系统发生分析发现牛病毒性腹泻病病毒新基因亚型

本研究对我国首次分离获得的牛源牛病毒性腹泻病毒(BVDV)毒株Changchun 184(CC-184)和猪源牛病毒 性腹泻病毒ZM-95进行了遗传衍化关系研究。选择主要抗原E2基因为研究对象,首先应用RT-PCR及套式PCR 克隆得到CC-184和ZM-95的E2片段,通过序列测定发现CC-184和ZM-95 E2基因长度分别为1,122bp和1, 125bp,各自编码374和375个氨基酸残基。核酸序列同源性比较和系统发生分析表明2株病毒均属于BVDV-1, CC-184与Osloss亲缘关系最近,都属于已有的b基因亚型,其E2基因同源性达91．8％。而ZM-95的E2基因有 一个特征性的变异区,包含一个密码子序列插入,这一变异区编码了一段有别于其他瘟病毒的五肽氨基酸序列 HYKKK。结果还表明ZM-95与BVDV-1现有的5个基因亚型的亲缘关系均较远,E2基因同源性最高(与Oregon c24v)只有72．4％。而BVDV-1亚型内毒株间的同源性大于85％,亚型间的同源性在69％～75％之间,充分说明 ZM-95是BVDV-1中一个新发现的基因亚型。通常认为猪源BVDV来源于牛,应该与牛源BVDV有十分近的遗 传关系,但是本研究发现ZM-95与其他已知牛源BVDV较低的基因同源性说明猪源BVDV还具有独立的遗传衍 化与传播来源的可能性。     

牛病毒性腹泻病毒基因组快速进化表现出来的遗传多样性

牛病毒性腹泻病毒（Bovine viral diarrhea virus, BVDV）基因组的高突变性和同源/异源重组性导致其成为一种较难防控的家畜病原体。目前普遍接受的两种基因型是BVDV-1和BVDV-2,其中基因1型含有21个亚型而基因2型含有4个亚型。在流行态势上,BVDV-1无论在遗传多样性还是分离毒株的数量上均高于BVDV-2。虽然BVDV-1和BVDV-2在基因组遗传特征上存在明显的遗传差异,但是其基因组内部特定区域在遗传进化上存在着密切关联。除了病毒基因组自身高变异的特性外,同源/异源RNA重组在BVDV遗传变异进程中也发挥着重要的作用。借助这些遗传进化的途径,BVDV在世界各地的流行传播可以用“随心所欲”来形容。BVDV的流行特征总体表现为基因1型的毒株为主要流行毒株,各基因亚型之间交替更迭并呈现遗传多样性。鉴于BVDV遗传进化的多变性和复杂性,紧密追踪主要流行基因亚型的更迭以及收集不同基因亚型的特征性遗传信息对于制定切实有效的BVDV防控措施具有实际意义。     

汉坦病毒汉滩型特殊新亚型的发现

应用RT－PCR扩增了皖南山区分离株AH09的M和S片段全基因,克隆于T载体,纯化后测定序列。结果AH09株M片段的全基因序列共3625个核苷酸,编码1135个氨基酸;S片段的全基因序列共1724个核苷酸,编码430个氨基酸。M和S片段全基因核苷酸和氨基酸与汉坦病毒各型株的代表株和HTN型毒株的同源性比较表明,AH09株分枝与HTN型接近,与其它各型病毒则相距较远,故确定为HTN型毒株,但AH09株与HTN型毒株的M和S片段全基因序列有差异,其差异分别高达23．6％和20．4％,经种系发生分析,AH09株是迄今为止所发现的HTN型病毒中差异最大的新基因亚型病毒株,AH09株病毒M片段的氨基酸与HTN型相差13．5％至14．8％,而S片段仅相差7％－8．1％,说明AH09毒株的变异主要发生在M片段。而ORF和3‘端的NCR区核苷酸序列分析比较说明,病毒的变异更主要集中在该片段的3‘端的NCR区。     

中国牛病毒性腹泻病毒JZ05-1分离株全基因测序及分析

牛病毒性腹泻病毒为瘟病毒属成员,呈世界性分布并在乳/肉牛业中造成严重经济损失。本研究利用MD-BK细胞增殖一株分离于我国吉林地区的牛源牛病毒性腹泻病毒JZ05-1毒株,观察发现其具有典型的致细胞病变效应。使用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)方法分别扩增覆盖基因组全长的八个片段并测序,拼接获得该病毒的全基因组序列长12285核苷酸(nt),GenBank登录号:GQ888686。该病毒基因组具有编码多聚蛋白的一个11694nt可读框,5'非翻译区(UTR)长387nt,3'非翻译区长204nt。分别分析BVDVJZ05-1的5'-UTR序列和全基因组序列,发现该病毒属于BVDV-2a亚型。BVDV-2型多数毒株之间的相似性约为96%,与JZ05-1全基因组序列相似性最高的加拿大p11Q毒株和中国XJ-04毒株的相似性为90%和91%。因此,JZ05-1全基因组序列与BVDV-2型其他毒株的全基因组序列具有较大差异。     

新基因从哪里来?(基因的发生、选择和进化)

《物种起源》问世时 ,曾有激烈争论。作者在第６版（１８７２）记载了“一位练达的自然学者仔细挑选了一些情况来证明自然选择不足以解释有用构造的初期阶段。现在我对他提出的这些情形已作了足够的讨论 ,或者已经讨论得过多了 ;并且我已指出 :如我所希望的 ,在这个问题上并没有什么大的难点。”读完全章（第７章） ,可以明白达尔文信心所在 :他是从极微细但已能从表象察觉的构造和功能起步 ,排出从简单到复杂、从低级到高级的梯阶 ,用自然选择贯串起来。以今天知识看 :这种极微细的表型必已有某个基因支持着。有基因在 ,自然选择是能够（一…     

H9N2亚型禽流感病毒NS1基因的进化分析

利用RT-PCR方法,扩增了1998～2005年间分离的9株H9N2亚型禽流感病毒的NS1基因,对其进行了序列测定和进化分析.序列分析表明,9株AIV NS1基因完整的阅读框均为654bp,编码217个氨基酸,其核苷酸和推导的氨基酸同源性分别为95.4%～99.8%和93.6%～100%;9株病毒的NS1蛋白的C端均有13个氨基酸的缺失;进化分析表明,9株AIV属于A群,且形成一个独立分支,在该分支中,只有Ck/HN/A3/98株属于Ck/HK/Y280/97-like亚类,且与Ck/BJ/8/98的进化关系最近,其余8株属于Ck/SH/F/98-like亚类,说明Ck/SH/F/98-like亚类的H9N2亚型AIV在中国大陆的鸡群中广泛存在.NS1基因的进化及其编码产物的特性分析,为AIV的毒力变异、致病机制、药物靶位点的设计及鉴别诊断的研究奠定了基础.     

山东地区16株H9N2亚型禽流感病毒HA基因的序列分析

为了解H9N2亚型禽流感病毒(AIV)山东分离株的遗传变异情况,采用RT-PCR技术对16株从山东不同地区分离的H9N2亚型禽流感病毒的HA基因进行扩增、克隆和测序,并对所获得的HA全序列进行同源性和遗传进化分析。结果显示,16个分离株的裂解位点均为RSSR↓GLF,符合低致病性禽流感病毒的分子特征;有7～9个潜在糖基化位点;受体结合位点除198位有变异,其他位点均较保守;234位氨基酸均为L,具有与哺乳动物唾液酸α,2-6受体结合的特征;16个分离株HA基因核苷酸及氨基酸序列同源性分别为96.3%～99.9%和97.1%～99.6%;16个分离株同属于欧亚分支中的A/Duck/Hong Kong/Y280/97亚群。     

鲤浮肿病毒Ⅱb基因亚型的鉴定

2018年6月,河南某鲤养殖场部分池塘暴发鲤急性烂鳃病疫情,发病水温25℃,死亡率为50％.从该养殖场分别采集发病鲤和无症状鲤共4个样品进行鱼体解剖、细菌和寄生虫检测、病理组织观察、PCR检测和系统进化分析.结果显示,发病鲤鱼体出血、头萎缩变形、吻端与鼻之间凹陷、头部骨骼不平整、体色发黑、鳃边发白坏死,肾脏肿大至鳔间隔;组织病理学检查可见鳃小片间隙及鳃小片顶端大量细胞增生,鳃丝呈棒状;病鱼体表和鳃中并未见任何寄生虫,细菌学检测也未分离到任何与鲤烂鳃病相关的病原菌;Real-time PCR和nested PCR方法从发病鲤和无症状鲤中检出鲤浮肿病毒(Carp edema virus,CEV)核酸阳性;基于CEV P4a的357 bp基因片段的遗传进化分析结果表明,本次试验检测到两种基因亚型CEV,从发病鲤中检出Ⅱa基因亚型CEV,从无症状鲤中检出Ⅱb基因亚型CEV,这是中国首次报道检出Ⅱb基因亚型CEV.     

湖南湖北两省H6亚型禽流感病毒表面基因的序列分析

2008年至2009年间,在湖南和湖北两省的活禽市场中分离到了14株H6亚型禽流感病毒,为了解这14株病毒之间的分子特征和差异,我们运用PCR和测序鉴定对这14株病毒的NA基因进行了分型,并对其表面基因HA和NA进行序列测定及序列分析.14株H6亚型病毒中,H6N2亚型12株,H6N6亚型2株.序列测定和进化分析结果显示:DK/HN/284的HA基因与其它13株的HA差异性较大,差异性达到19.4%～20.2%,其余13株毒同源性在94.2%～99.9%;N2亚型NA基因的同源性在91.1%～99.9%,差异性比较大;两株N6亚型NA基因同源性为89.5%,差异明显.这些数据表明:不同毒株呈现一定的地域性差异.与我国周边其它地区的H6亚型禽流感毒株序列进行比较发现,只有DK/HN/284的HA基因与香港早期的毒株可能有着共同的来源,其余都与香港和韩国等的毒株有着较大的差异性,并且各个毒株的HA基因上潜在的糖基化位点和受体结合位点也有所不同,这些数据表明,这些毒株表现出明显的异源性.     

猪流行性感冒病毒H3N2亚型体外诱导猪肺巨噬细胞发生凋亡

本文旨在探讨H3N2亚型猪流行性感冒病毒(SIV)引起机体免疫抑制的机制.用SIV分离株体外感染猪肺巨噬细胞(PAM),发现SIV可在PAM中进行生产性复制.感染后96 h,病毒的血凝效价达到64.琼脂糖凝胶电泳显示,感染细胞的DNA呈"梯样"图谱;流式细胞仪检测显示,细胞在感染后24 h出现明显的亚二倍体DNA峰,72 h凋亡细胞达25%.光学显微镜和电子显微镜下可见感染细胞的形态发生特征性改变,如细胞皱缩、细胞表面微绒毛消失、胞质内出现大量空泡、细胞核染色体发生浓缩等.结果提示,SIV可在体外诱导PAM凋亡,推测PAM凋亡可能是SIV引起机体免疫抑制的重要因素之一.     

抗草甘膦胶红酵母ZM-1 (Rhodotorula mucilaginosa ZM-1)

农药残留的传统处理方法主要采取化学法或焚烧、掩埋的方法.这些方法的缺点很明显,即副作用大、容易造成二次污染、成本较高、作用很慢等.生物修复主要是利用微生物及其产品来降解污染物,它具有无毒、无残留、成本较低等优点.迄今所分离的草甘膦降解菌株主要是一些细菌[1-5],但在同等数量情况下,耕作土壤中的真菌拥有比细菌更高的生物量,应用真菌于草甘膦等除草剂的生物修复已成为一个新的研究方向.     

在我国发现普马拉病毒新亚型

对我国东北地区捕获的157份棕背鼠平的肺组织进行普马拉病毒检测.其中免疫荧光检测出阳性标本1份,PCR检测出核苷酸阳性标本7份.对PCR产物进行测序后发现,其核苷酸的序列与报道的普马拉病毒核苷酸序列存在着差异.系统进化分析表明,我国发现的这株普马拉病毒,在进化树上形成了一个新的分支,为一新亚型.并且与在韩国和日本发现的普马拉病毒亲缘关系最为接近.     

CRF01-AE亚型人类免疫缺陷病毒的基因序列特征研究

从确诊的HIV-1感染者的全血样本中提取基因组DNA,经套式聚合酶链反应(PCR)扩增其gag蛋白P17/P24交界区基因片断后,将扩增产物进行纯化和测序,分析其氨基酸序列。进而了解所检出的病毒基因变异和分子流行病学特征。结果发现,HIV-1 CRF01-AE亚型病毒分别与3株不同来源的国际参考毒株具有紧密的亲缘关系,表明这些毒株可能分别由不同的传播路线进入我国大陆境内。     

Isolation and Characterization of a Novel Human Radiosusceptibility Gene, NP95

The murine nuclear protein Np95 has been shown to underlie resistance to ionizing radiation and other DNA insults or replication arrests in embryonic stem (ES) cells. Using the databases for expressed sequenced tags and a two-step PCR procedure, we isolated human NP95, the full-length human homologue of the murine Np95 cDNA, which consists of 4,327 bp with a single open reading frame (ORF) encoding a polypeptide of 793 amino acids and 73.3% homology to Np95. The ORF of human NP95 cDNA is identical to the UHRF1 (ubiquitin-like protein containing PHD and RING domain 1). The NP95 gene, assigned to 19p13.3, consists of 18 exons, spanning 60 kb. Several stable transformants from HEK293 and WI-38 cells that had been transfected with the antisense NP95 cDNA were, like the murine Np95-knockout ES cells, more sensitive to X rays, UV light and hydroxyurea than the corresponding parental cells. In HEK293 cells, the lack of NP95 did not affect the activities of topoisomerase IIalpha, whose expression had been demonstrated to be regulated by the inverted CCAAT box binding protein of 90 kDa (ICBP90) that closely resembles NP95 in amino acid sequence and in cDNA but differs greatly in genomic organization. These findings collectively indicate that the human NP95 gene is the functional orthologue of the murine Np95 gene.     

A Galanin Receptor Subtype 1 Specific Agonist

The chimeric peptide M617, galanin(1–13)-Gln¹⁴-bradykinin(2–9)amide, is a novel galanin receptor ligand with increased subtype specificity for GalR1 and agonistic activity in cultured cells as well as in vivo. Displacement studies on cell membranes expressing hGalR1 or hGalR2 show the presence of a high affinity binding site for M617 on GalR1 (K_i=0.23±.12 nM) while lower affinity was seen towards GalR2 (K_i=5.71±1.28 nM) resulting in 25-fold specificity for GalR1. Activation of GalR1 upon stimulation with M617 is further confirmed by internalization of a GalR1-EGFP conjugate. Intracellular signaling studies show the ability of M617 to inhibit forskolin stimulated cAMP formation with 57% and to produce a 5-fold increase in inositol phosphate (IP) accumulation. Agonistic effects on signal transduction are shown on both receptors studied after treatment with M617 in the presence of galanin. In noradrenergic locus coeruleus neurons, M617 induces an outward current even in the presence of TTX plus Ca²⁺, high Mg²⁺, suggesting a postsynaptic effect. Intracerebroventricular (i.c.v.) administration of M617 dose-dependently stimulates food uptake in rats while, in contrast, M35 completely fails to affect the feeding behavior. Spinal cord flexor reflex is facilitated by intrathecal (i.t.) administration of M617 as well as galanin with no significant change upon pre-treatment with M617. M617 dose dependently antagonizes the spinal cord hyperexcitablility induced by C-fiber conditioning stimulus and does neither enhance nor antagonize the effect of galanin. These data demonstrate a novel galanin receptor ligand with subtype specificity for GalR1 and agonistic activity, both in vitro and in vivo.     

我国河南、陕西两省献血感染者HIV-1 B亚型毒株gag基因变异研究

从河南和陕西既往献血感染的109份HIV-1阳性血浆样本中提取病毒RNA,扩增并测定其gag全长基因序列。按照采样时间对序列进行分组并利用Entropy软件分析不同组别的氨基酸序列差异。结果表明,2004年、2005年的序列与2002年的序列比较,分别存在8个和13个氨基酸组成有统计学意义的位点,其中有5个位点在两组比较中同时出现。存在差异的16个氨基酸位点中,10个位点的氨基酸分布呈现多态性增加的趋势,其中8个位点被我国人群主要HLA递呈的CTL表位覆盖;6个位点的氨基酸分布呈现多态性减少的趋势,这些位点均位于Gag蛋白重要的功能区内。