（Thermus sp.IM6501 maltogenic amylase）分别有99%和96%的同源性,与嗜热脂肪芽孢杆菌的新普鲁兰酶（neopullulanas）的同源性为81%。     

嗜盐小盒菌属新种的鉴定

从新疆盐湖分离纯化到3株多形态嗜盐菌(编号为A_5,B_ 2和B-B_2).以《伯杰氏系统细菌学鉴定手册》第3卷(1989年)为主要依据,根据极性脂分析,这3株菌可归入嗜盐小盒菌属(Haloarcula).又根据细胞形态特征和生理生化特性,这3株菌不同于该属中现在正式承认的两个种而成为一独立的类群,建议为嗜盐小盒菌属中的一个新种,命名为艾丁嗜盐小盒菌(Haloarcula aidinensis sp.nov.).以A_5菌株作为模式株.     

依尼奥小单孢菌抗性基因sisR的克隆研究

从产西索米星的依尼奥小单孢菌中克隆高抗性新基因sisR ,借助计算机设计PCR引物 ,从西索米星的产生菌依尼奥小单孢菌的染色体DNA中 ,经PCR扩增获得DNA序列长度不等的DNA片段。将这些DNA片段克隆至pUC19载体质粒并导入大肠杆菌 ,从中筛选到 5个抗西索米星的转化子 (其中一个命名为sisR)显示对西索米星的高抗性 (超过 10 0 0 μg mL)。经DNA测序并通过互联网Blast比对 ,确认对该抗性负责的DNA片段是一个未见报道的新基因。     

耐热糖化酶基因的克隆及其在枯草杆菌中的表达*

应用PCR技术从嗜热古生菌硫磺矿硫化叶菌(Sulfolobussolfataricus)中扩增到大小约为1.9kb编码嗜热糖化酶的DNA片段,并将其插入枯草杆菌诱导型表达载体pSBPYF,获得含有该糖化酶基因的重组质粒pSGAYF,转化枯草芽孢杆菌DB1342。经蔗糖诱导后,该糖化酶在枯草杆菌DB1342(pSGAYF)中获得胞外分泌表达,酶活为3.6U/mL,最适温度为90℃,最适pH6.0。     

鞘氨醇单胞菌PY3菲降解基因的克隆及序列分析

将菲降解菌鞘氨醇单胞菌(Sphingomanas sp.)PY3的DNA片段与pUC119质粒连接后,转化大肠杆菌JM109,经筛选得到两个质粒,分别命名为pUp1(带有23kb外源DNA片段)和pUp2(带有39kb外源DNA片段)。pUp 1的DNA含有2个ORF。ORF 1由275个氨基酸组成,与恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)F1的甲苯水解酶及菌株Pseudomonas CF600的甲苯水解酶在氨基酸水平上有47%的同源性。ORF 2由327个氨基酸组成,与嗜热脂肪芽孢杆菌(Bacillus stearothermophilus)的邻苯二酚双加氧酶(phe B)及紫红红球菌(Rhodococcus rhodochrous)CTM的邻苯二酚双加氧酶(C23O)在氨基酸水平上分别有57%和44%的同源性。     

嗜热放线菌类群分类的研究III．小多孢菌属的分类鉴定

从我国西藏昌都县的羊粪及鸟粪中分别分离出两株嗜热小多孢菌,经52℃培养,通过分类研究,证明有别于嗜热小多孢菌的所有已知种,分别命名为粉白小多孢菌 Micropolyspora ro- seoalba n. sp．及烬灰黄小多孢菌 Micropolyspora cincreoflava n. sp.。     

极端嗜酸热古菌S5菌株的重新分类研究

对已经鉴定的嗜酸热硫球菌 (Sulfosphaerellusthermoacidophilumgen.nov .sp .nov)S5菌株的进一步研究发现 ,它既能在好氧条件也能在厌氧条件下代谢元素硫进行化能自养生长 ,结合其 1 6SrRNA基因的分子系统学分析 ,S5菌株应归于Acidianus属。另外 ,S5菌株与Acidianus属中三个已知种基因组DNA的同源性分别仅有 44%、2 2 %和 2 3% ,DNA中G +Cmol%为 38,与已知种 31 0和 32 7有较大差异 ;而且 ,在代谢特性上S5菌株为专性化能无机营养型 ,与Acidianusbrierleyi有明显不同。因此S5菌株应是Acidianus属中一个新种 ,建议定名为 :腾冲嗜酸两面菌 (Acidianustengchongensessp .nov .)。     

马鞍菌属新种和新记录II．

本文报道了近年来在中国发现的马鞍菌属 Helvella的3个新种,即蚊河马鞍菌H. jiaohensis, 吉林马鞍菌 H. jilinensis 和新疆马鞍菌 H. xinjiangensis; 3个新记录种即肋盖马鞍菌 H. costifera, 长孢马鞍菌 H. oblongispora和灰黑马鞍菌H．Rivularis。 此外由于亚梭孢马鞍菌 H. subfusispora 的模式标本于1984年在火中被毁,因此作者在另一份标本(HMAS 30483)的基础上为其标定了新模式(Neotype)。     

一种快速提取真菌染色体DNA的方法

介绍了一种适用于多种真菌染色体DNA的快速提取方法。该方法用石英砂振荡破壁 ,快速便捷地提取真菌染色体DNA ,提取时间仅用 1～ 2h。作者应用该方法成功地提取了粗糙脉胞菌 (Neurosporacrassa)、米曲霉 (Aspergillusoryzae)、羊肚菌 (Morchellaesculcnta)、酿酒酵母 (Saccharomycescervisae)等 4种不同真菌的染色体DNA ,所提DNA片段均大于2 0kb ,可直接用于限制性内     

极端嗜热古菌Pyrococcus horikoshii几丁二糖脱乙酰酶的克隆、表达及性质研究

利用PCR扩增技术从极端嗜热古菌Pyrococcus horikoshii 中得到预测为几丁二糖脱乙酰酶的基因（Dacph,PH0499）,将其克隆入表达质粒pET15b,并在E.coliBL21_codonPlus(DE3)_RIL中表达获得可溶的Dacph重组蛋白（31.6kDa）,TLC分析证明Dacph能够脱去N_乙酰氨基葡萄糖及几丁二糖的一个乙酰基,并与氨基葡萄糖苷酶（BglAPh）共同作用水解几丁二糖生成氨基葡萄糖,从而被命名为一种几丁二糖脱乙酰酶。与Pyrococcus horikoshii中外切氨基葡萄糖苷酶等共同作用,Dacph可能在嗜热球古菌独特的几丁质降解途径中起重要作用。     

游动放线菌科分类的研究Ⅳ．链孢囊菌属的分类

6株放线菌经形态、培养特征、生理生化特性、细胞壁组份及DNA中GC克分子百分比的鉴定属于链孢囊菌属(Streptosporangium)。其中除粉红链孢囊菌(Streptosporangium roseum)为已知种外,还有二个新种,本文只报道这两个新种：红橙链孢囊菌(Streptosporangium rubro-aurantiacum n. sp.)：紫红链孢囊菌(Streptoporangium violaceorubrum n. sp.)。后一新种产生抗肿瘤抗菌素——洋红霉紊(Carminomycin)及其他组份。     

山西运城盐湖放线菌区系研究

从山西运城盐湖分离到中、高温嗜碱或耐碱放线菌120株,对其进行了分类鉴定。根据形态和分类特征（细胞壁化学成分）,分别归入拟诺卡氏菌属（Nocardiopsis）、诺卡氏菌科（Nocediaceae）、小多孢菌属（Micromonospora）、马杜拉放线菌属（Actinomadura）及链霉菌属（Streptomyces）,并将链霉菌归入了11个类群。