丛林猫在甘肃的发现

在野外工作期间得到寿鹿山自然保护区雷光炳、王树荣、田种时和李生俊等同志的积极支持与帮助;在整理本文时,承刘季科教授提出宝贵意见,特此致谢1997年12月29日收到修改稿##D丛林猫（Fellscha。s）是我国二类保护的猫后动物,广泛分布于亚洲中西部的伊朗、里海、高加索、印度半岛和中南半岛,以及我国的云南、西藏（高耀亭等．1987．中国动物志,兽类,第八卷,食肉目．科学出版社,319页）。1996年11月,笔者在腾格里沙漠南缘的甘肃省景泰县寿鹿山自然保护区（37”03’～27iN,103。4if～53iE）考察期间,于海拔2600m的青海云杉（Pice…     

非标签蛋白组学研究方法

同位素、荧光标记、亲和标记物和其它标记技术已经成为蛋白组学研究中的主要方法。     

蛋白组学研究抗菌肽对BEL-7402细胞的作用

目的:采用蛋白组学研究家蝇抗菌肽cecropin对人肝癌BEL-7402细胞蛋白的影响,从蛋白质水平探讨抗菌肽抗肿瘤机制.方法:在测定肿瘤细胞生长指数的基础上,通过双向凝胶电泳分离差异蛋白,银染后进行图像分析,对表达差异2倍以上蛋白质点进行胶内酶解和MALDI-TOF-MS检测,获得肽质量指纹谱,应用Mascot搜索引擎在NCBI nr数据库中进行检索鉴定.结果:家蝇抗菌肽cecropin能够抑制BEL-7402细胞的生长,与对照组比较,抗菌肽处理组双向凝胶电泳共答定出12个差异表达蛋白点(上调蛋白6个,下调蛋白6个),大部分与细胞凋亡、细胞代谢、基因转录以及细胞骨架等相关.结论:这为深入研究抗菌肽抗肿瘤机制打下了基础.     

不同微生物大鼠腹腔注射模型尿液蛋白组学的比较

不同的微生物都可以引起腹腔感染,文中尝试利用尿液来区分不同的微生物感染.通过在大鼠腹腔内分别注射大肠杆菌、金黄色葡萄球菌和白色念球菌建立3种模型,收集感染后0、12、36、72h的尿液,并使用液相色谱串联质谱技术(LC-MS/MS)对尿蛋白进行分析.与感染前相比,在大肠杆菌腹腔注射模型中共鉴定到69个差异蛋白,在金黄色...     

原料乳冷藏过程中微生物细胞的宏蛋白组学分析

原料乳在投入生产前通常需4°C冷藏,在这个过程中微生物的污染将造成冷藏原料乳的变质。【目的】本文旨在分子水平上探究原料乳冷藏过程中微生物表达的差异蛋白质的动态变化,为原料乳的冷藏提供理论支撑。【方法】利用Label-free技术研究原料乳4°C冷藏6 d期间微生物菌体蛋白质的物种来源、功能及参与通路,筛选差异蛋白质并对主要差异蛋白质参与的通路进行富集,探究其变化规律。【结果】冷藏过程中共鉴定出341个微生物菌体蛋白质,其中冷藏3 d后产生的蛋白质占所有检出蛋白质的60.12%。COG及KEGG分析表明,蛋白质所体现的功能及参与的通路随时间而变化。冷藏4 d,参与糖酵解/糖异生、ABC转运蛋白、氨基糖和核苷酸糖代谢等通路的蛋白数量显著增加。随冷藏时间延长,相邻时间点差异蛋白质数目逐渐增多,且富集在不同的通路中。【结论】冷藏过程中原料乳中的微生物所产生的蛋白质参与的通路及其所体现的功能复杂,4 d时的变化最为明显,或可作为原料乳质量控制的关键节点。     

神秘聪明 丛林居民

黑猩猩是动物界中很聪明的动物,在亲缘关系上与人类最为接近,关于这位近亲,有许多吸引人的内容,科学家正不断把它们新的一面展现给我们。人类的近亲黑猩猩是生活在非洲的一种猿,生活在横贯赤道两百多万平方     

老挝丛林影像记

<正>老挝没有真正的冬季,属热带、亚热带季风气候,每年的5至10月为雨季,11月至翌年4月为旱季,年平均气温约26℃,年降水量1250~3750毫米。12月和翌年的1月是老挝的黄金季节,气候宜人,天高云淡,是摄影爱好者的乐园。2013年老挝共吸引外国游客377.9万人次,其中中国游客24.5万人次。长期稳定、睦邻友好、彼此信赖、全面合作;好邻居、好朋友、好同志、好伙伴。摘编自《中华人民共和国和老挝人民民主共和国联合新闻公报》     

乙型肝炎表面抗原阳性转基因小鼠肝组织基因表达谱及蛋白组学的初步研究

目的 利用与乙型肝炎病毒(ItBV)携带者相类似的#59系HBV转基因小鼠动物模型研究乙型肝炎表面抗原(HBsAg)蛋白对肝组织生理、代谢状态的影响,以了解HBsAg持续表达对肝细胞影响的机制。方法 用Affmertix基因芯片观察转基因小鼠肝组织基因表达谱的改变。用蛋白组学方法鉴定部分代谢相关酶类在转基因小鼠肝组织内的丰度改变。结果 基因芯片实验显示43个基因在转基因小鼠肝组织内显著(≥2倍)上调表达,104个基因显著下调表达。蛋白组学实验检出18个代谢相关酶在转基因小鼠肝组织内丰度高于对照鼠1．5倍以上,9个代谢相关酶低于对照鼠1．5倍以上。结论 HBV蛋白的存在对宿主肝组织代谢状态产生显著影响。推测其表现为胆固醇合成增强、胆汁酸合成减弱。糖异生作用增强、糖酵解减弱。氨基酸分解代谢增强、尿素合成减弱。     

蛋白组学解析拟南芥响应细菌信号分子N-3-oxo-hexanoyl-homoserine-lactone（OHHL）的机制

细菌来源的群体感应信号分子能诱导与调控植物的抗病性与生长发育,本文用细菌群体感应信号分子N一3-oxo—hexanoyl-homoserine—lactone（OHHL）对拟南芥进行不同时间的处理,提取蛋白进行双向电泳分析,用蛋白组学的方法解析拟南芥响应细菌信号分子的机制。双向电泳与质谱分析共鉴定出47个点,这些蛋白中随处理时间的增加表达量上调的蛋白点数目增加,并且与植物抗氧化、物质代谢和细胞信号转导密切相关。因此通过蛋白组学分析结果可以更好的解释植物与细菌的相互作用机制,进一步利用其之间的联系来促进植物更好的生长发育。     

采用蛋白组学技术分析质粒介导siRNA的“Off-target”效应

siRNA的"脱靶效应"(off-target effects)是RNA干扰应用研究领域的热点问题.采用蛋白组学技术对质粒介导的siRNA稳定沉默原癌基因c-myc可能存在的"off-target"效应进行初步研究,为siRNA靶向特异性的系统评价奠定理论与实验基础.构建靶向c-myc的siRNA真核表达质粒p-Mat01-1及其错配质粒p-Mis09-1,空质粒pEGFP-C1为对照,并稳定转染MCF-7人乳腺癌细胞.通过RT-PCR和Western印迹分析结果显示p-Mat01-1稳定转染克隆中c-myc/c-MYC的表达降低.采用2-DE及LC-ESI-MS/MS等方法,研究了p-Mat01-1与pEGFP-C1稳定转染克隆的蛋白组表达差异.结果显示,p-Mat01-1稳定转染克隆中有47个c-myc非调控蛋白点表达升高或降低,约占423个随机检测蛋白点的11.1%.这些蛋白涉及细胞骨架、代谢、增殖、信号传导、分子伴侣、氧化还原等多条途径.实验结果表明,质粒介导靶向c-myc的siRNA在MCF-7细胞中存在明显的"off-target"效应,提示在设计siRNA实验及应用研究时应系统考察其靶向特异性.     

应用蛋白组学方法筛选和鉴定乙型肝炎病毒PreS1结合蛋白

前S1蛋白（PreS1）在乙型肝炎病毒与宿主的相互作用中起至关重要的作用．为筛选乙型肝炎病毒PreS1结合蛋白,进一步探讨其在病毒感染过程中的作用,原核表达、纯化了PreS1-谷胱甘肽-S-转移酶（glutathione-S-transferase,GST）融合蛋白,利用此蛋白与HepG2细胞裂解液进行Pull-down实验,其产物进行双向凝胶电泳分离. 结果发现2个PreS1特异结合蛋白,经质谱鉴定为分子伴侣蛋白——葡萄糖调节蛋白78(GRP78)和葡萄糖调节蛋白75(GRP75)．通过免疫共沉淀和Western印迹分析证实,PreS1与GRP75之间存在相互作用．实验结果表明,GRP75为新发现乙型肝炎病毒PreS1特异结合蛋白,其与PreS1结合后的生理功能以及在HBV感染过程中的作用值得深入研究．     

子时梵净山——深入暗夜丛林

最后一缕阳光渲染着天空,我借助头灯的光线缓慢穿梭在梵净山的茂密丛林中。距离我不到3米远的—处峭壁上倒挂着一只菊头蝠。它紧缩着翼膜,不时露出脑袋打量我。看似恐怖狰狞的面孔,却有着温顺胆小的性格。这只小家伙一会儿就要飞走,到它下面的灌木林中享受一顿丰盛的昆虫大餐。我的视觉能力在这个即将拉开的夜幕丛林中无处发挥,而对于生活在这里的许多动物来说,     

基于蛋白组学的脓毒症补体凝血级联通路及标志物KLKB1研究

摘要 目的：通过蛋白质组学方法鉴定脓毒症关键通路及诊断标志物。方法：选取2019年1月至12月西南医科大学附属医院急诊科收治的56例脓毒症患者（脓毒症组）,另取同期50名健康体检志愿者（对照组）。采用随机抽样法分别选取两组中12名脓毒症患者和8名健康体检志愿者,利用非数据依赖模式（DIA）进行血清蛋白数据采集,将数据上传至iDEP在线平台分析脓毒症患者外周血中差异表达蛋白,进一步对这些差异蛋白进行生物信息学分析,包括主成分分析（PCA）、基因本体富集分析（GO）、通路富集分析和蛋白-蛋白相互作用网络（PPI）分析,进而筛选出脓毒症关键蛋白。采用酶联免疫吸附试验（ELISA）对脓毒症组、对照组进行关键蛋白表达验证分析。采用受试者工作特征（ROC）曲线分析关键蛋白对脓毒症的诊断效能。结果：蛋白质组学分析共鉴定出690个蛋白,筛选出171个差异表达蛋白（DEPs）,其中39个蛋白显著下调,132个蛋白显著上调。DEPs富集的核心通路为补体和凝血级联通路。该条通路中的血清激肽释放酶 1（KLKB1）在脓毒症组的表达水平为（121.80±55.63 ng/mL）,显著高于对照组的（68.30±57.11 ng/mL）,差异具有统计学意义（t=4.881,P=0.000）。根据ELISA结果进行脓毒症诊断ROC曲线分析得出,KLKB1蛋白诊断脓毒症的 AUC（95%CI）为0.759（0.594～0.923）。结论：补体和凝血级联通路为脓毒症免疫途径的重要通路,KLKB1具有较好的脓毒症诊断特性,可能是脓毒症潜在的诊断生物标志物。     

快速老化小鼠额叶皮质的蛋白组学研究

目的:探讨快速老化过程中差异蛋白质及其与学习记忆的关系.方法:以13月龄和8月龄快速老化小鼠模型的快速老化亚系SAMP8和抗快速老化亚系SAMR1的额叶为研究对象,经双向电泳技术和考马斯亮兰G250染色,分别获取13月龄和8月龄SAMP8和同龄SAMR1额叶的2-DE考染图谱,用PDQuest 7.40图像分析软件,建立不同月龄蛋白质组的匹配差异图谱,分析图谱中SAMP8与SAMR1蛋白质的表达变化.结果:8月龄SAMP8额叶检测到579个蛋白点,同龄SAMR1额叶检测到612个蛋白点;13月龄SAMP8额叶检测到705个蛋白点,同龄SAMR1额叶检测到621个蛋白点.PDQuest7.40软件匹配差异分析显示,8月龄SAMP8与同龄SAMR1比较,SAMP8表达缺失33个蛋白,两者共有显著差异表达蛋白35个.13月龄SAMP8与同龄SAMR1比较,SAMR1中表达缺失84个蛋白,两者均有但表达有显著变化的蛋白质36个.13月龄和8月龄的SAMP8互相比较,13月龄组新增蛋白126个,二者共有差异表达蛋白58个.13月龄和8月龄的SAMR1比较,13月龄组新增9个蛋白,二者共有差异表达蛋白33个.结论:两组不同月龄小鼠额叶SAMP8和SAMR1存在差异表达蛋白质,进一步研究有助于了解衰老的发生机制,并为研发调节学习记忆蛋白的新药提供依据.     

生物数据标准化研究进展

随着生物测序技术的快速发展,积累了海量的生物数据。生物数据资源作为生物分析研究及应用的核心和源头,为保证数据的正确性、可用性和安全性,对生物数据资源进行标准化的管理非常重要和迫切。本文综述了目前国内外生物数据标准化研制进展,目前国内外对生物数据缺少一个总体的规划,生物数据语义存在大量的不兼容性,数据格式多种多样,在生物数据收集、处理、存储和共享等方面缺乏统一的标准。国内外生物数据标准化处于起步阶段,但各国生物专家都在努力进行标准研制工作。文章最后从生物数据术语、生物数据资源收集、处理和交换、存储、生物数据库建设和生物数据伦理规范等方面出发,对标准研制工作进行一一探讨,期望能为生物数据标准制定提供一定的参考和依据。     

基因组二代测序数据的自动化分析流程

二代测序技术的发展对测序数据的处理分析提出了很高的要求。目前二代测序数据分析软件很多, 但是绝大多数软件仅能完成单一的分析功能(例如：仅进行序列比对或变异读取或功能注释等), 如何能正确高效地选择整合这些软件已成为迫切需求。文章设计了一套基于perl语言和SGE资源管理的自动化处理流程来分析Illumina平台基因组测序数据。该流程以测序原始序列数据作为输入, 调用业界标准的数据处理软件(如：BWA, Samtools, GATK, ANNOVAR等), 最终生成带有相应功能注释、便于研究者进一步分析的变异位点列表。该流程通过自动化并行脚本控制流程的高效运行, 一站式输出分析结果和报告, 简化了数据分析过程中的人工操作, 大大提高了运行效率。用户只需填写配置文件或使用图形界面输入即可完成全部操作。该工作为广大研究者分析二代测序数据提供了便利的途径。     

北京市三级医院手术安全核查管理现况调查

目的 调查不同医院的手术安全核查管理情况,以期建立手术安全核查标准作业流程。方法 以中国医院协会患者安全协作网北京组成员单位为研究对象,通过问卷调查方法分析手术安全核查制度和工作流程。结果 填写问卷的10家医院手术安全核查的工作流程不同,70%的医院核查督导结果未纳入科室绩效考核, 对于日常监管困难等管理不足表示认同。结论 手术安全核查管理中存在的问题主要有：缺乏统一的标准操作流程, 日常监管困难等,可以针对这些问题进行相应干预。     

“水生动物行为”专辑责编简介

行为学研究越来越受到动物科研工作者的重视, 尤其是动物个性研究。然而, 目前在个性的概念、实验设计和统计方法上仍存在不少问题, 因而规范行为学研究方法有着十分重要的意义。鉴于以上目的, 文章对动物个性和行为集概念的发展过程进行了简要回顾, 并归纳了动物个性和行为集研究的实验设计和目前最佳的数据统计分析方法。这些标准的建立, 可以帮助科研人员避免动物个性研究中常见的错误, 使个性研究的设计更加缜密、实验结果更加可靠, 从而推动行为生态学的蓬勃发展。