基于EMR数据挖掘的临床路径构建中EMR数据预处理

高质量决策取决于高质量数据。与其他领域的数据挖掘一样,在基于电子病历数据挖掘构建临床路径中,也需要对拟挖掘的电子病历数据进行预处理,为最终的数据挖掘提供干净、准确、更有针对性的数据,从而提高挖掘的效率和准确度,但对于基于EMR数据挖掘的临床数据构建中的电子病历预处理又有其自身的特点。文章对此进行了分析与探索。     

MEDLINE摘要本地下载与更新及癌基因表达数据的文本挖掘(英文)

近年来对生物医学文献的文本挖掘在功能基因组学研究中得到了广泛开展。为了更好的检索MEDLINE摘要,本文介绍利用Unix文本过滤命令实现了对摘要的自动下载和更新。同时,对癌基因表达数据,如癌的种类,癌基因表达情况,及与p53基因的关联等进行了初步的文本挖掘分析。     

一种优化的生物数据多层关联规则挖掘算法

关联规则挖掘技术是寻找基因间关系的有效手段,但现有算法未针对高通量生物数据的特点进行优化,而存在着效率低下等缺点。提出的MAGO-FP算法,使用Gene Ontology(GO)的概念分层结构,通过对FP-Growth算法的扩展,具有一定的性能优势。在此基础上,应用该算法分析了一组由S.cerevisiae酵母菌cDNA微阵列芯片产生的实验数据,发现了一些候选关联规则。并针对其中一些重要的关联规则,通过相关文献证实了其真实性,表明该算法在基因表达分析等研究中具有应用价值。     

基于稳定同位素的消费者营养来源溯源的方法和过程

为降低利用稳定同位素分析对消费者营养来源进行溯源所造成的一定程度误读, 文章基于实测同位素数据集(浮游动物同位素数据集), 通过原始数据的简单统计检验、营养来源先验信息的矫正, 构建系列贝叶斯模型; 通过同位素空间的构建与检验, 及先验信息和后验分布差异等多种分析方法与步骤, 来描述消费者营养来源溯源的方法和过程。以此为应用稳定性同位素技术开展消费者营养溯源研究提供指导。     

高原鼢鼠挖掘取食活动的能量代价及其最佳挖掘取食行为

高原鼢鼠(Myospalax baileyi)是青藏高原典型的地下鼠,它主要挖掘取食杂类草之地下根茎,在挖掘过程中形成取食洞道。本文根据此特点,建立了挖掘取食过程中能量代价(E_(?))与取食道结构参数(土丘间距S、侧道长L、取食道半径b及洞道深度D)之间以及取食获能E_(fg)与S和b之间的两个函数关系。分别以挖掘效率极大和取食效率极大为优化目标,导出同样的结果,即相同的最佳土丘间距S_(opt)。通过实验观测,计算出在矮嵩草(Kobresiahumilis)草甸生境条件下,最佳土丘间距S_(opt)=127.4厘米,与野外实测土丘间距(126.30±47.85厘米)无显著差异(t=0.312,P>0.50),表明高原鼢鼠的挖掘及取食行为符合最佳化原则。     

高原鼢鼠挖掘活动的观察

本文通过自制高原鼢鼠挖掘行为观察箱,以直接观察法和摄录像系统观察了在模拟不同土壤坚实度条件下,高原鼢鼠的挖掘行为、掘土速度、掘土持续时间以及在每一掘土回合内的掘土量。结果表明,高原鼢鼠的掘洞活动主要由掘土、扒土、踢土、推土、以及拱土组成;掘土速度和掘土持续时间与土壤坚实度有关;在相同土壤条件下,虽然雄、雌鼢鼠的掘土速度相似,但雄性鼢鼠在每回合内的掘土量明显地高与雌鼠。     

基因转录表达数据的生物信息挖掘研究

基因表达是生物体中最重要和最基础的生物学过程和分子活动,生物体正是通过调控不同基因表达而实现生长发育和抵御刺激等生命活动.转录组测序是目前在生物医学研究中应用最为广泛的高通量检测基因表达的技术,也促进了大量针对转录组数据的生物信息挖掘方法和工具的发展.本文就基因表达中的转录组数据分析和挖掘方法进行了综述,从已有大规模转...     

粘细菌资源挖掘与多相分类研究进展

粘细菌(Myxobacteria)是一类具有复杂多细胞行为、能够广泛捕食各类细菌和真菌并能产生丰富次级代谢产物的药源微生物,具有重要研究和应用价值。然而,由于资源挖掘困难,多相分类研究进展缓慢,严重阻碍了粘细菌的开发利用。本文对粘细菌的特性、分离和纯化方法、目前存在的不足及改进措施进行阐述,并对粘细菌多相分类研究进展及存在的问题进行解析。另外,结合当前技术手段和发展现状,进一步对粘细菌的未来发展趋势进行展望,以期为相关研究提供参考。     

基于多源遥感数据协同的滇西北森林郁闭度估测

森林郁闭度(FCC)是评价森林资源和生物多样性的重要参数,利用多源遥感协同手段以较小成本高精度实现区域FCC反演是当前研究热点。本研究以星载激光雷达ICESat-2/ATLAS为主要信息源,结合54块实测样地数据,采用贝叶斯优化(BO)算法改进后的随机森林(RF)、K-最近邻值法(KNN)、梯度回归(GBRT)模型获取光斑尺度ATLAS光斑内FCC,协同多源遥感影像Sentinel-1/2及地形因子基于BO算法优化后的全连接深度神经网络模型(DNN)进行区域尺度的滇西北香格里拉市FCC遥感估测。结果表明：在提取的50个ATLAS激光雷达光斑参数指标中,经RF特征变量优选后,6个特征参数(乔木冠层百分比、冠层顶光子相对高度的标准差、冠层高度最小值、区段内98%冠层高度值与冠层高度中位数的差值、冠层顶部光子数、表观反射率)贡献率较大,可作为光斑尺度遥感估测模型变量。在BO-RF、BO-KNN、BO-GBRT模型中,以BO-GBRT模型估测的FCC结果最优,留一交叉验证的决定系数(R²)为0.65、均方根误差(RMSE)为0.10、绝对残差均值(RS)为0.079,预测...     

三种啮齿类动物前肢挖掘效率分析

以甘肃鼢鼠(Myospalax cansus)、棕色田鼠(Lasiopodomys mandarinus)和小鼠(Mus musculus)为对象,对其尺骨、桡骨和肱三头肌结构进行了比较,并通过力学模型,对这三种生活类型鼠类前肢的挖掘效率进行分析。结果显示,甘肃鼢鼠肘关节位置大幅度前移,尺骨鹰嘴特化突出,形成更加省力的骨学杠杆基础,其中甘肃鼢鼠的鹰嘴尺骨比例达0.40;棕色田鼠和小鼠的鹰嘴尺骨比例分别约为0.19和0.18。此外,甘肃鼢鼠提供挖掘动力的肱三头肌近体端长头覆盖整个肩胛骨下缘,外侧头和内侧头覆盖桡神经沟到肱骨肘关节髁附近区域,远体端扁腱附着于尺骨鹰嘴,整块肌肉非常发达,棕色田鼠和小鼠均无此特化现象。说明甘肃鼢鼠前肢结构更加适应地下掘土生活,其挖掘效率远大于棕色田鼠和小鼠。     

一种基于MeSH主题词的临床?鄄组学关系挖掘方法

癌症的发生发展与机体内基因的改变有密切联系,在临床上表现为症状或检测指标的异常．通过挖掘分析临床表现与基因改变之间的关系,可为癌症早期诊断和精准治疗提供临床决策支持．从文献数据出发,利用结论性数据挖掘基因与临床表现的关系具有重要意义．本文提出一种基于医学主题词(Medical Subject Headings,MeSH)的生物医学实体关系挖掘方法．该方法利用PubMed中提供的文献信息,借用向量空间模型思想,使用MeSH主题词矢量表达待研究实体,引入文献相互引用因素对结果进行修正,将关系挖掘转化为矢量间的数学运算,实现定量分析．本文将该方法应用于结直肠癌临床表现和基因关系的研究中,得到与结直肠癌相关的203个基因和对应的临床-基因462个关系．通过结合使用基因功能和通路分析工具g:Profiler和KEGG等,对结果进行分析验证．结果表明,基于MeSH主题词的文献挖掘方法,避免传统“共现”方法对发现潜在关系的限制和复杂语义分析带来的大量计算,为生物实体之间潜在关系的挖掘提供一种新的思路和方法．     

文本挖掘在生物医学领域中的应用文献计量学分析

目的:近年来,随着生物医学领域文献数量的急骤增长,大量隐含的规律和新知被掩埋在浩如烟海的文献之中,而将文本挖掘技术应用于生物医学领域则可以对海量生物医学文献数据进行整合、分析,从而获得有价值的信息,提高人们对生物医学现象的认识。本文就我国近十年来文本挖掘技术在生物医学领域的应用现状进行文献计量学分析,旨在为我国科研工作者对该领域的进一步研究提供参考。方法:对国内正式发表的生物医学领域文本挖掘相关文献进行检索和筛选,分别从年度变化、地区分布、研究机构、期刊来源、研究领域等方面进行分析。结果:国内生物医学文本挖掘文献总量呈上升趋势,主要集中在挖掘算法的研究和文本挖掘技术在中医药及系统生物学领域的应用方面;北京、上海、广东等地的研究处于领先地位。结论:相比其他较为成熟的研究课题来说,目前文本挖掘技术在生物医学中的应用在国内还属于一个比较新的研究领域,但国内对该领域的认识正不断提高、研究正不断深入,初步形成了一批在该领域的核心研究地区、核心研究机构和核心研究领域,而对其进一步的研究,必将为生物医学领域的发展注入新的活力。     

基于唐诗文本挖掘的关中地区人文景观格局研究

关中地区作为中国历史上最早的“天府之国”,拥有丰富的自然与人文资源和独特的人文景观格局。对近400首描写关中风貌的唐代诗词进行筛选梳理,利用文本挖掘技术,通过可视化分析将关中地区划分为长安故都、行宫别苑、山水形胜、田园意境和雄关遗迹5种景观空间类型,并进一步对人文景观情感特征、景观空间分布特征和空间语义网络特征展开分析,结果表明：不同类型景观空间的词条语义有明显的相似性特征,关中地区形成了以“绿”“素”“青”“朱”为主的景观色彩分布格局,人文景观情感在区域中体现出明显的空间分异。     

基因组水平的基因挖掘与功能分析方法的探讨

为了实现基因组中特定基因功能的注释,研究者提出一种新的思路,即利用对目的基因启动子上游的顺式元件的功能的分析,进一步来推断目的基因的功能。在此主要对基因组水平的基因挖掘与功能分析方法及其研究进展进行了探讨。     

小粒野生稻优异基因的挖掘与利用研究进展

小粒野生稻拥有丰富的遗传多样性,含有大量的优异基因,是进行栽培稻遗传改良和基因组研究的宝贵资源。本文总结了国内外研究利用小粒野生稻种质取得的系列进展,主要包括:小粒野生稻优异性状的鉴定和遗传群体的构建,小粒野生稻有利基因的定位、克隆与育种利用,还对小粒野生稻优异基因利用的困难和应对策略进行了讨论。这些结果必将有利于进一步挖掘和利用小粒野生稻的有利基因。     

基于非数据依赖的鞘脂菌蛋白质组学分析方法的建立

【背景】鞘脂菌是一类可高效降解以菲为代表的多环芳烃有机污染物的菌株,其在环境污染治理及生物技术领域具有广阔的应用前景。【目的】为了优化测试方法,获得更完整的鞘脂菌Sphingobium yanoikuyae SJTF-8在菲胁迫下表达差异的蛋白。【方法】利用数据依赖型及数据非依赖型两种蛋白质组学数据采集方法,比较了鞘脂菌SJTF-8在菲胁迫下蛋白质水平的表达变化。【结果】两种技术方法下共得到580个表达差异蛋白,这些蛋白在细胞代谢、转运和调控等方面发挥一定功能。【结论】数据非依赖性采集(data-independent acquisition,DIA)技术在重复性以及低丰度蛋白的检测上明显好于数据依赖型采集(datadependentacquisition,DDA)技术,因此,DIA在实际可用的表达差异蛋白检出方面具备明显优势,为发现菲胁迫下细胞诱导表达的低丰度调控蛋白提供帮助。     

微生物多糖合成关键基因挖掘的研究进展

随着分子生物学技术的快速发展,功能基因的挖掘在微生物高产多糖合成关键途径研究中变得越来越重要,不断发展的基因挖掘方法和基因组分析工具推进了研究的深入进行.本文主要综述了近年来报道的微生物多糖生物合成途径和多糖合成途径中的关键酶,以及利用多种技术手段和分析软件工具对多糖合成关键基因进行挖掘和验证的相关研究,为微生物多糖合...