降低mRNA差异显示技术假阳性率的一种方法

为了探讨降低mRNA差异显示技术假阳性率的方法 ,进一步提高此技术的可靠性 ,提取了手术切除肝癌及非癌肝组织成对标本的总RNA ,逆转录获得cDNA片段 ,以mRNA差异显示方法筛选差异表达基因 ,选取较明显的一条差异表达条带 ,行进一步PCR扩增 .分别对PCR产物及其经TA克隆后随机挑选的 6个单克隆质粒DNA进行序列分析 ,并通过GenBank BLAST数据库进行序列的同源性比较 ,以Northern杂交予以来源确认 .自 72 0余条扩增条带中共选出 2 8条差异条带 .序列分析及同源性比较表明 ,所选择条带的PCR产物为一可能的新基因片段 ;而随机选择的 6个TA克隆质粒DNA中 ,有 4个为同一已知基因片段 ,一个为另一已知基因片段 ,一个为一可能的新基因片段 .同源性比较表明 ,PCR产物直接测序所得序列与TA克隆质粒DNA的 6个片段不具同源性 .结果表明 ,mRNA差异显示条带可能由 1条以上分子量相似的片段构成 ,直接对PCR产物行序列分析并以其为探针进行Northern杂交 ,是导致出现假阳性片段的原因之一 .将PCR产物进行TA克隆 ,对单克隆质粒DNA进行序列分析并以其为探针进行Northern杂交 ,可能是解决此问题的一种较好方法 .     

SHR与WKY大鼠肾脏组织基因表达差异分析

为了观察SHR与WKY大鼠肾脏组织的基因表达的差异,用T11G、AP6引物对12周龄的SHR与WKY大鼠肾脏mRNA进行了差异显示,得到了一条在SHR大鼠肾脏组织中高表达的差异显示条带,进一步分析证明这一差异显示条带含有170 bp,与GenBank 收录的已知的核苷酸序列的同源性低于80%,可能为未知基因的cDNA片段,并定位于SHR大鼠的肾小管上皮细胞内.     

小麦光温敏核雄性不育相关基因的G-box家族引物差式分析

用G-box家族引物对小麦光温敏核雄性不育系农大3338在可育与不育光温条件下进行mRNA差异显示,结果表明,在育性转换时期,这两种条件下的基因表达存在显著差异。回收了12个质的差异片段并进行反Northern印迹杂交验证,然后对5个阳性克隆片段HT1-G10、HT1-G3、HT2-G2、HT1-G4和HT2-G5进行了测序,同源比较显示：HT1-G10与小麦（Triticum aestivum）叶绿体基因rbcL和atpB的部分序列高度同源（96％）;HT1-G3与小麦（Triticum aestivum）组蛋白H2A基因高度同源（88％）;另3个片段为新基因片段。对这些基因片段的分析为揭示光温敏核雄性不育的发育机理提供了一些有效证据。     

差异显示法分离水稻抗稻瘟病相关基因

采用mRNA差异显示技术,分析水稻稻瘟病抗源材料“地谷”叶片受稻瘟病菌侵染前后的基因的表达差异,获得87个差异片段。对这87个差异片段进行了回收、重扩增与克隆,并对其中的81个片段进行了杂交鉴定。斑点杂交结果证实其中6个片段受稻瘟病菌诱导表达。进一步克隆测序并进行数据库比对分析表明其中一个与水稻4号染色体中一推测的苹果酸合成酶高度同源,一个与水稻11号染色体上的RPR1基因高度同源,RPR1基因具有保守的NBS-LRR结构,并与水稻防卫反应的信号传导有关;另一个与水稻第6号染色体上一推测的硫氧还蛋白高度同源,其余3个为新的cDNA片段。     

用RDA技术寻找肝再生相关基因的初步研究

利用表达性差异显示分析 (RDA)技术 ,研究大鼠 2 /3肝部分切除后 1h肝组织中基因的选择性表达 ,建立了大鼠 2 /3肝部分切除术后 1h再生肝组织选择性表达基因EST库。该库约含 3× 10 4 个独立克隆 ,其中 95 %以上的克隆含有插入片段 ,长度约 2 0 0～ 70 0bp不等 ,对随机挑出的 5 2个克隆的序列分析表明其中大多数基因与肝再生调控相关 (38/5 2 )。 10株未报道序列经RNA杂交证实 ,其中 6株与肝再生相关。     

封面图片说明

正切片荧光原位杂交显示淡水涡虫(planarian)的干细胞及其分化细胞在组织内的定位及分布。涡虫具有无限再生能力,其身体任意片段损伤后都能再生出完整的涡虫。涡虫再生依赖于其体内存在的干细胞类群,图中显示的涡虫干细胞(红色标记,piwi-1)在干细胞水平上具有再生出整个涡虫其他类型体细胞的能力,比如其表皮系统的前体(洋红)及终末分化的表皮细     

用改进的DDRT-PCR技术进行人胚差异基因筛选

介绍一种从不同类型细胞或不同生长状态细胞中分离差异表达基因的快速高效mRNA差异显示技术,其特点是利用Ready-To-Go RT-PCR反应珠和Ready-To-Go RAPD分析珠进行mRNA差异显示分析,使取样步骤降至最低程度,减少了潜在的取样误差和外源DNA污染,并确保每次反应的高度重复性.通过银染测序胶分析差异显示的cDNA带,便于DNA回收和进一步克隆.用此方法分析人胚发育早期不同阶段基因的差异表达,选用6条随机引物对3、4和5周龄人胚进行mRNA差异显示分析,从2 000多条带中共分离出14个差异产物,经二次扩增及反向RNA印迹确证其中6个片段为发育不同阶段差异表达基因.     

冰冻组织切片RT—PCR法快速检测组织内的mRNA

本文设计了大鼠β-肌动蛋白基因的一对 引物,用冰冻组织切片RT-PCR方法,检测了鼠肝、肾该基因的mRNA,结果能够扩增该基因的cDNA片段和基因组片段。用这种新的方法进行RT-PCR检测组织的mRNA,快速、简单,同时也能够避免组织RNA的降解、污染。该方法也能直接PCR检测基因组的DNA片段。     

壳寡糖诱导的烟草SKP1基因表达

壳寡糖是一种高效的植物抗性诱导剂,应用mRNA差异显示技术从经过壳寡糖诱导的枯斑三生烟草叶片中分离到了编号为5、31、37和46的4个基因片段.4个基因片段与本塞姆氏烟草(Nicotiana benthamiana)SKP1基因的mRNA同源性都达到82%,据此推断这4个片段是感病烟草品种枯斑三生烟草的SKP1基因.质粒双酶切及反向Northern分析结果表明,该基因表达在壳寡糖诱导下增强.由于SKP1基因与植物的抗病毒病相关,从而在mRNA水平上验证了壳寡糖的诱导抗性效应.     

家蝇幼虫差异表达基因的克隆筛选与分析

目的是利用mRNA差异显示(DDRT-PCR)技术对诱导后家蝇幼虫差异表达基因进行克隆分析。取诱导和未诱导家蝇(Musca domestica vicina)三龄幼虫总RNA进行mRNA差异显示反应,产物经6％非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳展开,银染分析后,回收差异显示条带。随机选取4条诱导家蝇三龄幼虫中上调表达的基因条带,进行Northern杂交验证,有2条被验证为真实带,命名为YD1和YD2。对这2条基因片段进行T-A克隆和测序,长度分别为495bp和265bp,登录NCBI运用Blastn程序进行同源性比较,发现两者与任何已知基因同源性都低于70％,提示为两个未报道的新基因,在家蝇免疫反应中可能起着一定的作用。