应用寡核苷酸微阵列检测肺癌样品中的P53和K-ras基因点突变

对影响寡核苷酸微阵列检测点突变的敏感性和特异性的各种因素,如杂交液,杂交温度,标记引物浓度及其比例等,进行了研究,采用不对称PCR扩增有利于敏感性提高,多重不对称PCR不影响杂交的特异性,且敏感性有所增加,对30例肺癌标本进行寡核苷酸微阵列检测,发现12例标本发生了P53基因来点突变,K-ras突变有5例,与测序结果相比,P53基因突变符合率达到80％,由于检测样本较少且检测位点不完全,因而未得到K－ras和P53基因突变与肿瘤的种类,病期及吸烟之间的明显相关性。     

K-ras基因突变及表达与胰腺癌的关系

目的:探讨K-ras基因突变及蛋白表达对胰腺癌的诊断价值。方法:采用突变等位基因特异性扩增(PCR-MASA)检测31例胰腺癌和22例非胰腺癌石蜡包埋组织中K-ras基因12密码子点突变情况,并通过免疫组化法检测其K-ras蛋白的表达。结果:胰腺癌患者K-ras基因12密码子点突变率为80.6%(25/31),K-ras蛋白表达阳性率为87.1%(27/31);而非胰腺癌患者K-ras基因12密码子点突变率为27.3%(6/22),K-ras蛋白表达阳性率31.8%(7/22)。胰腺癌患者K-ras基因突变率及K-ras蛋白表达阳性率均明显高于非胰腺癌患者(P均0.05)。K-ras基因突变与其蛋白表达呈正相关(r=0.542,P0.05),而与胰腺癌患者的性别、年龄、肿瘤部位、肿瘤大小、临床分期及分化程度等临床病理特征均无显著相关性(P均0.05)。结论:胰腺癌K-ras基因突变的发生率升高,且K-ras蛋白表达异常上调,二者可能有助于胰腺癌的诊断。     

K-ras基因突变与结直肠癌临床病理特征的相关性研究

目的:探讨结直肠癌患者K-ras基因突变特点,并分析K-ras基因突变与结肠癌临床病理特征的相关性及其临床意义。方法:收集哈尔滨医科大学附属第一医院收治的500例结直肠癌患者的手术石蜡标本,采用突变扩增阻滞系统技术(amplification refractory mutation system,ARMS)检测K-ras基因第二外显子第12、13密码子的七种热点突变情况,分析其与结肠癌患者临床病理特征的相关性。结果:ARMS法检出K-ras基因突变213例,突变率为42.6%。K-ras基因突变与患者的年龄、性别、肿瘤发生的部位、肿瘤分化程度及有无淋巴结转移均无相关性(P0.05),而与肿瘤的组织学类型具有相关性(P0.05)。结论:(1)结直肠癌患者K-ras基因突变率较高,其中GLY12ASP位点突变率最高,GLY12ARG为稀有突变位点。(2)K-ras基因突变与结肠癌的组织学类型相关,可能用于结直肠癌患者治疗方案的选择。     

非小细胞肺癌患者K-ras基因突变与预后的相关性分析

目的:探讨非小细胞肺癌(NSCLC)患者K-ras基因突变与预后的相关性。方法:回顾分析2006年3月~2008年7月江西省肿瘤医院收治的92例NSCLC患者的临床资料,所有患者均采用蝎形探针扩增阻遏突变系统(ARMS)法行K-ras基因突变检测。结果:92例NSCLC患者中,11例K-ras基因突变阳性,阳性率为11.96%,包括Gly12Cys(GGTTGT)突变3例、Gly12Val(GGTGTT)突变2例、Gly12Ala(GGTGCT)突变2例、Gly12Arg(GGTCGT)突变2例、Gly12Cys(GGTTGT)突变与Gly12Val(GGTGTT)突变并存1例、Gly12Cys(GGTTGT)突变与Gly12Ala(GGTGCT)突变并存1例;K-ras基因突变阳性组与阴性组之间的患者性别、年龄、病理类型、吸烟史相比,差异无统计学意义(P0.05);K-ras基因突变阳性组Ⅲa~Ⅳ期患者中位生存期显著低于K-ras基因突变阴性组Ⅲa~Ⅳ期患者,差异有统计学意义(P0.05)。结论:NSCLC患者K-ras基因突变阳性率较低,但它可以对NSCLC患者预后产生负性影响。     

胃粘膜损伤中EB病毒感染与P53抑癌基因突变的研究

为了探讨EB病毒（EBV）感染与胃癌发生的关系,应用PCR技术对166例胃粘膜损伤标本的EBVDNA进行检测．其中66例应用银染PCR－SSCP分析技术检测了p53exon5～8突变情况,10例应用直接法原位PCR技术检测了EBV在组织中的感染情况。结果166例标本中EBV感染率为30．1％;EBV在细胞中感染大体是弥散型,主要存在于细胞核。66例标本中p53基因突变率为54．5％。对比分析,EBV阳性标本中p53基因突变率为75％（21／28）,EBV阴性标本中p53基因突变率为39．5％（15／38）。结果表明,EBV对胃粘膜组织细胞具有易感性,p53基因突变在胃粘膜病变中是一个常发事件,EBV感染与p53基因突变之间存在着高度相关性．对癌症的发生具有重要作用。     

胃粘膜损伤中EB病毒感染与P53抑癌基因突变的研究

为了探讨EB病毒(EBV)感染与胃癌发生的关系,应用PCR技术对166例胃粘膜损伤标本的EBV DNA进行检测,其中66例应用银染PCR-SSCP分析技术检测了p53 exon5～8突变情况,10例应用直接法原位PCR技术检测了EBV在组织中的感染情况.结果166例标本中EBV感染率为30.1%;EBV在细胞中感染大体呈弥散型,主要存在于细胞核.66例标本中p53基因突变率为54.5%.对比分析,EBV阳性标本中p53基因突变率为75%(21/28),EBV阴性标本中p53基因突变率为39.5%(15/38).结果表明,EBV对胃粘膜组织细胞具有易感性,p53基因突变在胃粘膜病变中是一个常发事件,EBV感染与p53基因突变之间存在着高度相关性,对癌症的发生具有重要作用.     

基于锁核酸及等位位点特异性扩增技术的KRAS基因突变检测荧光定量PCR方法研究

基于等位位点特异性扩增的原理,设计锁核酸修饰KRAS基因突变特异性扩增引物,结合封阻探针技术,建立检测KRAS基因突变的荧光定量PCR方法。结果发现,锁核酸修饰的引物及探针可显著提高等位位点特异性扩增技术用于复杂样本中的微量基因突变检测的敏感度,该技术检测KRAS基因突变的敏感性可达0.01%~0.1%。进一步用建立的荧光定量PCR方法检测52例结直肠癌患者血浆标本,并用DNA测序法作为对照,同时用健康人血浆标本建立阴性检测结果判读标准,以初步评价该方法应用于循环DNA中KRAS基因突变检测的可行性。结果发现结直肠癌患者KRAS基因突变主要是G12C、G12A和G12R,而且q PCR法的阳性检出率为46.15%,高于DNA测序法(13.46%),阴性结果与DNA测序法的符合率为100%。此外,结直肠癌患者外周血KRAS基因的突变检出率与文献报道组织标本中的突变检出率及常见突变类型基本相符。上述结果说明该方法检测循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA,ct DNA)具有较高的可靠性,可以用于肿瘤患者循环血液中KRAS基因突变的检测。     

肺腺癌组织中表皮生长因子受体基因突变的检测及其临床意义

目的:通过检测肺腺癌组织中表皮生长因子受体(EGFR)基因的突变情况,研究EGFR突变与患者临床特征(性别、年龄和吸烟史)的相关性。方法:收集160例肺腺癌患者术前的石蜡组织标本,提取DNA后用实时定量PCR方法对EGFR基因18~21外显子进行突变检测;对基因突变结果与患者的性别、年龄和吸烟史分别做χ2检验。结果:160例肺腺癌组织标本中,有57例检测到EGFR基因突变,突变率为35.6%,且突变与患者性别、年龄和吸烟史均无显著相关性(P0.05);57例EGFR基因突变标本中,27例为19外显子缺失,22例为21外显子L858R点突变,这2种突变占总突变类型的85.96%,并且与患者性别、年龄及吸烟史无显著相关性(P0.05)。结论:EGFR基因在女性不吸烟肺腺癌中有较高的突变率,突变主要集中在19外显子缺失和21外显子L858R点突变,但突变率及突变类型与患者性别、年龄和吸烟史均不相关。     

应用专一性寡核苷酸微阵列可靠地检测结核分枝杆菌利福平耐药性

DNA微阵列代表聚合酶链反应产物诊断测序的发展方向 .根据结核分枝杆菌rpoB基因利福平抗药性决定区域内点突变及其它重排的特征 .研制一种快速地鉴定结核分枝杆菌利福平耐药菌株的中等密度微阵列方法 .利福平抗药性通过使荧光标记扩增遗传物质与微阵列杂交测定 .检测5 3株利福平耐药结核分枝杆菌和 15株利福平敏感结核分枝杆菌 .微阵列方法的检测结果与药物敏感性试验和DNA测序结果完全一致 .临床标本PCR扩增后仅 1 5h可检出利福平耐药临床分离株 .表明寡核苷酸微阵列是高效的、专一性的方法 ,可作为检测利福平抗药性的快速方法以弥补传统培养方法的不足     

两种DNA探针杂交检测结核分支杆菌方法的研究

为改进结核杆菌DNA探针的特异性与实用性,研制了以生物素标记的两种对结核分支杆菌特异的DNA探针:一个5’端标记的20bp的寡核苷酸探针和一个采用PCR方法合成的188bp长链探针。两种探针分别与结核分支杆菌的全染色体DNA,以及基因组上IS6110序列的一段317bp的PCR扩增产物进行斑点杂交,以碱性磷酸酶(AP)催化的染色反应检测,测试了两个探针的敏感性和特异性。系统地比较研究了两种探针杂交检测条件:探针的浓度选择,杂交温度与洗膜温度的选择,以及杂交与洗膜温度对检测的敏感性与特异性的影响。寡核苷酸探针和188bp探针杂交检测纯化结核分支杆菌基因组DNA的敏感性分别为100ng与6ng,杂交检测PCR产物的敏感性分别是400pg与50pg。两探针的最佳杂交浓度均为40～160ng/ml,最佳杂交温度分别是42℃与68℃,最佳洗膜温度分别是60℃与60～68℃之间。两种探针均仅与结核分支杆菌及BCG有杂交信号,而与其它受试分支杆菌及非分支杆菌杂交结果都呈阴性。它们的特异性都很强,但188bp探针的敏感性约是寡核苷酸探针的7～16倍,而且188bp探针检测本底较低,是检测结核分支杆菌的较佳选择