煮沸裂解法和试剂盒法提取浸矿菌基因组DNA的比较

目的:在生物浸出中,微生物群落结构分析有着重要意义,而群落分析的基础是提取纯度高、损失少的基因组DNA。为了解决这一问题,本实验通过比较两种较常用的DNA提取方法,煮沸裂解法和试剂盒法,寻找一种灵敏、快速、经济实用的制备浸矿细菌基因组DNA的方法。方法:分别用煮沸裂解法和试剂盒法提取6种浸矿菌的基因组DNA,从所提取的基因组DNA浓度、纯度、回收率和对PCR扩增反应的影响方面比较了两种方法的提取效果;用两种方法来处理不同浓度梯度的一种菌,通过实时定量PCR来比较两种方法的灵敏性。结果:相同处理量(108个)的革兰氏阳性菌(1株)、革兰氏阴性菌(4株)、古菌(1株)经两种方法提取的基因组DNA差异较大,煮沸裂解法所得的6组基因组DNA更纯,其OD260/OD280的值更接近1.8-2.0(纯DNA的OD260/OD280在1.8-2.0之间),前者所提DNA回收率最大可达后者的16.7倍;煮沸裂解法只需较少菌(102个)便能让实时定量PCR检测到所提DNA模板浓度,比试剂盒法灵敏。结论:两种方法提取的基因组DNA均可用于后续的PCR扩增,此外,前者提取的DNA浓度随细菌浓度增加而呈线性增大,而后者随菌浓度增大,所提DNA量增加有限,因此,在生物浸出中微生物基因组DNA的提取可直接采用简单快速的煮沸提取法,为实验节约成本和时间。     

检测低拷贝数HBV DNA含量的临床研究

目的:了解不同试剂在应用实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)以及巢式PCR方法在检测低拷贝数的HBV DNA量的差异与灵敏度。方法:用上海复星医学科技发展有限公司(A方法)检测出了68例HBV DNA结果为5.1×101-1.0×103拷贝数/亳升的低拷贝数标本。然后,三家不同公司的试剂(方法 B、方法 C、方法 D)对这些样本进行复核。另外,巢式聚合酶链反应PCR法检测此68例标本。随访巢式PCR结果为阳性的10例低拷贝数HBV DNA的病人。结果:用四种方法(A、B、C、D)检测的68个样本的HBV DNA拷贝数结果如下:无拷贝(0,9,12,4);101-102(21,17,18,22);102-103(47,36,28,35),大于103(0,6,10,7)。同时,用巢式聚合酶链反应检测此68例标本,有55例检测为阳性,有13为阴性结果。巢式PCR结果为阳性的10例低拷贝数HBV DNA含量的病人,随访发现此10病人有8例均在1~3月后出现HBV DNA的反跳,并伴肝功能的不正常,其HBV DNA的含量均在104拷贝数/毫升以上。结论:目前所用的实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)的方法和试剂对低拷贝数HBV DNA存在不稳定性和不确定性。巢式PCR法对低拷贝数HBV DNA的检测灵敏度要远高于实时荧光定量PCR法。该研究提示测对抗病毒治疗过程中患者进行低拷贝数HBV DNA的检将提供有效的药物评价和预后信息。     

博尔纳病病毒实时荧光定量PCR诊断试剂盒的评价与应用

目的 评价博尔纳病病毒(Borna disease virus,BDV)实时荧光定量PCR(FQ RT-PCR)试剂盒的各项指标,并了解其实际应用效果.方法 使用BDV OL持续感染细胞株、非BDV病毒序列转染的OL细胞、正常的OL细胞,对BDV RT-PCR试剂盒的敏感性、特异性、重复性和稳定性进行评估,同时检测部分临床病人和动物外周血液RNA.结果 试剂盒可以检测出的病毒RNA最低浓度为10~2,相当于1.5个病毒拷贝数.特异性好,无非特异检出.不同批次的试剂盒的检测结果变异系数接近1.加速破坏的试剂盒和正常试剂盒检测结果之间变异系数在2以内.对临床病人检测阳性率为3.6%,对动物检测阳性率为4.4%.结论 试剂盒敏感性、特异性、重复性和稳定性均佳,是BDV基础研究、流行病学调查、临床检测的良好工具.     

三种黑曲霉细胞基因组DNA提取方法的比较

采用三种方法提取黑曲霉基因组DNA,比较了各方法的提取时间、DNA纯度和产量,结果表明：二次沉淀法耗时5-6h,但提取的黑曲霉细胞基因组DNA质量好,产量高达130μg／g菌丝体;其次为中性裂解法耗时1—2h,产量约13μg／g菌丝体;再次为氯化苄法耗时3—4h,产量约3μg／g菌丝体。     

检测低拷贝数HBVDNA含量的临床研究

目的:了解不同试剂在应用实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)以及巢式PCR方法在检测低拷贝数的HBV DNA量的差异与灵敏度.方法:用上海复星医学科技发展有限公司(A方法)检测出了68例HBV DNA结果为5.1× 101-1.0× 103拷贝数/毫升的低拷贝数标本.然后,三家不同公司的试剂(方法B、方法C、方法D)对这些样本进行复核.另外,巢式聚合酶链反应PCR法检测此68例标本.随访巢式PCR结果为阳性的10例低拷贝数HBV DNA的病人.结果:用四种方法(A、B、C、D)检测的68个样本的HBV DNA拷贝数结果如下:无拷贝(0,9,12,4);101-102 (21,17,18,22);102-103(47,36,28,35),大于103(0,6,10,7).同时,用巢式聚合酶链反应检测此68例标本,有55例检测为阳性,有13为阴性结果.巢式PCR结果为阳性的10例低拷贝数HBV DNA含量的病人,随访发现此10病人有8例均在1～3月后出现HBV DNA的反跳,并伴肝功能的不正常,其HBV DNA的含量均在104拷贝数/毫升以上.结论:目前所用的实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)的方法和试剂对低拷贝数HBV DNA存在不稳定性和不确定性.巢式PCR法对低拷贝数HBV DNA的检测灵敏度要远高于实时荧光定量PCR法.该研究提示测对抗病毒治疗过程中患者进行低拷贝数HBV DNA的检将提供有效的药物评价和预后信息.     

利用CTAB法和子囊孢子破壁法提取冬虫夏草菌DNA

通过CTAB法从冬虫夏草菌株和天然冬虫夏草不同部位提取DNA,并用PCR扩增进行验证,证明了CTAB法适合从冬虫夏草子座、菌核和冬虫夏草菌培养物中提取DNA。首次报道1种将子囊孢子破壁直接进行PCR扩增的方法,并比较了该方法和CTAB法在提取冬虫夏草DNA方面的差异。2种方法获得的DNA用于PCR扩增均能得到较好的结果。     

康氏木霉基因组DNA提取方法的比较研究

采用3种常规DNA提取方法提取瑞氏木霉基因组DNA。结果表明:冷冻研磨CTAB法更适合此真菌DNA的提取,试剂盒提取的总DNA纯度和浓度也较高,但是价格昂贵,饱和酚抽提法提取的DNA浓度不高,且易有降解现象,不适合分子生物学操作的要求。     

利用实时荧光定量比较Ct法检测转基因小鼠外源基因拷贝数

目的：在建立转基因小鼠模型时,外源基因拷贝数是影响其表达水平和遗传稳定性的重要因素之一。外源基因拷贝数的精确测定,是建立转基因动物模型的重要环节。方法：合成cagA基因和内参基因GAPDH的引物,用标准曲线法测得cagA和GAPDH基因的扩增效率分别为97．6％和98．6％;将128拷贝阴性小鼠基因组和128拷贝c0鲥打靶质粒的混合物作为参照样品,取6只来自同一母本的F2阳性小鼠的128拷贝基因组作为待测样品;选取GAPDH作为内源参照基因,用比较Ct法对待测样品进行定量。结果：经计算,6只待测小鼠的cagA基因拷贝数平均值为8。结论：利用实时荧光定量PCR仪,呆用改良后的比较Ct法对转基因小鼠的外源基因拷贝数进行了精确测定。     

番茄叶片基因组DNA快速制备技术及其在基于实时荧光定量PCR的转基因检测中的应用

以番茄(Solanum lycopersicum L.cv.Micro-Tom)叶片为试材,建立了一种简便快速制备叶片基因组DNA的方法。2~20 mm2的叶片即可满足制备要求,制备过程只需一种提取试剂、只涉及1次移液和1次离心操作,不涉及沉淀。确定了所制备的DNA用于实时荧光定量PCR的合适用量为0.1~0.2μL(反应总体积为12.5μL),发现过量模板的使用可降低PCR效率且可导致扩增失败。该项DNA快速制备及相适应的实时荧光定量PCR技术已成功应用于番茄转基因植株检测。     

实验室2种检测小儿巨细胞病毒方法的比较

比较胶体金法和实时定量PCR法对小儿巨细胞病毒IgM抗体水平检测的敏感性及准确率。收集临床上243例小儿的血液标本,分别采用实时荧光定量PCR法和胶体金法检测这243例患者外周血巨细胞病毒IgM抗体水平,并对这2种检测方法的阳性率和敏感性进行比较分析。实时荧光定量PCR法阳性率为11.93%,胶体金法为6.58%,2者差异有统计学意义(P<0.01)。在HCMV-DNA检测阳性患者中,IgM抗体阳性组HCMV-DNA拷贝数显著高于阴性组(P<0.01),比较这2种检测方法的敏感性,实时荧光定量PCR法的敏感性为72.5%,胶体金法的敏感性为40%,两者差距有统计学意义(P<0.01)。实时荧光定量PCR法与胶体金法相比,对巨细胞病毒IgM抗体检测具有较高的敏感性和准确率,值得临床推广应用。     

基于大肠埃希菌O157∶H7的荧光定量冻干检测试剂盒的研制

大肠埃希菌O157∶H7(Escherichia coli O157∶H7,E.coli O157∶H7)作为一种食源性致病菌,其分布广泛、危害性大。为了研制一种基于E.coli O157∶H7的既能实现快速、简单和灵敏检测,又能够实现常温储存及运输的试剂盒,本研究利用实时荧光定量聚合酶链式反应(real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,qPCR)技术,结合真空冷冻干燥技术,研制了保留核酸检测性能、易于常温储存及运输、减少气溶胶污染的E.coli O157∶H7荧光定量冻干检测试剂盒。研制的试剂盒采用冻干技术保留了核酸扩增试剂的检测性能,复水后,在Taq DNA聚合酶的作用下通过循环扩增实时监测荧光信号的积累,实现荧光定量检测,所提出的方法在40 min内可检测到2.1 copies/μL的eaeA基因。该技术为E.coli O157∶H7的检测提供良好的研究基础和技术参考,填补了市场灵敏度高、便于储存的E.coli O157∶H7检测试剂盒的缺乏。     

集约经营对毛竹林土壤固氮细菌群落结构和丰度的影响

为揭示集约经营对毛竹林土壤固氮细菌群落特征的影响,采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)和荧光定量PCR技术,分析集约经营0(CK)、10、15、20、25年毛竹林土壤固氮菌群落结构和丰度的变化规律,并探讨了影响土壤固氮菌群落的主要环境因素.结果表明： 毛竹林集约经营导致土壤pH下降而速效养分积累;集约经营初期(10年)和后期(25年)土壤固氮细菌的群落结构与对照相似,而中期的15年和20年则与对照差异较大.固氮菌多样性指数和丰度均呈现先减少后增加的趋势,经营15年时达到最小值;土壤固氮细菌表现出对集约经营干扰的抵抗和恢复反应.冗余分析表明,土壤速效钾、水解氮、硝态氮和铵态氮的含量与固氮菌群落结构的变化有较强的相关性,表明集约经营措施导致了土壤固氮细菌短期的变化,但长期而言,不会对土壤固氮细菌产生不良影响.     

利用不同方法从深加工牦牛肉产品中提取基因组DNA效果的比较

为了从深加工牦牛肉产品中获得片段较大、数量较多的基因组DNA,以用于分子追溯的检测,尝试并系统地比较了异硫氰酸胍法、酚-氯仿抽提法和试剂盒提取法的提取效果。通过定量分析、凝胶电泳和PCR片段大小梯度扩增等手段,对利用3种方法提取的基因组DNA的数量和质量进行了比较。结果显示,利用酚-氯仿抽提法提取的基因组DNA质量不佳,异硫氰酸胍法和试剂盒提取法的提取效果相当,PCR可以扩增出730 bp左右的核外基因细胞色素b,而核内基因只能扩增出300bp左右的核基因DNA片段(内乳铁蛋白基因,271 bp;BoLA-DRB3基因,302 bp)。综合考虑提取时间、费用、数量和质量等各方面的因素,认为异硫氰酸胍法操作简便、快速、廉价、有效,是较好的从动物深加工肉产品中提取基因组DNA的方法。     

一种改良的热酚法高效快速提取酿酒酵母总RNA

以酿酒酵母单倍体CEN.PK1与双倍体CEN.PK2为研究对象,利用改良热酚法,快速高效地提取酿酒酵母总RNA.结果显示应用该方法提取的酿酒酵母CEN.PK1和CEN.PK2的总RNA经分光光度计测定浓度为7.63 μg/μL和3.77 μg/μL,OD260/280分别为2.10和2.04,OD260/230分别为2.32和2.24,浓度与纯度均能达到后续分子生物学试验的要求.经PCR与荧光定量PCR检测,该方法提取的RNA无DNA污染,可作为PCR反应的模板,与Trizol方法提取RNA相比,该方法不仅浓度高并且可将提取时间由常规的2.5 h缩短为1.5 h,具有操作简单、高质、高效等优点,经多次试验证明,此方法同样适用于酿酒酵母总RNA的大量提取试验,有较高的实用价值.     

寡核苷酸芯片法、实时PCR 和测序法进行乙肝病毒 基因分型的比较

目的:比较寡核苷酸芯片法、实时荧光PCR和测序法在对慢性乙肝患者病毒基因分型的比较和方法学评价。方法:对126例不同基因型的慢性乙肝患者的血清样本分别用寡核苷酸芯片法、实时荧光PCR法和测序法进行基因分型,并评价各种方法的临床表现、所需时间和检测成本。结果:寡核苷酸芯片法、实时荧光PCR分别能检测到1%和0.1%比例的基因型。在126例慢性乙肝患者的临床样本中,寡核苷酸芯片法、实时荧光PCR和测序法分别检测出41(33%)、41(33%)和45(36%)例为B型,76(60%)、76(60%)、81(64%)例为C型。寡核苷酸芯片法、实时荧光PCR均检出9例B、C混合基因型。在三种检测方法中实时荧光PCR是最快速和廉价的。结论:寡核苷酸芯片法、实时荧光PCR能检出B、C混合基因型,而测序法只能检测出样本的主导基因型。     

实时荧光定量PCR法研究结直肠癌患者肠道拟杆菌属、梭杆菌属和梭菌属量的变化

目的通过研究结、直肠癌患者肠道拟杆菌属、梭杆菌属和梭菌属量的变化,揭示肠道相关菌群改变在大肠癌发病中的作用及意义。方法收集术前结、直肠癌患者粪便标本40例及正常对照标本40例,根据细菌的靶基因序列设计特异性引物。提取待测粪便标本细菌DNA,应用SYBR Green I实时荧光定量PCR测定不同细菌的数量。结果正常对照组与实验组粪便中细菌数量分别为拟杆菌属(8.76±0.77;9.85±0.88)、梭杆菌属(7.94±1.25;10.0±1.65)、梭菌属(3.54±0.70;6.56±0.68),拟杆菌属中的脆弱拟杆菌为(2.12±0.48;4.07±1.77)、梭杆菌属中的坏死梭杆菌为(2.31±0.26;7.62±2.68)及梭菌属中的肉毒梭菌为(2.76±1.16;5.43±1.21),实验组数量均明显增多(P0.05)。结论结、直肠癌患者粪便中拟杆菌属、梭杆菌属和梭菌属的数量较正常对照明显增多,提示结、直肠癌的发生发展与肠道菌群有明显关系。     

葱鳞葡萄孢菌诱导下韭菜RT-qPCR内参基因的筛选和验证

葱鳞葡萄胞菌引起的韭菜灰霉病是影响韭菜产量和品质的主要因素之一。为了筛选出感染灰霉病后韭菜叶片中稳定表达的内参基因用于基因定量表达分析,以模拟接种和接种葱鳞葡萄孢菌24、48、72 h的韭菜叶片为材料,基于前期的转录组测序结果选取UBC1、UBC2、UBQ1、UBQ2、GAPDH3、GAPDH4、TUB、EF-1α、40S RP、DDX、eIF-1A、PABP和DnaJ共13个基因为候选内参基因,利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术检测13个基因的表达情况,采用geNorm、NormFinder、BestKeeper软件和Reffinder在线程序对候选内参基因的表达稳定性进行评估。结果表明,13个候选内参基因中UBQ1的Ct值变化范围最小,表达水平最稳定。GeNorm、NormFinder和BestKeeper软件筛选出的最佳内参基因不同,RefFinder综合评估显示,UBC2和UBQ1是韭菜叶片接种葱鳞葡萄孢菌后表达稳定性较好的基因,DDX是稳定性较差的基因。为了验证所筛选内参基因的可靠性,选择6个稳定性不同的候选内参基因分别作为定量分析的内部参照,对接种葱鳞葡萄孢菌后不...     

叠氮溴化丙锭-荧光定量PCR法实时快速检测5种乳杆菌活菌数方法的建立与应用

【背景】乳杆菌属是发酵食品中最常见的微生物之一,与食品的品质和安全密切相关,定量检测乳杆菌活菌数、解析乳杆菌群落组成对发酵乃至肠道微生物等具有重要意义。【目的】建立一种在种水平上定量检测5种乳杆菌活菌数的叠氮溴化丙锭-荧光定量PCR(propidium monoazide-quantitativePCR,PMA-qPCR)检测方法并探讨其适用性。【方法】以植物乳杆菌、发酵乳杆菌、短乳杆菌、嗜酸乳杆菌和干酪乳杆菌等发酵食品中常见的5种乳杆菌为目标菌株,查找并筛选特异性引物用于荧光定量PCR(qPCR)检测,优化叠氮溴化丙锭(PMA)处理条件,测定PMA-qPCR检测法的特异性、灵敏度及可靠性。最后利用PMA-qPCR法检测黄酒酿造过程中5种乳杆菌的活菌数。【结果】PMA最佳处理条件为:浓度20μmol/L下暗处理15 min后曝光15 min,此时可抑制样品中99.89%的死菌DNA扩增。该方法特异性高,能够准确识别5种乳杆菌;线性关系强,R2>0.98;灵敏度高,检测限为101.8-103.2 CFU/mL;重复性好,Cq值变异系数小于1%;与平板计数相比差异不显著(统计学上),...