预测转录单位基础上的原核生物启动子预测

启动子及转录单位预测对于了解基因间的功能及相互间的调节关系具有重要的作用 ,这方面的研究一直是生物信息学的一个重要方向 ,但预测的准确率一直都很有限。本文建立了在转录单位预测基础上进行原核生物启动子预测的新方法 ,首先根据基因间距离、功能关系及多基因比对结果来进行转录单位预测 ,得到了比较理想的结果 ,而且对于研究得比较透和研究得较少的基因组都适用。其后在转录单位预测结果基础上进行启动子预测则采用了隐Markov链模型 ,并在Markov链中考虑状态驻留时间。结果显示 ,该方法能有效地预测出启动子序列及其位置 ,准确率达到 70 %以上。