环境因子与螺旋藻(节旋藻)分布及丰度的相关性分析

【目的】2015年7月至2015年9月,对海岸线较长、湿地类型比较多样化的渤海湿地及周边水域中螺旋藻(节旋藻)的分布进行研究,并对其与环境因子的相互关系进行分析。【方法】采用相关分析和灰关联分析对螺旋藻(节旋藻)数量与环境因子关系进行分析。【结果】螺旋藻(节旋藻)数量与pH、盐度、总氮(TN)、总磷(TP)、化学需氧量(COD)、氨氮(NH_3-N)呈显著正相关(P0.05,P0.01),与溶解氧(DO)呈显著负相关(P0.05,P0.01),与温度呈负相关,但相关不显著(P0.05);灰关联分析结果表明:各环境因素对螺旋藻数量的关联程度依次为:CODpHTN温度TPDO盐度NH_3-N。【结论】渤海海滨湿地及周边水域中螺旋藻(节旋藻)资源丰富,对螺旋藻(节旋藻)分布影响最大的环境因子是COD,最小是NH_3-N。     

动物线粒体DNA分析技术及其应用

结合动物线粒体基因组的最新研究进展,对目前动物线粒体基因序列的分析技术进行了概述,分析了应用较广的限制性片段长度多态性(RFLP)、序列特异性寡核苷酸分析(SSO)、DNA芯片、单链构象多态性(SSCP)、变性梯度凝胶电泳(DGGE)和竞争性寡核苷酸引物延伸(COP)等技术的原理、方法和适用范围,并对它们在线粒体基因的遗传、起源和进化等热点问题中的应用进行了阐述。     

中国Waagenophyllum (Waagenophyllum)种的分支分析

在对材料产自我国的Waagenophyllum (Waagenophyllum)的种进行系统分类厘定的基础上,以Waagenophyllum (Liangshanophyllum)wengchengense作为外类群,对22个种的10个性状进行分支分析,探讨各种之间的系统发育关系。分支分析结果表明,Waagenophyllum (Liangshanophyllum)与Waagenophyllum(Waagenophyllum)关系很近,一些研究者提出的Liangshanophyllum作为一个独立属的分类意见值得商榷。     

木屑处理迷宫栓孔菌Zn(II)-Cys(6)转录因子差异表达分析

Zn(II)-Cys(6)蛋白是一类仅存在于真菌中的锌指转录因子,其在迷宫栓孔菌(曾用名“偏肿革裥菌”) Trametes gibbosa中的相关研究较少。本研究对木屑处理后的迷宫栓孔菌进行转录组测序分析,以期挖掘到差异表达的Zn(II)-Cys(6)转录因子,为后续进一步对其功能的分析提供支持。首先,对在木屑处理下的T. gibbosa木质素降解酶进行了酶活检测,确认迷宫栓孔菌能有效降解木质素。之后,用木屑分别处理迷宫栓孔菌0、3、5、7和11 d,提取菌丝总RNA,利用高通量测序技术对这5个菌丝样本进行了转录组测序分析。通过COG、GO、Pfam和Swiss等数据库进行功能注释分析,鉴定出迷宫栓孔菌中全部的Zn(II)-Cys(6)家族转录因子基因,并进一步筛选出7个差异表达基因。进一步又对这7个差异基因的表达及蛋白结构进行了分析,绘制表达趋势热图,同时也对其理化性质,二、三级结构,疏水性等生物学特性进行了预测。通过构建系统发育树、预测Motif序列等初步分析了它们的进化关系及特性。最后,对这7个基因又利用RT-qPCR技术,进一步验证了转录组测序的结果。本研究从转录水平分析并鉴定出在木屑处理条件下迷宫栓孔菌中7个差异表达的Zn(II)-Cys(6)转录因子,研究结果将对后续研究迷宫栓孔菌中Zn(II)-Cys(6)转录因子的功能和表达调控机制有重要的参考价值。     

中国对虾Gs基因克隆及其在急性低盐胁迫下功能分析

采用RACE技术对中国对虾cAMP信号通路内鸟嘌呤核苷酸结合蛋白α亚基(Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha)基因进行克隆并对其功能进行分析。将基因命名为FcGs, 该基因cDNA全长为1692 bp, 编码379个氨基酸。对同源性进行分析显示与凡纳滨对虾同源性为99%, 与日本囊对虾同源性为97%。FcGs基因组织表达分析显示, 鳃和肝胰腺表达量较高。急性低盐胁迫使FcGs基因整体呈现上调表达。对中国对虾cAMP信号通路内Gs含量及Gs基因上游多巴胺(DA)含量, 下游环腺苷酸(cAMP)和蛋白激酶A(PKA)含量及腺苷环化酶(AC)和钠钾ATP酶(Na+-K+-ATPase)活力进行测定, 发现急性低盐胁迫后整体均呈上升且变化趋势基本一致。对FcGs基因进行干扰后中国对虾死亡率上升。研究表明, FcGs基因及其所在的cAMP信号通路可以通过调控Na+-K+-ATPase的活力在中国对虾渗透压调节过程中发挥重要作用。     

贵州白山羊和贵州黑山羊DRB1基因第3外显子遗传变异分析

为研究贵州黑山羊、贵州白山羊MHC-DRB1基因遗传机制,试验运用混合DNA池结合PCR产物直接测序方法,对MHC-DRB1基因第三外显子区域进行多态性分析,利用生物信息学分析软件对PCR扩增所获序列进行m RNA二级结构及蛋白质的二级结构和抗原表位分析。经序列对比发现9个SNPs位点,其中A~(8858)G(ILe-Val)、G~(8969)A(Gly-Ser)、G~(8978)A(Glu-Lys)、T~(9094)G(Asp-Glu)4个单核苷酸突变,导致所编码氨基酸发生改变,其它5个位点均属于同义突变。进一步分析发现,A~(8858)G、C~(8974)T、T~(9094)G、C~(9100)T、G~(9124)A突变位点导致m RNA二级结构的变化,A~(8858)G以及T~(9094)G对蛋白质二级结构影响最大。     

一先天性多趾并指(趾)系谱分析

本文对一多趾兼有并指(趾)家系的调查分析,从Ⅰ_2开始传递,连续四代出患者14人,男7、女7,患者均属杂合体。对多指(趾)并指(趾)畸形遗传方式进行了分析讨论。     

肇庆星湖湿地放线菌多样性

摘要:【目的】了解肇庆星湖湿地放线菌多样性及其与底泥理化性质的关系。【方法】应用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-density gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)技术对星湖湿地10个样点放线菌群落进行研究,根据DGGE图谱及克隆测序结果对其物种多样性进行分析,并结合样点理 化性质对其空间分布特征进行分析。【结果】通过PCR-DGGE指纹图谱发现各样品放线菌物种丰富度(S)、多样性指数(H')和均匀度指数(J')均有所不同。对不同样点放线菌群落相似性进行比较,发现它们的相似性系数存在着一定的关系,相邻样点间相似性较高。对DGGE优势条带进行回收、克隆、测序,显示优势类群主要分布于类诺卡氏菌科( Nocardioidaceae)、链霉菌科(Streptomycetaceae)、小单孢菌科(Micromonosporaceae)、微球菌科(Micrococaceae)、纤维素单胞菌科(Cellulomonadaceae)和原小单胞菌科(Promicromonosporaceae)。典型对应分析结果表明,星湖湿地放线菌群落结构变化的主要影响因子为底泥水溶性碳(WSOC)和速效磷(A-P)。【结论】肇庆星湖湿地蕴含着大量的放线菌资源,具有较高的物种多样性,需要进一步挖掘这些新资源。     

利用CoI基因序列对雀科鸟类的分子系统发育关系初探

基于线粒体DNA(mtDNA)中Col基因的部分序列(1300bp)对雀形目雀科(Fringillidae)36种鸟类进行系统发育分析.对数据集构建NJ树、Baycs树和ML树.对建树结果进行分析,发现铁爪鸦(Calcarius lapponicus)与鸦属(Emberiza)鸟类的亲缘关系比其他雀科的鸟类更近;支持蓝鹀(Latoucheornis siemsseni)隶属于鹀属的观点:证实了黄颈拟蜡嘴雀(Mycerobas affinis)与黑尾蜡嘴雀(Eophona migratorius)之间紧密的亲缘关系;发现长尾雀(Uragus sibiricus)和朱鸦(Urocynchramus pylzowi)之间亲缘关系很远,而与朱雀属(Carpodacus)有较近的亲缘关系:结果支持雀类与鸦类的亚科级分类水平.     

中国蒺藜科植物黄酮类化学成分分析 及其化学分类学意义

采用薄层层析和高效毛细管电泳(HPCE)等方法,对中国蒺藜科5属的代表性植物中的黄酮类成分进行了分析研究,并结合其它分类学性状进行了初步讨论,我们同意(1)支持Engler(1931)骆驼蓬亚科(Peganoideae)地位;(2)支持Takhtajan(1987)白刺科(Nitrariaceae)的恢复;(3)支持EI-Hadidi(1977)刺蒺藜科(Tribulaceae)的建立。     

龙岩市一起暴发性脑炎疫情分离的埃可病毒6型基因特征分析

对2010年福建省龙岩市长汀县埃可病毒6型(ECHO6)肠道病毒引起的暴发性脑炎,进行病原学分析,为该病的防控提供有价值的信息。对病例脑脊液标本进行荧光RT-PCR、病毒分离(RD细胞)、中和鉴定进行病原确认,再经PCR法对其中4株毒株进行VP1片段或全基因组核苷酸序列测定,用DNAStar软件中的MegAlign等软件进行同源性分析,Mega 4.0软件进行进化树分析。经病原学检测方法确认为ECHO6型肠道病毒,VP1片段核苷酸序列分析显示为C2亚型。全基因组序列共7 407个核苷酸,与其他ECHO病毒和CVB(Coxsackie virus B)病毒基因组构成相似,同源性为78.5%~87.3%。此次暴发性脑炎是由肠道病毒ECHO6C2亚型引起,病毒株全基因组序列长度与标准株(U16283)相近,同源性达80.4%。     

在两个X连锁显性腓骨肌萎缩症家系中发现同一GJB1基因突变Glu208Lys

在两个X连锁显性腓骨肌萎缩症(Charcot-Marie-Tooth disease, CMT) 家系中进行了GJB1基因的突变分析。提取基因组DNA, PCR(polymerase chain reaction)反应扩增GJB1基因编码序列, 进行单链构象多态性(single strand conformational polymorphism, SSCP)分析, 对有差异SSCP带型的PCR产物进行测序, 结果在两家系中发现同一GJB1基因c.622G→A (Glu208Lys)突变。所发现的突变位点在国内尚未报道。     

4种鲟鱼养殖亲鱼群体遗传多样性分析

近年鲟鱼人工繁殖技术促进了鲟鱼养殖业的发展,但在选育初期未对后备亲鱼进行遗传背景分析,为了抑制种质资源退化和防止近交衰退,繁育场需要对现有后备亲鱼进行遗传背景分析.本文利用线粒体控制区(D-loop)部分序列对4种养殖鲟鱼后备亲鱼群体(共120个样本)的遗传多样性进行了分析.研究发现不同种鲟鱼D-loop部分序列长度不...     

降钙素原和超敏C-反应蛋白在病毒和细菌感染早期鉴别中的临床应用

为探讨降钙素原(PCT)和超敏C-反应蛋白(hs-CRP)在病毒感染和细菌感染患者鉴别诊断中的价值,对我院276例患者,包括病毒感染组(64例)、细菌感染组(164例)和非感染组(48例)进行降钙素原和超敏C-反应蛋白水平的检测,并对三组间的差异进行分析。结果显示,细菌感染组和病毒感染组PCT、hs-CRP水平显著性高于非感染组(p<0.05);细菌感染组PCT、hs-CRP水平显著性高于病毒感染组(p<0.05)。工作特征曲线及Logistic回归分析结果显示,PCT在鉴别诊断细菌感染和病毒感染的效果高于hs-CRP。研究结果表明,降钙素原、超敏C-反应蛋白可对病毒感染和细菌感染进行早期的鉴别诊断,而降钙素原的效果较好。     

秦岭柳属的数量分类与最小生成树的构造

本文采用主成分分析(PCA)和最小生成树(MST)相结合的方法,对秦岭柳属(Salix)植物进行了数量分类研究。根据分析结果,可将秦岭分布的30余种归成4组(Section),参考形态特征,对组间的进化关系作了探讨。     

鼠药中毒引起消化道出血25例临床诊治分析

目的:城市中杀鼠药中毒容易被临床医师忽视,其引起消化道出血也极易误诊和漏诊,本文分析抗凝血杀鼠药中毒至消化道出血患者的临床表现和诊治方法。方法:回顾性分析2010年1月至2013年8月间我院收治的25例杀鼠药中毒并出现消化道出血病例,对其临床表现和诊治方法进行分析总结,病例均以维生素K1抗凝血方法进行治疗,并比较分析治疗前后患者的凝血酶原时间(PT)、国际正常化比率(INR)、活化部分凝血活酶时间(APTT)、纤维蛋白原(FIB)和出血时间(TT)等出凝血指标进行检测,并进行比较分析。结果:25例因抗凝血杀鼠药物中毒并导致消化道出血患者经维生素K1等抗凝血方法治疗患者全部治愈,消化道出血停止,凝血指标恢复正常,治疗前后患者的凝血指标存在明显差异(P0.05)。结论:抗凝血法对杀鼠药中毒导致消化道出血进行治疗的临床效果显著,值得推广。     

鱇[鱼良]白鱼线粒体DNA控制区结构和种群遗传多样性分析

用特异性引物对鱇(鱼良)白鱼(Anabarilius grahami)DNA进行PCR扩增,获得了鱇(鱼良)白鱼线粒体DNA控制区基冈全序列(930bp).控制区T、C、A和G碱基组成为29.8%、22.5%、33.0和14.7%.对照其他已报道的鱼类控制区结构,对鱇(鱼良)白鱼控制区结构进行了分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区,找到了终止相关的序列TAS以及保守序列(CSB-F、CSB-D、CSB-1、CSB-2、CSB-3).同时运用DNA分析软件对鱇(鱼良)白鱼一个驯养种群(中国科学院昆明动物研究所珍稀鱼类繁育中心)及两个自然地理种群(江川县明星鱼洞、江川县牛摩村)进行了遗传多样性分析.结果显示:两个自然种群存在较强基因交流,未出现遗传分化;人工驯养种群遗传多样性最高,种群复壮程度较好.     

TRPV4基因的两个不同变异导致变形性骨发育不良表型严重程度差异

目的 对2例临床表型严重程度有所差异的先天骨骼发育异常病例进行遗传学分析,并对检出变异进行生物信息学分析,探讨其致病性.方法 本研究中,临床发现2例有不同表型严重程度的骨骼发育不良个体及其父母,并对其进行了包括染色体核型、染色体微阵列分析(CMA)和全外显子测序(WES)的序贯式遗传检测,以Sanger测序作为变异验证...     

甜高粱与高粱的多组学比较分析

高粱(Sorghum bicolor)是禾本科(Poaceae)一年生草本植物,也是研究C₄植物的模式生物。甜高粱相对于普通高粱有其独特的糖代谢积累机理,发掘其糖合成、运输和积累相关的调控基因和代谢途径,有助于糖分和碳源分配的遗传改良设计,又可为其他重要的C₄作物提供参考。本研究结合基因组、转录组和代谢组等多组学数据,从蔗糖转运、蔗糖合成相关基因家族以及基因共表达网络等多个角度对甜高粱及高粱的组学数据进行比较分析。结果如下：(1)构建了甜高粱及普通高粱品种的泛基因组,大小为908 Mb,比单个参考基因组增加约24.6%,进行了核心基因、非核心基因以及基因组存在/缺失变异区域相关基因的分类统计及功能富集分析,对多样本多个时期的RNA-seq数据进行差异表达分析,构建基因共表达网络,对基因集进行筛选验证,进一步筛选得到了糖分相关基因;(2)利用12份不同时期的甜高粱(Rio)、高粱(BTx406)以及两者子代(R9188)的RNA-seq数据进行差异表达分析与基因共表达分析,通过与对应时期蔗糖浓度变化数据进行相关性分析,得到与蔗糖代谢相关的基因集...     

细菌萜类合成酶的生物信息学分析

【目的】目前对于萜类合成酶(Terpenoid synthase,TPS)的研究主要集中在植物和真菌中,而对细菌TPS的系统研究尚少。建立在大量已经被测序的细菌基因组基础上,利用生物信息学方法,对细菌TPS在全基因组范围内进行识别、分类和功能分析。【方法】利用TPS的隐马尔科夫模型(Pfam编号为PF03936)搜索自建的细菌蛋白质组数据库,预测出细菌TPS。对这些候选TPS的蛋白序列用MAFFT 7.130b进行多序列比对,并利用MEGA 6.0对多序列比对结果进行进化分析。利用MEME和PredictProtein分别进行细菌TPS的基序(Motifs)和点突变分析。【结果】建立在生物信息学分析的基础上,1 423条细菌TPS被识别,它们分布在8个门中,即放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、蓝藻门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、酸杆菌门(Acidobacteria)和衣原体门(Chlamydiae)。进化分析表明细菌TPS可分为4大类,Motifs分析表明除了各类之间保守的基序(Motifs)外,还有特异的Motifs,这暗示着细菌TPS在不同类别之间的功能分化。点突变分析表明,细菌TPS不同位点的氨基酸突变对TPS功能的影响不同。【结论】细菌TPS主要分布于8个门中,其中在2个门中细菌TPS尚未见报道,即厚壁菌门(Firmicutes)与酸杆菌门(Acidobacteria)。基于进化分析,可以把细菌TPS分为4类,各类之间的差异可能是由类特异的Motifs决定的,另外细菌TPS不同氨基酸位点的突变分析为今后验证TPS的功能提供了很好的理论基础。