小片段DNA未知SNPs的PCR SSCP检测方法分析(英文)

PCR SSCP是对未知单核苷酸多态性 (SNPs)进行检测最简便、最实用的方法之一 .该方法检测的灵敏度易受片段大小的影响 .以大小在 2 0 0bp左右的PCR扩增产物为检测对象 ,对该方法的影响因素进行了分析 .结果表明 ,在 4℃条件下 ,10V cm恒压电泳 10～ 16h ,在上样缓冲液中加入10 %甘油 ,在 12 %～ 15 %的非变性聚丙烯酰胺 (arc∶bis =2 9∶1)中加入 5 %甘油可改善分辨效果 ,可作为进行小片段DNA单个碱基突变的一般检测方法 .采用该方法在猪的肌肉生长抑制素基因(MSTN)中鉴定了 3个SNPs ,在猪的雌激素受体基因 (ESR)和兔的酪氨酸酶基因中各检测到 1处SNP ,说明该方法在小片段DNA的检测上是行之有效的 ,为基因组中未知SNPs的检测提供了一种简便的方法 .     

用于扩增较大片段DNA的PCR方法

用于扩增较大片段ＤＮＡ的ＰＣＲ方法方向东,陈淳（中科院上海生物化学研究所国家分子生物学实验室,上海２０００３１）诸江（上海第二医科大学上海血液学研究所,上海２０００２５）关键词ＤＮＡ扩增,ＰＣＲ自从Ｔａｑ（Ｔｈｅｒｍｕｓａｑｕａｔｉｃｕｓ）ＤＮＡ聚合...     

扩增未知序列DNA片段的PCR技术研究进展

1985年,Mullis等人发明了PCR技术,短短十余年间,这一技术得到迅速发展和应用,已由扩增已知基因发展到扩增未知基因,本文旨在介绍利用PCR技术扩增未知序列DNA片段的最新进展及这些技术在基因克隆研究中的应用。     

通过PCR进行长片段DNA的合成

利用PCR合成DNA长片段(Synthesis Large Frament DNA using PCR,SLFD PCR)是一种有效的合成长片段DNA的方法。采用一段已知的500～600bp碱基的DNA片段为PCR模板,根据所要合成的DNA序列可以设计一系列的PCR引物,这些引物都位于模板DNA的5’端,长度为50～60bp,且从5’到3’方向顺序重叠,重叠碱基数目为12～15,全部引物叠加所得到的DNA正是自己所要合成的DNA。这组引物中最3’端的一条含有一个BamH Ⅰ酶切位点,在该位点后面有15碱基与模板DNA5’端一致的序列。另外还设计一条与该模板匹配的下游引物,引物内也含有一个BamH Ⅰ酶切位点。首先采用5’端最右侧的引物与下游引物进行PCR,在PCR进行10个循环后,以此次PCR的产物为下一轮PCR的模板,该轮PCR采用右侧倒数第二个引物为上游引物,下游引物保持不变。采用类似的方法,完成所有的PCR循环,就可以得到所需要合成的DNA长片段。该方法尤其适合100～200碱基左右的长片段DNA的快速合成与克隆。     

扩增未知序列DNA片段的PCR技术研究进展

1985年,Mullis等人发明了PCR技术,短短十余年间,这一技术得到迅速发展和应用,已由扩增已知基因发展到扩增未知基因。本文旨在介绍利用PCR技术扩增未知序列DNA片段的最新进展及这些技术在基因克隆研究中的应用。     

一种新的DNA 片段扩增法— 聚合酶链式反应法

随着分子生物学的发展,对特定核若酸片段进行 分离、纯化及扩增已成为基因分子生物学研究的中心 问题。自从197,年Southern转移技术建立以来,这 一领域已经取得很大进展。但已建立的方法在特异性 和灵敏度等方面尚未达到令人满意的水平：同时操作 复杂,这已成为提高研究速度的主要限制因素。用常 规方法对特定DNA片段进行分离,提纯和扩增,不仅 费时费力,并且对微量样品中的单拷贝片段的分离和 扩增尤其显得困难。由Mullis等％L23建立的聚合酶 链式反应法（polymerase chain reaction,简称PCR）有 效地解决了这一问题。运用PCR技术可以使1微微 克样品DNA中存在的仅有一个拷贝的特定核营酸片 段得到大量扩增。与常规方法相比,运用PCR技术 可大大地缩短操作时间及减小劳动强度,因为不再需 要次级克隆及分离、纯化等繁杂的步骤,而只要合成两 个起始引物,将基因组DNA与这两个引物及DNA聚 合酶等所组成的反应体系在三个不同温度的水浴中机 械地操作之后,就可得到两个引物5‘末端之间的大量 的DNA片段。并且不需要进一步纯化,其纯度就足 以满足有关核昔酸片段的分析研究。现在国外一些公 司已推出一种装置,可使PCR反应完全自动地进行。 从PCR技术的出现（Mullis"], Saikit'23, Saikiti41）到 现在只一年多的时间,但这技术已广泛地应用于分子 生物学研究的各个方面。可以预期,PCR技术将极 大地促进基因分子生物学的研究。     

一种从重组质粒快速提纯DNA插入片段的方法

本文介绍一种从重组质粒中快速提纯ＤＮＡ插入片段的方法。质粒ＤＮＡ的制备简单、快速、分离的质粒ＤＮＡ可用于限制性酶切和转化大肠杆菌等。从琼脂糖凝胶中提纯ＤＮＡ插入片段的方法操作简单,回收效率高,提纯的ＤＮＡ片段可用于连接和制备杂交探针等。     

小鼠DNA的限制性片段长度多态性分析

用人类肌红蛋白基因内含子中３３ｂｐ的小卫星ＤＮＡ重复序列为探针,经ｐＢＲ３２２的ＥｃｏＲ Ｉ正向测序引物和α－３２Ｐ－ｄＣＴＰ在Ｔａｑ ＤＮＡ聚合酶作用下做合成标记,与６种小鼠的ＤＮＡ限制性片段杂交。结果显示,每个品系平均出现可分辨带纹在１３条以上,不同品系小鼠间的杂交带纹表现出高度的多态性。多态性带纹主要分布在６￣２３ｋｂ区段;同一近交系的不同个体间的带纹特点及分布完全一致;ＣＳ７与ＡＫＲ及二者     

一种回收DNA小片段的有效方法

在分子生物学中回收DNA小片段往往不够理想,本文通过一个51bp多聚接头的消化、电泳,超速离心等步骤,介绍了一种有效的回收DNA小片段的方法。     

DNA分子量标准制备技术：方法与进展

DNA分子量标准是一组分子量大小已知的DNA片段混合物,用于指示核酸电泳中未知样品的分子量大小,从而帮助实验人员判断DNA样品的性质。因而DNA分子量标准成为目前分子生物学和基因工程领域不可或缺的一种电泳耗材。综述了目前各种DNA分子量标准产品的制备方法和技术原理及近年来该领域的一些技术进展情况。     

Localization of Heat Shock Protein of Low Molecular Weight by Electromicroscopic Immunogold-Labelling

Inspire of the large amount of low molecular weight heat shock protein (LMW HSP) present in plant, its function has still not been clearly known. Understanding the distribution and movement of LMW HSP in cells could provide useful information about its biological functions. A 14 kD HSP was purified from the microsome isolated from the bean of a highly thermotolerant plant Phaseolus vulgaris. Antiserum against this protein was preparaed. The localization of the protein in the cell was analysed by means of electromicroscopic immunogold-labelling method. The images of electromicrograph showed that 14 kD HSP mainly existed in both cytoplasm and endoplasmic reticulum and that no labeled gold was found in tonoplasma, mitochondria or cell wall.     

小分子靶标与其核酸适配体亲和力的表征方法

核酸适配体是指通过SELEX筛选得到的能与靶标高特异性、高亲和力结合的单链DNA或RNA。目前国内外具有高亲和性和高特异性结合的小分子靶标的核酸适配体依然很少,究其原因,一方面是因为小分子靶标的适配体难以筛选,另一方面是小分子靶标与其候选适配体亲和力表征方法难以确定。亲和力表征是确定适配体筛选成功与否的关键步骤,就现有的小分子靶标与其相应适配体亲和力表征方法进行了总结,包括纳米金比色法、等温滴定量热法、表面等离子共振、圆二色谱法、石英晶体微天平法、微量热泳动法和SYBR Green I染料检测法等,并分析了这些方法的优缺点及改进建议,以期有助于提高适配体表征效率。     

低分子肝素雾化吸入对急性肺损伤治疗作用的实验研究

目的:急性肺损伤死亡率高且目前尚无有效可靠的治疗方法,本研究旨在探讨低分子肝素雾化吸入对急性肺损伤的治疗作用。方法:健康纯种白兔24只,随机分成3组(n=8):①正常对照组,②生理盐水雾化组,③低分子肝素雾化治疗组。各组分别测定动脉血气、肺干/湿重比、支气管肺泡灌洗液总蛋白含量和凝血功能。结果:与正常对照组相比,生理盐水雾化组和低分子肝素雾化治疗组动脉血氧合指数、肺干/湿重比值显著降低(P0.05),支气管肺泡灌洗液总蛋白含量显著升高(P0.05),而低分子肝素雾化治疗组较生理盐水雾化组动脉血氧合指数、肺干/湿重比值显著升高(P0.05),支气管肺泡灌洗液总蛋白含量显著降低(P0.05);凝血酶原时间以及活化部分凝血活酶时间生理盐水雾化组和低分子肝素雾化治疗组间没有显著差异(P0.05),但均较正常对照组延长(P0.05)。结论:低分子肝素雾化吸入治疗可以改善肺换气,提高氧合,降低肺泡渗出,并且对凝血功能没有明显的副作用,可以在一定程度上缓解急性肺损伤。本研究为急性肺损伤的治疗提供了新的思路和实验依据。     

从植物细胞核分离大分子量核DNA

研究了从植物中分离百万碱基对级大分子量核DNA的方法。该方法利用差速离心分离植物细胞核,经低熔点琼脂糖块或低熔点琼脂糖微珠包埋,蛋白酶K原位裂解后制备大分子量核DNA。结果表明,选择不同生长时期的材料和不同的包埋细胞核方式对大分子量核DNA的制备有很大的影响,由黄化苗或幼嫩的绿叶为材料分离细胞核,进行胶块包埋是制备大分子量核DNA的最佳条件。利用该法获得的DNA分子量在200kb－5．7Mb之间,主要集中在2．2～5．7Mb之间;每一胶块DNAE量为18～20μg。与包埋原生质体制备大分子量核DNA的方法相比,该方法获得的DNA纯度较高,去除了大部分细胞器DNA的污染;易于被限制性内切酶部分和完全消化,其消化结果具可重复性。该方法操作简单、适用植物种类广泛,用该方法从水稻（OryzasativaL．）、苹果（MaluspumilaMill．）、大豆（Glycinemax（L．）Merr．）、玉米（ZeamaysL．）等多种植物材料中成功地制备了大分子量核DNA。该方法制备的核DNA适用于植物的脉冲交变电泳基因组分析和构建人工细菌染色体文库和人工酵母染色体文库。     

滨麦低分子量谷蛋白亚基（LMW-GS）基因的分离与序列分析

采用PCR方法,从滨麦(Leymus mollis)基因组中分离出8条LMW-GS基因序列.核苷酸序列分析表明,序列GQ169791在起始密码子上游包含318 bp的启动子序列,该序列包含-300元件、GCN4 motif、种子贮藏蛋白盒等基因特异表达的顺式或反式作用调控元件.推导的氨基酸序列分析表明,8条序列的编码区依次有信号肽,N-末端区,中部重复区和C-末端Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ区等典型LMW-GS多肽一级结构特征;序列HQ416909、HQ416914和HQ416915具有单一完整的开放阅读框(ORF);序列GQ169791、HQ416910、HQ416911、HQ416912和HQ416913在中部重复区和C-末端区出现了4个或5个提前终止密码子,推断其为假基因.8条序列都含有8个或9个半胱氨酸残基(C),N-末端区起始氨基酸序列为METSRIPG-或METTRIPG-,推断其为LMW-m型LMW-GS基因.系统进化分析表明,8条序列与华山新麦草(Psathyrostachys huashanica)LMW-GS基因(HM475146,GQ223386)和野大麦(Hordeum brevisubulatum)的B-hordein基因(AY695368)具有相对较近的同源关系.该研究为挖掘利用滨麦LMW-GS的基因提供了理论依据,对小麦品质改良具有一定参考价值.     

D-泛解酸内酯水解酶的定向进化

易错PCR结合DNA改组方法向D-泛解酸内酯水解酶基因中引入突变,并构建突变体库。利用酶的催化特点和产物特性建立了基于平板初筛和高效液相复筛的两步法D-泛解酸内酯水解酶活性筛选系统。用该筛选系统以酶活力和pH稳定性为指标对突变体库进行筛选,最终获得一株酶活力高且在低pH条件下稳定性好的突变体Mut E-861。该突变体的酶活力是野生型酶的5.5倍。对突变体和野生型酶在pH 6.0和pH 5.0条件下的残余酶活进行对比,在这两种pH条件下,突变体酶的酶活残留分别为75%和50%,而野生型酶只能保持原来的40%和20%。通过软件对突变体Mut E-861酶基因和野生型酶基因进行分析对比,发现突变体Mut E-861酶基因发生了三处点突变,其中突变使两处氨基酸取代,另一处为沉默突变,未引起氨基酸的变化。     

PCR检测血清HBV DNA

本文利用ＨＢＶ ＤＮＡ基因组ｐｒｅＣ和Ｃ区的一套引物,以ＰＣＲ法检测了２６例健康正常人血清和９５例免疫标志各异、临床症状不同的乙肝或可疑乙肝患者的血清,前者无１例检出ＨＢＶ ＤＮＡ,后者共检出的６６例血 清存在ＨＢＶ ＤＮＡ。该方法特异性强,适用于检测任一亚型的ＨＢＶ ＤＮＡ,一轮ＰＣＲ最低可检出０．１ｐｇ的ＨＢＶ ＤＮＡ。     

Molecular evolution of adomet synthetase by DNA recombination with a novel Separate-Mixing method

We describe a new approach to in vitro DNA recombination termed the Separate-Mixing method in this study. The reaction process of this method consists of two stages: at the first stage the reaction was implemented in two parallel teams, which generated random recombination by template-switching of growing poly-nucleotides from primers in the presence of unidirectional single-stranded DNA fragments used as templates, and then both teams were mixed together for further extension and recombination of DNA sequences at the second stage. Due to this particular strategy, the reaction process was also accompanied by two other processes of DNA shuffling and StEP simultaneously. Two AdoMet synthetase genes, sam2 from Saccharomyces cerevisiae and metK from Escherichia coli, which have only 56% homology on the DNA level, were used for recombination with the Separate-Mixing method. DNA recombination was available after a single round of reaction. When 10 randomly selected recombinants were sequenced, an unshuffled parental clone was not found, nor was unexpected insertion, deletion, or rearrangement detected. An evolved gene, sam’, was obtained after screening and selection, which could obviously increase the accumulation of AdoMet in S. cerevisiae. Published in Russian in Molekulyarnaya Biologiya, 2006, Vol. 40, No. 3, pp. 546–553. This article was submitted by the authors in English.     

小麦黄花叶病毒低分子量RNA1的鉴定

利用小麦黄花叶病毒(Wheat yellow mosaic virus, WYMV)潢川分离物连续继代机械接种感病小麦品种鄂恩1号,经继代接种12代以上的小麦症状明显加重,Northern blot检测发现一条明显的低分子量病毒RNA1(LMW RNA1),并在随后至26代的继代接种发病材料中稳定存在,但在利用同样病叶提纯的病毒粒子内检测不到LMW RNA1,表明其不能被包装到病毒粒子内.序列分析结果表明,低分子量RNA1由病毒RNA1发生内部缺失而产生,从RNA1 5'端非编码区(第68nt)到CI基因编码区的3'端(第2448nt)共缺失2380个核苷酸,在缺失区域两端的结合位点存在六个碱基的正向重复序列CGTCTC.据此对此低分子量RNA1的缺失机制进行了讨论,认为由一种模板转换机制导致了缺失的发生.