一个从中等分辨率电子云密度图确定蛋白质主链C~α原子座标的方法

本文叙述了一个简单的从中等分辨率电子云密度图确定蛋白质骨架结构的方法.方法的第一步是依据蛋白质结构已知的立体化学参数以及密度图上代表侧链的密度的位置来确定C~α原子位置.第二步是用Hendrickson分子叠合法将螺旋区的结构标准化.这个方法对于无法得到合用的高分辨率衍射数据或相角的蛋白质结构的测定是有用的.     

冷冻电镜密度图可视化软件VAT4M

基于冷冻电镜三维密度图的特征分析,研究开发了冷冻电镜密度图可视化软件VAT4M(Visual Analysis Tools for Macro-Molecule Map and Model),实现了对三维冷冻电镜密度图的可视化分析,其主要功能包括密度图和分子模型的可视化、密度图的分割和晶体结构在密度图中的匹配。在可视化方面,在实现等值面可视化方法的同时还实现了体绘制可视化模式。对于结构分析,VAT4M提供了自动分割工具,和所见即所得的分割浏览器。同时,VAT4M还提供了极值吸收法与梯度法相结合的自动匹配方法,而且,对于具有对称性的密度图,可根据一个亚基的匹配结果,迅速得到其准原子模型。最后给出了若干应用实例。实验表明,本平台对冷冻电镜密度数据具有良好的可视与分析功能。     

盐藻固定化培养的初步研究

以海藻酸钙为载体,考察了CaCl2浓度、胶球大小、密度及初始细胞密度等条件对盐藻固定化培养的影响,确定了该藻生长的优化条件：当藻 细胞密度大于10^6cell/ml,CaCl2浓度为0.15ml/L,注射用针头为6^#,在50ml培养液中加入150个微藻胶球时,藻细胞的生长量最大。     

唐菖蒲籽球大小及播种密度对种球产量和品质的影响

为不断改进唐菖蒲Gladiolus gandavensis冬季在我国南方的种球繁殖方法和技术,采用不同大小籽球及播种密度进行繁殖试验。结果表明,播种籽球大小及播种密度可影响收获种球大小及分布。周径2.3~3.1 cm籽球及400粒·m~(-2)播种密度是最佳处理组合,收获的商品球(周径6 cm)数量最多,达255粒·m~(-2),收获籽球的数量也最多,达9813粒·m~(-2),重量达875.3 g·m~(-2)。周径2.3~3.1 cm籽球及200粒·m~(-2)播种密度处理组合收获的商品球占比最高,达76.38%。     

细胞颗粒平均外切直径与数密度的测算

本文提供了测算颗粒平均外切直径的实用方法,从而得到计算细胞颗粒数密度的新公式,式中N_V代表数密度,N_A为薄切片单位面积上被切割的颗粒数,δ为颗粒的比表面,γ为新确定的形状因子,J_d是校正因子,用以修正颗粒大小不均匀的影响。本方法适用于形状规则的亚微颗粒、细胞核以及细胞的切片图像分析。     

天童山阔叶木本植物叶片大小与叶脉密度及单位叶脉长度细胞壁干质量的关系

叶片大小是植物生态策略中的一个关键性状, 而叶脉是叶内主要的支撑和输导结构, 对叶片的生长发育具有重要的影响。该研究以天童山38种阔叶木本植物为研究对象, 以叶片面积、干质量和周长表征叶片大小, 采用标准化主轴估计(SMA)方法和系统发育独立比较(PIC)分析主脉密度、细脉密度和总叶脉密度, 以及各级叶脉单位长度的细胞壁干质量与叶片大小之间的关系, 拟从叶片内部结构和资源分配策略的角度探明叶片大小与叶脉结构之间的变化关系及生态学意义。研究结果显示: (1)叶片大小与主脉密度极显著负相关, 细脉密度以及总叶脉密度与叶片大小关系不显著, 表明叶片越小, 主脉密度越高, 而细脉密度与叶片大小无关; (2)单位主脉长度的细胞壁干质量与叶片大小极显著正相关, 单位细脉和总叶脉长度的细胞壁干质量与叶片大小的相关性均不显著, 表明随着叶片的增大, 单位主脉长度的细胞壁干质量显著增加, 而细脉的细胞壁干质量与叶片大小无关; (3)主脉密度与单位主脉长度的细胞壁干质量之间是斜率显著大于-1的负异速生长关系, 表明主脉密度随单位主脉长度的细胞壁干质量增加而显著下降, 两者之间存在权衡关系, 而单位细脉长度的细胞壁干质量与细脉密度关系不显著。上述结果表明, 与大叶片相比, 小叶中通常具有较高的主脉密度, 这不仅是叶片发育过程中叶形变化调控的结果, 也是单位叶脉长度的细胞壁干质量调控的结果, 单位叶脉长度的细胞壁干质量是导致叶片大小与主、细脉密度之间不同变化关系的直接因素。该研究结果为我们理解全球范围内叶片大小变化的生物地理分布模式以及植物对环境的适应策略提供了参考。     

叉鞭金藻固定化培养的初步研究

以海藻酸钙为载体,初步考察了CaCl2浓度、胶球大小、密度及初始细胞密度等条件：对叉鞭金藻固定化培养的影响,确定了该藻固定化生长的优化条件;当藻细胞密度大于10^6cells/ml,CaCl2浓度为0.15mol/L,在50ml培养液中加入150个微藻胶球时,藻细胞的生长量最大。与游离的叉鞭金藻相比,固定化叉鞭金藻生长速度慢,但生长周期长。     

用推广的CA模型模拟松毛虫危害的时空动态(英文)

本文建立了模拟马尾松毛虫危害时空动态的非线性CA模型。它包括自依赖、外部变量和交互作用3个组成部分。文中用方差图和相关图确定自依赖和相互作用的平均距离(时间间隔或空间距离)及相互作用随距离变化的规律,并建立了种群密度模拟的时空相关回归模型。模型模拟的结果表明,对于严重危害的区域,预测结果和实际发生十分符合;对于轻危害的区域模型低估了危害程度,但松毛虫危害趋势的估计和实际发生是一致的。     

不同薄皮甜瓜种质白粉病抗性研究

本研究采用田间自然鉴定和离体叶片接种鉴定的方法,研究了7个薄皮甜瓜种质对白粉病的抗性,并分析了气孔大小、气孔密度和叶绿素含量与白粉病抗性的关系。结果表明,离体叶片接种鉴定和田间自然鉴定的白粉病抗性结果一致,共鉴定出5个抗病种质,2个感病种质,四倍体的抗病性优于二倍体;气孔大小和叶绿素含量与病情指数呈负相关,气孔密度与病情指数呈正相关,除气孔大小与离体鉴定病情指数呈显著性相关外,其它指标与病情指数相关性不显著,抗病种质和感病种质在气孔大小、气孔密度和叶绿素含量上差异均不显著,因此,气孔大小、气孔密度和叶绿素含量与薄皮甜瓜白粉病抗性不相关。     

红葱种群地上和地下构件的密度制约调节

虽然个体大小和密度的关系是植物生态学研究的中心问题, 但是大多数基础研究只观测植株地上部分的生物量, 即地上部分大小-密度关系, 而对于地下构件大小-密度关系的研究十分薄弱。因为植物个体的生长是构件变化的过程, 所以个体大小和密度的关系不仅表现为种群水平和个体水平, 也表现为构件水平。该文研究了5个密度(36、49、64、121和225株·m^-2)的红葱(Allium cepa var. proliferum)种群地下构件密度制约调节规律及其与地上构件密度制约调节规律的关系, 地下部分和全株(包括地上部分和地下部分)的密度制约调节规律, 及二者与地上部分密度制约调节规律的关系。结果表明: (1)不同密度环境下, 植物的表型可以通过各器官形态的可塑性反应发生调整; 植株地下构件和地上构件的各个特征(株高、叶片长、叶片数、鳞茎直径、分蘖重)均与密度呈显著的线性相关关系; (2)平均根、鳞茎、叶片和鞘生物量均与密度呈显著的幂函数负相关关系, 但异速指数不同: 鳞茎(-1.14)<叶片(-1.03)<根(-0.78)<鞘(-0.49), 表明地下构件的大小和地上构件的大小随密度的变化不一致; (3)平均地下、地上和个体生物量均与种群密度呈显著的幂函数负相关关系, 但异速指数不同, 分别为: -1.13、-0.95和-0.98, 表明地上部分大小和全株大小随种群密度的变化基本一致, 但与地下部分大小的变化不一致。总之, 密度制约对植株地下构件的调节作用大于地上构件, 对地下部分的调节作用大于地上部分, 红葱种群对地下资源的竞争占主导地位。     

冷冻电镜单颗粒三维重构密度掩模的自动生成方法研究

冷冻电镜单颗粒三维重构技术是用来解析生物大分子三维结构的常用方法.然而目前在单颗粒三维重构过程中,溶剂平滑操作还存在一定缺陷:没有一款主流的单颗粒三维重构程序能够自动寻找掩模(mask)三维密度图,使得三维重构过程难免受到噪音统计学模型计算偏差的干扰.为解决这一问题,本研究借鉴X射线晶体学中解析优化相位所广泛采用的溶剂平滑方法,采用高斯滤波、坎尼边缘检测、最小误差阈值处理等方法处理重构所得三维密度图,优化溶剂平滑操作,发展在单颗粒三维重构过程中自动寻找mask三维密度图的方法.运用三维密度图傅里叶壳层相关系数(fourier shell correlation,FSC)曲线图、模拟颗粒数据重构角度误差散点图等指标评估此方法的效果.结果表明,自动寻找mask密度图的方法能够较好地找到涵盖分子结构信号区域的mask密度图,较为明显提高三维重构所得密度图分辨率.     

浙江天童木本植物Corner法则的检验:个体密度的影响

Corner法则反映了植物枝叶大小和数量配置的构型策略,但是,对于个体密度如何影响枝叶关系的理解仍不够深入。该研究选择浙江天童的25个植物群落,通过比较枝大小(横截面积)-叶大小(总叶面积)关系和枝大小(横截面积)-枝数量(分梢密度)关系,分析个体竞争对植物Corner法则的影响。结果显示:1)在不同密度区间,枝横截面积和总叶面积均显著异速正相关。2)个体水平上,枝大小-叶大小回归方程的截距在低密度区间显著小于高密度区间,表明在枝大小一定的条件下,高密度群落的植物当年生枝条会支撑更大的总叶面积;而物种水平上,枝大小-叶大小回归方程的截距在不同密度区间没有显著性差异。3)枝横截面积与分梢密度显著负相关,且各密度区间也存在显著小于–1的共斜率。4)个体水平和物种水平的分析结果都显示,枝横截面积与分梢密度回归方程的截距在不同密度区间无显著差异,表明高密度植物并没有比低密度植物在单位大小枝条上配置更多的分枝。总之,植物枝大小-叶大小关系和枝大小-枝数量关系各自在不同的密度区间具有共同的变化斜率,反映了天童地区植物Corner法则不随个体密度变化而改变。但是,枝叶关系回归方程截距的改变表明,个体竞争的加大会使得植物在枝叶大小的配置策略上进行调整,从而可能通过生态位分化促进物种共存。     

植物细胞遗传图及其应用

细胞遗传图（cytogenetic map）综合了来自遗传图（genetic map）和细胞学图（cytological map）两方面的信息,它既能反映基因或DNA标记之间在染色体上的真实距离,又能显示它们与染色体的细胞学结构间确切的位置关系。构建植物细胞遗传图的宗旨是将遗传图上的诸多标记与其在染色体的具体位置联系起来。目前主要有两种方法用于细胞遗传图的构建。较广泛使用的一种方法是借助染色体断点来确定遗传标记在染色体上的位置,另一种方法是利用荧光原位杂交（FISH）直接把DNA序列定位到染色体上。此外,利用RN-cM图也可以把遗传标记定位于粗线期染色体。从细胞遗传图可以看出,染色体两臂的远端有较高的基因密度和重组频率。细胞遗传图在比较近缘植物基因组的同线性、揭示植物的进化关系、研究基因定位克隆等方面都有重要意义.     

最近邻体法及其在昆虫分布格局研究中的应用

空间分布格局是种群在空间相对静止的散布状况,它揭示了种群个体某一时刻的行为习性和诸环境因子的迭加影响,以及种选择栖境的内禀特性和空间结构异质性程度。在估计种群密度的抽样调查、确定试验数据的统计分析方法及考察受害形成过程和决定必需防治密度时,空间分布格局的确定是必不可少的。目前,     

青海湖地区普氏原羚的种群结构

普氏原羚是中国的特有动物。 1986年在青海湖地区仅发现 35 0只普氏原羚 ,分布于鸟岛、湖东 克图和元者 3个种群之中。 1996～ 1998年 7月至 8月 ,我们沿设定的 10条样线对青海湖地区的普氏原羚进行了考察。调查样线总长度为 37 5 5km。观察记录距样线两侧 10 0m以内普氏原羚足迹链和狼足迹链、粪堆和尿迹。同时记录观察样线两侧 6 0 0m以内的普氏原羚个体 ,记录群体大小、性别和年龄 ,然后 ,计算单位样带面积上普氏原羚和狼的密度。 1997年湖东 克图种群雄羚占 2 9%、雌羚占 5 0 %和幼羚占 2 1% ;元者种群雄羚占 2 9%、雌羚占 43%和幼羚占 2 7%。狼捕食是 1997年湖东 克图种群数量下降的主要原因。在湖东 克图沙漠中 ,1996年普氏原羚群体大小为 9 0± 6 9只 (平均数±方差 ) ,密度为 3 19± 3 5 9只 /km2 ,而 1997年为 4 2± 3 9只 /km2 ,密度为 1 14± 1 0 9只 /km2 。 1997年冬季猎狼后 ,湖东 克图种群数量回升到 2 14± 3 13只 /km2 ,幼羚占群体的2 7%。     

昆虫种群动态时空回归预测方法及应用研究

根据昆虫种群内个体空间相互作用的特点,提出分析昆虫种群时空相关的三维相关图方法及种群动态预测的时空混合回归模型,对马尾松毛虫幼虫密切分布的预测采用了时空自回归加空趋势面的形式,预测的马尾松毛虫幼虫的平均密度和实测的平均密度在时空变化的趋势上是完全一致的,而且预测结果给出了马尾松毛虫的幼虫密度分布的图形形式,给防治决策提供了方便。     

长白山云冷杉针阔混交林不同林隙下幼苗幼树密度及空间分布

2019年8月在云冷杉针阔混交林样地(0.36 hm²),对48个林隙及幼苗(0.2<更新高度RH<1 m)、幼树(RH≥1 m,胸径DBH<5 cm)进行调查,分析林隙大小(<20 m²,小;20～50 m²,中;50～120 m²,大;>120 m²,特大)对林隙内红松、鱼鳞云杉及冷杉幼苗幼树密度和生长指标(高、基径)的短期影响,并采用核密度估计法分析其空间分布规律。结果表明: 云冷杉更新的密度通常随林隙增大而降低,仅对幼树影响显著,小林隙下云冷杉幼树密度分别为0.34和1.74株·m^-2,红松密度不受林隙大小的影响。林隙大小对冷杉幼苗幼树生长指标的影响最大,对红松影响最小,平均最大值多出现在大林隙。红松和云杉幼树的基径和树高最大值均分布在小、中、大林隙东北部,在特大林隙中转移至冠空隙西北部。小林隙有助于幼苗的建立和萌发,可通过择伐冷杉创造小林隙,随后扩大林隙面积(>50 m²)促进幼树生长,需要持续监测来确定林隙大小对森林更新的长期影响。     

延安林区地栖鼠类组成及优势度分析

延安林区共有地栖鼠类8种,分属2科6属。密度和生物量在反映不同生境鼠类作用大小方面并不一致,本文利用密度和生物量综合决定的重要值来表示鼠类优势度,分析了该区地栖鼠类组成及作用大小,并对不同生境中鼠类的优势度水平进行了比较。指出中华鼢鼠是该林区的优势种类,并提出了针对该鼠的造林建议。     

一种新的中心定位算法在细胞分割中的应用

以模糊数学为基础,提出了一种新的寻找细胞核中心的方法。该方法能有效地对同一图中多个不同大小的细胞核进行定位,并且其抗噪能力较强,正确率较高。文中采用该定位算法确定细胞核的中心位置后,再应用水平集的方法对细胞显微图像进行分割。分割的结果进一步表明了这种中心定位算法是有效的和鲁棒的,能辅助其他分割算法一起完成复杂图像的分割任务。     

一种利用计算机程序计算目的蛋白表达量及表达水平的方法

介绍一种利用Windows操作系统工具及扫描仪,测量和计算发酵工艺研究及摇瓶实验中目的蛋白的表达量的方法。该方法可以扩展到精确计算在琼脂、纤维膜等材料上的溶菌圈的大小、抑菌圈的大小,免疫扩散及其绝对量的确定等。