SARS-CoV-2与SARS-CoV:病原学、流行病学、临床与病理

2019年12月在武汉暴发了由SARS-CoV-2感染引起的新型冠状病毒肺炎(Coronavirus disease 2019,COVID-19),并迅速扩散至全国.SARS-CoV-2和SARS冠状病毒(SARS-CoV)都属于套式病毒目、冠状病毒科、冠状病毒属中的SARS相关冠状病毒种,本文总结了两者在来源、病毒结构、流行病学、临床表现和病理学特征等方面的差异,以期更全面认识SARS-CoV和SARS-CoV-2,为COVID-19的防治研究提供帮助.     

新型冠状病毒Wuhan-Hu-1株Np空间结构及其B细胞抗原表位的预测

新型冠状病毒(Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2,SARS-CoV-2)是最新发现的一种可侵染人体的β属冠状病毒,该病毒入侵机体可引发新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019,COVID-19),该疫情的暴发在国内甚至国际上造成了严重...     

从多角度分析SARS-CoV-2和SARS冠状病毒(SARS-CoV)差异

新型冠状病毒肺炎(COVID-19)在全球范围内持续肆虐,感染人数与日俱增.COVID-19的病毒SARS-CoV-2与2003年发生的严重急性呼吸系统综合症冠状病毒(SARS coronavirus,SARS-CoV)同属冠状病毒.本研究就COVID-19与SARS冠状病毒的差异以及两种冠状病毒的中间宿主进行分析和探...     

新型冠状病毒实验室检测方法研究进展

世界范围内流行的SARS-CoV-2已造成大批新型冠状病毒肺炎(COVID-19)患者,严重威胁着全人类生命健康.新型冠状病毒肺炎尚没有特效药,也没有疫苗,实验室确诊新型冠状病毒肺炎,隔离传染源,尽早治愈患者对整个疫情防控起着非常重要的作用.目前实验室检测方法有病毒分离培养、实时荧光定量PCR、环介导等温扩增技术、CRISPR/Cas技术、测序技术、基因芯片和抗原抗体检测.本文就上述几种方法做一综述,为确诊COVID-19提供参考.     

新冠肺炎COVID-19医学影像诊断和分子检测

本研究的目的是为新冠肺炎的有效诊断及疫情后COVID-19疫情的有效检测和监控提供系统的理论依据和技术保障。本研究系统地回顾了疫情的发展,收集临床资料,分析了自疫情爆发以来,对于COVID-19感染者的临床诊断的医学影像诊断方法和分子检测技术以及临床实践中取得的经验。研究表明:临床上的疑似病例须结合流行病学接触史和影像学检查结果等临床特点进行综合分析,同时,对感染新型冠状病毒的疑似病例的呼吸道样本或血液样本进行病毒核酸检测。在临床实践中,疑似COVID-19肺炎患者不排除测试结果呈假阴性的出现,需要用实时荧光RT-PCR检测病毒核酸呈阳性才能完全确诊。     

用于新型冠状病毒检测的核酸等温扩增技术研究进展

核酸检测作为新型冠状病毒肺炎(COVID-19)筛查诊断和病情监测的主要手段,在疫情防控中发挥了重要作用。虽然实时荧光定量PCR被认为是新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸检测的金标准,但其依赖荧光定量PCR仪且扩增检测时间较长,难以实现现场快速检测。因此许多基于核酸等温扩增的SARS-CoV-2检测方法相继诞生。等温扩增对仪器温控要求不高,通过与微流控芯片和可视化检测技术结合,可进一步简化操作、降低成本,为SARS-CoV-2现场快速筛查提供有力的技术支撑。本文围绕已报道的SARS-CoV-2等温扩增检测方法原理、检测性能及优缺点进行探讨,为进一步发展SARS-CoV-2现场快速检测平台提供参考。     

基于三种试剂盒分析新型冠状病毒特异性抗体的动态变化

为了解新型冠状病毒肺炎(COVID-19)发病后血清中新型冠状病毒(SARS-CoV-2)特异性抗体的动态变化,本研究使用三种不同检测原理的SARS-CoV-2抗体检测试剂盒,对来自甘肃省33例核酸检测阳性的COVID-19确诊病例的58份血清标本,分别进行了病毒特异性抗体(IgM、IgG和总抗体)的检测。结果显示,COVID-19发病后IgM、IgG和总抗体阳性率随发病时间的推移而逐渐上升:发病早期3d以内,三种试剂盒检测病毒特异性抗体阳性率在13.6%～31.8%之间;发病4～7d时,阳性率在36.4%～45.5%之间;发病8～14d时,阳性率在55.6%～77.8%之间;而发病15d以上时,阳性率达到100%。此外,本研究使用三种试剂盒检测了健康人血清标本,检测特异性在99%～100%之间。统计学分析结果显示,三种检测试剂盒的检测结果差异无显著性(P>0.05)。综上所述,三种SARS-CoV-2抗体检测试剂盒均具有较好的敏感性和特异性,可用于COVID-19疑似病例在核酸检测阴性时的辅助诊断;本研究初步获得的SARS-CoV-2特异性抗体动态变化特征可为COVID-19血...     

基于Web of Science对COVID-19的研究现状分析

在新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情暴发的大背景之下,为进一步了解和明确COVID-19当前研究的全球现状和热点,本研究基于Web of Science数据库对该主题进行检索,对自疫情暴发到2020年4月30日新型冠状病毒(SARS-CoV-2)领域的SCI文献进行计量学分析,探讨SARS-CoV-2的研究重点以及研究现状.本研究通过对SARS-CoV-2相关文献的信息获取、处理、分析,应用文献计量学方法对该研究领域进行研究态势分析.统计分析数据及可视化数据分析结果表明,以"COVID-19 or Novel coronavirus pneumonia"为主题词,搜索到文献共计1 523篇;在现阶段处于研究的初期,在该领域中国发文量排名第一位;伦敦大学、哈佛大学和华中科技大学是世界范围内发文量前三名的机构;并对高频关键词进行类群整理明确研究热点为COVID-19、SARS以及public health(公共卫生).研究发现,中国学者在"COVID-19"领域的研究取得了快速发展,在文章的影响力、发文量上都属于世界前沿水平.     

一种基于荧光qPCR检测新型冠状病毒核酸的优化反应体系的建立及相关测试

为实时并快速地检出SARS-CoV-2冠状病毒RNA,对基于荧光定量聚合酶链式反应(Polymerasechain reaction,PCR)的反应体系进行了优化。结果表明,按照本实验提供的方法操作后,检测SARS-CoV-2冠状病毒所用的RNA样本的最小浓度稀释度可调至1/10000(初始值设为10ng/μL)。且用于检测COVID-19临床阳性样本所测得循环值(Cycle threshold,Ct)均低于35或40。其灵敏性测试结果也表明该方法的敏感性较好。同时在同等条件下,与目前市场上的COVID-19试剂盒的检测结果基本一致,并且检测循环数缩短2个单位。因此,本实验所建立的体系适用于前期临床诊断的筛查工作,为在医学上实现快速诊断提供了工具。     

COVID-19确诊病例居住环境病毒检测结果分析及防控探讨

新型冠状病毒肺炎(COVID-19)传播速度快、感染范围广,其感染方式主要是聚集性感染,感染途径主要是呼吸道飞沫和接触传播。了解环境中,特别是COVID-19确诊病人生活环境中的病毒存在情况,是做好环境消毒,阻断新型冠状病毒(SARS-CoV-2)传播的重要步骤,对COVID-19防控具有重要意义。本研究旨在探讨COVID-19患者生活环境中SARS-CoV-2的存在情况,从SARS-CoV-2存在的空间部位、病毒核酸含量、消毒效果等方面对SARS-CoV-2的相关特点做出初步研究,为制定有效的SARS-CoV-2防控措施提供科学依据。本研究以COVID-19病例治疗前的3个家庭居住环境和治疗出院后隔离期间的2个宾馆居住环境中采集的样本为研究材料,采用RT-PCR方法检测样本中的SARS-CoV-2核酸并进行比较分析。结果显示,首次从3个家庭环境中采样48份,RTPCR检测SARS-CoV-2核酸阳性5份(10.42%),3个家庭的环境样本中均有阳性样本检出。首次采样48h后在家庭3进行第二次采样16份,SARS-CoV-2核酸检测阳性2份(12.5%),检测Ct值比首次升高。家庭3消毒后24h采集的16份样本SARS-CoV-2核酸检测均为阴性,并且两处宾馆环境采集的24份样本SARS-CoV-2核酸检测也均为阴性。本研究提示,COVID-19病例的生活环境中可以检出SARS-CoV-2,病毒存在区域、存在物品、病毒核酸含量均有差异;对外环境进行消毒可以达到消毒目的,能够起到阻断SARS-CoV-2传播的防控效果。     

新型冠状病毒基因组序列的网络平台与基因分型

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)是引起2019新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的病原体,目前COVID-19仍在世界范围内大规模流行。随着学者对SARS-CoV-2研究的不断深入,以及各大数据库的序列资源共享,一些学者开发了SARS-CoV-2相关序列分析网络在线平台,并发表了对SARS-CoV-2基因分型、命名的规则。"GISAID"是目前SARS-CoV-2基因组序列共享和储存最大的数据库,"Nextstrain"和"CoV-GLUE"是国际最常用的SARS-CoV-2序列分析平台。目前有四种比较通用的SARS-CoV-2的基因分型方法,在本文中分别简称为:"中国分型法"、"Pangolin分型法"、"GISAID分型法"和"Nextstrain分型法"。这四种分型方法的定义不尽相同,但又有相似之处。本综述对目前SARS-CoV-2在线分析网络平台和不同的基因分型方法进行了较为系统的介绍、对比和总结。     

新型冠状病毒快速检测研究进展

当前全球大流行的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)是由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染的一种高传染性肺炎,其通过呼吸道飞沫、气溶胶、直接或间接接触、粪口传播或者冷链运输等途径在人群中进行传播,处在潜伏期或尚无明显症状的患者也具备传染他人的能力。SARS-CoV-2是一种有包膜的单股正链RNA病毒,拥有线性RNA片段,每个病毒粒子直径为60～140 nm。与其他冠状病毒相似,SARS-CoV-2主要包括4种结构蛋白,即：刺突蛋白(S)、膜蛋白(M)、包膜蛋白(E)和核衣壳蛋白(N)。迄今为止,基于病毒结构基础和病原学特点开发出了多种检测SARS-CoV-2的方法,为疑似COVID-19患者的确诊和疫情防控提供了有力的保障。简要介绍了SARS-CoV-2的病原学特征,并综述了核酸检测、免疫学检测和新型生物传感器等最新检测方法的研究进展,以期为COVID-19的早期诊断与防控提供帮助。     

新型冠状病毒肺炎感染病例中鼻咽拭子与咽拭子标本的病毒核酸检验结果分析

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)主要通过飞沫和密切接触传播,传染性强,目前在全球蔓延,给人的身体健康及世界公共卫生安全造成了严重的损害。病毒核酸检验是新型冠状病毒肺炎(COVID-19)病例确诊的金标准。本研究分别采集武汉江夏方舱医院67例确诊为COVID-19病例的鼻咽拭子与咽拭子标本送检,进行SARS-CoV-2核酸检验。其中28例患者鼻咽拭子病毒核酸呈阳性,13例患者咽拭子病毒核酸呈阳性,26例患者鼻咽拭子与咽拭子病毒核酸均为阴性。本研究结果提示,鼻咽拭子送检标本病毒核酸检验结果优于咽拭子标本(P<0.05)。     

2019冠状病毒病患者与无症状感染者不同暴露时间咽拭子和粪便标本病毒核酸检测结果分析

2019冠状病毒病(COVID-19)感染暴发流行已成为全球公共卫生事件,准确识别病毒携带者及感染人群,对疫情防控具有重要意义。病毒核酸检测是目前对2019新型冠状病毒感染(SARS-CoV-2)的病原体确诊主要标准之一,咽拭子标本和粪便标本均具有较高的阳性检出率。对COVID-19患者和无症状感染者不同暴露时期的咽拭子和粪便标本病毒核酸检测结果差异尚未见报道。本研究对2020年2月2日至2月17日南阳市确诊为COVID-19的46例患者以及通过流行病学史筛查出的27例无症状感染者不同暴露时间点的咽拭子和粪便标本病毒核酸检测结果进行分析。结果显示,COVID-19患者与无症状感染者暴露第2周咽拭子核酸检测阳性率最高,第3周粪便核酸检测阳性率最高;同时期比较咽拭子标本核酸阳性率明显高于粪便标本(P<0.05),两组第1、3、4周咽拭子核酸阳性率差异有统计学意义(P<0.05),1～4周粪便核酸阳性率均无统计学意义(P>0.05)。粪便核酸检测阳性时间均较咽拭子核酸检测阳性时间滞后(P>0.05),且无症状感染者咽拭子和粪便平均核酸检测阳性时间较COVID-19患者...     

基于实时荧光RT-PCR法对新型冠状病毒核酸检测的研究

新型冠状病毒肺炎是由一种新的冠状病毒SARS-CoV-2引起的急性呼吸道传染病,以发热、咳嗽、乏力为主要临床表现,严重者会出现急性呼吸窘迫综合征甚至死亡。该病毒传染性强,主要通过飞沫传播,已经对人的身体健康、国家经济及世界公共卫生安全造成了严重的损害。目前,临床诊断主要依据患者流行病学、临床表现、胸部CT及实验室检查,其中实验室检查中的实时荧光RT-PCR和基因组测序为诊断金标准。选择快速、高效的病原学检测方法对提高疾病诊断率、治愈率,降低患病率、死亡率起关键作用。RT-PCR相较于基因组测序具有操作简单、周期短的优点,对新型冠状病毒的确诊尤为重要。本文就不同实时荧光RT-PCR法对新型冠状病毒核酸检测的灵敏度、特异性和实用性等方面进行综述,为临床医生选择更为高效的核酸检测方法提供参考。     

磷酸氯喹治疗阿比多尔治疗失败新冠肺炎患者的疗效观察

2019年底,新型冠状病毒肺炎(Coronavirus disease 2019,COVID-19)于湖北省武汉发现,目前尚无明确的特效药。为观察COVID-19经阿比多尔治疗失败后接受磷酸氯喹治疗的临床疗效,本研究根据入组标准收集了9例阿比多尔治疗失败后接受磷酸氯喹治疗的患者的体温、呼吸道症状、咽拭子核酸、肺部影像学等资料,评价磷酸氯喹治疗后整体的临床有效率,并评价其安全性。结果显示,经磷酸氯喹治疗有8例患者体温、呼吸道症状、咽拭子核酸检测等转归,达到出院标准;1例因核酸持续阳性且肺部CT无明显吸收,考虑治疗效果不佳,整体临床有效率为88.89%。有6例患者出现出现恶心、呕吐、头晕、视力模糊、转氨酶升高等不良反应,考虑与磷酸氯喹相关,停药后均缓解。因此,对于阿比多尔治疗失败新冠肺炎患者可考虑予磷酸氯喹治疗,具有良好的临床疗效,不良反应轻,停药后可缓解。     

用于临床新型冠状病毒核酸检测的分子诊断新技术

目前新型冠状病毒肺炎(corona virus disease 2019, COVID-19)在全球仍呈现大流行趋势,该病潜伏期长、传染性强,给全世界人民的健康安全带来严重威胁。新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus2, SARS-CoV-2)核酸检测作为COVID-19确诊的重要依据之一,在疫情防控工作中发挥了巨大的作用。截至2020年8月17日,国家药品监督管理局已应急批准15个新型冠状病毒核酸检测试剂盒,其中10个试剂盒是以逆转录-实时荧光定量PCR (RT-qPCR)为主要技术原理,其余试剂盒分别采用了不同于RT-qPCR的5种分子诊断技术。本文对上述检测试剂盒所使用的技术原理、反应时间、优缺点等方面进行了介绍,以期为COVID-19及类似传染病的快速筛查、确诊、防控提供更多的方案思路。     

新型冠状病毒上海株(nCoV-SH01)的分离和鉴定

新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)疫情对人类生命健康构成极大威胁。病毒的分离是构建新型冠状病毒(2019 novel coronavirus, 2019-nCoV)细胞感染模型和动物感染模型的基础。本研究利用冠状病毒易感的Vero E6细胞,从1例上海感染者的咽拭子中分离到一株2019-nCoV,命名为nCoV-SH01。对该毒株全基因组采用一代Sanger和二代Illumina法测序,发现该毒株与GenBank MN908947的同源性＞99.99%。免疫荧光检测显示,该毒株与COVID-19康复者的血清呈阳性反应。当nCoV-SH01感染Vero E6细胞后,导致典型的合胞体病变,细胞病变效应明显且进展迅速,提示nCoV-SH01可用于进一步建立2019-nCoV的细胞感染和动物感染模型,为开展致病性研究以及抗病毒药物和疫苗研发奠定了基础。     

新冠肺炎COVID-19临床治疗的药物选择

新型冠状病毒病COVID-19,如大多数病毒感染疾病一样,除了疫苗以外,尚无特效药,也没有针对性的治疗方法。在临床上,药物治疗主要是针对患者在感染病毒以后,免疫系统被激活到极限程度或者失去控制,从而给患者带来伤害。本研究系统地回顾了新冠肺炎爆发以来的临床治疗案例,结合中国国家卫健委发布的《新型冠状病毒病肺炎诊疗方案(试行第一至七版)》,提出了治疗新冠肺炎COVID-19临床药物的选择策略,评估了各种目前应用于临床实践的西药的疗效和风险,旨在为临床医生在药物选择上提供理论依据和临床上的案例。     

本期导读

自2019年12月以来,新型冠状病毒肺炎在全球蔓延,2020年1月30日,世界卫生组织(World Health Organization,WHO)将新型冠状病毒肺炎疫情列为"国际关注的突发公共卫生事件",我国也将该病作为急性呼吸道传染病纳入《中华人民共和国传染病防治法》规定的乙类传染病,并按照甲类传染病管理。2020年2月11日,WHO正式将新型冠状病毒肺炎命名为COVID-19(Corona Virus Disease 2019)。国际病毒分类委员会将该病毒命名为严重急性呼吸系统综合征冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coromavirus 2,SARS-CoV-2)。截止2020年8月28日全球已累计确诊24356983人,累计死亡826791人。严重危害着人类的健康和生命安全。虽然中国政府采取了最强有力的措施,社会各界一起抗击疫情,取得了显著成效。但是由于目前COVID-19疫苗尚未上市,也无特效药物,COVID-19的全球快速蔓延势头仍没有得到有效遏制。世界各国的科学家、医学家们正在努力开发针对SARS-CoV-2和COVID-19的安全有效的预防疫苗和治疗方法。