新疆块根芍药(Paeonia anomala)内生细菌XJU-PA-1的鉴定及特性分析

目的:从新疆块根芍药(Paeonia anomala)内生菌中筛选出1株对植物病原菌有抑菌活性的内生菌并对其进行鉴定及特性分析.方法:采用琼脂扩散法进行抑菌实验,基于形态特征,生理生化特性,16S rDNA序列分析并G+C mol%含量对XJU-PA-1进行鉴定.结果:XJU-PA-1对玉米小班病菌和苹果半点落叶病菌有抑菌活性,抑菌圈直径都超过20mm.XJU-PA-1与DQ010109 Bacillus subtilis的16S rDNA序列的同源性达到100%,G+Cmol%含量为54.5%.结论:XJU-PA-1对两种致病菌有较强的抑菌能力,被鉴定为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis) ,在GenBank数据库的注册号为EU741698.     

西瓜枯萎病高效拮抗菌XJUL-12的筛选与鉴定

目的:分离获得西瓜枯萎病高效拮抗菌,为研究西瓜枯萎病高效拮抗菌的拮抗机制奠定基础。方法:用碾碎法从新疆有毒植物麻(Urtica cannabina L.)、亚洲薄荷(Mentha asiatica Boris.)、阿尔泰藜芦(Veratrum lobelianum Bernh.)中分离内生菌,并用琼脂扩散法筛选出对西瓜枯萎病具有较强抗性的内生菌XJUL-12,通过PCR方法扩增XJUL-12的16S rDNA,并与GeneBank中已鉴定菌的16S rDNA序列对比,用N-J方法构建XJUL-12进化树,用Bootstraping法对其评估,同时结合其形态特征、生理生化检测、G C mol%含量对XJUL-12进行鉴定。结果:XJUL-12的16S rDNA序列与Bacillus subtilisstrain CGMCC1869同源性为99%,G C mol%含量为46.72mol%。结论:筛选获得的内生菌XJUL-12对西瓜枯萎病具有较强抗性,并将XJUL-12鉴定为枯草芽孢杆菌。     

一株产红色素菌株及对其红色素结构的鉴定

从土壤中分离到一株产红色素的细菌H31,根据该菌株的16S rDNA序列与GenBank中已有序列比对的结果,并结合菌落形态和常规生理生化鉴定方法对该菌株进行鉴定,结果表明:该菌在细菌分类学上属于肠杆菌科,其与黏质沙雷氏菌(Serratia marcescens)同源性最高,但该菌株生理生化实验中的赖氨酸脱羧酶、鸟氨酸脱羧酶以及精氨酸双水解酶实验与报道的S. marcescens的结果不一致,为一株新的黏质沙雷氏菌S. marcescens H31。通过紫外光谱、质谱和核磁共振等方法分析,确定其产生的红色素为灵菌红素。     

高温菌16S rRNA与耐热性关系的初步研究

通过对80多种超高温菌的基因组G＋C含量,16S rRNA G＋C含量进行统计分析,结果显示高温菌耐热性与基因组G＋C含量之间没有直接关系,而与16S rRNA G＋C含量之间明显存在上正相关。16S rRNA 18 helix的二级结构分析显示高温菌生长温度越高,其16S rRNA热稳定性越高。     

长白山温泉无氧芽孢杆菌的分离鉴定

[目的]对长白山温泉中嗜热微生物进行分离鉴定,并了解其生理生化特性.[方法]采用橄榄油富集培养基,稀释平板涂布法对长白山温泉样品进行分离得到一株嗜热菌CBS-5;在电子和光学显微镜下观察菌体形态和芽孢;应用生理生化试验、16S rDNA序列分析以及(G C)mol%含量等方法对菌株特性进行鉴定.[结果]菌株CBS-5为革兰氏阳性菌,无鞭毛,产端生芽孢,最适生长温度为65℃,最适pH7.7左右,能以蔗糖、麦芽糖和乳糖等作为唯一碳源生长,具有酯酶和过氧化氢酶活性,对卡那霉素、红霉素和硫酸新霉素等抗生素均无抗性.Tm法测定该菌的(G C)mol%含量为41.9%.脂肪酸成分分析表明在CBS-5中iso-15:0的含量最高,为24.20%,与无氧芽孢杆菌属成员一致.以该菌的16S rDNA序列为基础构建了系统发育树;16S rDNA序列同源性比对表明该菌与无氧芽孢杆菌属各种之间的同源性在95.1%-98.5%之间.[结论]菌株CBS-5(=JCM 15484)是一株嗜热无氧芽孢杆菌,具有产酶活性,对于研究和开发化工、食品和环境保护方面的工业用酶具有重要价值.     

一株棉花根际铁载体产生菌E19的分离鉴定

目的：从棉花根际细菌中筛选出铁载体产生能力较强的菌株并对其进行鉴定。方法：用梯度稀释法从棉花根际中分离出细菌,再通过在CAS检测平板上显色圈的大小从中筛选出铁载体产生能力较强的菌株,并对其进行生理生化鉴定和16S rDNA序列分析。结果：筛选出一株铁载体产生能力较强的菌株E19,13项生理生化指标除甲基红试验呈阳性外,其它均与恶臭假单胞菌相同。其16S rDNA与恶臭假单胞菌（Pseudomonas putida）的同源性为100％。     

一株拮抗辣椒疫霉的假单胞菌的分离与鉴定

从甜椒根际土壤中分离到一株对辣椒疫霉(Phytophthora capsici)具有强拮抗作用的假单胞属(Pseudomonasspp.)菌株GP72,研究其拮抗性表明,对多种植物病原真菌均有很强的抑制作用。对该菌株进行形态特征、生理生化、Biolog GN、(G C)mol%含量测定及16S rDNA序列分析,鉴定为绿针假单胞菌(Pseudomonas chlororaphis)。特征为单细胞,极生单个鞭毛,不能利用聚β-羟基丁酸盐,能够较强地利用Biolog系统95种碳源中的45种作为底物生长,较弱利用其中的6种底物,与绿针假单胞菌(Pseudomonas chlororaphis)的相似性达到98%,相似指数为0.72。用热解链方法测得基因组DNA的(G C)mol%含量为65.1mol%。以16S rDNA序列为基础构建了包括13株邻近种属细菌在内的系统发育树,其中与模式致金色假单胞菌的同源性最近。     

栖北散白蚁致病菌的分离鉴定与特性研究

[目的]了解散白蚁头部发红且死亡的原因,探究致病菌特性.[方法]从头部发红的散白蚁中分离菌株、培养并纯化,通过显微形态、革兰氏染色及16S rRNA基因序列分析鉴定菌株种类.进一步探究菌株产生红色素的条件并通过液相色谱和质谱联用等方法鉴定发酵产物.[结果]散白蚁鉴定为栖北散白蚁Reticulitermes speratus.从该白蚁头部分离得到一株产红色素的革兰氏阴性细菌RS.16S rDNA序列分析表明RS菌株为黏质沙雷氏菌Serratiamarcescens.RS菌株不同于其它大多黏质沙雷氏菌,在37℃仍然产生红色素.HPLC检测分析红色素为灵菌红素.[结论]本文首次报道从栖北散白蚁分离纯化一株产生灵菌红素的黏质沙雷氏RS菌,研究结果为灵菌红素的生产及散白蚁生物防治技术的研发提供了新的思路.     

一株花生根际铁载体产生菌的分离鉴定及耐药性分析

目的：从花生根际筛选铁载体产生能力较强的菌株,对其进行鉴定及耐药性分析。方法：用梯度稀释法从花生根际中分离出细菌,在刃天青（CAS）检测平板上依显色圈的大小从中筛选出一株铁载体产生能力较强的菌,并对其进行生理生化鉴定和16S rDNA序列分析,用抗生素梯度平板检测其对9种常见抗生素的抗性。结果：筛选出一株产铁载体的菌株D15,13项生理生化指标除甲基红试验呈阳性外,其他均与恶臭假单胞菌相同;其16S rDNA与恶臭假单胞菌的同源性为100%;该菌对氨苄青霉素、氯霉素、利福平、红霉素、新霉素、链霉素、四环素都有不同程度的的抗性,对卡那霉素和庆大霉素表现较强的敏感性。结论：获得铁载体产生菌D15,经鉴定为恶臭假单胞菌,该菌耐药性符合用转座子诱变法研究铁载体合成的相关基因的条件。     

孔雀石绿脱色菌恶臭假单胞菌菌株M6的分离、鉴定及其生长特性研究

从养殖池污泥中分离了6株对孔雀石绿具有脱色能力的菌株, 经过进一步在孔雀石绿营养肉汤中富集培养及其脱色率的比较, 筛选出对孔雀石绿具有较强脱色能力的优良菌株M6。菌株M6在30°C、150 r/min条件下对孔雀石绿的脱色率为97.14％, 通过革兰氏染色、电镜对其形态进行了观察, 用ATB细菌鉴定仪对其进行了生理生化鉴定; 通过对其16S rDNA序列进行PCR扩增和测序, 与NCBI中收录的与其同源性较高的菌株进行了聚类分析并构建了系统发育树。此外, 对其生长特性也进行了研究。实验结果表明, 菌株M6革兰氏染色阴性, 杆形, 端生一根鞭毛, 大小约为0.45 mm×0.84 mm, 在孔雀石绿营养琼脂平板上形成的菌落特征为圆形、浅蓝色、粘稠、不易挑取; 菌株M6的16S rDNA序列与GenBank基因库中假单胞菌属的细菌菌株的16S rDNA序列有98％~99％的高度同源性, 菌株M6与恶臭假单胞菌OW-16(登录号：DQ112328.1)的亲缘关系最近。结合传统的形态与生理生化特性鉴定以及16S rDNA序列分析鉴定的结果, 判定菌株M6为恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)(登录号：EU348741.1)。此外, 菌株M6在30°C、150 r/min条件下摇床振荡培养的生长曲线为：0 h~4 h为生长延迟期, 4 h~64 h为对数生长期, 64 h~80 h为稳定期, 80 h以后为衰亡期; 其最适生长pH值为7, 最适生长温度为30°C, 在转速为50 r/min~250 r/min条件下, 其浓度随转速的增加而增大。     

日粮中添加鱼油后肉牛瘤胃细菌区系的变化

目的：研究肉牛日粮中添加2%鱼油后瘤胃细菌区系的变化。方法：分别于添加鱼油前后取瘤胃液提取总DNA,根据细菌通用引物27F/1492R扩增16S rDNA基因序列,分别构建2个16S rDNA基因文库;从每个文库中各随机挑取384个克隆,对阳性克隆用HhaⅠ进行限制性片段长度多态性（RFLP）分析、聚类,取各RFLP类群中的代表克隆进行16S rDNA序列测定,构建系统发育树,研究细菌区系多样性的变化。结果：添加鱼油前、后,文库的RFLP图谱分别可以分成74和41个RFLP类群;添加鱼油前后的优势菌群均为噬纤维菌-屈挠杆菌-拟杆菌（CFB）和低（G＋C）含量的革兰阳性菌（LGCGPB）,但添加鱼油后文库中LGCGPB比例降低,而且未检测到纤维菌门细菌;有50%～60%的测定序列与GenBank数据库中的序列相似性高于97%,90%以上为未培养的细菌;添加鱼油后瘤胃细菌的多样性减少。结论：日粮添加鱼油后CFB比例增高但多样性下降,LGCGPB、纤维杆菌比例下降,这一结果为调控瘤胃发酵提供了依据。     

一株嗜盐菌新种的分离与鉴定

从舟山册子岛船舶压载水泥样中分离到一株细菌S3-22,其与已知细菌的16S rDNA序列相似性低于97%,G+C mol%为54.9 mol%,主要脂肪酸iso-C17:1ω9c(24.99%),细胞醌型为甲基萘醌MK-5。革兰氏染色阴性,最适生长条件为30～37℃、pH7、3%NaCl。嗜盐,氧化酶、接触酶、淀粉酶、酯酶呈阳性,可还原硝酸盐。依据其16S rDNA序列相似性、系统发育学分析及细胞与分子水平的鉴定表明,该菌是Kordiimonas属的一个新种,菌株S3-22的16S rDNA序列登陆号为FJ847942。     

细菌分类与鉴定的新热点：16S—23S rDNA间区

随着分子生物学的迅速发展,细菌的分类鉴定亦从传统的表型分类进入到各种基因型分类水平、如（G＋C）mol%、DNA杂交、rDNA指纹图、质粒图谱和16S rDNA序列分析等。rRNA存在于所有细菌中,rRNA基因由保守区和可变区组成,在细菌中高度保守。rRNA基因包含5‘端到3‘端的若干种成分,分别是16S rDNA、间区、23S rDNA、间区和 5S rDNA。16S－23S rDNA间区近年来在细菌系统发育学,特别是相近种和菌 区分和鉴定方面倍受关注。作为细菌分类和鉴定中的一个热点,本文将就16S－23S rDNA间区的一些特性及其胡细菌分类鉴定方面的作用做一简要的介绍。     

中国和美国原始土壤中非高温泉古菌的发现和鉴定

近年来在非极端环境中已经发现有古菌(Archaea)的存在, 但在中国原始土壤中还未见报道。本研究的目的是调查古菌是否存在于两个分别取自中国新疆和广西的土壤及两个美国亚利桑那州南部地区的土壤中。我们分别构建了这四个原始土壤的古菌16S rDNA文库并对28个克隆的16S rDNA进行了鉴定。所有这些16S rDNA的序列都归类于古菌的泉古菌门(Crenarchaeota)。进化树分析表明, 这些泉古菌的16S rDNA属于非高温陆地环境中的泉古菌种群, 明显区别于海洋和淡水地带的泉古菌种群。这个泉古菌种群又有两个分支, 这两个分支在16S rDNA序列上和G C含量上有明显的区别。本研究在两个中国和两个美国原始土壤中鉴定了非高温泉古菌的存在, 由此证明泉古菌的存在范围不只局限于高温等极端环境。另外, 美国原始土壤中的泉古菌只属于一个进化分支, 这说明非高温泉古菌种群的类型和土壤的地理位置及土壤特性有关。     

一株新的耐辐射菌Deinococcus guangxiensis sp.nov.的分离鉴定及耐辐射特性分析

摘要：【目的】从广西大学辐射中心辐射源附近被常年辐射的水样中分离并鉴定出新的耐辐射菌株,并对其耐辐射特性进行研究。【方法】通过GBM培养基分离培养得到一株新的耐辐射菌株,命名为WGR700T。应用生理生化试验,脂肪酸含量,(G+C) mol％含量测定以及16S rRNA序列同源性分析等方法对菌株进行鉴定,同时对WGR700T的耐辐射特性进行分析。【结果】菌株WGR700T为革兰氏阴性,杆状,没有鞭毛,不能运动,厌氧并能产生红色素。最佳生长温度和PH分别为37℃和pH7.0,主要的呼吸醌是MK-8,细胞壁内还有鸟氨酸,主要脂肪酸为16:1ω7c, 16:0, 15:1ω6c, iso-15:0和 iso-17:0。G+C含量为64.7mol%。菌株WGR700T具有很强的UV(>728 J/m2)和电离辐射抗性(D10 = 9.8 kGy)。菌株WGR700T和奇异球菌属（Deinococcus）内其它菌种16S rRNA有很高的相似性（87.1-95.6%）。【结论】根据16S rRNA及生理生化特征区别,菌株WGR700T应是奇异球菌属的一个新种,命名为Deinococcus guangxiensis sp. nov. 模式菌株为WGR700T(= CGMCC1.7045T =CICC 10360T = JCM 15082T)。     

耐高温海藻糖合酶产生菌鉴定及生长特性研究

目的:从蒙古一处高温温泉水中分离产耐高温海藻糖合酶的嗜热菌株,并确定该菌株的分类学地位。方法:通过研究其形态特征、培养特征、生理生化特征和16S rDNA序列,根据《伯杰氏细菌鉴定手册》进行菌种分类鉴定,同时并对其生长特性进行初步研究。结果:筛选出的嗜热菌株SN02004-01具有芽孢杆菌的典型特征,其16S rDNA序列与GenBank中的Bacillus sp.E26311的亲缘关系最近,二者的16S rDNA序列相似性为99.9%;该菌的最适pH、最适生长温度分别为pH7.0、65℃。结论:极端环境(高温)中也存在具有产生耐高温海藻糖合酶的嗜热微生物。     

内蒙古碱湖中紫色非硫光合细菌的分离和鉴定

从内蒙古碱湖水样中分离得到一株紫色非硫光合细菌,命名为JH1-6.对该菌株进行了形态学观察、生理生化鉴定、活细胞吸收光谱以及16S rDNA序列分析.16S rDNA序列分析结果表明该菌株与沼泽红假单胞菌的16S rDNA序列同源性高达99%,结合形态特征和生理生化特性以及活细胞吸收光谱特征等,确定菌株JH1- 6在分类地位上属于沼泽红假单胞菌(Rhodopseudomonas palustris).     

一株对Monacolin K有转化作用菌株的鉴定

从1000多株放线菌中筛选出对Monacolin K有转化作用的菌株并对其进行初步鉴定。结果发现菌株ST2710的气丝交替或不规则分枝,不形成螺旋;可利用多种碳源;牛奶不凝固,不胨化;不利用纤维素,水解淀粉;通过对其细胞化学组分的分析,结果表明菌株ST2710细胞壁为Ⅳ型,糖型为A型,醌组分为MK-9(H4,H6),不含枝菌酸,G C含量为67.3%(摩尔比);将该菌株的16S rDNA序列与GenBank数据中已有序列进行比对,发现其序列与Amycolatopsis属菌株的16SrDNA序列相似性最高,达到99%以上。初步将菌株ST2710归类为Amycolatopsis sp.     

一株将甜菊苷转化为甜茶甙的细菌鉴定及转化特性

摘要：【目的】筛选一株对甜菊苷具有特异转化性能的细菌,并对该菌及转化产物进行鉴定,探讨转化酶及酶对甜菊苷的转化特性。【方法】通过16S rDNA序列分析,构建该菌系统进化树,结合菌体形态及菌落特征,确立该菌系统发育学地位。通过高效液相色谱（HPLC）及液质联用（LC－MS）法检测并鉴定转化产物。用菌液直接对甜菊苷进行转化以研究菌的转化能力。用静息细胞、胞外液和胞内液对甜菊糖分别转化法,确定转化酶与菌体的关系,并用该酶液进行转化特性研究。【结果】该菌株与黄杆菌属的16S rDNA序列相似性为99%,结合菌体     

一株新的胡萝卜软腐欧文氏菌的分离和鉴定

从大白菜软腐组织中分离出一株软腐病细菌BC1,经过形态观察、生理生化特性分析、致病性检测和16S rDNA序列分析,该分离物被鉴定为胡萝卜软腐欧文氏菌胡萝卜亚种（Erwinia carotovora subsp. carotovora, Ecc）的一个新菌株,编号为BC1。这是首次从16S rDNA序列水平上对在我国分布的软腐欧文氏菌进行鉴定。Ecc BC1的16S rDNA序列与其它软腐欧文氏菌株的16S rDNA序列之间同源性达987%～993%,而且在系统发育树中独立于Ecc其它菌株。序列分析结果表明,Ecc BC1具有至少2种不同的16S rDNA序列,它们都在第459位和473位（相对于大肠杆菌16S rDNA序列）发生碱基突变,同一基因中两个突变位点之间彼此互补,处于16S rRNA螺旋H17颈部,而且这两处碱基变异只存在于BC1菌株中。通过与其它软腐欧文氏菌亚种和菌株16S rDNA序列进行比对分析,还进一步鉴定出一些BC1菌株特异的16S rDNA碱基突变位点。本文报道的Ecc BC1两个16S rDNA序列在GenBank中的登录号分别为AY309068和AY309069。