委内瑞拉马脑炎病毒一步法荧光定量RT-PCR方法的建立

委内瑞拉马脑炎(Venezuelan equine encephalitis,VEE)是由委内瑞拉马脑炎病毒(Venezuelan equine encephalitis virus,VEEV)复合物引起的一种人兽共患病。我国目前尚无该病,因此建立一种快速准确的检测方法对预防和控制该病至关重要。本研究通过分析委内瑞拉马脑炎病毒nsp1基因序列的保守性,设计了一对能检测VEEV复合物所有亚型毒株的特异性引物和Taqman探针。通过反应体系和反应条件优化,建立了检测委内瑞拉马脑炎病毒复合物的一步法实时荧光定量RT-PCR方法。该方法检测VEEV经体外转录获得的RNA,检测的灵敏度达3.27×102拷贝/μL。以该方法检测与VEEV同属的东方马脑炎病毒(EEEV)和西方马脑炎病毒(WEEV)nsp1基因相同区段的RNA以及同属的基孔肯雅病毒(CHIKV),结果均为阴性,表明该方法具有良好的特异性。该方法将为可能在我国出现的委内瑞拉马脑炎的侦检提供有效技术手段。     

蜜蜂克什米尔病毒实时荧光RT-PCR检测方法的建立和评价

蜜蜂克什米尔病毒(Kashmir bee virus,KBV)是一种高毒力的急性蜜蜂病毒,可以引起蜜蜂的死亡和蜂群崩溃.本研究旨在建立一种灵敏、快速检测KBV的TaqMan实时荧光RT-PCR检测方法.参照GenBank中polymerase polyprotein有关基因序列,设计一组特异性引物和探针,并通过体外转录法制备RNA标准品作为阳性模板.在对反应体系进行优化的基础上,建立了 KBV的实时荧光RT-PCR检测方法并进行了特异性试验、敏感性试验、重复性试验和临床样本验证.结果显示:该方法能有效扩增8×100拷贝/μL～8×107拷贝/μL 的KBV标准品,建立的标准曲线呈现良好的线性关系.该方法的检测灵敏度为8拷贝/μL,对其他蜜蜂病毒不发生交叉反应,具有很好的特异性;重复性试验结果显示组内和组间的变异系数分别低于1％和2％,重复性良好.应用本研究建立方法与常规RT-PCR方法对样品进行检测,TaqMan实时荧光RT-PCR检测方法的特异性优于常规RT-PCR.本研究建立的实时荧光RT-PCR检测具有良好的敏感性、特异性和重复性,为KBV的检测和流行病学调查提供技术支持.     

Nipah病毒一步法Real-time RT-PCR检测方法的建立

目的建立针对Nipah病毒N基因的一步法Real-time RT-PCR检测方法,用于Nipah病毒感染样本的快速准确检测和定量。方法针对Nipah病毒的保守基因N设计引物和探针,建立一步法Real-time RT-PCR反应方法并分析敏感性和特异性。结果所设计的引物经Blast检索可以用于检测所有已知的Nipah病毒株。本研究建立的一步法Real-time RT-PCR方法可以特异性检测出Nipah病毒,不与Hendra病毒产生交叉反应。检测灵敏度为1.1×100～1.1×101copies/μl。标准曲线的线性范围为1.1×102～1.1×106copies/μl。结论本研究建立的一步法real-time RT-PCR方法敏感性和特异性较高,且不易出现污染引起的假阳性结果,适合用于Nipah病毒感染样本的检测。     

马铃薯病毒一步法多重RT-PCR检测技术的构建

根据马铃薯病毒PVX、PVY、PVA、PLRV的CP基因序列设计4对特异性引物,通过对试剂浓度和反应条件进行优化,建立了能够同步检测PVX、PVY、PVA、PLRV的一步法多重RT-PCR检测方法。该方法对PVX、PVY、PVA、PLRV扩增出的靶带大小分别为732、422、132和336 bp,凝胶电泳易辨别区分。病毒RNA最低检测限度为7.8 pg/μL,对PVM、PVS、AMV、TMV及PSTVd的扩增为阴性。研究结果表明,该方法特异、灵敏,比两步法多重RT-PCR检测更加快速、简便,提高了检测效率,降低检测成本,为马铃薯病毒的高效检测提供了有效手段。     

西尼罗病毒的RT-PCR检测与鉴定

建立西尼罗病毒敏感、特异、快速的RT-PCR检测方法用于实验室诊断和流行病学监测。采用一步RT-PCR和套式PCR法对西尼罗病毒感染的乳鼠脑和细胞培养上清进行扩增,并对扩增产物进行序列测定。两种方法均可分别从两种组织中扩增出与预期大小相一致的片段,套式PCR法比一步RT-PCR法更为敏感,该扩增片段与西尼罗病毒埃及Eg101株相应序列的同源性为99％。     

安徽省七种蜜蜂病毒的发生与流行研究

【目的】调查安徽省内7种常见蜜蜂病毒:蜜蜂畸翅病毒(Deformed wing virus,DWV)、以色列急性麻痹病毒(Israeli acute paralysis virus,IAPV)、急性蜜蜂麻痹病毒(Acute bee paralysis virus,ABPV)、慢性麻痹病毒(Chronic bee paralysis virus,CBPV)、黑蜂王台病毒(Black queen cell virus,BQCV)、囊状幼虫病病毒(Sacbrood virus,SBV)、克什米尔病毒(Kashmir bee virus,KBV)的感染发生情况,为安徽养蜂业可持续健康发展提供理论依据。【方法】运用反转录RT-PCR和序列分析比对的方法对安徽省内21个乡镇中的38个蜂场蜜蜂样品进行研究分析,以获得以上7种蜜蜂病毒的特异性发生情况。【结果】意大利蜜蜂Apis mellifera蜂场感染率:DWV(64%),IAPV(43%),CBPV(32%),ABPV(14%),BQCV(11%);中华蜜蜂Apis cerana蜂场感染率:DWV(80%),IAPV(40%),CBPV(30%),ABPV(10%),BQCV(0)。SBV和KBV在所有的蜜蜂样品中均未检测到。【结论】DWV,IAPV,CBPV,ABPV,BQCV在安徽省内大范围都存在发生流行现象,SBV和KBV对安徽蜜蜂的潜在危害可能性小。     

检测蜜蜂急性麻痹病毒TaqMan实时荧光RT-PCR方法的建立和初步应用

[背景] 蜜蜂急性麻痹病毒（Acute Bee Paralysis Virus,ABPV）是一种高毒力的蜜蜂病毒,可以引起蜜蜂的大批死亡和蜂群衰竭。[目的] 建立一种快速、灵敏的ABPV实时荧光RT-PCR检测方法。[方法] 根据ABPV衣壳蛋白基因保守序列设计引物和探针,通过对引物、探针浓度和退火温度等反应条件进行优化,建立基于TaqMan探针检测ABPV的实时荧光RT-PCR方法,并对方法的灵敏性、特异性和稳定性进行验证。[结果] ABPV实时荧光RT-PCR检测方法在9.8×10¹-9.8×10⁸ copies/μL之间呈现良好的线性关系,线性相关系数R²为0.998,扩增效率为103.8%。该方法的检测灵敏度为9.8 copies/μL;对其他蜜蜂病毒不发生交叉反应,具有良好的特异性;重复性试验结果显示组内和组间的变异系数分别为0.19%-0.80%和0.57%-1.07%,重复性良好。对2018年-2019年在福建地区采集的70份蜜蜂样品进行ABPV检测,阳性率为2.86%。[结论] 建立的ABPV实时荧光RT-PCR检测方法能用于该病的实验室检测、流行病学调查和疫情监测。     

H5亚型禽流感病毒一步法RT-PCR检测方法的建立

针对家禽中流行较为广泛、危害相对大的H5亚型禽流感病毒的血凝素（HA）基因,通过分析流感数据库221个HA序列,在保守区内用Oligo6.0软件设计并合成了一对引物,建立了用于快速诊断H5亚型禽流感病毒的一步法RT-PCR方法,其扩增的目的片段大小为372bp。通过对H5亚型禽流感病毒尿囊液和棉拭子浸出液进行不同稀释倍数检测,结果表明病毒尿囊液最低检出量为10-4稀释;阳性棉拭子最低检出量为8倍稀释。用病毒分离和该方法同时检测不同脏器、口咽及泄殖腔棉拭子样品,结果表明该方法检测灵敏度比病毒分离低10～100倍。用该方法检测H1～H15亚型禽流感病毒和鸡新城疫病毒等其他14种禽病病原,仅有H5亚型禽流感病毒扩增出特异性目的条带。该方法具有方便快捷、特异性强、敏感性高等特点,为我国禽流感的快速诊断和分子流行病学调查提供了技术支撑。     

一步法双重RT-PCR检测SARS冠状病毒技术研究

参照WHO公布的PCR检测SARS相关冠状病毒的引物序列,我们合成了4对引物,建立了一步法RT-PCR检测SARS相关冠状病毒的方法.利用该方法,对武汉市非典型肺炎疑似病例喉漱液进行了SARS相关冠状病毒检测,其中w20用4对引物检测均在相应的位置出现了DNA条带,W1只有BNIin-s/as引物出现预期产物.同时我们将样品W20的RT-PCR扩增产物进行了序列测定,结果显示该片段序列与其他地区和国家分离的SARS冠状病毒基因高度同源性,这进一步说明RT-PCR扩增的产物是SARS冠状病毒基因片段.在此基础上我们又建立了四种SARS冠状病毒一步法双重RT-PCR检测方法,在一个RT-PCR反应中用两套引物同时对SARS冠状病毒基因两个不同的片段进行检测,检测结果具有更高的特异性.     

Hendra病毒一步法Real-time RT-PCR检测方法的建立

目的 建立针对Hendra病毒N基因的一步法Real-time RT-PCR检测方法,用于Hendra病毒感染样本的快速检测和准确定量.方法 针对Hendra病毒的保守基因N设计引物和探针,构建体外转录的RNA片段作为标准品,建立一步法Real-time RT-PCR反应方法并分析敏感性和特异性.结果 所设计的引物经Blast检索可以用于检测所有已知的Hendra病毒株.本研究建立的一步法Real-time RT-PCR方法可以特异性检测出Hendra病毒,不与Nipah病毒产生交叉反应.检测灵敏度为2.6×100～2.6×101copies/μl.标准曲线的线性范围为2.6×101～2.6×107copies/μl.结论 本研究建立的一步法Real-time RT-PCR方法敏感性和特异性较高,且不易出现污染引起的假阳性结果,适合用于Hendra病毒感染样本的检测.     

Survey of six bee viruses using RT-PCR in Northern Thailand

Six honey bee viruses were surveyed using RT-PCR in Northern Thailand where about 80% of Thai apiaries are located. Tested samples were found to be positive for deformed wing virus (DWV), acute bee paralysis virus (ABPV), sacbrood virus (SBV) and Kashmir bee virus (KBV). In the collected samples, neither chronic bee paralysis virus nor black queen cell virus nucleic acids could be detected. It was found that DWV was the most widespread and ABPV was the second most prevalent. Kashmir bee virus was found only in the Lampang province where high infestation of Varroa destructor mite occurred. Tropilaelaps, European foulbrood, and Chalkbrood diseases were found in some apiaries.     

Multiplex RT-PCR with broad-range primers and an exogenous internal amplification control for the detection of honeybee viruses in bumblebees

Bumblebees are commercially reared and transported worldwide mainly for pollination of greenhouse tomatoes. Three honeybee viruses have been reported in bumblebees: Acute bee paralysis virus, Kashmir bee virus and Deformed wing virus. We developed a multiplex RT-PCR with primers designed on highly conserved regions of the RNA-dependent RNA polymerase in order to detect a maximum range of viral variants. Rearing facilities and governmental organizations can now thoroughly screen bumblebee colonies with a cost-effective technique with an integrated internal amplification control (IAC) implementable in laboratories that strive for International Organization for Standardization (ISO) certification.     

H7亚型禽流感病毒一步法RT-PCR检测方法的建立

通过分析流感数据库45个H7亚型禽流感病毒的HA序列,在保守区内设计并合成引物,建立了一步法RT-PCR检测方法,扩增片段大小为501bp。通过对H7亚型禽流感病毒尿囊液和棉拭子浸出液不同滴度检测,证实病毒尿囊液最低检出量为105.5EID50/mL;阳性棉拭子最低检出量为103EID50/mL。用该方法检测H1～H15亚型禽流感病毒和鸡新城疫病毒等其他14种禽病病原进行检测,仅有H7亚型AIV有特异性目的条带,与其他均无交叉反应。从脏器及咽喉、泄殖腔棉拭子样品的病毒分离和RT-PCR方法比较,表明在10-1的样品浓度下,两者可以达到相同的检出量。表明该一步法RT-PCR方法具有特异性强、敏感性高和准确率高的特点。     

北京地区六种蜜蜂病毒病的流行病学研究

【目的】对蜜蜂的6种病毒:以色列急性麻痹病毒(Israeli acute paralysis virus,IAPV)、残翅病毒(Deformed wing virus,DWV)、囊状幼虫病病毒(Sacbrood virus,SBV)、急性蜜蜂麻痹病毒(Acute bee paralysis virus,ABPV)、黑蜂王台病毒(Black queen cell virus,BQCV)、慢性麻痹病毒(Chronic bee paralysis virus,CBPV)在北京地区的流行情况进行调查,以期为该地区蜜蜂病毒病的防控提供一定的理论依据。【方法】应用多重RT-PCR法确定上述6种病毒在该地区的感染情况,并通过序列分析确定特异性。【结果】在所有检测样本中均未检测到急性麻痹病病毒和慢性麻痹病病毒,感染率最高的是以色列急性麻痹病毒,其次是残翅病毒。检测的样本普遍存在混合感染。【结论】以色列急性麻痹病毒、残翅病毒、囊状幼虫病病毒、黑蜂王台病毒4种病毒可能在北京地区广泛分布。     

Prevalence of pathogenic bee viruses in Hungarian apiaries: situation before joining the European Union

A survey on the occurrence of six honeybee-pathogenic viruses was carried out using one-step RT-PCR assays. Samples were collected between 1999 and 2004 in 52 Hungarian apiaries located in different regions of the country. The results of the assays on samples of adult honeybees and Varroa destructor mites were compared to similar surveys from France and Austria. The study demonstrates geographical differences in the prevalence of honeybee viruses between Hungary and the older EU member states. The results could serve as a basis for monitoring further changes in the distribution of honeybee viruses in Europe.     

Improvement of RT-PCR detection of chronic bee paralysis virus (CBPV) required by the description of genomic variability in French CBPV isolates

A new RT-PCR test has been developed to diagnose Chronic bee paralysis virus (CBPV) that is able to detect genetically variable viral isolates. In fact, up to 8.7% divergence between partial nucleotide sequences from viral isolates from French honey bees was highlighted in a preliminary variability study. The previously-described RT-PCR was unable to detect all these viral isolates and RT-PCR diagnosis needed improvement. The new RT-PCR test can detect up to 40% more CBPV isolates.