水稻条叶枯病毒基因产物在水稻和昆虫体内的Western印迹分析

将AStV基因组组分3编码的NS3和NC蛋白基因以及组分4编码的NCP和NSvc4蛋白基因分别克隆于大肠杆菌表达载体pGEX3X在IPTG诱导下,表达出4种融合蛋白。这些表达产物用于免疫动物产生多克隆抗血清。以制备的多克隆抗血清为探针,Western印迹分析了宿主植物和介体昆虫体内NS3、NC、NCP和NSvc4种基因表达的产物。NC蛋白的抗体可在病株和病毒粒子制备物中以及NCP抗血清仅在病株中检测到相应大小的产物,其余的均与预期值相停。     

水稻条叶枯病毒基因组组分3的克隆与序列分析

利用ＲＴ－ＰＣＲ技术,合成并扩增了水稻条叶枯病毒（ＲＳｔＶ）中国云南分离 物基因组组分３的全长ｃＤＮＡ。将ＰＣＲ产物克隆在载体ｐＣＲⅡ上,进行全序列测定。将所得核苷酸序列及其所推导的氨基酸序列与日本分离物Ｔ进行同源性比较,结果表明,在核苷酸水平上,两分离物的５’端非编码区序列相同,ｖＯＲＦ、ｖｃＯＲＦ及基因间非编码区序列的同源性分别为９７．６％、９６．８％及８７．６％,而３’端非编码区同源性为９８     

水稻条叶枯病毒(RStV)基因组组分4的克隆与序列分析

利用RTPCR技术合成并扩增了水稻条叶枯病毒(RStV)中国云南分离物基因组组分4的全长cDNA,将PCR产物克隆在载体pCRII上,并进行全序列测定,所得核苷酸序列及推测的氨基酸序列与日本分离物T进行比较。结果表明,在核苷酸水平,两分离物的vORF、vcORF及基因间非编码区序列的同源性分别为94.9%、94.1%、86.1%,5’端非编码区序列相同,而3’非编码区同源性为96.1%,仅有两个核苷酸不同;在氨基酸水平,vORF及vcORF编码蛋白的同源性分别为99.4%和98.3%。可见,编码区的大小及其氨基酸序列和两末端序列都是很保守的。因此,中国云南分离物Y与日本分离物T可能有很近的亲缘关系。     

水稻条叶枯病毒NS2基因遗传多样性分析

应用单链构象多态性 (SSCP)和序列分析方法研究了来自我国 9个省份的水稻条叶枯病毒(RSV) 80个田间分离物的NS2基因遗传结构特征 .SSCP分析结果表明 ,我国RSVNS2基因遗传结构符合准种 (quasispecies)结构特征 .部分分离物的序列分析结果表明 ,RSV上述分离物和已报道的日本 2个分离物可以归入 2个组 :云南的部分分离物划分为 1个组 ;其它分离物及日本T、O的 2个分离物为另 1组 .组与组之间 ,NS2蛋白基因核苷酸同源性为 94 %～ 95 % ,氨基酸同源性为 95 %～ 97% .遗传多样性分析结果表明 ,RSV种群存在地理隔离但在种群间可能发生了基因漂移 (geneflow) .NS2蛋白可能的运动蛋白功能所造成的负选择压力和介体传播引起的奠基者效应可能是RSV种群内和种群间遗传多样性差别的主要因素     

单头灰飞虱体内水稻条纹叶枯病毒的快速检测

利用RT-PCR检测感病植株和单头带毒灰飞虱, 均扩增出水稻条纹叶枯病毒特有的一个长540 bp的片段, 且人工饲毒虫的病毒含量高于自然感病稻田虫。以病毒S蛋白的多克隆抗血清, 采用Western印迹技术从单虫体内检测到病毒抗原的2个专一性条带, 大小分别为20.7和19.7 kDa。DIBA (dot immunobinding ass ay)检测法快速、简便, 但专一性和灵敏度不及RT-PCR与Western印迹检测。对不同检测方法所得昆虫带毒率差异的原因进行了探讨。     

单头灰飞虱体内水稻条纹叶枯病毒的快速检测

利用RT-PCR检测感病植株和单头带毒灰飞虱,均扩增出水稻条纹叶枯病毒特有的一个长540 bp的片段,且人工饲毒虫的病毒含量高于自然感病稻田虫。以病毒S蛋白的多克隆抗血清,采用Western印迹技术从单虫体内检测到病毒抗原的2个专一性条带,大小分别为20.7和19.7 kDa。DIBA（dot immunobinding assay）检测法快速、简便,但专一性和灵敏度不及RT-PCR与Western印迹检测。对不同检测方法所得昆虫带毒率差异的原因进行了探讨。     

水稻条纹叶枯病毒分子生物学的研究——Ⅲ.外壳蛋白基因的序列分析

以含有水稻条纹叶枯病毒(RSV)外壳蛋白(CP)基因的重组克隆为材料,将RSV-cDNA酶解后,亚克隆人M13mp18、19,采用双脱氧链终止法测序得到RSV-CP基因的全长序列(共含966bp),同日本已发表的RSV-CP基因序列相比同源率达97％。     

抗水稻条纹叶枯病毒核酶的设计,克隆及体外活性测定

为探索控制水稻条纹叶枯病毒（Ｒｉｃｅｓｔｒｉｐｅｖｉｒｕｓ,ＲＳＶ）设计合成了特异切割该病毒ＲＮＡ保守区及编码病害特异性蛋白（ＤｉｓｅａｓｅＳｐｅｃｉｆｉｃＰｒｏｔｅｉｎ,ＤＳＰ）基因的核酶,核酶基因的长度均为４０个碱基,用化学合成方法合成其正链及与其３＇－末端互补的１５个碱基引物,用ＴａｇＤＮＡ多聚酶合成其互补链。双链ＤＮＡ直接插入克隆载体ＰＧＥＭ３ｚｆ（＋）的Ｓｍａｌ位点。序列测定表明,克隆得到的核酶序列与设计的核酶序列完全一致。经ＳＰ６ＲＮＡ多聚酶体外转录得到核酶ＲＮＡ。当核酶ＲＮＡ与以同样方法转录得到的靶基因ＲＮＡ混合反应,可得到预期结果相同的切割片段,表明两种核酶在体外均具有特异性切割活性。     

水稻齿叶矮缩病毒Segment 9 dsRNA的序列分析及其在大肠杆菌DE3中的表达

通过有机试剂抽提,ＣＦ－１１纤维素柱层析,从感染水稻齿叶矮缩病毒菲律宾分离株（ＲｉｃｅＲａｇｇｅｄＳｔｕｎｔＶｉｒｕｓ,Ｐｈｉｌｉｐｐｉｎｅｉｓｏｌａｔｅ,简称ＲＲＳＶ－Ｐ）的水稻植株中获取该病毒的全基因组,即获得从Ｓｅｇｍｅｎｔ１到Ｓｅｇｍｅｎｔ１０（Ｓ１－Ｓ１０）的１０条双链ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）,然后设计合适的引物,用ＲＴ－ＰＣＲ方法得到Ｓ９的ｃＤＮＡ并将其克隆到ｐＵＣ１１９质粒上扩增,以双链测序法测定该ｃＤＮＡ的全序列。同时又将此ｃＤＮＡ克隆到大肠杆菌表达质粒ｐＧＥＸ－３Ｘ上,在大肠杆菌菌株ＤＥ３中用ＩＰＴＧ诱导表达,经超声波破菌、离心、Ｇｌｕｔａｔｈｉｏｎｅ－ｓｅｐｈａｒｏｓｅ４Ｂ亲和层析,得到纯化的分子量为６４ｋＤ的融合蛋白。     

水稻及其他禾本科植物体内硅结合 蛋白的免疫印迹检测

为了检测硅结合蛋白在水稻和禾本科植物体内的分布,根据硅结合蛋白 (silica-binding protein 117, SBP117) 的氨基酸保守片段和天然抗原表位,合成了 SBP117 的两个肽段做抗原,与匙孔血蓝蛋白载体偶联后免疫兔子,获得了抗 SBP117 的专一性抗体. 蛋白质印迹和免疫印迹检测表明, SBP117 的抗体不仅能识别水稻硅结合蛋白,而且与其他累积硅的禾本科植物中提取的硅结合蛋白有交叉反应,但它不识别不累积硅的双子叶植物番茄叶中的蛋白质以及牛血清蛋白,说明与 SBP117 同源的硅结合蛋白广泛存在于禾本科植物之中. 组织印迹法定位显示, SBP117 主要分布在水稻根茎叶的外表皮中,在根和叶的维管组织中也有分布,这与前人报道的硅在水稻体内的分布是一致的,说明此蛋白质可能参与到诱导和控制硅在植物体内的沉积.     

利用重组自交系群体检测水稻条纹叶枯病抗性基因及QTL分析

利用81个株系组成的Kinmaze(japonica)／DV85(indica)重组自交系(recombinant inbred lines,RIL)群体,采用苗期强迫饲毒的鉴定方法,以病情指数作为条纹叶枯病的表型值,鉴定亲本及81个RILs对水稻抗条纹叶枯病毒(rice stripe virus,RSV)的抗性。利用QTL Cartographer软件,对水稻条纹叶枯病抗性基因进行检测分析。检测到3个QTL位点：qStv1、qStv7、qStv11分别位于第1、7、11染色体上,各QTL的LOD值为2．44～3．83,贡献率为19．8％～30．9％。根据抗性基因加性效应的方向,在qStv7、qStv11位点上,亲本DV85存在抗条纹叶枯病增效基因,Kinmaze具有抗条纹叶枯病减效基因,而qStv1位点抗性基因效应来源正好相反。     

水稻齿叶矮缩病毒Segment 9 dsRNA的序列分析及其在大肠杆菌DE3中的…

通过有机试剂抽提,ＣＦ－１１纤维素柱层析,从感染水稻齿叶矮缩病毒菲律宾分离株（ＲＲＳＶ－Ｐ）的水稻植株中获取该病毒的全基因组,即获得从Ｓｅｇｍｅｎｔ １到Ｓｅｇｍｅｎｔ １０（Ｓ１－Ｓ１０）的１０条双链ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）,然后设计合适的引物,用ＲＴ－ＰＣＲ方法得到Ｓ９的ｃＤＮＡ并将其克隆到ｐＵＣ１１９质粒上扩增,以双链测序法测定该ｃＤＮＡ的全序列。同时又将此ｃＤＮＡ克隆到大肠杆菌表达质粒ｐＧＥＸ     

大白菜BcPLH基因的原核表达及其蛋白产物的Western分析

BcpLH基因是大白菜包叶组织特异的新基因,含有双链RNA结合域。在含有His标记序列的原核表达载体pET28-a(+)上插入Bc-pLH基因的cDNA,在大肠杆菌BL21(DE3)中诱导表达出了特异性蛋白,并免疫大白兔制备出高效价的抗血清;同时,将BcpLH基因插入到含有超级助溶剂的pMAL-c2载体上,并在大肠杆菌DH5α中诱导表达,结果获得了可溶的蛋白。Western斑点印迹分析的结果证明了BcpLH的特异性。BcpLH活性蛋白及其抗血清的产生为研究BcpLH基因的RNA结合     

水稻瘤矮病毒P8蛋白的结构分析及其表达

为揭示水稻瘤矮病毒(RGDV)外层衣壳蛋白P8的结构特点及其在大肠杆菌中的表达特性。利用生物学软件和在线分析工具,对RGDV P8蛋白结构特征进行了生物信息学分析;同时将通过RT-PCR扩增的P8基因克隆到pGEX-4T-1上,构建pGP8转化大肠杆菌E.coli BL21(DE3),在IPTG诱导下表达。利用表达的融合蛋白免疫家兔,制备了抗血清,并以RGDV、水稻矮缩病毒(RDV)、水稻条纹病毒（RSV）、水稻锯齿叶矮缩病毒(RRSV)4种病毒作为供试材料进行特异性检测。分析显示P8蛋白在C端位置有一个典型的跨膜螺旋区,整个蛋白也具有Phytoreo P8家族共有的典型结构域Phytoreo P8 domain。SDSPAGE和蛋白印记分析表明,RGDV P8融合蛋白分子量约为73kDa,以包涵体的形式获得了高效表达。获得的效价高、特异性强的抗血清,为水稻瘤矮病毒的快速检测及P8蛋白的功能研究奠定了基础。     

不同发育时期水稻主茎增叶速度的双列分析

水稻发育进程中,主茎增叶速度的遗传表现为动态过程,遗传模式在发生变化;显性效应比甲性效应更重要,且加性效应变异较大;各时期均不同程度地表现超显性;控制主茎增叶速度并显示显性的基因组数、狭义遗传力等也存在较大差异。     

微生物所发现植物病毒昆虫载体的卵传病毒机制

<正>2014年3月,中国科学院微生物研究所方荣祥研究组联合中国农科院和福建农林大学的科学家在PLoS Pathogens杂志上发表了他们对植物病毒介体昆虫的卵传机制的研究结果(Transovarial Transmission of a Plant Virus Is Mediated by Vitellogenin of Its Insect Vector)。植物病毒大都由介体昆虫传播,该传播过程并非简单地携带和制造侵染伤口,而是具有一定的特异性,即某种病毒只能由某种或某几种昆虫传播,而某种昆虫只能传播某种或某几种病毒。根据昆虫传播     

水稻矮缩病毒最外层外壳蛋白基因(S_2)cDNA克隆、序列分析及其在大肠杆菌中的表达

从水稻矮缩病毒（Ｒｉｃｅｄｗａｒｆｖｉｒｕｓ,ＲＤＶ）中国福建分离物中克隆分离了最外层外壳蛋白基因（Ｓ２）全长ｃＤＮＡ,并对其进行了序列分析,结果表明ＲＤＶＳ２ｃＤＮＡ全长３５１２ｂｐ,仅含一个３３４８ｂｐ的阅读框架,编码一个含有１１１６个氨基酸的蛋白（Ｐ２）。与基因库中已知基因序列比较,发现它与日本ＲＤＶＨ株系相应片段的核苷酸和氨基酸同源率分别为９４６％和９５４％,与轮状病毒ＶＰ２氨基酸序列有一定的同源性。Ｓ２核苷酸序列二级结构预测结果表明,５’端５０个核苷酸的二级结构为一个发夹结构和一个茎环结构。Ｐ２有４个富含亮氨酸的区域,位于Ｎ端亲水区域的１０个氨基酸（ＡＡ６９～７８）残基形成一个α螺旋,这些特点均与轮状病毒ＶＰ２的结构特征相似。ＳＤＳＰＡＧＥ和Ｗｅｓｔｅｒｎ印迹分析表明在大肠杆菌中分段高效表达了Ｓ２编码蛋白的Ｎ端和Ｃ端。