利用RAPD和ISSR分子标记分析地黄种质遗传多样性

用RAPD与ISSR技术对地黄的8个品种和2个脱毒品系进行了种质遗传多样性分析.分别从80条RAPD引物和44条ISSR引物中筛选出适合地黄种质分析的17条RAPD引物和10条ISSR引物用于RAPD和ISSR分析.17条RAPD引物共扩增出177条带, 多态性位点数为109; 多态性位点比率为61.58%;平均多样性指数(I)为0.3135;每个位点的有效等位基因数(Ne)是1.3641; 10条ISSR引物共扩增出110条带. 多态性位点数为79; 多态性位点比率为71.58%;平均多样性指数(I)为0.3577;每个位点的有效等位基因数(Ne)是1.4037. 基于扩增条带数据库建立了各自的Jaccard遗传相关系数矩阵,构建了相似的分子树状图,将10个供试材料分为2类:一类群含组培85.5、大田85.5、组培9302、大田9302、金状元和金白6个材料;另一类群含北京1号、大红袍、地黄9104和野生地黄4个材料.两种分子标记的分析结果呈极显著正相关(r＝0.649).结果表明,RAPD与ISSR标记适合于地黄种质遗传多样性分析,ISSR标记技术是一种多态性和重复性优于RAPD技术的实用技术.     

苦瓜种质遗传多样性的RAPD和ISSR分析

采用RAPD和ISSR分子标记技术对38份苦瓜种质进行遗传多样性分析。结果表明:10个RAPD和10个ISSR引物分别扩增出93条和81条带,多态性比率分别为50.54%和61.29%;RAPD和ISSR标记检测供试材料的遗传相似性系数(GS)范围,分别为0.287~1和0.221~1,ISSR(平均GS值0.672)检测多态性效果高于RAPD(平均GS值0.694)。RAPD标记聚类分析将供试种质分为3个类群6组,分类结果与苦瓜瓜瘤的表型分类比较相似;ISSR标记聚类分析将供试种质分为3个类群7组,ISSR标记划分类群与形态上以颜色分类比较接近。RAPD和ISSR标记的遗传相似性系数呈显著相关(r=0.550)。两个标记整合后聚类分析可检测到更大的遗传变异,结果与苦瓜的农艺性状分类和地理分布有一定的相关性。     

利用RAPD标记评价小豆种质遗传多样性

本研究利用10个RAPD引物对180份小豆种质的基因组DNA进行扩增,共扩增出44条带,其中35条具有多态性,比例为79．5％,平均每个引物扩增出3．5条多态性带;平均遗传距离为0．274,变异幅度为0．05－0．60,平均遗传多样性指数为0．692;基于RAPD标记,把180份小豆种质聚类划分为4个组群,该组群的划分与小豆的生态地域性似乎不存在明显的相关性。     

RAPD和ISSR分子标记对果蔗种质资源的遗传多样性研究

利用RAPD与ISSR分子标记技术对40份不同地方果蔗种质的遗传多样性进行分析。从供试材料中筛选到具有多态性的RAPD引物23条,ISSR引物28条。23条RAPD引物共扩增出250条带,多态性条带比率为70%,相似系数变化范围在0.68-1.00之间;28条ISSR引物共扩增出301条带,多态性条带比率为77.1%,相似系数变化范围在0.66-1.00之间。根据两种标记的结果,用UPGMA法对40份果蔗种质材料进行聚类分析,结果表明,RAPD和ISSR均将40份果蔗种质分为4类:第Ⅰ类为32份地方果蔗品种,包括福建、江西、浙江、广西、云南等地的品种;第Ⅱ类为外引黑皮果蔗Badila和丰城紫皮果蔗;第Ⅲ类为杂交种白鳝、歪干担、肚度、温岭果蔗以及人工杂交选育的果蔗品种474;第Ⅳ类只有广东的黄皮果蔗。这两种标记的聚类结果相关分析表明,它们存在呈极显著相关(r=0.9746)。但ISSR标记比RAPD标记可检测到更大的遗传变异。     

橄榄ISSR和RAPD遗传多样性分析和核心种质构建

为揭示中国橄榄(Canarium album)种质资源的遗传多样性,采用ISSR和RAPD标记对橄榄主要分布区的86份种质资源进行遗传多样性分析并构建核心种质。结果表明,基于UPGMA遗传相似系数,86份种质资源可分为3个大类;基于STRUCTURE模型聚类,可分为4个类群,这基本符合橄榄的地域性分布规律。采用ISSR和RAPD获得的中国橄榄种质资源的整体遗传多样性水平分别为0.284±0.169和0.244±0.163,多态性位点百分率分别为92.56%和100%,总遗传分化系数分别为0.127和0.142,基因流分别为3.423和3.025,群体间遗传相似系数分别为0.930和0.939,个体间遗传相似系数分别为0.736和0.732。因此,中国橄榄种质资源丰富的遗传多样性主要来源于个体间的遗传分化或变异,且这种遗传多样性存在明显的地域性差异。     

橡胶树种质资源遗传多样性研究——Ⅰ．速生种质遗传多样性RAPD分析

应用RAPD技术对8份野生种质和12份栽培种质进行遗传多样性分析,筛选到18个具有多态性扩增的引物．共扩增出128条带。据Nei-Li相似系数将20份材料分别聚为野生种质和栽培种质两大类。5个野生种质聚为野生种质类群,12个栽培种质和3个野生种质聚为栽培种质类群。研究结果表明,RAPD技术用于橡胶树种质资源研究,能够为野生种质优良特性导入栽培种质提供分子水平的参考依据。     

云南黑籽南瓜种质遗传多样性的RAPD和ISSR分析

摘要: 采用RAPD和ISSR分子标记技术对来源于云南省6个地州13份的黑籽南瓜种质进行遗传多样性分析。结果表明：6个RAPD和6个ISSR引物分别扩增出43条和41条带,多态性比率分别为90.70%和51.21%;RAPD和ISSR标记检测供试材的遗传相似性系数(Gs)范围,分别为0.340-0.895和0.162-0.941,ISSR(平均GS值0.698)检测多态性效果高于RAPD(平均GS值0.481)。RAPD标记聚类分析将供试种质分为3个类群5组;ISSR标记聚类分析将供试种质分为4个类群6组,RAPD和ISSR标记的遗传相似性系数呈显著相关(r=0.536)。基于UPGMA聚类结果,可为黑籽南瓜的引种栽培或品种改良提供参考。     

65份野生油茶种质遗传多样性的ISSR和RAPD标记分析

利用ISSR和RAPD标记,对名邛台地野生油茶种质进行遗传多样性分析。从60条简单重复序列引物中筛选出16条引物,在65份样品中共扩增出213条带,其中多态位点为203个,多态位点百分率为95.31%;从30条寡居核苷酸引物中筛选出8条引物,共扩增出105条带,其中多态性位点94个,多态位点百分率为89.52%。结果表明:名邛台地野生油茶种质具有较丰富的遗传多样性,ISSR和RAPD标记可以应用于油茶种质遗传多样性分析。     

用RAPD和ISSR检测的橡胶树野生种质和栽培品种的遗传多样性

用19个RAPD引物和12个ISSR引物对14份野牛橡胶树种质和我国的37份栽培品种进行了遗传多样性分析。RAPD引物共产生132条带,多态性带占88．6％,相似系数变化范围在0．432—0．947。ISSR引物其产生101条带,多态性带占87．1％,相似系数为0．505—0．941。平均基因杂合度分析表明野生种质比栽培品种具有较高的遗传多样性。根据UPGMA法对51份材料进行聚类分析,结果表明,ISSR分析中所有材料可分为2类：第一类为野生种质,第二类为栽培品种：而RAPD分析中野牛种质和栽培品种不能被分为明显的两人类。虽然ISSR和RAPD的聚类分析结果存在差异,但对两种方法进行的相关分析表明,他们之间仍存在极显著相关性,相关系数为0．574。品种PR107、热研217等一些栽培品种可以通过特异带在51份供试材料中被区分开。这些结果可以对橡胶树的育种上作起到一定的指导作用,同时RAPD和ISSR技术也是进行橡胶树品种鉴定和遗传多样性研究的有效手段。     

利用RAPD标记分析大麦种质资源的遗传多样性

利用RAPD标记对19份西藏近缘野生大麦材料、33份我国不同省市的地方品种以及8份国外引进大麦品种共60份大麦种质资源的遗传多样性进行检测.结果表明材料间遗传差异明显.32个RAPD引物中,有25个引物(占78.13%)可扩增出清晰且具多态性的条带,另外7个引物能扩增出1～3条清晰但无多态性的条带.每个引物可扩增出1～8条多态性带,平均为3.72条.32个引物共产生119条DNA片段,其中87条具有多态性,多态性比率(PPB)为73.11%,平均多态信息量(PIC)为0.434;每个位点平均有效等位基因数(Ne)为2.304;材料间遗传相似系数GS变化范围为0.757～0.981,平均值为0.871.19份来源于西藏的近缘野生大麦材料间GS值变幅为0.818～0.969,平均为0.892;33份我国栽培大麦地方品种间的GS值变化范围为0.783～0.981,平均为0.879;8份分别来自8个国家的栽培大麦品种间的GS值变幅为0.820～0.956,平均为0.882.根据RAPD标记分析的结果,对60份大麦种质资源进行聚类分析,在平均GS值0.871水平上60份大麦材料可聚为5类,聚类结果能在一定程度上反应材料的地理分布关系,但某些相同地理来源的材料也较分散地分布在整个聚类树中.本研究从分子水平上进一步证明了我国栽培大麦丰富的遗传多样性,是世界栽培大麦的遗传多样性中心之一.     

采用RAPD和ISSR标记探讨中国疣粒野生稻的遗传多样性

用随机扩增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）和ｉｎｔｅｒ－简单重复序列（ＩＳＳＲ０标记对分别来自中国海南和云南２０个居群的疣料野生稻（Ｏｒｙａｚ ｇｒａｎｕｌａｔａ （Ｎｅｅｓ ｅｔ Ａｒｎ． ｅｘ Ｗａｔｔ．））混合样品,以及海南（Ｍ５）和云南（Ｍ２７）２个居群各２０个植株的遗传多生进行了检测。在混合取样的居群中,２０个ＲＡＰＤ引物和１２个ＩＳＳＲ引物分别扩增出２０９个１２２条带,多态条带比率９ＰＰＢ）分别     

采用RAPD和ISSR标记探讨中国疣粒野生稻的遗传多样性

Random amplified polymorphic DNA (RAPD) and inter-simple sequence repeat (ISSR) methods were applied to detect genetic variation of 20 bulking samples and two individually sampled populations of Oryza granulata (Nees et Arn. ex Watt.) from China (M5 from Hainan Province and M27 from Yunnan Province). For the bulking sampled populations, 20 RAPD and 12 ISSR primers generated 209 and 122 bands, of which 134 (64.11%) and 89 (72.95%) were polymorphic respectively. For population M5, 146 and 95 bands were generated with 21.48% and 34.78% being polymorphic (PPB). For population M27, 151 (PPB = 17.22%) and 94 (PPB = 19.15%) bands of RAPD and ISSR were obtained. The results indicated that the level of genetic variation of O． granulata was lower than other species detected in the genus Oryza. UPGMA cluster based on genetic similarity and principle component analyses (PCA) based on band patterns divided the populations into two groups corresponding to their sources, which revealed that the majority of genetic variation of O. granulata occurred between Hainan and Yunnan. Consequently, more populations of the species should be considered for a reasonable conservation management. Comparison between the two marker systems showed that ISSR was better than RAPD in terms of reproducibility and ability of detecting genetic polymorphism. Mantel test revealed that the goodness of fit between them was significant (r=0.917, t=12.718) when detecting genetic diversity at species level, but was poor at population level (r<0.200). The discrepancy was considered as the facts that different fragments were targeted by RAPD and ISSR, and that evolutionary process of O. granulata varied at different hierarchical levels.     

利用RAPD和ISSR标记分析青麻种质遗传多样性

利用RAPD和ISSR分子标记检测来自全国11个省(市)的48份青麻种质资源的遗传多样性,为青麻资源利用和育种提供分子生物学依据.在48份青麻种质资源中,17条RAPD引物扩增出191条带,多态条带比率为87.43%;9条ISSR引物扩增出82条带,多态条带比率为88.89%,扩增产物片段大小都在0.1～3.0kb之间.两种分子标记的结果呈显著正相关(r=0.80).基于UPGMA聚类,野生种和栽培种各自聚为相应的类别.     

鸭茅种质资源遗传多样性的ISSR研究

采用ISSR分子标记技术对来自国内及亚洲、欧洲、美洲9个国家共50份鸭茅品种(系)进行遗传多样性研究。12个引物共扩增出多态性带101条, 平均每个引物扩增的多态带数为8.41条, 多态性条带比率(PPB)为86.3%, 材料间遗传相似系数范围在0.6116到0.9290间。这说明鸭茅具有较丰富的遗传多样性。根据研究结果进行了聚类分析和主成分分析, 可将50份鸭茅材料分为5大类, 来自于相同洲的鸭茅能聚在一类, 中国和美国的鸭茅品种(系)能分别聚在同一类, 呈现出一定的地域性分布规律。并对鸭茅种质资源的收集保存提出建议。     

辣椒种质遗传多样性的RAPD和ISSR及其表型数据分析

用RAPDI、SSR分子标记及28个表型性状数据对辣椒属5个栽培种的13份材料进行了分析,结果表明:23条RAPD引物共扩增出209条带,平均每个引物扩增出9.09条,多态性位点比率为83.73%;16条ISSR引物共扩增出94条带,平均每个引物扩增出5.88条,多态性位点比率为79.79%.与RAPD相比,ISSR标记检测到的有效等位基因数(Ne)及Shannon多样性指数(I)、遗传离散度(Ht)和遗传分化系数(Gst)等遗传多样性参数都较大,多态性位点比例在亲缘关系较近的一年生辣椒(Capsicum annuum)种内较高,说明ISSR有更高的多态性检测效率,并且适合亲缘关系较近的种群间遗传多样性分析.基于RAPDI、SSR的聚类与基于表型数据的聚类之间存在极显著正相关,且都能将C.annuum与其它栽培种区分开来.     

早熟禾品种间遗传多样性分析

草地早熟禾（Poa pratensis L.）是一种重要的冷季型草坪草,抗逆性强,适应性广,株型低矮,绿色期长,并且在良好的管理条件下,特别适合用作运动场草坪。近几年来在我国的园林绿化和建植运动场中得到了广泛的应用,现在已经引进的品种多达上百种。选用28个随机引物对15个草地早熟禾品种和1个加拿大早熟禾品种进行RAPD分析,25个引物共扩增出218条带,多态条带比率为89.91％。并且对每个品种的几项坪用特性进行了观察。聚类分析结果表明草地早熟禾品种之间的遗传多样性较低, 相似性集中在60.76％～98.52％。加拿大早熟禾的一个品种单成一支,与其他草地早熟禾的品种相似性较低。品种之间的聚类关系与表型特征呈现不完全相关性。     

云南普通野生稻遗传多样性和亲缘关系

野生稻（Oryza rufipogon）是稻属的重要组成部分,具有许多优良性状,是水稻遗传改良的天然基因库。本研究通过对形态学性状的观测,及ISSR和RAPDUPGMA聚类分析,将云南普通野生稻划分为4个类型,即元江类型、景洪紫杆直立型、景洪绿杆直立型和景洪匍匐型。在供试材料中筛选到具有多态性的ISSR和RAPD引物各11个,ISSR引物扩增出多态带113条,多态性条带比率（PPB）为82．26％,RAPD引物共扩增出多态性条带76条,PPB值为76．77％,两种分子标记的分析结果呈极显著正相关（r=0.951）。此外UPGMA聚类结果表明,云南普通野生稻不同类型与其它地区普通野生稻之间的遗传亲缘关系差异明显。     

内蒙古小花棘豆遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR分子标记对内蒙古西部地区小花棘豆（Oxytropis glabra DC.）6个地理种群进行了遗传多样性研究.结果表明：小花棘豆具有较高的遗传多样性;14个引物共扩增出327个位点,物种水平上Nei＇s基因多样性指数为0.1972,Shannon多样性指数为0.3287;种内总基因多样性为0.1976,种群内基因多样性为0.1653,83.67%的遗传变异存在于种群内,16.33%的遗传变异存在于种群间,种群间的遗传分化系数为0.1633,基因流为2.5613,6个种群间有一定遗传分化,但遗传漂变不会引起遗传分化.UPGMA遗传距离聚类结果表明,生态地理条件相似的种群优先聚集.