基于粪便DNA的贺兰山岩羊亲权鉴定和婚配制研究

2017年7-8月和11-12月在贺兰山岩画风景区采集到369份岩羊新鲜粪便样本,用多态性较高的10个微卫星位点进行基因分型,共识别出282只岩羊个体。通过复合扩増和牙釉蛋白基因PCR法共鉴定出152只雄性,130只雌性。微卫星分析得到平均等位基因（Na）为10.1,平均观测杂合度（Ho）为0.7737,平均期望杂合度（He）为0.6512,平均多态信息（PIC）为0.6129。运用Cervus3.0软件进行亲权鉴定,并用Kingroup V2计算个体间的亲缘系数（r）,作为亲权鉴定的补充,共鉴定出父-母-子7对,父-子21对,母-子19对。根据亲缘关系对岩羊的婚配制进行推测分析,表明岩羊婚配制应属一雄多雌。     

中国人常见HLA—DPB1不明确杂合子SSP分型解决方案

目的：人类染色体是二倍体,这使得以测序方法研究多态性区域时会遇到不明确杂合子,这个问题在HLA-DPB1的分型上尤为突出。试图寻找一个来解决HLA-DPB1分型中不明确杂合子比例高给分型带来的困难的方案。方法：对946例样品进行HLA-DPB1分型,其中不明确杂合子有353例,共30种,占总例数的37％。建立了一套SSP分型方法,设计上游引物6条,下游引物15条,每一个样品同时用两对特异性引物进行扩增,两对引物分别代表两种不同的杂合模式。再从30种不明确杂合子类型中各挑2个样品进行克隆测序,结果与SSP分型结果比较。结果：SSP分型方法采用同一套扩增体系与两套循环反应条件,只需一次PCR扩增,就可以方便快捷地实现不明确杂合子的分辨,其结果与克隆测序结果相符。结论：与以往的克隆测序、SSCP方法相比,本研究中SSP分型方法具有高效率、高通量、省时省力的特点。     

中国人常见HLA-DPB1不明确杂合子SSP分型解决方案

目的:人类染色体是二倍体,这使得以测序方法研究多态性区域时会遇到不明确杂合子,这个问题在HLA-DPB1的分型上尤为突出。试图寻找一个来解决HLA-DPB1分型中不明确杂合子比例高给分型带来的困难的方案。方法:对946例样品进行HLA-DPB1分型,其中不明确杂合子有353例,共30种,占总例数的37%。建立了一套SSP分型方法,设计上游引物6条,下游引物15条,每一个样品同时用两对特异性引物进行扩增,两对引物分别代表两种不同的杂合模式。再从30种不明确杂合子类型中各挑2个样品进行克隆测序,结果与SSP分型结果比较。结果:SSP分型方法采用同一套扩增体系与两套循环反应条件,只需一次PCR扩增,就可以方便快捷地实现不明确杂合子的分辨,其结果与克隆测序结果相符。结论:与以往的克隆测序、SSCP方法相比,本研究中SSP分型方法具有高效率、高通量、省时省力的特点。     

父儿传播的HBV初步基因分型及变异株检出

为了研究父儿传播的ＨＢＶ基因型别与变 朱,以选择笃配偶无任何ＨＢＶ标志的男性ＨＢＶ携带者及其ＨＢＶ ＤＮＡ最性胎儿为对象,用双脱氧链末端终止法检测父儿ＨＢＶ Ｓ基因４５１～６６０段核苷酸序列。结果４对父儿无论在核苷酸水平带是在氨基酸水平均一致,其中１对在１２６位父儿均有氨基酸替代,别外２对父亲无变异,１例胎儿在１１３、１１４、１３１、１４３位,另１例仅在１４３位有氨基酸替代。根据当前的基因分型方法     

基于粪便DNA的小麂亲权鉴定和婚配制研究

2014年4月至2015年1月,在古田山国家级自然保护区内共收集634份粪便样本,2份肌肉样本。通过严格筛选,最终获得390份可用于PCR扩增的样本。用多态性较高的8个微卫星位点进行基因型分型,共识别出177个小麂个体。SRY基因性别鉴定显示研究样本中雄性84只,雌性93只。所使用的8个微卫星位点在177个样本中,平均等位基因数(A)为11,平均观测杂合度(Ho)在0.960—1.000之间,平均值为0.9685,平均期望杂合度(He)在0.799—0.887之间,平均值为0.8429,多态信息含量(PIC)在0.766—0.872之间,平均多态信息含量为0.8214,基因杂合度水平较高,为遗传多样性丰富的种群。采用Cervus3.0进行亲权分析,当置信度为95%和80%时,8个微卫星位点的鉴定率均达到100%。共鉴定出父-母-子24对,母-子23对,父-子19对,涉及到104只个体。根据亲缘关系分析小麂的婚配制,结果发现小麂的婚配制属于1雄多雌,但并不是目前所知的亚型,而可能是一种被称作"检查策略"的一雄多雌制。     

微卫星DNA在吉戎兔亲子鉴定中的应用研究

选用Sat2、Sat3、Sat4、Sat5、Sat7、Sat8、Sat12、Sat13、Sat16、Sol08、Sol28、Sol30、Sol03 等13个微卫星位点PCR扩增30只吉戎兔的基因组DNA,然后在8%聚丙烯酰胺凝胶上电泳分型,检测结果为平均等位基因数为3.46个,平均杂合度（H）为0.578,平均多态信息含量（PIC）为0.531,双亲资料未知时13个位点的累计非父排除率（PE1）为0.935226,置信度低于80%,一亲本资料已知时13个位点的累计非父排除率（PE2）为0.999329,置信度为95%。由于所鉴定兔群的母本资料已知,因此基因型的分型结果能有效确认18只仔兔子的真父。     

生物胺受体配基结合区域及其位点的预测

生物胺受体被认为是一类重要的药物靶标,用生物信息学手段寻找它的配基结合位点并分析其功能,对于药物设计具有重要的指导意义。从整体上结合可变性、疏水性和保守性构建了受体的2D螺旋横切面模型,预测出其可能的配基结合区Ⅰ、Ⅱ,其中TM3、TM4以及TM7在配基结合中起关键作用,E-Ⅱ环也参与了配基结合这一过程,这是对以往普遍认为只有TM参与配基结合的延伸。从局部上寻找了生物胺受体及其子受体的motif,提出了父家族可变子家族保守motif概念,即父家族可变区中出现的子家族保守的motif最后结合整体与局部分析结果分析了各motif的功能,预测了行使配基结合功能的motif及其相应位点,结果证明与突变实验结果有很好的吻合度。     

STR基因座中检测出三带型等位基因2例

针对出现的三等位基因2例亲子鉴定案件,同时检测其唾液斑及毛发,应用Goldeneye 20A、PowerPlex 6C、Investigator 24plex QS及华夏白金试剂盒进行检测验证。结果显示在2例二联体亲子鉴定案件中,一例母亲的D18S51基因座分型为13/16,孩子的分型为15/16/17;另一例父亲的D7S820基因座分型为8/11/12,孩子的分型为10/11。唾液斑及毛发样本结果与FTA血卡结果一致,应用Goldeneye20A、PowerPlex 6C系统、Investigator 24plex QS及华夏白金试剂盒验证检测的结果相同。在日常亲子鉴定案件中,出现三带型现象较为罕见,针对这种现象,需进行认真判读及确认,以保证检测结果的准确性。     

TaqMan-MGB 探针检测GSTP1外显子5SNP可行性研究

目的：评估TaqMan-MGB探针基因分型方法检测已知SNP的可行性,并与传统的PCR-RFLP方法比较。方法：高通量的TaqMan-MGB探针基因分型方法已被用来检测单核苷酸多态性（SNP）。在321倒样本中,同时用TaqMan-MGB探针基因分型方法和PCR—RFLP方法检测GSTP1外显子5SNP。结果：2种方法所得结果完全一致。野生型（AA）226例（70．4％）,杂合子（AG）92例（28．7％）,纯合突变型3例（O．9％）。结论：TaqMan-MGB探针基因分型方法是一种能快速、高度特异性、高度自动化检测SNP的方法。可用于大规模的基因分型。     

广西毛南族DXS7133、DXS8378、DXS6789和DXS7423基因座遗传多态性

采用PCR-STR及基因分型技术,对广西毛南族167名(女57,男110)健康无关个体4个X-STR基因座(DXS7133、DXS8378、DXS6789和DXS7423)的遗传多态性进行研究。结果显示4个X-STR基因座分别检出4、5、9、3个等位基因和5、9、18、5种基因型,4个X-STR基因座女性的基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05)。群体遗传多态性指标为:多态信息含量(PIC)0.9611、男性个体识别率(DPmale)0.9771、女性个体识别率(DPfemale)0.9980、父-母-女三联体非父排除率(MECtrio)0.9611、父-女二联体非父排除率(MECduo)0.8821,显示上述4个X-STR基因座均具有较高多态性,在法医学个人识别、亲权鉴定及群体遗传学研究中有重要应用价值,同时也为人类群体遗传学、法医学等研究提供了广西毛南族群体X-STR基因座的基础数据,丰富了中华民族基因数据库。     

痰液中产ESBL肺炎克雷伯菌Ⅰ、Ⅱ类整合子检测及基因分型研究

目的研究临床痰液分离的产ESBLs肺炎克雷伯菌Ⅰ、Ⅱ类整合子分布情况,并进行基因分型。方法分离临床痰液中100株产ESBLs的肺炎克雷伯菌,用WHONET 5.4分析菌株药敏情况,PCR检测整合酶Ⅰ、整合酶Ⅱ,ERIC-PCR进行基因分型。结果 100株菌对碳青霉烯类敏感率100%,对β-内酰胺类、氨基糖苷类、氟喹诺酮类多数耐药。整合酶Ⅰ检出率为60%,未检出整合酶Ⅱ。100株菌分为72个基因型。结论Ⅰ类整合子广泛存在于产ESBLS肺炎克雷伯菌中,与肺炎克雷伯菌的耐药相关,ERIC-PCR可用于临床分离肺炎克雷伯的基因分型。     

爬行动物多父性生殖策略研究进展

动物生殖策略是多种多样的.对一个种群交配体系的调查有助于了解生殖模式的进化情况,并为一些濒危物种的保护计划提供理论依据,同时也为经济养殖动物的人工繁育提供理论支持.多父性( multiple paternity)现象是一种重要的生殖策略,在爬行类动物中普遍存在,并且在主要类群中多父性的水平也比较高,特别是多数有鳞类动物存在多父性现象的窝数可占到总检测窝数的50％以上,这种现象强烈地支持雌性存在混交的进化过程.本文对多父性产生的组织结构、可能机制和多父性的检测手段等进行综述,并对未来的研究方向提出了建议.     

基于磁性颗粒“在位”PCR和通用标签技术的新型高通量SNP分型方法

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)在对复杂疾病遗传易感性以及基于群体基因识别等方面的研究中起着非常重要的作用,尤其是对复杂疾病遗传易感性的研究,需要对大量样本进行分型.为了满足这种要求,亟待需要发展一种操作简单、成本较低、适于自动化和高通量的分型技术.利用磁性颗粒"在位"固相PCR(insituMPs-PCR)扩增的靶序列,通过与野生、突变标签探针以及双色荧光(Cy3,Cy5)通用检测子杂交实现对样本的分型.应用该方法,对96个样本的亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)基因C677T位点的多态性进行了检测,其野生型和突变型样本的正错配信号比大于4.5,杂合型正错配信号比接近1,分型结果与测序结果一致.     

谈关于“易子而食”的理解

《百家讲坛．王立群读（史记）》（8月16-17日）讲到被秦军围困的饥民易子而食,王先生解释这个“易子而食”的时候,是这样说的“…与别人家交换孩子,然后分别杀掉,再吃了。”笔者认为这样的理解是错误的,王先生的读《史记》影响深远,必须予以更正。易子的子,并不是活着的孩子,而是已经死了,做为孩子的家人,难以对已死的自己的骨肉下此狠心,别人家的孩子也死了,     

淋病奈瑟菌分型研究进展

淋病奈瑟菌(简称淋球菌)是引起淋病的病原体。淋球菌的疫苗研究工作进展缓慢,迄今未研制出有效的疫苗;近年来,淋球菌耐药性逐年上升,多重耐药性淋球菌随之出现并广泛传播,使淋病的防治越来越困难。研究表明,淋球菌分型在淋病疫苗的研究、制定流行病学控制措施和淋病的治疗中均具有极其重要的意义。淋球菌的分型方法包括血清学分型、营养分型等传统分型方法和脉冲场凝胶电泳(PFGE)、随机扩增多态性DNA分型(ARPD)、opa分型、por分型、多位序列分型(MLST)等分子生物学分型方法。本文就淋球菌的分型方法作一简要介绍。     

淋球菌营养分的研究进展

营养分型是淋球菌是常见的分型方法之一,它是根据菌株对氨基酸等营养物质的需求不同而进行分类,其遗传学基础是菌株某一特殊生物合成途径中编码酶的基因缺陷。营养分型与血清分型、耐药性、质粒、临床特征的有一定关系,不同地区、时间、性别、营养型可不相同。这种分型方法稳定,重复性好,可用于监测疫情,追溯传染源及疗效评估,具有重要地流行病学意义。     

基因组印记

根据孟德尔遗传定律,当一种性状从亲代传到子代,涉及这种性状的基因和染色体无论是来自父方或母方,传递所产生的表型效应都应该是完全相同的。但是这一普遍规律现已发现在哺乳动物某些组织和细胞中会出现例外．即控制某一表型的一对等位基因由于亲源不同而差异性表达,也就是说,机体只表达来自亲本一方的等位基因．而与其自身性别无关。这就称为基因组印记（genomic imprinting）。其中父（母）系等位基因不表达者,就称为父（母）系印记。它不遵循孟德尔遗传规律。     

淋病奈瑟菌基因分型进展

淋病奈瑟菌表型分型方法的局限性限制其在该菌分型方面的应用。近年来,一系列该菌基因分型方法的建立弥补了表型分型方法的不足。各种基因分型方法,如Opa分型法、Por分型法、脉冲场凝胶电泳等有着各自不同的基因分型基础、应用范围及优缺点等。本文就近年来新发展的最主要的该基因分型方法作一简要介绍。     

Tm-shift基因分型方法在遗传学中的应用

Melting Temperature shift(Tm-shift)是一种新的基因分型方法,主要通过在两条特异性引物5′端加入不同长度的GC序列,PCR扩增后根据熔解曲线中产物Tm值的差异来完成分型。文章建立了Tm-shift法对2 048份样品的29个SNP进行分型,通过分型成功率、重复检测一致率、测序验证准确度综合评价分型效果。结果显示,29个SNP中有27个可以采用本方法分型,分型成功率为93.1%。测序验证准确性达到100%。3种基因型阳性标准对照重复检测一致率为100%;100个随机样品重复检测,重复性为97%。因此,Tm-shift基因分型法是一种成本低廉、准确灵敏、稳定可靠、通量灵活、操作简便的基因分型方法,可在遗传学研究中推广应用。     

父系HBeAg 阳性流产胚胎绒毛中HBV-DNA 的表达

目的:探讨在父系HBeAg阳性的流产胚胎中,乙型肝炎病毒在绒毛中的表达。方法:募集仅父系感染乙型肝炎病毒组合,即母HBsAg(-)且父HBsAg(+)流产胚胎。按以下组合将入选对象分为4组:组1为父HBeAg(+)母HBsAb(+);组2为父HBeAg(+)母HBsAb(-);组3为父HBeAg(-)母HBsAb(+);组4为父HBeAg(-)母HBsAb(-),采用酶联免疫吸附实验(ELISA)对胎儿父、母亲血清进行乙肝抗原、抗体检测,并使用荧光定量PCR法对胚胎绒毛进行HBV DNA检测。结果:父系感染乙型肝炎病毒的142例胚胎中,仅在父系HBeAg阳性组别(1、2组)84例胚胎中发现3例绒毛HBV-DNA升高,阳性率为3.57%。其中父HBeAg(+)母HBsAb(-)组合中2例,父HBeAg(+)母HBsAb(+)组合中1例。父系HBeAg均阳性,母系HBsAb阳性与阴性组间子代绒毛HBV-DNA升高率差异无显著性(P>0.05)。结论:HBeAg阳性父亲可能更容易导致乙肝父婴垂直传播。