SARS病原体特征与临床实验室诊断

SARS的全球性流行带来了严重的公共卫生问题和社会经济问题。目前,在SARS病原体鉴定、基因组结构和序列变异、SARS流行特征和实验室诊断等方面获得了很大的进展。现已证实SARS的病原体为SARS冠状病毒。SARS冠状病毒是一种与原来已知冠状病毒在某些方面类似、但又独具特征的新型冠状病毒,该病毒的起源可能源于野生动物。多个SARS冠状病毒的全基因组核酸序列测定现已完成,在SARS冠状病毒的实验室诊断方面,现已有了免疫学方法检查抗体和分子生物学方法检查病毒RNA。直接检测病毒抗原和定量检测病毒多靶点基因是今后的发展方向。     

荧光定量RT-PCR技术快速检测SARS病毒核酸

建立以特异性荧光探针为特点的TaqMan荧光定量RTPCR方法用于检测严重急性呼吸道综合症病毒(severeacuterespiratorysyndromeassociatecoronavirus,SARSCoV)核酸。筛选针对SARS病毒基因保守区域设计的引物与TaqMan探针,并对荧光定量RTPCR反应体系与反应条件进行优化,验证本方法的特异性、敏感度与重复性。实验结果表明:本方法对SARS病毒核酸的检测具有高度特异性,与甲1型、甲3型、乙型流感病毒、禽流感病毒H5N1、麻疹及其他呼吸道病毒均无交叉反应;检测灵敏度达0.1TCID50;从病毒核酸提取至检测完成仅需3h左右,且操作简便,重复性好。本研究建立的TaqMan荧光定量RTPCR方法特异、敏感、快速,适合于临床实验室进行SARS病毒的早期快速检测。     

荧光定量RT-PCR技术快速检测SARS病毒核酸

建立以特异性荧光探针为特点的TaqMan荧光定量RT-PCR方法用于检测严重急性呼吸道综合症病毒(severe acute respiratory syndrome -associate coronavirus,SARS-CoV)核酸.筛选针对SARS病毒基因保守区域设计的引物与TaqMan探针,并对荧光定量RT-PCR反应体系与反应条件进行优化,验证本方法的特异性、敏感度与重复性. 实验结果表明本方法对SARS病毒核酸的检测具有高度特异性,与甲1型、甲3型、乙型流感病毒、禽流感病毒H5N1、麻疹及其他呼吸道病毒均无交叉反应;检测灵敏度达0.1TCID50;从病毒核酸提取至检测完成仅需3h左右,且操作简便,重复性好.本研究建立的TaqMan荧光定量RT-PCR方法特异、敏感、快速,适合于临床实验室进行SARS病毒的早期快速检测.     

检测人血清中SARS冠状病毒IgG抗体的ELISA方法建立及其应用

为了建立方便、敏感和特异的SARS病毒血清学诊断方法,利用PQE30表达系统在大肠杆菌M15中分段高效表达了SARS病毒N蛋白.通过金属鏊合亲和层析纯化了目的蛋白N-1和N-2,Western blot结果显示,两个表达蛋白均具有较好的抗原性.然后将N-1和N-2蛋白共同包被,建立了检测人血清中SARS病毒IgG抗体的间接ELISA法.用此方法检测120例临床诊断为SARS的病人和244个不同年龄组正常人血清IgG抗体,结果120例SARS病人的第一份血清IgG抗体总阳性率为60.0%,发病第0～7、8～10、11～14、15～27和28天后的血清中,SARS病毒IgG抗体阳性率分别为0、11.1%、60.0%、60.5%和70.3%;而244份正常人血清检测结果均为阴性,包括100份14岁以下儿童血清也未发现假阳性.结果表明,利用大肠杆菌表达的N蛋白完全能够替代全病毒灭活抗原,所建立的间接ELISA方法简单,价格低廉,能保证生物安全,对SARS可疑病例的确诊和排除具有重要的实际应用价值,可用于SARS高危人群的血清流行病学监测,SARS疫情的控制和预防,以及SARS病毒蛋白功能的研究.     

毛细管电泳分子信标技术与SARS病毒的实验室检测

随着非典型肺炎的病原体SARS病毒的发现,为研究者提出了一个新的课题---如何有效地进行SARS病毒的实验室早期诊断。为此,各种检测方法应运而生,对SARS病毒的现有检测方法进行综述,并对毛细管电泳分子信标技术的原理,及在SARS病毒检测中的优势进行简单叙述。     

中科院完成SARS病毒重要蛋白基因克隆和表达

中国科学院上海生命科学院日前宣布 ,药物所、生化与细胞所的科学家已实现对 SARS病毒 6种主要蛋白基因的克隆 ,并完成其中 3个关键蛋白的表达 ,1种蛋白已开始应用于抗 SARS病毒药物的体外筛选。有关这些工作的学术论文已被 SCI期刊《中国药理学报》接受。这些工作标志着我国科学家在认识和征服 SARS病毒的道路上取得重要进展 ,对 SARS病毒的生物学功能研究 ,特别是对研制抗 SARS病毒疫苗和药物 ,以及 SARS病原学研究都将产生重大推进作用。在 SARS病毒对人体构成感染的过程中起重要作用的蛋白质已被发现有 6种 :E蛋白、S蛋白…     

SARS病毒:非典型肺炎相关病毒

SARS是目前在世界范围内流行的严重呼吸系统疾病。SARS病毒是有包膜的正链RNA病毒,属冠状病毒科,为新近分离鉴定的该疾病相关病原体。初步预测该病毒的复制周期与其他冠状病毒类似,但其细胞膜受体结合蛋白S的S1区、M跨膜糖蛋白等部分则存在较大的变异,可能是该病毒发生宿主改变的原因之一。此外,对SARS病毒的检测、临床诊断等方面也取得了一定的进展。     

SARS冠状病毒感染Lewis大鼠模型的建立

目的通过观察SARS-CoV感染Lewis大鼠后,病理学、免疫学以及病毒的复制与外排情况变化,探讨其能否作为有效的SARS动物模型。方法SARS病毒感染9只Lewis大鼠,在感染后不同时间安乐死动物,应用光镜对动物的各脏器进行病理观察研究;用病毒分离和RT-PCR方法检测病毒外排与复制的情况;用ELISA法检测动物产生特异性抗体情况。结果在SARS-CoV感染Lewis大鼠后,肺组织出现一定的与人类SARS疾病相似的病理改变,在动物体内可检测到活病毒或病毒核酸,并可检测到特异性IgG抗体的存在。结论Lewis大鼠出现了特异的免疫反应及特征性病理改变,可做为灵长类SARS动物模型的有益补充用于SARS发病机理及疫苗的研发等。     

SARS-CoV动物模型研究之中国现状

目的综合对比SARS-CoV感染的恒河猴、布氏田鼠及Lewis大鼠的病理学、免疫学以及病毒的复制与外排情况的变化,来探讨此三种动物在建立SARS模型上的特点。方法SARS病毒感染8只恒河猴、9只Lewis大鼠和20只布氏田鼠,在感染后不同时间安乐死动物,应用光镜对动物的各脏器进行病理观察研究;用病毒分离和RT-PCR方法检测病毒外排与复制的情况;用ELISA法检测动物产生特异性抗体情况。结果在SARS-CoV感染恒河猴、Lewis大鼠和布氏田鼠后,肺组织均出现一定的与人类SARS疾病相似的病理改变,在动物体内均可检测到活病毒或病毒核酸,并可检测到特异性IgG抗体的存在。在病死率上布氏田鼠最高;在病毒的复制与外排方面恒河猴的检出率最高,持续时间最长;在抗体产生情况上恒河猴与Lewis大鼠基本相似;在病理变化上恒河猴病变最重且最为复杂,与人类SARS疾病的病理变化最为接近。结论布氏田鼠,Lewis大鼠,特别是恒河猴动物模型可以用于SARS发病机制、疫苗和药物的研发,恒河猴动物模型是目前研究SARS疾病最理想的动物模型。     

SARS病毒的分子生物学研究进展

SARS(Severe ACute Respiartosy sychom)病毒是一种最新发现的冠状病毒,目前对SAPS病毒的蛋白组成和功能,病毒的基 因组结构,病毒的增殖周期,分子生物学诊断方法等方面的最新研究正在世界各地开展。     

严重急性呼吸综合征（SARS）病毒的形态及其形态发生机制

将SARS患者的咽拭子感染VeroE6细胞 ,用电子显微技术等对SARS病毒进行了研究。结果表明 ,新分离到的病毒粒子没带囊膜时直径大多约 5 0nm ,带有囊膜的直径约 10 0nm。通过RT PCR等证明 ,该病毒是新的冠状病毒。这些病毒可与SARS康复患者的血清呈强烈的阳性反应 ,表明此新的冠状病毒是引起SARS的主要病原。文中还对病毒的发生机制和细胞中的分布进行了探讨。     

逆转录套式PCR检测粪便样本中的SARS冠状病毒

为了观察SARS冠状病毒在SARS患者粪便中的存在规律,建立了检测SARS冠状病毒RNA的逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法,并应用该方法检测了241份SARS患者粪便样本。部分PCR产物应用测序技术进行验证。RT-PCR的灵敏度为10^-10稀释度的病毒原液(原液为10^8TCID50／ml)。241份粪便样本的总体检出率为24．1％(58／241),其中发病后的前10d和20d的检出率均为50．0％。随着发病时间的延长,阳性检出率呈下降趋势。应用RT-PCR从粪便中检测SARS冠状病毒是可行的,在发病50d以后仍有17．0％左右的阳性检出率,提示SARS恢复期患者具有排毒的可能性,给后续的卫生防疫措施提供了一定的参考数据。     

SARS病毒与其他冠状病毒的基因组比较

本文利用生物信息学方法比较SARS病毒和其他冠状病毒基因组。通过数据库搜索,找出与SARS病毒基因组相似的核酸或蛋白质序列,并对相似序列进行比对,分析它们的共性和差异。结果表明,SARS病毒在基因组的组织上及结构蛋白质方面与现有冠状病毒有比较大的相似性,SARS病毒基因组与冠状病毒基因组相关。但是,SARS病毒基因组还存在一些特异性序列,ORF1a和S蛋白(特别是S1)的变化以及SARS—CoV特异性的非结构蛋白可能是SARS发病机理与传染特性区别于其他冠状病毒的分子基础。在全基因组水平上进行核酸单词出现频率分析,结果表明,SARS病毒远离已知的其他冠状病毒,单独成为一类。     

细胞密度和感染复数对SARS病毒在Vero细胞中增殖的影响

阐明宿主细胞密度和病毒感染复数(MOI)对SARS冠状病毒增殖的影响,为SARS灭活疫苗的研究奠定基础。采用析因设计方法,考虑MOI(0.01、0.05和0.1)与细胞密度(2×104、4×104和8×104/cm2)2个3水平实验因素,在各水平组合条件下培养SARS病毒,以组织培养半数感染量(TCID50)作为观测指标,分析SARS冠状病毒滴度在不同增殖条件下的差异。结果表明,MOI、宿主细胞密度和二者之间的交互作用对SARS病毒滴度的影响分别具有非常显著性差异(F=12.70,P<0.01)、显著性差异(F=6.94,P<0.05)和非常显著性差异(F=8.22,P<0.01)。在0.01MOI和8×104/cm2条件下,病毒滴度达5.57×105TCID50/mL。说明SARS冠状病毒在培养细胞中的增殖能力显著依赖于宿主细胞密度、病毒感染复数和二者的交互作用。     

临床应用重组SARS病毒双抗原夹心诊断试剂盒的检测效果评价

严重急性呼吸综合征(severe acute respiralory syndrome,SARS)的临床表现为非典型性肺炎.继加拿大首次完成SARS病毒株Tor2的全基因组测序后[1],世界卫生组织(WTO)宣布一种新型的冠状病毒(coronavirus)是引发SARS的病原体[2,3].由于SARS具有极强的传染性和较高的病死率(5%～15%),且早期疾病体征较难与某些非SARS病毒引起的非典型肺炎相区分[4],由此导致大量疑似病例无法确诊,以及因误诊引起的交叉感染给人们造成巨大的心理压力和社会恐慌.所以,建立快速、准确的早期诊断方法显得尤为重要.目前的实验室诊断方法中,主要有基于病毒抗体检测的免疫荧光法和酶联免疫吸附试验(ELISA),以及基于基因检测的多聚酶链式反应(PCR)和基因芯片法.其中ELISA主要是使用病毒裂解抗原,检测病毒IgG及IgM抗体的间接ELISA.由于病毒裂解抗原的复杂性,以及间接ELISA中二抗带来的假阳性结果,间接ELISA试剂在正常人群中有1.5%～2%的阳性结果.     

SARS病毒与其他冠状病毒的基因组比较

本文利用生物信息学方法比较SARS病毒和其他冠状病毒基因组.通过数据库搜索,找出与SARS病毒基因组相似的核酸或蛋白质序列,并对相似序列进行比对,分析它们的共性和差异.结果表明,SARS病毒在基因组的组织上及结构蛋白质方面与现有冠状病毒有比较大的相似性,SARS病毒基因组与冠状病毒基因组相关.但是,SARS病毒基因组还存在一些特异性序列,ORF1a和S蛋白(特别是S1)的变化以及SARS-CoV特异性的非结构蛋白可能是SARS发病机理与传染特性区别于其他冠状病毒的分子基础.在全基因组水平上进行核酸单词出现频率分析,结果表明,SARS病毒远离已知的其他冠状病毒,单独成为一类.     

浙江省SARS冠状病毒分离与系统进化树分析

从浙江省3例SARS患者中收集含漱液标本,经处理后接种Vero、RD、VeroE6和Hep-2细胞进行病毒分离,培养3d后在Vero和RD细胞中可观察到细胞病变。从细胞培养上清中提取病毒核酸,用SARS冠状病毒特异性引物进行RT-PCR,并经测序证实从3份临床样本中分离到2株SARS冠状病毒株。对其中1株病毒的基因组进行了全序列测定并作系统进化树分析显示浙汀省SARS冠状病毒株与新加坡2774株和台湾TW1株最为接近。     

SARS冠状病毒实时荧光RT-PCR定量检测

为建立一种快速、准确、特异的SARS病毒RNA定量检测方法,根据复合探针荧光定量分析原理,对SARS病毒核酸进行实时荧光定量RT-PCR检测.借助计算机辅助,对SARS病毒基因靶序列以及检测引物和探针进行了优化筛选;利用体外转录SARS病毒RNA靶序列,对RT-PCR反应的镁离子浓度参数进行了优化;比较Trizol法、磁珠法、Qiagen法、煮沸法等4种方法提取RNA的检测效果,建立了样本处理方法;通过对构建的体外转录靶序列模型的检测,对本方法的灵敏度、特异性、定量线性关系、精确度等进行了评价,并通过对42例临床标本的检测对本方法的检测效果进行了评估. 通过克隆SARS病毒核酸靶序列并进行体外转录,获得了长度约1.2 kb的体外转录RNA靶序列;经优化,荧光RT-PCR反应液中的Mg²⁺浓度以4.0 mmol/L为最好;RNA提取方法采用磁珠法效果较好;本方法的检测灵敏度最低可达5个拷贝的体外转录RNA分子,特异性100%,C_t值的CV值小于5%.对临床确诊的42份SARS病人血清和漱口水标本的检测结果表明,该方法的检出率为79%,与荧光抗体检测法的符合率为70%.上述结果表明,该方法建立的荧光定量RT-PCR技术能够快速准确、特异、敏感地对SARS病毒核酸进行定量分析,为临床SARS冠状病毒RNA的检测提供了新的,更为有效的检测方法.     

H5N1禽流感病毒实验室检测方法灵敏性比较

目的比对实验室常用的H5N1禽流感病毒检测方法灵敏性。方法增殖H5N1病毒,蚀斑技术定量待检病毒,应用细胞接种、血凝实验、RT-PCR、Real-time RT-PCR等方法检测稀释的病毒悬液,比较检测的最低滴度。结果细胞接种、Real-time RT-PCR、RT-PCR及血凝实验能检测病毒的最低滴度为10 PFU/mL、10 PFU/mL、103 PFU/mL及3.52×105 PFU/mL。结论几种检测方法比较而言,细胞接种与Real-time RT-PCR检测灵敏性最高;血凝实验用时最短,但灵敏性低,结果需要进一步确认;RT-PCR用时较较短,检测灵敏性较高。     

SARS冠状病毒分离培养和鉴定的实验研究

建立严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒分离、培养方法,为SARS冠状病毒动物模型的建立提供实验依据,并根据病毒在体内存活的时间确定检测指标。选用已鉴定为SARS冠状病毒的毒株,经过鼻腔接种感染恒河猴。定期采集咽拭子标本,分离血清或血浆,用Vero细胞进行病毒培养、分离。结果显示,在SARS冠状病毒感染恒河猴后2、5、7天,可以从拭子中分离到病毒,5～15天可在猴肺、脾、肝、肾和淋巴组织中分离到病毒,并用免疫荧光法和RT-PCR方法进行了确定。首次实验证实了SARS冠状病毒可在恒河猴体内复制。SARS病毒的成功分离是SARS冠状病毒动物模型建立的主要依据,在进行疫苗安全性和药效评价等工作中,病毒分离可作为药物筛选、疫苗评价的重要指标。