染色体7q32-ter鼻咽癌相关基因的初步研究

为克隆7q32-ter区域等位基因杂合性丢失最小共同缺失区的鼻咽癌相关基因.以STS D7S509为探针,PCR法筛选位于该区的细菌人工染色体(BAC)克隆,应用EST介导的定位-候选克隆策略并结合生物信息学筛选出在鼻咽癌细胞株和活检组织中表达增强的EST AA773454,cDNA克隆测序和生物信息学资源获取全长cDNA,DNA印迹和甲基化分析研究其表达增强的机制.结果表明,克隆的NAG18基因cDNA全长802 bp,编码227个氨基酸,定位于胞核.该基因分别与人、鼠TAXREB107基因及RPL6基因高度同源.其表达增强的机制不是基因拷贝数的丢失和甲基化位点的改变.可以断定NAG18是定位于7q32-ter最小共同缺失区的鼻咽癌相关基因,它是一高度保守的基因,参与了DNA的转录活化.     

原发性肝癌染色体8p、16q 遗传变异的研究

目的:分析人肝癌(HCC)组织中染色体8p、16q部分基因及染色体片段的遗传变异及与临床病理关系,初步筛选HCC相关的抑癌基因。方法:应用聚合酶链反应-变性聚丙烯酰胺凝胶-银染法分析45例HCC组织标本中染色体8p和16q的杂合性丢失(LOH)及微卫星不稳定性(MSI)。结果:发生LOH的总频率为68.89%(31/45),其中D16S511位点的发生LOH率最高为53.33%(24/45),其次是D8S261(39.02%,16/41)和D8S499(34.88%,15/43)。MSI出现的总频率为11.11%(5/45),出现在三个微卫星位点(D8S261、D8S499及D16S511)上。结论:染色体16q23、8p22-21.3及8p12区域的LOH发生频率高,其可能存在与HCC发生发展相关的新的抑癌基因,特定位点的遗传变异可能与HBV感染、临床病理恶性程度等预后因素相关。     

原发性肝癌染色体8p、16q遗传变异的研究

目的：分析人肝癌（HCC）组织中染色体8p、16q部分基因及染色体片段的遗传变异及与临床病理关系,初步筛选HCC相关的抑癌基因。方法：应用聚合酶链反应-变性聚丙烯酰胺凝胶-银染法分析45例HCC组织标本中染色体8p和16q的杂合性丢失（LOH）及微卫星不稳定性（MSI）。结果：发生LOH的总频率为68.89%（31/45）,其中D16S511位点的发生LOH率最高为53.33%（24/45）,其次是D8S261（39.02%,16/41）和D8S499（34.88%,15/43）。MSI出现的总频率为11.11%（5/45）,出现在三个微卫星位点（D8S261、D8S499及D16S511）上。结论：染色体16q23、8p22-21.3及8p12区域的LOH发生频率高,其可能存在与HCC发生发展相关的新的抑癌基因,特定位点的遗传变异可能与HBV感染、临床病理恶性程度等预后因素相关。     

SEMA3B基因在鼻咽癌组织中的表达、杂合性丢失和甲基化分析

SEMA3B基因定位于鼻咽癌高频缺失区域3p21.3上,最近被证明具有抑瘤基因的功能.分析了鼻咽癌组织中SEMA3B基因的表达、杂合性丢失(LOH)和甲基化情况.首先应用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)方法检测了33例鼻咽癌组织和15例慢性鼻咽炎组织中SEMA3B基因的表达,结果显示75.8%(25/33)鼻咽癌组织中SEMA3B基因表达缺失或下调,显著低于慢性鼻咽炎组织中的表达(P=0.001).进一步选取3个微卫星位点D3S1568、D3S1621和D3S4597分析了20例鼻咽癌组织中SEMA3B基因LOH的情况,结果表明3个位点的丢失率分别为10%、20%和15%,总的丢失率为45%,统计分析发现LOH与基因表达之间存在明显相关(P=0.023).最后,采用甲基化特异性PCR方法分析了SEMA3B基因启动子区甲基化,结果发现在100%的鼻咽癌组织和73.3%的慢性鼻咽炎组织中检测到SEMA3B基因启动子区高甲基化.由此得出结论,SEMA3B基因在鼻咽癌组织中表达缺失或下调,LOH是引起其表达异常的原因之一.     

中国儿童急性淋巴细胞性白血病染色体6q16.3～21区域候选肿瘤抑制基因的定位与鉴定

为了克隆儿童急性淋巴细胞性白血病 (ALL) 候选肿瘤抑制基因,首先选取分布于6q16.3～21上的11个多态性微卫星标记,对139例中国儿童ALL标本进行杂合性缺失 (LOH) 分析. 分析显示32%的患者存在至少一个位点的LOH,且高频缺失区位于D6S1709～D6S301之间,大小为2cM. 各位点LOH与白细胞总数、病态细胞数有显著性相关 (P < 0.05) ,与年龄、性别、形态学分型和免疫学分型无显著相关 (P > 0.05). 进一步在高频缺失区域内,采用定位候选克隆策略、生物信息学技术及RT-PCR技术筛选、鉴定与儿童ALL相关的候选肿瘤抑制基因及其cDNA片段. 在D6S1709～D6S301之间筛选到一个在儿童ALL细胞中低表达的EST (GenBank登录号：AA403058),与正常外周血单个核细胞比较,在15例ALL患者中有10例表达下调 (P < 0.05). 采用数字化差异表达分析显示,位于6q16.3～21区域内的AMD1基因、PPIL6基因和WASF1基因在肿瘤组织中的表达丰度要低于正常组织 (P < 0.05). 上述结果为进一步在6q16.3～21区域克隆肿瘤抑制基因提供了线索.     

一个鼻咽癌相关EST的鉴定及其全长cDNA序列分析

鼻咽癌是我国南方及东南亚地区常见的恶性肿瘤之一.通过对鼻咽癌染色体高频率杂合性丢失区域3p21的表达序列标签(expressedsequencetag,EST)进行同源性比较分析,运用逆转录聚合酶链式反应的方法,筛选到一个在41.18%(14/34)的鼻咽癌活检组织及20.0%(1/5)的鼻咽癌细胞系中表达下调的ESTBG772301;并用Northern杂交方法,检测了该EST在多种正常成人组织中的表达状况及其所代表基因的转录本大小.在此基础上,对该EST来源的cDNA克隆(IMAGE:4839190)进行直接测序,获得了一个全长为2377bp的新cDNA序列;经生物信息学分析,发现它与已知基因序列无明显同源性,属于一个新基因,定位于染色体3p21.3,被命名为鼻咽癌表达下调基因(NPCEDRG,GenBank登录号:AF538150).其编码的蛋白质含169个氨基酸,与一个已报道的在进化上相对保守、功能未知的人类蛋白Nicolin1(简称NICN1)N端170个氨基酸残基的序列同源性为97%,但缺少NICN1蛋白C端43个氨基酸残基,可能是nicolin1基因不同剪接本的编码产物.     

中国成都地区汉族人群DHFRP2位点的遗传多态性研究

用扩增片断长度多态性技术分析短串联重复序列（STR）DHFRP2位点的DNA多态性, 在156个中国成都地区汉族无关个体中发现6个等位基因,19种基因型,并首次发现一重复单元数不是4的整数倍的等位基因,该等位基因按孟德尔遗传规律遗传。观察的基因型分布符合Hardy-Weinberg定律,其个人鉴别力（DP）为0.87,杂合度为67.3%,多态性信息量（PIC）为0.68,非父排除率（CE）为45.5%,家系分析结果表明, 该位点符合孟德尔遗传法则。 Abstract：　Analyzes polymorphism of short tandem repeat locus (DHFRP2) by using Amp-FLP. Six alleles and nineteen genotypes were observed in 156 unrelated individuals of Chinese Hans in Chengdu. Meanwhile, we first discovered a new allele, its repeat monomers is not integral times of four, which is in conformity with Mendelian inheritance. The allelic discriminating power (DP), observed heterozygocity (h), polymorphism information content (PIC) and chances of paternity exclusion (CE) are 0.87, 67.3%, 0.68 and 45.5% respectively. The distribution of its genotypes tally with Hardy-Weinberg equilibrium and family study manifested that the locus is in conformity with medelian inheritance.     

一个新的猪肌肉组织EST的分离、定位与表达

利用mRNA差异显示技术,从猪骨骼肌组织中分离到一个新的表达序我标签（expressed sequence tag ,EST)ESThp9-1(其GenBan登录号：BI596262）,其序列长196bp,经BLAST程序与GenBank中存在的序列比对后,发现与猪的所有序列无同源性,但与大鼠的U3A核内小RNA基因及小鼠的U3B．4核内小RNA基因同源性分别为87％（93个碱基）和85％（96个碱基）。半定量RT－PCR表明,此EST在猪的多数组织中均有表达。通过体细胞杂种板（somatic cell hybrid panel,SCHP)及辐射杂种板（radiation hybrid panel,RH)分析,EST hp9-1被定位于猪的12号染色体长臂,与微卫星标记S0090连锁。根据同源性比对和物理定痊结果,推测EST hp9-1为猪的U3基因家族中一员。     

鼻咽癌相关基因NAG7编码产物的表达和定位分析

为了研究NAG7基因编码产物的特性和在活细胞内定位与表达,首先利用生物信息学分析NAG7编码蛋白的一般性质并预测其定位,再通过构建增强型绿色荧光蛋白（Enhance green fluorescent protein,EGFP)与NAG7融合基因的真核表达载体pEGFP-C2-NAG7,通过脂质体介导分别转染非洲绿猴肾细胞系COS7和人鼻咽癌细胞系HNE1,瞬时表达后荧光显微镜观察NAG7基因编码蛋白的活细胞内定位及表达,研究结果表明NAG7的编码产物可以COS7细胞中高表达并定位于细胞浆,而在HNE1细胞中虽也定位于胸浆,但仅有极少数细胞存在表达,因此NAG7编码产物在HNE1中的表达差异是否是NPC发生的原因之一有待深入研究。     

cDNA微阵列技术分析NAG7基因对鼻咽癌细胞基因表达谱的影响

运用cDNA微阵列技术分析NAG7基因重表达对HNE1细胞基因表达谱的影响.抽提HNE1细胞和pcDNA3.1(+)/NAG7/HNE1细胞总RNA,分离polyA mRNA,将mRNA逆转录为cDNA,并在逆转录过程中用³³P-dATP进行标记,与含有16 150个基因和表达序列标签(EST)的cDNA表达阵列膜杂交,获得基因表达图谱.Array Gauge软件分析NAG7基因的重表达所导致的鼻咽癌细胞HNE1基因表达谱改变,并用RNA印迹对微阵列杂交结果进行验证.结果分析表明,2倍以上的差异表达基因或EST 179个,其中表达上调的91个,表达下调的88个;已明确基因表达产物的上调基因29个,下调基因37个.在差异表达基因中,涉及基因转录调控、信号转导、细胞生长、细胞代谢和细胞凋亡等基因.RNA印迹证实生长阻滞特异蛋白1（gas 1）基因表达上调.特别值得关注的是, 先前的蛋白质组研究结果亦发现NAG7基因可导致生长阻滞特异蛋白1表达上调,说明gas 1基因在NAG7重表达的HNE1细胞中具有重要作用,这为深入研究NAG7基因的作用环节和机理提供了重要的线索.     

鼻咽癌组织p53相关蛋白的纯化

鼻咽癌是南方常见的恶性肿瘤,ＮＰＣ与ＥＢ病毒关系十分密切。通过免疫亲和层析的方法了解ＮＰＣ肿瘤标本中ｐ５３与病毒或细胞蛋白间潜在的相互作用。这种相互作用可能引起Ｐ５３在ＮＰＣ组织中累积。建立单克隆抗体ｐＡｂ１８０１,ｐＡｂ２４０１免疫亲和层析柱,从ＮＰＣ转移淋巴结分离ｐ５３结合蛋白。     

应用KV-CBCT分析鼻咽癌调强放射治疗的摆位误差

目的:应用KV-CBCT分析鼻咽癌调强放射治疗时的摆位误差,为鼻咽癌调强放射治疗计划设计时CTV外扩PTV边界的大小提供参考。方法:选取30例IMRT的鼻咽癌患者,治疗过程中每周一次应用KV-CBCT采集患者治疗前的CT图像,将所得图像与定位CT图像进行匹配,分别测定X、Y、Z轴三个方向的摆位误差。结果:30例患者共拍摄168次KV-CBCT,获得168组摆位误差结果,群体摆位误差分别为X轴-0.15±1.43 mm,Y轴0.20±1.58 mm,Z轴-0.21±1.65 mm;根据Van Herk公式计算得到各方向的CTV-PTV外放边界值X、Y、Z轴分别为3.1 mm、3.3 mm和3.4 mm。结论:应用KV-CBCT影像系统可实时测量摆位误差并在线进行纠正,减小摆位误差,为CTV-PTV外放边界提供参考。     

表达序列标签数据库搜索鉴定小鼠UBAP1基因及其数字化表达分析

UBAP1(ubiquitin associated protein 1)基因是最近克隆的一个定位于人类染色体9p21-22鼻咽癌杂合性丢失高频区的泛肽相关蛋白家族新成员.为了深入研究UBAP1基因的功能,利用计算机对表达序列标签(expressed sequence tag, EST)、UniGene等数据库进行综合搜索分析,结合cDNA克隆测序的方法, 成功地获得了UBAP1基因在小鼠中的同源基因.小鼠UBAP1基因cDNA全长为2 676 bp,编码一个由441个氨基酸组成的蛋白质,在其蛋白质C端只有一个泛肽相关功能域（UBA domain）.与人UBAP1基因相比,两者编码的氨基酸序列有89%相同.基于EST的数字化表达分析显示UBAP1基因在小鼠正常组织中广泛高表达.     

细胞角蛋白基因13在喉鳞状细胞癌中缺失和表达的研究

为了探讨细胞角蛋白基因13（Cytokeratin13,CK13)在喉癌发生中的作用,在CK13基因内部及附近选择5个微卫星引物进行杂合性丢失（loss of heterozygosity,LOH)分析,于DNA水平间接检测72例喉鳞状细胞癌患者中该基因的缺失,应用Northern Blot检测16例喉鳞癌患者的配对肿瘤及癌旁正常组织中CK13基因的表达差异;同时应用CK13蛋白单克隆抗体对不同分化程度的喉鳞癌组织进行免疫组化染色。结果表明：5个STR位点均存在LOH,其中D17S1964E、D17S2092、D17S791、D17S1665及D17S808位点的LOH频率分别为18．03％、28．13％、27．42％、39．68％和34．85％,其中D17S1665位点的LOH频率最高,至少一个位点出现LOH的病例高达77．78％（56／72）,杂合性丢失与临床分期、淋巴结转移无显著相关,但与肿瘤分化程度高低相关（P＜0．05）。Northern blot结果表明：16例喉鳞癌患者C13基因在正常组织中的表达比肿瘤组织显著增强,免疫组化结果也显示CK13蛋白在正常组织或高分化肿瘤中的表达明显高于低分化者,且存在显著差异（P＜0．01）。证实CK13基因可能在喉鳞状细胞癌的发生中具有重要作用,可能是一个新的抑癌基因。     

A hypothetical anti-neoplastic mechanism associated to reserve cells

Reserve-stem cells, the permanent cells of body tissues, are thought to be the progenitor cells of cancer. This concept originates from the assumption that accumulation of somatic mutations necessary for malignant transformation can only take place in cellular targets with a prolonged life span. The progeny of reserve cells entering the differentiative pathway would be protected from potential critical mutations happening later than the reserve cell stage by normal cell population replacement unless possible targets would escape the replacement process by further mutations extending the cell's life span, impairment of physiological apoptosis. The existence of a mechanism for maintenance of genetic integrity in stem/reserve cells has previously been proposed. This mechanism differs from already identified DNA repair systems and, potentially, could prevent malignant transformation at the reserve cell stage, counteracting the expected high propensity of stem/reserve cells to neoplastic proliferation. Here, we show some histopathological observations suggesting that an anti-cancer mechanism might be associated to reserve/stem cells and that it could be responsible for huge differences in cancer incidence between closely related body sites. Furthermore, primary impairment of this protective mechanism might characterize the oncogenic pathway responsible for tumors of primitive cells. Several features of the histopathological observations presented lead us to propose that the underlying molecular mechanism may involve the telomere complex.