新疆卡拉麦里山有蹄类自然保护区鹅喉羚遗传多样性及系统发育地位

鹅喉羚是生活于亚欧大陆荒漠、半荒漠地区重要的有蹄类动物。2010年春季,新疆卡拉麦里山有蹄类自然保护区遭遇了60年不遇的雪灾,我们采集了野外救灾发现的130头死亡鹅喉羚肌肉样本,采用PCR和测序技术,研究了鹅喉羚线粒体 DNA 的 Cyt b 基因 1143 bp 核酸序列,发现新疆卡拉麦里山有蹄类自然保护区生存的鹅喉羚单倍型多样性较高(Hd=0.855),核苷酸多样性较低(π=0.00224)。采用邻接法(NJ)、最大似然法(ML)构建单倍型之间的系统发育树,以及network所构建的单倍型间中介网络图都显示出2个遗传分化程度很大的分支,且这2个分支都出现过明显的群体扩张和持续增长。将本研究获得的单倍型H1与Genebank检索获得的瞪羚属其他12个物种Cyt b基因进行了比较,分别采用邻接法(NJ)和最大似然法(ML)构建分子系统树,证明与鹅喉羚最接近的物种为印度瞪羚(Gazella bennettii),鹅喉羚与瞪羚属内物种的分歧时间大约为1.08-2.5百万年(Mya)(Million years ago, Mya)。     

环境因子对新疆鹅喉羚群体遗传多样性的影响

环境因素在物种进化和遗传变异过程中起着非常重要的作用。为探讨新疆鹅喉羚遗传多样性与环境因子的关系,本研究采用聚合酶链式反应（PCR）和直接测序的方法,测定了新疆鹅喉羚11个群体84份样本的线粒体DNA Cyt b基因（1140 bp）和D-loop区（1100 bp）序列,分析各群体遗传多样性及环境因子对遗传多样性的影响。结果显示新疆鹅喉羚具有较高的单倍型多样性,较低的核苷酸多样性,表明其遗传多样性处于较低水平。环境因子与群体遗传多样性的相关性分析结果表明,海拔、年均降水量、年均气温、人口数量是影响新疆鹅喉羚遗传多样性的主要环境因子,其中海拔是最关键的环境因子。本研究结论为新疆鹅喉羚群体有效合理的保护与管理提供理论依据。     

舟山小黄鱼线粒体DNA D-loop区序列变异的遗传多样性分析

小黄鱼(Pseudosciaena polyactis)为我国重要海产经济鱼类之一,过度捕捞和环境污染等因素造成其资源日益衰退。研究小黄鱼种群遗传结构对其资源的保护及其可持续利用有十分重要的意义。该研究采用聚合酶链式反应(PCR)技术对浙江舟山附近海域小黄鱼种群53个个体的mtDNA D-loop区全序列进行扩增,序列长度在795~801bp之间,长度差异不大。采用ClustalX1.83、MEGA3.1、DnaSP4.0等生物信息学软件进行遗传多样性分析,结果显示:53条小黄鱼线粒体DNA D-loop区的T、C、A和G碱基平均含量分别为30.3%、23.1%、32.3%和14.3%,排除13处核苷酸的插入或缺失后,共检测到93处转换和颠换位点,约占分析序列总长度的11.6%,其中包括53个单一多态位点和40个简约信息位点,共确定了52种单倍型,单倍型多样性(hd)为0.9993,单倍型间的平均遗传距离为0.012,转换/颠换平均值为4.305,平均核苷酸差异数(k)为9.73875,核苷酸多样性(π)为0.01233,表明舟山小黄鱼遗传多样性处于中等水平。     

青海高原牦牛mtDNA Cytb基因和D-loop区遗传多样性及系统进化分析

为探究青海高原牦牛的遗传多样性和起源进化关系,本研究通过测定和分析青海高原牦牛155个个体细胞色素b基因(Cytb)和D-loop区全序列,分析多态性及构建系统进化树.结果表明:青海高原牦牛Cytb基因全序列长度为1 140 bp,个体间序列长度无差异,4种核苷酸T、A、G、C的含量分别为26.26％、31.73％、1...     

鹅喉羚的年龄鉴定

本文以鹅喉羚为材料,采用双重附贴磨片法及蚀刻法确定角磨片上显示的生长层与角鞘上凸“嵴”的关系,并以第一下门齿(I_1)作切片所显示的年轮线进行验证。证明其角鞘上的凸“嵴”数量多少并不表示年龄大小,在一龄内无凸“嵴”,二、三龄均包含有4—5个凸“嵴”,四龄后亦为2—3个凸“嵴”组成一龄,真正的年龄线是角表凸“嵴”之后有一粗糙微凹的环纹。实验结果可应用于野外生态学调查,用以判断种群年龄及结构。     

海南长臂猿线粒体D-loop区序列分析及种群复壮

海南长臂猿(Nomascus hainanus)是世界上最濒危的灵长类动物之一, 但目前有关海南长臂猿的种群遗传学方面的信息以及种群复壮所面临的困难未见报道。为更好地保护该极危物种, 作者以粪便为研究材料, 首次在分子生物学水平上测定了海南长臂猿1个群体(B群)共6个个体的线粒体D-loop区基因序列。结果显示: 202 bp的D-loop区基因共检测到5个变异位点, 4个单倍型, 单倍型多样性(h)为0.6000, 核苷酸多样性(π)为0.00829, 表明海南长臂猿B群的遗传多样性较低; 与此同时, 海南长臂猿还面临着种群数量过小, 性比失衡, 以及栖息地质量低下等严峻的问题。     

基于线粒体DNA D-loop区部分序列分析舟山海域带鱼种群遗传结构

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基于线粒体D-loop区的抚仙湖鱇浪白鱼遗传多样性分析

为了解鱇浪白鱼(Anabarilius grahami)种质资源和遗传多样性现状, 采集抚仙湖7个地理群体共计133尾鱇浪白鱼, 基于线粒体D-loop控制区全序列开展遗传多样性分析。结果表明: 鱇浪白鱼D-loop控制区序列的A+T含量(62.28%)高于G+C(37.72%); 共发现变异位点40个, 定义单倍型36个, 整体单倍型多样性指数(H_d)为0.791±0.036, 核酸多样性指数(π)为0.00254±0.00027, 呈“高H_d低π遗传分布”; 抚仙湖西岸各群体(H_d = 0.826—0.846, π=0.00236—0.0031)较东岸各群体(H_d =0.657—0.805, π=0.00204—0.00271)的平均遗传多样性呈现出“西高东低”的分布特征; 其中, 明星鱼洞(MX)群体的鱇浪白鱼单倍型多样性和核酸多样性指数最高, 下坝(XB)群体的鱇浪白鱼单倍型多样性和核酸多样性指数最低; 路岐(LQ)群体与海镜(HJ)群体遗传距离最远(0.00296), 但7个群体遗传分化不显著(F_st=0.01954, P＞0.05); 中性检验(Tajima’s D=–1.73617, P=0.03729; Fu’s F_s=–1.64259, P=0.23943)与核酸错配分布均表明抚仙湖鱇浪白鱼群体未经历种群扩张事件。综上所述, 抚仙湖鱇浪白鱼展现出高单倍型多样性和低核酸性的遗传多样性特征, 可能与线粒体进化速度较快有关; 而鱇浪白鱼扩散式生活史及人工增殖放流可能是造成其群体间遗传分化不显著的主要原因。研究利用线粒体DNA开展了抚仙湖鱇浪白鱼遗传多样性现状的初步评估, 为后续鱇浪白鱼种质资源保护及种业开发提供重要理论依据。     

新疆鹅喉羚的种群结构

１９９２年８～９月和１９９３年９月,作者在新疆北部鹅喉羚北疆亚种（ＧａｚｅｌｌａｓｕｂｇｕｔｔｒｏｓａＳａｉｒｅｎｓｉｓ）分布区（天山以北）设置１９条样带,总长８１８ｋｍ,观测点至动物的平均垂直距离２４８．３ｍ,面积４０５．８ｋｍ２的调查统计,见鹅喉羚６２群次,共２２１只。样带中动物的平均密度为０．７１±０．１７只／ｋｍ２。对能判别性别和成幼的１６条样带中的３７群次１１３只统计,雌：雄＝１：１．０５,成：幼＝２．４：１。对８条样带中的１６群次５０只统计,母：仔＝１：１．４。１９９３年２月和１０月,我们还在新疆南部鹅喉羚南疆亚种（Ｇ．ｓ．ｙａｒｋａｎｄｅｎｓｉｓ）分布区（天山以南）,设置８条样带,长２３０ｋｍ,平均垂直距离２９９ｍ,面积１１６ｋｍ２的调查统计,见鹅喉羚１７群次５１只,平均密度０．５７±０．２６只／ｋｍ２。     

罗非鱼mtDNA D-loop区部分序列结构和种群遗传多样性分析

采用PCR扩增和测序的方法获得了尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)埃及品系(简称AJ,22尾)、88品系(简称XH,26尾)和奥利亚罗非鱼(O.aureus)(简称ALY,28尾)"夏奥1号"线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)的部分序列(575～581 bp)。对照其他已报道的鱼类控制区结构,对序列结构进行分析,成功识别了罗非鱼mtDNA D-loop区序列的中央保守区和保守序列区,找到了4个特征序列(CSB-D、CSB1、CSB2、CSB3)。76个个体共检测出28个单倍型。AJ群体有12个单倍型,XH群体有10个单倍型,ALY群体存在9个单倍型。其中,3个群体共享1个单倍型(XH06),AJ和XH群体共享一个单倍型(XH10),其他为各个群体独有。AJ和XH(Nm=0.77)、AJ和ALY(Nm=0.02)、XH和ALY(Nm=0.02)之间均存在一定的遗传分化。AJ和XH的核苷酸多态性(Pi)值(分别为0.042 4、0.031 1)明显高于ALY的Pi值(0.001 2)。本实验中的ALY品种纯度高,AJ和XH的遗传多样性较丰富。mtDNA D-loop区能反映出罗非鱼群体的种质特征,适用于罗非鱼群体内的遗传多样性研究。     

陕西省林麝mtDNA D-loop区序列结构和种群遗传多样性

林麝(Moschus berezovskii)曾广泛分布于中国,由于盗猎和栖息地缩小,秦岭地区野生种群数量迅速下降,圈养繁殖种群已成立了几十年,但大多数圈养种群的遗传背景不清,种群规模增长非常缓慢。为了给这一物种的保护和管理提供有用的信息,调查了陕西省林麝1个圈养种群3个野生种群线粒体DNA(mt DNA)D-Loop 632 bp片段的遗传多样性和种群结构。在69个个体中其碱基组成为A+T的平均含量63.2%高于G+C含量36.8%,共检测到变异位点171个(约占总位点数的27.05%)。核苷酸多样性(Pi)为0.04424,平均核苷酸差异数(K)为19.908。69个个体分属32个单倍型,单倍型间的平均遗传距离(P)为0.070。32个单倍型构建的NJ系统树聚为3个分支,4个林麝群体中的单倍型是随机分布的。4个群体的平均遗传距离为0.043(标准误SE为0.005),凤县养殖场群体与留坝和陇县群体的亲缘关系较远。单倍型间的平均遗传距离为0.043,可见其遗传分化尚未达到种群分化的水平。结果表明,陕西省林麝群体mt DNA D-loop区序列存在着较丰富的变异和遗传多样性,凤县野生群体和凤县养殖场群体的核苷酸多样性和单倍型多样较高,养殖场种群没有出现近亲繁殖及遗传多样性下降的情况。凤县野生群体和凤县养殖场群体两者遗传分化较小,存在着较高的基因流水平。     

云南中缅树鼩线粒体细胞色素b和D-loop区遗传多样性研究

对3个地方种群的49只样本的线粒体Cyt b基因全序列（1140 bp）及33只样本的控制区D-loop基因区段（745 bp）进行了序列测定。结果表明：Cyt b基因多态性位点有47个,其中单变异位点位点23个,简约信息位点24个。共定义了24个单倍型,其中种群间的共享单倍型有2个（8.33%）,其余均为某个种群所特有,单倍型多样度范围为0.80952（剑川种群）~0.91532（禄劝种群）,核苷酸多样度指数介于0.00326（禄劝种群）~0.00635（剑川种群）之间;D-loop基因多态性位点有18个,其中单变异位点8个,简约信息位点10个。共定义了16个单倍型,无种群间的共享单倍型,单倍型多样度范围为0.76615（禄劝种群）~0.93333（丽江种群）,核苷酸多样度指数介于0.00269（禄劝种群）~0.00583（丽江种群）之间。从各单倍型的TCS网络进化图显示横断山种群位于分支的末端,表现出中缅树鼩由南向北的扩散模式,支持＂岛屿起源＂假说。     

川金丝猴mtDNA D-loop序列遗传多态性分析

采用非损伤性DNA分析技术,分析了甘肃白水江保护区、陕西长青保护区、湖北神农架保护区3个川金丝猴(Rhinopithecus roxellana)种群中的20份粪便样品和2份肌肉样品,成功扩增了mtDNA D-loop区部分片段。经过GenBank数据库的BLAST比对,确定了22份样品均来自川金丝猴,经过Clustal W和DNASP软件分析,在22份川金丝猴mtDNA D-loop区393bp中,共检测出54个多态性位点,分为17个单倍型,单倍型多态性(h)为0.965,核苷酸多态性(π)为3.10%。3个种群之间的遗传距离为0.003～0.098,核苷酸差异为0.08%～2.80%,表明所得到的川金丝猴样品中存在着较丰富的遗传多态性,种群间存在一定的遗传差异。     

鹅喉羚的求偶交配行为

于2009~2010年研究了卡拉麦里山有蹄类自然保护区鹅喉羚Gazella subgutturosa的求偶交配行为。共记录4大类17种求偶交配行为。鹅喉羚的发情期分为2个阶段:发情准备期和高峰期。从发情准备期开始,雄羚开始沿雌羚每日移动路线建立领域并在整个白昼呆在领域内。高峰期持续时间较短,但雄羚整个高峰期始终停留在领域内。排泄物标记是鹅喉羚采用最多的领域标记方式,而角标记则持续时间更长。小跑是鹅喉羚圈雌时采用频率最高的步法,其次是走动和奔跑,走动步法持续时间最长,不同步法的组合使用是圈雌成功率和能量节约的最优化权衡。鹅喉羚的求偶交配过程可分为3个阶段,第一阶段为试探接近阶段,若雌羚已作好交配准备,则进入第二阶段,雄羚以直立行走或碎步行走接近雌羚,第三阶段为爬跨交配阶段。鹅喉羚的交配模式属于Dewsbury交配行为模式分类系统的第13类和Dixson分类系统的第14类。鹅喉羚成功交配后,并不存在个体配偶看护,而是通过守卫领域以提高总体配偶看护水平。     

广东省地方鸡线粒体遗传多样性与母系起源

系统评估地方鸡的遗传变异水平并追溯其母系起源, 可为保护利用优质家禽种质资源库提供科学依据。本研究测定了广东省和邻省共12个地方鸡品种的线粒体DNA D-loop序列, 分析品种间的遗传距离与系统关系, 并构建单倍型系统发生树和中介网络图。360份样品共检测到60个突变位点, 均为转换。定义了85种单倍型, 归属于单倍型类群A、B、C和E, 在12个鸡品种中均有分布, 其中B是优势单倍型类群(187个, 51.94%), E次之(76个, 21.11%)。B02 和C01是优势单倍型(85个, 23.61%; 48个, 13.33%), 为12个鸡品种共有; E03位居第三(35个, 9.72%), 杏花鸡、黄郎鸡和宁都三黄鸡未见此单倍型。杏花鸡集中分布在单倍型类群B, 惠阳胡须鸡和中山沙栏鸡则主要分布在单倍型类群E; 怀乡鸡的单倍型数量最多, 中山沙栏鸡的最少。广东地方鸡品种间遗传距离为0.012-0.015, 单倍型多样性0.805 ± 0.047至0.949 ± 0.026, 核苷酸多样性0.0102 ± 0.0017至0.0138 ± 0.0009。邻接树和中介网络图将85种单倍型划分为进化枝A、B、C和E, 广东省与邻省地方鸡单倍型的地理分布模式相似。中性检验显示广东地方鸡未经历明显的群体历史扩张。结果表明广东地方鸡处于较好的保护状态, 遗传多样性水平较高, 品种的形成受到邻省和北方家鸡的影响, 东南亚红原鸡对广东地方鸡也有重要的遗传贡献。     

鹅喉羚夏季和冬季卧息地选择

2007年夏季(6—8月)及冬季(11—2008年1月),在卡拉麦里山有蹄类自然保护区研究了鹅喉羚(Gazella subgutturosa sairensis)的卧息生境选择。夏季测定了49个卧迹样方,36个对照样方;冬季测定了75个卧迹样方,75个对照样方。卡拉麦里山有蹄类自然保护区的鹅喉羚夏季主要选择平滩、下坡位,海拔910 m以上、与水源距离较远、远离道路、远离居民点、高隐蔽级、中低植被密度和中高草本密度的区域作为卧息地; 而冬季鹅喉羚主要选择山坡、阳坡和半阴半阳坡、中上坡位和下坡位、900—1 000 m的高度范围、离道路501—1 000 m以及大于2 000 m的距离、靠近居民点、中低隐蔽级、中等雪深(1.1—3 cm)、中高植被密度和中高草本密度的区域作为卧息地。主成分分析表明,鹅喉羚夏季卧息样方前4个主成分的累积贡献率达到86.57%,第1主成分主要反映卧迹样方的植物密度、草本密度、针茅(Stipa spp.)密度、至最近居民点距离、至永久水源最近距离和海拔的影响。冬季鹅喉羚卧息样方前4个主成分的累积贡献率达到73.88%,第1主成分主要反映卧迹样方的植物密度、草本密度、针茅密度和坡度的影响。     

新疆北部鹅喉羚的食性分析

2006年10月至2007年8月,作者采用粪便显微分析法研究了新疆卡拉麦里山有蹄类保护区鹅喉羚的四季食性以及冬季绵羊的食性.结果发现:鹅喉羚共采食16科47种植物;不同季节间鹅喉羚食性有明显变化,秋季采食7科24种植物,冬季采食6科17种植物,春季采食16科41种植物,夏季采食12科30种植物;藜科、禾本科植物是鹅喉羚全年的主要食物来源,占鹅喉羚总采食量的38.8～85.1%,非禾本科草本植物也在鹅喉羚食物组成中占有重要地位;春季短命和类短命植物对鹅喉羚有重要意义,占春季采食量的27%.针茅在四季都是鹅喉羚采食的主要植物;春季和夏季鹅喉羚采食较多的驼绒藜,秋季和冬季梭梭被较多采食.由于干旱胁迫,春季、夏季和秋季鹅喉羚喜食含水量较高的多根葱、骆驼蹄瓣、粗枝猪毛菜等非禾本科草本植物.冬季鹅喉羚与绵羊间的生态位宽度相近,食物重叠指数高达76.6%,绵羊与鹅喉羚之间食物竞争明显.     

新疆准噶尔盆地东部鹅喉羚采食地的特征

2001—2003年5月和9月,通过野外亘接观祭米样的方法,我们对新疆准噶尔盆地东郡木垒地区鹅喉羚的采食地进行了研究。在研究区南部,分布着以盐生假木贼和蒿为主的低矮小半灌木,其间散布有木本猪毛菜和驼绒藜为优势种的条块状高灌丛。鹅喉羚多在灌丛块中采食。Mann-WhitneyU检验表明,采食地内的植物种数、植被盖度和植被高度都显著高于对照地中相应成分。主成分分析表明,影响鹅喉羚采食地选择的主要环境因子是植物种数和植被盖度。在研究区北部,分布着以沙生针茅和木地肤为主的植被,其问散布有固定和半固定沙丘。沙丘上各种灌木发育较好,鹅喉羚多在沙丘上觅食。Mann-WhitneyU检验表明,采食地内的植物种数、植被盖度、植被高度,以及蛇麻黄、木地肤和驼绒藜的盖度都显著高于对照地中相应成分。主成分分析表明,影响鹅喉羚采食地选择的主要环境因子是蛇麻黄、木地肤、扁果木蓼盖度和植物种数。     

基于线粒体Cytb基因分析高原鳅种群遗传多样性与系统发育关系

以高原鳅(Triplophysa)属鱼类8个种群共75个个体的线粒体Cytb基因为标记,通过生物信息学分析高原鳅属种群遗传多样性和系统发育关系.结果表明,全长1 140bp的Cytb基因序列中共检测到527个多态位点,界定了61个单倍型,A+T含量(55.9％)高于G+C含量(44.2％).8个种群单倍型多样度(Hd)...     

云南保山猪线粒体DNA D-loop区序列初步分析 Primary Analysis of Mitochondrial DNA D-loop Region Sequence in Baoshan Pig

摘要：为了解云南保山猪(Baoshan pig)的遗传多样性及其遗传背景,我们测定了19个个体线粒体DNA D-loop高变区I 15 363～15 801片段序列438 bp。检测到10种单倍型,包括8个多态位点,其中5次T/C转换、1次G/A转换、1次G/C颠换和1次A/T颠换,其A、T、G、C碱基的平均含量分别为35.4%、26.9%、13.2%和24.5%,A+T含量(62.3%)明显高于G+C含量(37.7%)。对于保山猪的保种及其持续利用有着重要的理论指导意义。 Abstract:To investigate the genetic diversity and genetic data of Baoshan pig in Yunnan province,the mitochondrial DNA D-loop hypervariable segment I sequences 15 363～15 801 (438 bp) in 19 individuals of Baoshan pig were sequenced.Ten mitochondrial haplotypes were identified in the samples,with 8 sites showing polymorphism,which were 5 T/C and 1 G/A transitions,1 G/C and 1 A/T transversions.The contents of A,T,G and C were 35.4%,269%,13.2% and 24.5%,respectively.The content of A+T (62.3%) was significantly higher than that of G+C (37.3%).It will be of importance to conservation and sustainable utilization in Baoshan pig.