猪H-FABP基因PCR-SSCP分析

应用PCR-SSCP方法分析了H-FABP基因在山西白猪、马身猪、大白猪、长白猪和杜洛克猪5个猪种的多态性。结果表明:在H-FABP基因内含子1中发现了多态位点,该位点上具有两个等位基因A和B,马身猪BB基因型频率最高,B等位基因频率明显高于A等位基因频率;其余4个猪种AA基因型频率最高。序列测定的结果表明,SSCP的变异是由碱基C→T的替换造成的。     

西藏小型猪H-FABP基因的PCR-RFLP研究

目的研究西藏小型猪心脏脂肪酸结合蛋白（H-FABP）基因5’-上游区和第二内含子内的遗传变异。方法应用PCR-RFLP技术测定30头西藏小型猪H-FABP的基因型。结果（1）在5’-上游区的Hinf I-RFLP位点上,西藏小型猪表现出多态性,等位基因h的频率为0．80;（2）在在第二内含子内的Hae Ⅲ-RFLP位点上,西藏小型猪均为DD纯合子;（3）在第二内含子内的Hinf I＊-RFLP位点上,除一头猪表现为bb基因型外,其余猪都表现为BB基因型,等位基因B的频率为0．97;（4）除Hae Ⅲ-RFLP位点外,在其余位点上西藏小型猪均处于Hardy-weinberg不平衡状态。（5）在Hinf I-RFLP中,西藏小型猪表现为中度多态性（0．25〈PIC〈0．5）,而在其他位点的RFLP中表现为低度多态（PIC〈0．25）。结论可以利用西藏小型猪H-FABP基因5’-上游区的多态遗传标记来分析其与肌内脂肪的关系。     

猪H-FABP基因多态片段的序列分析

利用PCR-RFLP方法在猪H-FABP基因内确定了3个变异酶切位点,分别为5′-上游区HinfI-RFLP、内含子2的HaeIII-RFLP和HinfI*-RFLP（HinfI和HinfI*代表不同区域的HinfI酶切反应）。对每个多态片段进行克隆测序分析,结果表明,5′-上游区HinfI-RFLP是由于1324位的碱基T→C的突变引起;在内含子2中,HaeIII-RFLP变异酶切位点在1811位,发生了C到G的突变;HinfI*-RFLP是由于1970位发生T→C的碱基替换。 Abstract:Three variant restriction sites of porcine H-FABP gene,including HinfI-RFLP in 5′-upsream,HaeIII-RFLP and HinfI*-RFLP in intron 2,were confirmed by PCR-RFLP method.The polymorphic fragments were cloned and sequenced.The results revealed a single nucleotide substitution of T→C at position 1324 for HinfI-RFLP,C→G at position 1811 for HaeIII-RFLP and T→C at position 1970 for HinfI*-RFLP,respectively.     

山西马身猪及其杂交后代H-FABP基因的PCR-RFLP检测

运用PCR-RFLP法检测马身猪及其杂交后代H-FABP基因多态性。结果表明,马身猪在Hinf Ⅰ-RFLP位点上有HH和Hh两种基因型,在HaeⅢ-RFLP位点上只有DD基因型,在HinfⅠ*-RFLP位点上有BB和Bb两种基因型,等位基因以h、D、B占优势,其频率分别为0．958、1．000和0．968。其杂交后代在HaeⅢ-RFLP位点上只检测到两种基因型DD和Dd。     

中外十个猪种H-FABP基因遗传变异的研究

利用PCR-RFLP技术（限制性内切酶采用HinfI,HaeⅢ和Msp I）检测了杜洛克、长白、大约克、南昌白、二花脸、梅山、玉山黑猪、乐平花猪、金华两头乌及上高两头乌10个猪种共计561头猪在心肌脂肪酸结合蛋白（H-FABP）基因位点的遗传变异。结果表明：（1）在HinfI-RFLP位点上,南昌白猪均为HH纯合子,而其他猪种在此位点上均存在变异,外来品种以纯合子HH居多。（2）在HaeⅢ-RFLP位点上,外来猪种杜、长、大及培育品种南昌白猪均在该位点表现为多态,但中国6个地方猪种在该位点均无变异;（3）在Msp I-RFLP位点上,仅有杜洛克在该位点表现为多态。而所有检测的地方猪种均表现为AADD-型。     

猪Pit-1基因第三内含子序列的克隆测序

根据不同物种间同一基因核苷酸序列的保守性及相似性的特点 ,在人和鼠的Pit 1基因第三外显子上设计上游引物 ,而将下游引物设计在猪Pit 1基因第四外显子上。利用聚合酶链式反应 (PCR)技术 ,扩增出猪Pit 1基因第三内含子序列 ,并经由酶切及序列同源性比对确认该序列即为猪Pit 1基因第三内含子序列。此序列的确定为下一步进行遗传变异分析的研究奠定了基础     

鸡H-FABP基因多态性及其与屠宰性能的关联分析

以90日龄草科鸡为实验材料, 对H-FABP基因进行PCR扩增, 采用PCR-SSCP技术结合测序分析了H-FABP基因在草科鸡中的多态性。结果表明: 草科鸡中存在332 G→A、534 G→A、835 C→T、1131→A、1294C→A、2329C→T、2372C→T、2636C→T等8处突变。经过基因型与屠宰性能的关联分析得知: 在7对产生多态的引物中, 只有第1对引物的各基因型与活重、屠体重、胸肌重、腿肌重和半净膛重差异显著(P<0.05); 全净膛重在不同基因型间差异极显著(P<0.01)。 由此推测, H-FABP可能对于鸡屠宰性能具有很大的影响或与控制屠宰性能的主基因连锁。     

猪H-FABP基因多态性与肌内脂肪含量的关联分析

以山西白猪为实验材料,采用索氏脂肪抽提法对其背最长肌的肌内脂肪含量进行了测定。根据心脏脂肪酸结合蛋白(heart fatty acid-binding protein,H-FABP)基因的PCR-RFLP多态性,应用SPSS软件,用最小二乘法拟合一般线性模型(GLM)分析了H-FABP基因的不同位点的基因型对肌内脂肪含量的影响。结果表明,基因型hh、dd、BB对肌内脂肪含量影响的效应值最大。证明H-FABP基因可以作为肌内脂肪含量的侯选基因。     

绵羊H-FABP基因单核苷酸多态性的研究

以小尾寒羊(48只)、宁夏滩羊(121只)、滩寒杂交羊F1(23只)、无角陶塞特(48只)、萨福克(24只)5个绵羊群体为实验材料, 利用PCR-SSCP和DNA测序技术对心脏型脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因(GenBank登录号: AY157617)外显子2和内含子2部分序列进行单核苷酸多态性(SNPs)检测及遗传多态性分析。结果表明: (1)引物2的PCR扩增产物中存在981(G/A)、1014(A/C)、1019(T/C) 和1058 (-/G ) 4个SNP位点, 表现为AA、BB、CC、AB、AC、BC、AD、CD和BD 9种基因型, 其中AA为优势基因型。经χ2检验后, 除滩羊和萨福克羊外, 其他群体的基因频率和基因型频率均处于Hardy-Weinberg平衡状态。群体遗传多态性分析表明: 宁夏滩羊、小尾寒羊和无角陶塞特羊3个群体中的多态信息含量(PIC)均处于0.25和0.50之间, 为中度多态, 萨福克羊和滩寒杂交羊F1为低度多态(PIC<0.25), 表明脂肪酸结合蛋白基因在不同绵羊品种中具有单核苷酸多态性, 可以进一步作为候选基因来分析其与肌内脂肪含量性状的关联性。(2)引物4的PCR扩增产物中检测到1个SNP多态位点为2407(T/C), 表现为HH、Hh和 hh 3种基因型, 基因型频率大小为HH＞Hh＞hh, 经χ2检验后, 在滩羊和无角陶塞特羊中均为达到Hardy-Weinberg平衡状态, 其多态信息含量均为低度多态(PIC<0.25), 而在小尾寒羊、滩寒杂交羊F1和萨福克羊均没有多态出现。     

H-FABP基因多态性与江苏地方山羊品种IMF含量的关系

目的:探讨H -FABP基因多态性与江苏地方山羊品种肌内脂肪含量之间的相关性.方法:PCR - SSCP标记技术检测2个江苏地方山羊品种H -FABP基因部分外显子和内含子区域的多态性,利用最小二乘法分析其与IMF含量的关系.结果:在H - FABP基因第2外显子区域发现1个多态性位点,分别定义为GG和GC2种基因型.构建的固定效应模型显示,基因型GC的IMF含量含量高于基因型GG,在背最长肌和腿肌中GC基因型个体的IMF含量显著高于GG基因型(P＜0.05).结论:H-FABP基因第2外显子132 bp位点处GC基因型具有使IMF含量提高的遗传效应.     

山东部分地方猪种MyoG基因5'端遗传多态性及遗传效应分析

采用PCR-SSCP方法对莱芜猪、大蒲莲猪、沂蒙黑猪和里岔黑猪的肌细胞生成素(myogenin,MyoG)基因5'端进行单核苷酸多态性检测,并分析MyoG基因对猪的初生重、60日龄重、210日龄重,60～210日龄平均日增重和背膘厚的影响。根据猪MyoG基因5'端的DNA序列(U14331)设计3对引物,发现5-2引物对扩增的片段有多态性,且存在3种基因型(AA、AB、BB),并对纯合子进行测序,发现2080位G→A突变。χ2独立性检验表明,基因型频率在莱芜猪和大蒲莲猪与沂蒙黑猪和里岔黑猪间存在显著差异(P<0.05)。固定效应模型分析结果表明,初生重基因型间差异显著(P<0.05),而60日龄重、210日龄重、60～210日龄平均日增重和背膘厚基因型间差异不显著(P>0.05)。最小二乘分析结果表明,BB基因型与其他两种基因型比较有较小的初生重和日增重,同AA和AB基因型比较差异极显著(P<0.01),3种基因型在初生重和60～210日龄日增重的大小排列顺序一致,为AA>AB>BB。因此,推测基因型对个体的初生重和日增重存在一定的影响,选择带有A等位基因的个体有望提高个体的初生重和日增重。     

中外11个猪种A-FABP基因微卫星遗传变异的研究

利用微卫星技术对五指山猪、沂蒙黑猪、汉江黑猪、莱芜猪、北京黑猪、民猪、成华猪、内江猪、二花脸猪、巴马香猪和大白猪11个猪种共420头猪的脂肪细胞脂肪酸结合蛋白基因内含子的微卫星序列的遗传变异进行了研究。研究表明：（1）中国猪种在A-FABP基因微卫星基因座上有极高的的多态性,五指山猪的PIC最高（PIC=0.7904）并检测到11个等位基因,但北京黑猪仅检测到两个等位基因。（2）本实验中,只有北京黑猪、民猪、巴马香猪和大白猪A-FABP基因微卫星在群体中的分布达到平衡状态。（3）群体间的基因分化系数分析表明,中国猪种在该微卫星基因座上分化程度平均约为40.83%。Abstract：The genetic variations of microsatellites in intron 2 of the porcine adipocyte fatty acid-binding protein (A-FABP) genes were investigated in 420 pigs including Wuzhishan pig,Yimeng black pig,Hanjiang black pig,Laiwu pig,Beijing black pig,Min pig,Chenghua pig,Neijiang pig,Erhualian pig,Bama xiang pig and Large White pig.The results suggested as follows：（i）PIC of the Wuzhishan pig breed is the highest（0.7904） and 11 alleles were detected. Compared with Large White pig,Chinese pig breeds showed a great polymorphism of A-FABP microsatellites except Beijing black pig in which only 2 alleles were detected.（ii）Only Min pig, Bama xiang pig, Beijing black pig and Large White pig were in Hardy-Weinberg equilibrium. （iii）The analysis of genetic differentiation showed that the average value of the A-FABP gene differentiation of 10 Chinese pigs is about 40.83%.     

西部地区主要猪种H-FABP基因多态性,IMF含量及不同基因型脂肪细胞脂滴量的关系

H-FABP是FABP家族成员之一,在长链脂肪酸的吸收和代谢平衡中发挥关键作用,但它对猪IMF含量的影响还知之甚少,对中国西部地区的猪种更是如此.文章利用PCR-RFLP（HinfⅠ、HaeⅢ和Msp Ⅰ 3种限制性内切酶）分子标记技术,检测了杜洛克猪、长白猪、大白猪、内江猪、荣昌猪、汉江黑猪、汉中白猪、八眉猪和野猪共计265头猪H-FABP基因5＇-上游区和第二内含子区的遗传变异,利用最小二乘模型分析了H-FABP基因对猪肌内脂肪含量的遗传效应,并运用猪脂肪细胞培养,油红O染色和TG测定等技术检测了H-FABP基因不同基因型脂肪细胞内脂滴的形态和沉积的量.结果表明：（1）在HinfⅠ-RFLP位点上,上述品种和野猪均存在多态性,其中大白猪、八眉猪、汉江黑猪、汉中白猪和野猪表现为低度多态,杜洛克、长白猪、内江猪和荣昌猪为中度多态;除汉江黑猪（P＜0.05）和野猪（P＜0.01）外,其他猪种基因频率和基因型频率都处于Hardy-Weinderg平衡状态（P＞0.05）;而在HaeⅢ-RFLP和Msp Ⅰ-RFLP位点上,仅内江猪、荣昌猪、汉江黑猪和八眉猪为单态;（2）9种基因型对肌内脂肪（IMF）含量的影响,HH＞Hh＞hh,DD＜Dd＜dd,AA＜Aa＜aa,遗传效应值分别为：3.89,3.42,3.17,2.27,2.49,2.91,2.28,2.70,2.95,H-FABP基因可显著地提高IMF含量（P＜0.05）;（3）aaddHH型的脂肪细胞脂滴的形态,密度和含量与其他基因型细胞差异显著（P＜0.05）.结果提示：可通过提高＂aaddHH＂基因型的频率来增加IMF含量,达到改善猪肉质的目的.     

山猪群体钙调蛋白酶抑制蛋白基因遗传变异研究

目的：研究猪钙调蛋白酶抑制蛋白（CAST）基因在山猪群体的遗传变异情况,为山猪肉质研究奠定基础。方法：应用PCR-SSCP技术和测序方法检测山猪及其杂种猪CAST基因的遗传多态性,并与其他品种猪相应序列进行比较。结果：用pCT1引物在山猪及其杂种群体中检测到2个多态位点（A,B）,用pCT2引物检测到3个多态位点（C,D,E）;序列分析表明,C和E位点共同拥有6处变异。结论：通过与其他猪品种比较,发现山猪的CASTMsp基因型分布与梅山猪的基因型分布完全一样,而与国外品种猪的基因型分布差异明显。