家蚕蛹睪丸DNA单链上的逆向重复顺序

将热变性后淬火的家蚕蛹睾丸DNA溶液,利用蛋白质单层膜技术,铺样于电镜铜网上。在电镜下观察到,在DNA单链上的段落复性,形成反向折叠区,这表明它们是DNA单链上的重复顺序,但方向相反,称之为逆向重复顺序,归纳起来有四种类型,即:(1)相邻逆向重复顺序,形成无环发卡式结构;(2)间隔逆向重复顺序,形成具环发卡式结构;(3)间隔逆向重复顺序间还有相邻逆向重复顺序;(4)间隔逆向重复顺序间还有间隔逆向重复顺序。对逆向重复顺序的结构和功能进行了讨论。     

焦磷酸测序测定SNP的常见问题与解决方法

目的:探讨焦磷酸测序技术对单核苷酸多态性分型因测序图谱中存在的一些典型问题而导致分型结果不准确的解决方法。方法:以VKORC1基因1639 GA位点、CYP2C19基因636 GA位点及UGT1A1基因TA重复序列(TA)6(TA)7的多态性检测为例,分别采用优化PCR条件、改变测序时dNTP的加入顺序以及设立外标校正的方法来解决上述问题,从而提高焦测序对SNP分型的准确性。结果:通过升高PCR退火温度,可以显著提高VKORC1基因的扩增特异性,降低了测序图谱中非特异性信号峰强度;通过优化测序时dNTP的加入顺序,CYP2C19基因636 GA位点的准确分型结果可通过观察测序图谱中相关信号峰的有无而简单获得,避免了比较信号峰的相对强度;通过比较待测样本与已知基因型的外标样本的测序图谱来确定待测样本的基因型,提高了对UGT1A1基因TA重复序列(TA)6(TA)7多态性的分型准确性。结论:本文针对焦测序在测定SNP时的常见问题所提出的相应解决方法不仅简单、经济有效,而且在临床应用方面具有可靠性。     

XNP基因内多态基因座筛选及其多态性分析

从XNP基因内部筛选多态性较强的多态基因座,为连锁分析和间接诊断奠定基因,通过核酸同源性分析获得含有XNP基因的基因组克隆,并通过对比分析cDNA与基因组DNA的对应关系确定基因的非外显子序列,利用BCMSearch Launcher程序从中筛选短串联重复序列,采用PCR扩增技术和聚丙烯酰胺凝胶电泳方法,对所筛选出的短串联重复序列进行多态性分析,结果从XNP基因内筛选出5个短串联重复序列,多态性分析表明,其中的2个短串联重复序列（XNPSTR1和XNPSTR4）具有多态性,在100名无血缘关系的女性中,分别观察到4和11个等位基因,杂合度分别为47%和70%,XNPSTR1位于XNP基因的3′端,XNPSTR4位于第10内含子,结论是：从XNP基因内筛选出两个多态位点,可用于XNP基因的连锁分析和间接基因诊断。     

合成编码蛋白质基因的设计

 本文以牛生长激素基因为例,对合成编码蛋白质基因的微机设计原理进行了探讨。微机程序的编制采用高级BASIC语言,在IBM-PC微机上完成。设计合成编码蛋白质基因的要点为:(1)按照宿主系统中高表达蛋白质基因对密码子的使用频率选用氨基酸密码子,以期合成基因得到高效表达;(2)对较大的合成基因设计有能够进行分段克隆的酶切位点,从而将一个大的基因分解成为多个基因片段的合成,减少了酶促连接化学合成DNA片段的步骤;(3)对于酶促连接化学合成DNA片段有干扰的重复顺序和互补顺序,则利用变换简并密码子的办法予以消除。     

中华卵索线虫线粒体基因组多态性分析

为完善昆虫病原索科线虫线粒体基因组全序列数据库, 更系统地研究其基因组特征和系统演化规律, 进而为发挥该线虫生防潜力打下基础, 我们开展了中华卵索线虫Ovomermis sinensis线粒体全基因组的研究。该研究通过线粒体基因组滚环复制及酶切图谱, 揭示了中华卵索线虫线粒体基因组具有种内遗传多态性, 即群体中单体线虫具有独特的酶切条带, 且条带累加之和变化范围较大, 为16.5～24.5 kb。为进一步了解线粒体基因组多态性特征及产生的分子机制, 采用两步长PCR方法对2条代表性成虫线粒体基因组进行了测序及拼接, 得其全长分别为18 864和16 777 bp。对这2条序列的比对表明, 线粒体基因组中位于ND2和ND4之间的可变区域, 不仅基因排列顺序不同, 且存在ND3基因重复现象, 这是导致中华卵索线虫线粒体基因组呈现多态性的主要原因。通过对以上研究结果的分析及与GenBank中已有的6种索科线虫线粒体基因组序列进行比对, 概括出其线粒体基因组基本特点: ①线粒体基因排列顺序各不相同;②部分线虫线粒体基因存在重复现象, 且重复次数不同;③线粒体基因组大小存在很大差异。     

焦磷酸测序测定SNP的常见问题与解决方法

目的：探讨焦磷酸测序技术对单核苷酸多态性分型因测序图谱中存在的一些典型问题而导致分型结果不准确的解决方法。方法：以VKORC1基因1639 G〉A位点、CYP2C19基因636 G〉A位点及UGT1A1基因TA重复序列（TA）6〉（TA）7的多态性检测为例,分别采用优化PCR条件、改变测序时dNTP的加入顺序以及设立外标校正的方法来解决上述问题,从而提高焦测序对SNP分型的准确性。结果：通过升高PCR退火温度,可以显著提高VKORC1基因的扩增特异性,降低了测序图谱中非特异性信号峰强度;通过优化测序时dNTP的加入顺序,CYP2C19基因636 G〉A位点的准确分型结果可通过观察测序图谱中相关信号峰的有无而简单获得,避免了比较信号峰的相对强度;通过比较待测样本与已知基因型的外标样本的测序图谱来确定待测样本的基因型,提高了对UGT1A1基因TA重复序列（TA）6〉（TA）7多态性的分型准确性。结论：本文针对焦测序在测定SNP时的常见问题所提出的相应解决方法不仅简单、经济有效,而且在临床应用方面具有可靠性。     

6个SNP位点与环境的交互作用对苗族高血压易感性的影响分析

本研究旨在探讨基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms)与传统危险因素相互作用对苗族高血压发病的影响。选取212例苗族人群作为研究对象,对6个SNP位点(ALDH2-rs671,ATP2B1(rs17249754,rs2681472),CASZ1-rs12046278,MTHFR-rs17367504,ZNF652-rs16948048)进行Snapshot基因分型,并应用逻辑回归分析基因与环境的交互作用。研究结果显示:(1)6个SNPs的基因型分布均符合Hardy-Wenberg遗传平衡定律(p0.05),在高血压实验组与对照组的比较中,6个SNP位点多态性基因频率分布差异无统计学意义;(2)二元逻辑回归分析显示BMI、TG、LDL、血脂异常和年龄可能为苗族高血压患病的危险因素;(3)将潜在危险因素带入逻辑回归模型中,分析发现肥胖与ZNF652-rs16948048、MTHFR-rs173-67504基因位点多态性的交互作用与苗族EH发病存在关联性。综上所述,传统危险因素-肥胖与ZNF652-rs16948048、MTHFR-rs17367504基因多态性的交互作用可能对苗族高血压的发生有一定影响。     

基因表达的调节:重复顺序可能的作用

动物基因组的协调的控制系统是编码在重复顺序关系的网络之中的设想,至今已有十年之久。我们和其他一些工作者提出过这样一个概念:在基因组中,基因可能受重复顺序上发生的专一相互作用的调节。在本文中,我们设想了一个以转录和转录后所发生的控制过程为基础的动物细胞基因调控模式系统,并提出核RNA(nRNA)包含着基因组结构基因区连续合成的RNA拷贝,而且在这些“拷贝”和互补的重复顺序转录物之间所发生的相互调节作用是借助于     

甘油对单链构象多态性分析的影响

单链构象多态性(single strand conformation poly-morphism,SSCP)分析是以PCR技术为基础检测DNA多态性的一种方法。其基本原理是:单链DNA在进行不含变性剂的中性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)时,迁移率除与DNA单链的长短有关外,更主要取决于DNA单链所形成的具有一定空间结构的构象。这种构象由DNA单链碱基顺序决定,其稳定性靠分子内部局部顺序的相互作用来维持。相同长度的单链因其顺序的不同,甚至单个碱基的不同,所形成的构象不同,导致迁移率的变化而出现泳动变位(mobili-ty shift)。该方法自建立起来不断地发展、完善,应用范围也日益广泛。特别是在人类癌基因和抑癌基因突变的检测、基因诊断、连锁分析、基因作图等领域成效突出。     

紫云英根瘤菌基因组中存在有类似IS因子的DNA重复顺序

在紫云英根瘤菌(Rhizobium astragali)的基因组中存在有DNA重复顺序(RSRa)。它在Ra159的基因组中重复4～5次,其中一个拷贝位于nifH基因的上游。以1.25kbPvul片段作探针,在其他紫云英根瘤菌菌株及豌豆根瘤菌RI PRE中也都检测到与RSRa同源的DNA片段。序列测定的结果表明RSRa其结构类似于IS因子,具有原核插入顺序的一些特点。RSRa全长1468bp,在RSRa的两个末端具有反向重复顺序,RSRa中有一个大的开放阅读框架(ORF)。由ORF推定的蛋白与大肠杆菌插入顺序IS903推定的转座酶有较高的同源性。     

稻瘟病菌重复顺序PoR6和稻瘟病菌的分型

POR6是一具有高度多态性的稻瘟病菌(Pyricularia oryzae)重复顺序。利用脉冲电泳技术和Southern分析,表明它是非均匀地散布于基因组中的。经测定POR6的拷贝数约为30—40,序列测定未发现在内部有更小的重复单位。用POR6作探针对44株稻瘟病菌进行DNA指纹分析,分析的中国北方地区的22个菌株可根据相似率归并成8个谱系。对一些转管培养中致病型发生变化的菌株用POR6进行指纹分析,发现这些菌株在转管过程中基因组DNA是有变化的。     

我国大麦醇溶蛋白多肽的多态性研究

对22个省的大麦农家品种487份和3个近缘野生种的10份材料,应用SDS-PAGE、IEF及双向电泳(IEF、SDS-PAGE)进行了醇溶蛋白多肽多态性的研究,主要结果如下:(1)B醇溶蛋白多肽多态性十分显著。经SDS-PAGE可分出16种带型,归为α、β、γ、ω四组,不同的多肽带型中间也有一些多肽是共有的;(2)5种带型的地理分布表明,具有同种带型的品种分布于一定的地理区域;各区域品种所具有带型类型的数目虽然不同,但表现出一定的趋向,这种趋向似与大麦进化和生态区域有关;(3)近缘野生大麦的带型有的与农家品种带型相似,有的则相异;但一些农家品种的带型在供试近缘野生种中还未找到与之相近的带型;(4)初步讨论了醇溶蛋白多肽多态性在品种鉴定上的应用和作为栽培大麦生态区域划分辅助手段的可能性。     

一种能表现水稻基因组DNA分化特征的重复DNA顺序

用ＤＮＡ 复性动力学方法克隆到一个水稻中度重复顺序。Ｓｏｕｔｈｅｒｎ 杂交、限制性内切酶分析及序列分析资料表明,该重复顺序在水稻基因组中具有串联重复和散布状态两种存在方式。以该ＤＮＡ 片段作探针,用Ｓｏｕｔｈｅｒｎ 杂交方法分析了多种野生稻种和栽培稻品种的基因组分化特征。某些限制性内切酶消化过的水稻ＤＮＡ,其图谱呈现出多达４０ 条以上的杂交带,包括强杂交带和弱杂交带两种类型。重复实验结果证明,强杂交带表现为ＢＢＣＣ染色体组型特异而弱带则在栽培稻各品种间显示出丰富的多态性,表明该重复顺序片段在水稻理论研究和育种实践中可能具有重要意义     

载脂蛋白基因多态性与血脂关系研究进展

探讨载脂蛋白(apolipoprotein,apo)基因多态性与血脂的相关性.apoA,apoB,apoH,apoA-V,apoM基因具有多态性,有研究发现其基因多态性与血脂具有相关性,但是也有一些研究所得的结果相互不一致,甚至相反,还有发现人群或种族不同所得的结果亦不同.通过对载脂蛋白基因多态性的研究,揭示其与血脂的关系,以利我们从基因水平进一步认识和预防脂代谢紊乱,具有重要意义和广阔的应用前景.     

动物种群遗传多态性研究中的PCR技术

基因组DNA的变异是种群遗传多态性研究的基础。PCR技术可以在反应管内经济快速地扩增特定DNA序列,在动物种群遗传多态性研究中的应用主要包括三个方面：(1)种群遗传多态位点的检测;(2)基因定位或利用已经定位的单拷贝基因设计染色体位点特异的分子标记;(3)与DNA测序技术相结合,高效经济地获取特定基因座位的全部遗传变异。     

多巴胺转运体基因多态性与癌症患者性别关系研究

目的:探讨多巴胺转运体基因(DAT1)多态性与新疆汉族癌症患者性别的关系.方法:采用聚合酶链式反应和VNTR多态性分析技术对新疆汉族癌症患者DAT1多态性进行检测,比较各组间等位基因和基因型频率分布的差异及组内男女性别等位基因和基因型频率分布的差异.结果:在213例无关癌症人群个体中,DATI VNTR多态性表现出6～12倍重复的7种等位基因,共检出7种基因型.男女癌症患者的DATl VNTR等位基因及基因型频率的差异均无显著性(P>0.05).结论:多巴胺转运体基因(DAT1)3'端40bp可变串联重复多态性可能与汉族癌症患者的性别无关.     

雌激素受体β基因CA重复序列多态性与绝经后骨质疏松症的关联性研究

绝经后骨质疏松症(PMO)是一种多基因调控的遗传性疾病。雌激素受体β亚型基因是骨质疏松症的重要侯选基因。此文采用病例对照设计(78名股骨颈PMO病人和122名对照以及108名腰椎PMO病人和92名对照)研究中国人(汉族)雌激素受体β基因(ESR2)第5内含子CA重复序列多态性与PMO的相关性。以CA重复序列平均数22次为界将重复序列基因分为短基因(<22)和长基因(≥22),分别以S和L表示。股骨颈及腰椎(L2-4)部位,病例组中LL基因型和L等位基因者频率显著高于对照组(P<0.01),SL、LL及SL LL基因型者较SS基因型者患PMO风险显著增高(P<0.05);调整年龄、绝经时间、绝经年龄及体质指数后,Logistic回归分析显示ESR2(CA)n多态性仍然与股骨颈(OR4.923,95%CI1.986～12.203,P=0.001)及L2-4(OR2.267,95%CI1.121～4.598,P=0.023)PMO显著相关。结果显示:ESR2基因CA重复序列多态性与股骨颈和L2-4部位PMO独立关联,L等位基因显性影响PMO的发病风险。     

16个完整基因组中核糖体蛋白基因排列顺序保守性的研究

在16个完整基因组中,对70个核糖体蛋白基因的排列顺序进行了分析.这些基因在每个基因组中平均构成9～14个操纵子.结果显示:(1)L3和L14操纵子中包含的20多个核糖体蛋白的排列顺序在古细菌和真细菌这两个不同界的基因组中都非常保守;(2)有些操纵子结构分别是真细菌或古细菌所特有的;(3)在每一界中,有些操纵子中的核糖体蛋白的基因排列顺序在不同的物种中存在一定的差异,这种差异可以用来推测物种之间的亲缘关系.这种方法为研究古老物种的起源和进化提供了一条新途径.     

DNA限制性片段长度多态性

限制性内切酶的发现和应用,给生命科学研究带来了深刻变化。通过测定DNA分子中核苷酸排列顺序,研究基因的结构与功能,从而揭示生命现象的本质,是一个具有十分重要意义的课题。其中利用DNA重组和分子探针技术在基因水平上进行限制性酶切图谱分析,确定DNA结构中具有多态性的核苷酸位点,进行基因定位和异常基因的检测,是近年来分子遗传学研究中颇受重视的一个新领域。Kan和Dozy 1978年首先在β-球蛋白基因中发现第一个DNA多态性位点以来,人们已将注意力从基因表达产物——酶和蛋白质水平的多态性研究     

湖南汉族人群IL-1O启动子和IL-1ra基因多态性与SLE相关性研究

目的:研究湖南汉族人群IL-10启动子和IL-1受体拮抗剂(IL-1ra)的基因多态性,探讨IL-10启动子和IL-1ra基因多态性与SLE疾病的关系。方法:PCR和限制性内切酶酶切分析SLE患者(n=83)和正常对照人群(n=125)IL-10启动子和IL-1ra基因多态性,对基因频率进行分析。结果:湖南汉族人群IL-1ra及IL-10启动子基因具有多态性;SLE患者IL-1RN*1等位基因的频率显著高于正常对照组(P<0.05,RR=5);SLE患者IL-10启动子区-597位*A、-824位*T和ACC亚型的基因频率高于正常对照组(P<0.001)。结论:SLE患者IL-1RN*1的基因频率、IL-10启动子区-597位和-824位的基因多态性与正常人比较有显著差异,提示以上基因可能与SLE的发病有一定相关性。