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玉米microRNAs及其靶基因的生物信息学预测 总被引:4,自引:0,他引:4
microRNAs (miRNAs) 是一类非编码的小分子RNA, 通过碱基互补调控靶基因的表达。鉴定和发现新的miRNAs及其靶基因, 对揭示miRNAs在基因表达调控中的作用至关重要。玉米全基因组测序工作开展较晚, 已经鉴定登记的miRNAs很少, 对靶基因的调控作用尚待解明。文章根据miRNA进化上的保守性, 以已知的植物miRNAs为探针, 与相关数据库中玉米表达序列标签(EST)和基因组序列(GSS)中的非编码序列比对, 共发现11个新的miRNA前体。虽然在序列长度和二级结构方面各有变化, 但这11个前体均可折叠形成miRNA家族的标准二级结构。通过靶基因预测, 找到其中7条miRNAs的26个靶基因, 分别编码与新陈代谢、信号转导、转录调节、跨膜运输、生物和非生物胁迫及叶绿体组装等相关的蛋白。这些miRNAs及其靶基因的鉴定, 补充了miRNA数据库的不足。 相似文献
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microRNAs(miRNAs)是一类长度约22个核苷酸的非编码RNA.这是一种广泛存在于真核生物中的内源性单链小分子RNA,miRNAs通过部分碱基对互补方式与靶基因结合,在转录和转录后水平调节靶基因表达.最近研究发现,miRNAs可以靶向多个衰老相关信号通路,在线虫、果蝇、小鼠和人类的衰老过程中发挥了重要的调控作用.本文总结了近年来与衰老相关的miRNAs的研究进展,首先介绍衰老相关的信号通路,然后重点介绍与线虫和哺乳动物衰老有关的miRNAs,以及这些miRNAs如何调控衰老相关信号通路,从而影响细胞、组织和整个机体的衰老进程和衰老相关性疾病,最后展望该领域未来的研究方向. 相似文献
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microRNAs(miRNAs)是一类长度约22个核苷酸的非编码RNA.这是一种广泛存在于真核生物中的内源性单链小分子RNA,miRNAs通过部分碱基对互补方式与靶基因结合,在转录和转录后水平调节靶基因表达.最近研究发现,miRNAs可以靶向多个衰老相关信号通路,在线虫、果蝇、小鼠和人类的衰老过程中发挥了重要的调控作用.本文总结了近年来与衰老相关的miRNAs的研究进展,首先介绍衰老相关的信号通路,然后重点介绍与线虫和哺乳动物衰老有关的miRNAs,以及这些miRNAs如何调控衰老相关信号通路,从而影响细胞、组织和整个机体的衰老进程和衰老相关性疾病,最后展望该领域未来的研究方向. 相似文献
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Ptf1a,又名p48,是Ptf1转录因子的一个亚基,为胰腺命运决定与细胞分化必需的转录因子.最近研究发现,Ptf1a表达的丰度变化与发育中胰腺细胞生长、分化和胰岛?茁细胞数量密切相关.然而,胰腺细胞中Ptf1a的表达调节机制还不清楚.MicroRNAs(miRNAs)是一类约22nt的非编码小RNA,它们通过切割靶mRNA或抑制靶mRNA的翻译调节基因的表达.一些研究提示,miRNAs参与调控胰腺发育的多个过程.因而推测,miRNAs可能在胰腺发育中参与调控Ptf1a的表达变化.为了验证这一假设,结合两个靶基因预测算法的结果,获得4个可能调控Ptf1a表达的miRNAs.随后,利用双荧光素酶报告系统研究发现,预测得到miRNAs中的miR-18a,miR-145 和miR-495能通过结合到小鼠Ptf1a mRNA的3′UTR而有效抑制其表达.还利用qRT-PCR和免疫荧光染色实验研究了miR-18a、miR-145和miR-495与Ptf1a在小鼠胰腺发育过程中的表达模式.结果表明,miR-18a,miR-145和miR-495与Ptf1a mRNA及蛋白质的表达成负相关,进一步说明miR-18a, miR-145和miR-495可能在小鼠胰腺发育中调节Ptf1a的表达. 相似文献
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近年来,随着表观遗传学的发展,微小RNA(miRNA)在基因表达调控方面的作用已经成为研究热点。miRNA是机体内一类高度保守的内源性非编码单链小分子RNA,它可以通过降解靶mRNA或抑制靶蛋白翻译以调控基因的表达。本文主要围绕miRNA在衰老及衰老相关性疾病(神经退行性疾病、骨质疏松、动脉粥样硬化和肿瘤等)发生发展中的调控作用以及中药的干预作用作一综述。 相似文献
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MicroRNAs (miRNAs) play an important role in gene regulation for Embryonic Stem cells (ES cells), where they either down-regulate target mRNA genes by degradation or repress protein expression of these mRNA genes by inhibiting translation. Well known tables TargetScan and miRanda may predict quite long lists of potential miRNAs inhibitors for each mRNA gene, and one of our goals was to strongly narrow down the list of mRNA targets potentially repressed by a known large list of 400 miRNAs. Our paper focuses on algorithmic analysis of ES cells microarray data to reliably detect repressive interactions between miRNAs and mRNAs. We model, by chemical kinetics equations, the interaction architectures implementing the two basic silencing processes of miRNAs, namely "direct degradation" or "translation inhibition" of targeted mRNAs. For each pair (M,G) of potentially interacting miRMA gene M and mRNA gene G, we parameterize our associated kinetic equations by optimizing their fit with microarray data. When this fit is high enough, we validate the pair (M,G) as a highly probable repressive interaction. This approach leads to the computation of a highly selective and drastically reduced list of repressive pairs (M,G) involved in ES cells differentiation. 相似文献
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microRNAs (miRNAs)是一类非编码的小分子RNA(~22 nt),可在转录后水平调控基因表达.miRNAs参与调控机体的多种生理和病理过程.近来研究表明,miRNAs可能与动脉粥样硬化疾病的发生和发展密切相关,在血管新生、炎症和脂蛋白代谢等方面发挥了关键作用.本文就miRNAs与动脉粥样硬化疾病相关的研究进展进行综述,为研究miRNAs在动脉粥样硬化的发病机制中的作用,以及为miRNAs能够作为诊断动脉粥样硬化疾病的生物标志物提供思路. 相似文献
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microRNAs(miRNAs)是近年来发现的普遍存在于动植物体内的一类非编码RNA,传统观点认为,它们通过其种子序列定位于靶mRNA的3′非编码区,并发挥抑制靶mRNA翻译的作用.最新的研究揭示少数miRNAs也可以活化翻译,且这些现象的发生均与miRNA和翻译调控元件的相互作用有关.这些发现进一步扩展了对微小RNA功能的认识领域. 相似文献
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MicroRNAs and their regulatory roles in animals and plants 总被引:17,自引:0,他引:17
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MicroRNAs (miRNAs) are small regulatory RNAs that control gene expression by base-pairing with their mRNA targets. miRNAs assemble into ribonucleoprotein complexes termed miRNPs. Animal miRNAs recognize their mRNA targets via partial antisense complementarity and repress mRNA translation at a step after translation initiation. How animal miRNAs recognize their mRNA targets and how they control their translation is unknown. Here we describe that in a human neuronal cell line, the miRNP proteins eIF2C2 (a member of the Argonaute family of proteins), Gemin3, and Gemin4 along with miRNAs cosediment with polyribosomes. Furthermore, we describe a physical association between a let-7b (miRNA)-containing miRNP and its putative human mRNA target in polyribosome-containing fractions. These findings suggest that miRNP proteins may play important roles in target mRNA recognition and translational repression. 相似文献
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MicroRNAs are small non-coding RNAs that negatively regulate gene expression through mRNA degradation or translational repression. It is becoming increasingly recognized that miRNAs play central roles in almost all cellular processes, and especially during development. The function of miRNAs in hematopoiesis, including erythropoiesis, is beginning to be elucidated. In this review, we will focus on what is known about miRNA function in various aspects of erythropoiesis and red cell physiology. 相似文献
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