中国10个地方猪种的群体近交程度分析

利用微卫星标记估计了中国10个地方猪种的群体近交系数。结果表明: 在随机交配群体中, 贵州小型香猪的近交系数最高为0.1992, 汉中黑猪的近交系数最低为0.0727。F检验表明, 品种间近交系数的差异不显著(P>0.05)。在近交群体中, 贵州小型香猪近交系和巴马香猪近交系的近交系数分别为0.5907和0.4761。     

用12对微卫星引物对版纳小耳猪近交系的遗传学分析

目的　分析版纳小耳猪近交系种群的遗传变异及近交程度。方法　利用 12个微卫星基因座对版纳小耳猪近交系进行了遗传检测。结果　两个亚系以及各家系的聚类情况与小型猪系谱分布一致。且各家系基因纯合率均较高。结论　版纳小耳猪近交系不仅分化为若干个含有不同性状的家系 ,而且也达到了一个很高的近交程度。     

模糊聚类分析法及其在群落聚类分析中的应用

以不同种类蔬菜菜地节肢动物群落作为研究对象,介绍模糊聚类分析法在群落相似性分析中的应用。得到如下的结果：在建立模糊等价关系的基础上,根据不同的需要,当λ取０．８９９时,聚合成３个类群,当λ为０．８５２时,聚合成２个类群。而Ｆ－ＰＦＳ聚类分析法则根据群落在聚类类群之间或其中的散布情况,从所有的聚类结果中,选择最佳的聚类方案。本文材料的最佳的聚类结果为：把群落聚合成２类。类群１包括：菜心、小白菜、奶白菜、芥菜、芥兰、通菜、豇豆、四季豆上的节肢动物群落;类群２包括：藤菜与苋菜上节肢动物群落。     

24个中外猪种(群)的AFLP多态性及其群体遗传关系

利用12对AFLP引物组合检测了19个中国地方猪种（群）,1个培育猪种和4个欧美引进猪种混合基因组DNA的遗传变异,根据AFLP分析结果计算了24个猪种（群）间的遗传相似系数,据此构建了UPGMA聚类关系图,结果表明,AFLP标记有着很高的多态检测效率（Ai),平均每个引物组合检测到17.3个多态标记,非常适合于猪种（群）遗传多样性分析和品种鉴定;中国地方猪种与欧美引进猪种间的遗传分化十分明显,两类猪群间的亲缘关系较远;南昌白猪与大白猪,铅山黑猪与玉山黑猪有着极近的亲缘关系,分别与其育成历史,地理分布和RAPD分析结果相一致。另外还对部分猪种（群）的聚类分析结果与其形态学,地理分布和现行分类情况不相一致的原因进行了探讨。     

利用微卫星标记分析七品种（类群）小型猪的遗传多样性

采用世界粮农组织（FAO）和国际动物遗传学会（ISAG）推荐的27个微卫星,对久仰香猪、剑白香猪、从江香猪、环江香猪、黑香猪（贵州省种猪场）、五指山猪和滇南小耳猪等我国7小型猪种（类群）及杜洛克、长白和大白等3个外来猪种的群内遗传变异性和群间遗传差异进行了分析。结果表明,7个小型猪品种（类群）均有较高的群内遗传变异,但久仰、剑白、从江和环江4个香猪类群的群内遗传变异（平均多态信息含量（PIC）为0.61～0.64）显著低于其他3个小型猪种（平均PIC为0.80～0.84）。久仰、剑白、从江和环江4个香猪类群彼此间的遗传差异较小（奈氏标准遗传距离为0.12~0.22）,但它们与其他3个小型猪种有较大的遗传差异（奈氏标准遗传距离为1.61～1.96）,与3个外来猪种的遗传差异更大（奈氏标准遗传距离为1.99～3.30）。通过聚类分析,可将这些猪种清晰地分为3大类,久仰、剑白、从江和环江4个香猪类群紧密地聚为一类,其他3个小型猪种聚为一类,3个外来猪种聚为另一类。这一结果基本符合这些猪种的地理分布和品种来源。
     

三品系小型猪35个微卫星基因座的遗传学研究

利用35个微卫星基因座对中国三个品系的小型猪（贵州小型香猪、广西巴马小型猪、版纳小耳猪近交系）进行了遗传检测。计算出三个小型猪品系个体样本在35个微卫星基因座的纯合率,并对其进行t检验。计算出各品系的平均杂合度,多态信息含量（PIC）及品系间的遗传距离,并进行了系统聚类。结果表明三个品系的小型猪其基因纯合率均较高,其中版纳小耳猪近交系的基因纯合率最高;PIC和平均杂合度均较低;贵州小型香猪和广西巴马小型猪亲缘关系较近,并均与版纳小耳猪近交系的亲缘关系略远。 Abstract：The polymorphism of 35 microsatellites in the three miniature pig breeds in China(Guizhou miniature pig, Guangxi Bama miniature pig, Banna miniature pig inbred) was analysed. Rates of homozygote for 35 microsatellite loci in three miniature pig breeds were calculated,and t-test for them were performed. Mean heterozygosity and polymorphism information content(PIC) were calculated for all breeds, and genetic distances between these breeds were estimated. The dendrograms were obtained based on genetic distances. The results suggest that rates of homozygote in the three breeds are all high, and that is the highest in Banna miniature pig inbred. The results also suggest that polymorphism information content and mean heterozygosity in all the three breeds are low, and the genetic relationship between Guizhou miniature pig and Guangxi Bama miniature pig is closer than their relationship with Banna miniature pig inbred.     

不同猪种IGFBP3基因内含子2、3多态性分析

本研究采用PCR-SSCP技术结合DNA直接测序对滇南小耳猪、大白猪、梅山猪、香猪、海南五指山猪封闭群、近交系、海南黑猪系(临高猪,屯昌猪)等8个猪种的IGFBP3基因内含子1、2、3的SNP多态性进行检测,并分析其与五指山猪3个生长阶段体质量的关联性。结果表明:内含子2、3的PCR片断表现有多态性,且出现3种基因型。随后的测序结果表明,它们都在相应的区域存在着SNP变异;内含子3在地方猪种大多表现BB基因型和以B等位基因为主,尤其是小型猪;内含子2在中外不同猪种的基因型频率和等位基因的频率分布则不存在品种的特异性,在地方猪种和外来猪种的分布规律不明显。群体遗传多态性检测显示8个猪种在这2个位点均处于中度多态(0.25PIC0.5);关联分析显示五指山猪IGFBP-3内含子3 AA基因型和内含子2 DD基因型猪在8月龄、12月龄的生长体重分别与AB、BB基因型和CC、CD基因型个体存在显著性差异(p0.05),但在2月龄时没有此规律。     

猪线粒体控制区微卫星(mtMs)变异及其分布特征

猪线粒体DNA长度因D-loop中mtMs序列重复数变异而不同。为阐明猪mtMs变异及其在不同群体中的分布特征,本研究对4个藏猪群体、八眉猪、烟台黑猪及3个引入猪群体共164个个体mtDNA D-loop全序进行测定,并与GenBank中发表的相关序列进行比对,分析了其中的重复单元核苷酸变异、重复次数及其在各群体间的分布规律。结果表明,因重复单元“5’-TGCGTACACG-3’”第2~4和10位上碱基变异,猪mtMs形成了以其为核心序列的多种重复单元(R^A^R^G)组成的复合结构,重复数介于3~47之间。单一重复(R^A)组成的mtMs结构在各群体中表现出分布优势,而大多数复合结构(R^AR^B)分布在国外选育群体中。藏猪的mtMs复合结构多达8个,R^AR^CR^E为其特有,另有5个与八眉猪共享。中国野猪和韩国地方猪种也有其特有mtMs结构。丰富的mtMs变异和特有结构与长期适应进化有关,本研究为地方猪种遗传资源及适应性研究提供了标记工具和理论基础。     

贵州三个地方猪种的系统发育分析

采用PCR产物直接测序方法首次测定贵州3个地方猪种(白洗猪、从江香猪、黔北黑猪)共计57个个体线粒体DNA控制区的全序列,将它们与GenBank上已知的25个国内外猪种一起计算遗传距离,并构建系统发育树。结果表明,3个贵州地方猪种mtDNA D-loop区的序列长度为1 254-1 314 bp之间,贵州地方猪种遗传距离在0.002 9-0.007 2之间,白洗猪与黔北黑猪、从江香猪之间的距离最大,均为0.007 2。系统发育分析的结果支持中国家猪分别有南北两个母系起源的观点,且各地方猪种之间可能有基因交流。     

边际多样性方法在中国猪种保护资金分配中的应用

农业动物种质资源面临着严重危机, 有必要构建一个科学、有效的保护方案, 合理分配有限的资金, 以期保护最大的多样性。本文应用边际多样性方法, 以中国18个地方猪种为例, 通过对灭绝概率、现实多样性、边际多样性和保护潜力的分析, 应用3种模型分析了未来群体期望多样性变化趋势, 并提出了相应的资金优化配置方案。在文中所涉及的模型中, 加性模型(Model A)被评定为资金优化配置的最佳模型; 共有10个品种获得保护资金, 其中杭猪获得最高比例(16％)的保护资金; 其次为赣中南花猪(万安猪)、嵊县花猪, 各获得14％; 阳新猪、乐平猪各获得11%; 五指山猪、玉山乌猪、赣中南花猪(冠朝猪)、清平猪、武夷黑猪和嘉兴黑猪分别获得10％、9％、9％、2％、2％和2％的保护资金。结果表明, 分配保护资金需综合考虑群体的受威胁程度、群体遗传多样性和经济重要性等。     

五种品系猪亲缘关系的RAPD分析

应用190个RAPD引物对贵州小型猪,巴马小型猪、西双版纳近交系小耳猪JB和JS亚系、荣昌猪Ⅰ系、长白猪的亲缘关系进行了初步分析,其中39个引物的扩增结果具有非常明显的品系间多态性,将其扩增结果以RAPDistance package Version 1?04程序进行分析,计算相对遗传距离指数1－F,再用NJ法进行聚类分析,构建系统树。结果表明,三种小型猪相互间亲缘关系较近,尤以贵州小型猪与巴马小型猪更近。荣昌猪Ⅰ系和长白猪关系较近,但与小型猪关系较远。 关键词：随机扩增多态DNA;小型猪;亲缘关系 The phylogenetic relationship of five species of pigs including Guizhou miniature pig,Bama pig,Xisuangbanna inbred pig,Rongchang Pig and Landrance was studied by RAPD analysis.Thirty-nine single polymorphic primers were selected out of 190 primers.The amplified fragments of thirty-nine primers were analysed by the RAPDistance package version 1.04 and the phylogenetic tree was constructed using NJ method.The results indicated as the following: three strains of miniature pigs have close phylogenetic relationship and the phylogenetic relationship between Guizhou miniature pig and Bama miniature pig was much closer.Landrance and Rongchang pig have close phylogenetic relationship too,but their phylogenetic relationship is far from the three strains of miniature pigs.     

Blood groups and serum protein polymorphisms in the Pitman-Moore and Ohmini strains of miniature pigs

The variations of blood groups and biochemical polymorphisms in the populations of the two miniature pig strains reared in Japan were investigated in this report. The variations in eight blood group systems were investigated by using serological techniques, and five serum protein systems by using starch gel electrophoresis. The Pitman-Moore strain showed no variations in K, O, Tf, Cp and Am systems, but showed plymorphisms in A, E, F, G, H, L, Pa and Hpx systems. The Ohmini strain showed no or little variations in E, F, G, Tf, Pa and Cp systems, but showed polymorphisms in A, H, K, L, O, Hpx and Am systems. From the results of investigation of genetic similarities among nine pig populations including various breeds, it was made clear that the two miniature pig strains were very different genetically, and the Pitman-Moore strain was genetically closer to European large pig breeds than to East Asian native pigs, while the Ohmini strain was close to Thai and Philippine natives.     

贵州小型香猪和广西巴马小型猪微卫星位点的遗传学分析

利用35个微卫星位点对贵州小型香猪,广西巴马小型猪的封闭群进行了遗传检测,计算出两个小型猪品系个体样本微卫星位点的平均杂合度,多态信息含量（PIC）、有效等效基因数及品系间的遗传距离。结果表明两个品系的小型猪平均杂合度和PIC均较低,有效等效基因数与实测等位基因数较接近,也表明两品系均有稳定的遗传;两者的遗传距离表明贵州小型香猪和广西巴马小型猪亲缘关系较近,同时表明两者已分别成为两个猛增的封闭群动物。     

Birth of cloned miniature pigs derived from somatic cell nuclear transferred embryos activated by ultrasound treatment

The present study was carried out to determine (1) the optimal duty cycle of ultrasound for activation of pig oocytes and cloned embryos derived from miniature pig fetal fibroblasts and (2) whether cloned embryos can develop to term following activation by ultrasound stimulation. When oocytes were exposed to ultrasound with 20% or 30% duty cycle, the blastocyst formation rates were significantly (P < 0.05) higher than that of oocytes exposed to ultrasound with 10% duty cycle. In contrast, the blastocyst formation rate of cloned embryos decreased as the duty cycle of ultrasound increased; the value of embryos exposed to ultrasound with 10% duty cycle was significantly (P < 0.05) higher than that of embryos exposed to ultrasound with 50% duty cycle. When cloned embryos exposed to ultrasound with 10% duty cycle were transferred into the oviducts of two recipient gilts to assess their development in vivo, the pregnancy of one of the gilts was maintained to term and two piglets were delivered via Cesarean section. The results of the present study showed that (1) although the duty cycle of ultrasound affects in vitro development after activation of both pig oocytes and miniature pig cloned embryos, the optimal duty cycle is different between them and (2) miniature pig cloned embryos have the ability to develop into piglets after activation by ultrasound stimulation.     

微卫星标记对高原蕨麻猪的遗传多样性研究

目的探讨蕨麻猪的亲缘关系,遗传多样性,是否受外来血缘的影响。方法用9个微卫星DNA标记对5群猪进行等位基因频率、遗传距离、系统发生树构建和主成分等分析。结果微卫星标记在125个个体中,共检测出148个等位基因,蕨麻猪最少(55个)。蕨麻猪与兰州猪的遗传距离DA和标准遗传距离DS最大,分别为0.6781和1.3312,DA、DS分别用UPGMA和NJ构建了四种系统发生树,都是蕨麻猪聚为一类,其余4种猪聚为一类。主成分1(PC1)为62.174%,看作是蕨麻猪的代表,与其他4群猪差异较大。结论蕨麻猪与兰州、武威、临洮和青海四群猪相比,遗传距离大,主成分差异大,亲缘关系较远,蕨麻猪比较纯,没有受到这4群猪血缘的影响。     

筛选适用于小型猪遗传检测的微卫星位点

目的筛选用于封闭群小型猪遗传检测的微卫星位点。方法从资料和GenBank中选取扩增效果好、等位基因多、均匀分布于小型猪18条常染色体和X染色体上的100个微卫星位点,合成引物,对封闭群小型猪基因组进行PCR扩增及条件优化。PCR产物采用琼脂糖凝胶电泳、聚丙烯酰胺凝胶电泳和STR扫描技术进行分析和比较,选择多态性好的位点。结果筛选出32个分布于不同染色体且等位基因多的微卫星位点。结论筛选出了应用于封闭群小型猪遗传检测的微卫星位点。     

两个国内小型猪品种GH基因部分序列的多态性分析

目的对西藏小型猪和广西巴马小型猪生长激素基因（GH基因）部分序列的多态性进行分析。方法采用内切酶ApaI和Hin6I对西藏小型猪（108头）和广西巴马小型猪（132头）GH基因-119 bp～＋486 bp之间的区域进行PCR-RFLPs分析。结果 （1）从ApaI酶切产生的结果来看,ApaI酶切产生A（449 bp＋101 bp＋55bp）,B（316 bp＋133 bp＋101 bp＋55 bp）两种等位基因。等位基因A的频率高于等位基因B,等位基因A为优势基因。AA基因型频率高于AB和BB基因型频率;（2）从Hin6I酶切产生的结果来看,Hin6I酶切产生G1（605bp）、G2（498 bp＋107 bp）、G3（449 bp＋156 bp）、G4（449 bp＋107 bp＋49 bp）四种等位基因。等位基因G4的频率高于等位基因G1、G2、G3。等位基因G1频率很低。基因型G2G3、G2G4、G3G4、G4G4的频率较高。（3）由酶切产生的基因和基因型多态性,发现西藏小型猪与广西巴马小型猪在该基因部分序列差异不显著（P〉0.05）。结论国内的优质实验用小型猪,如西藏小型猪和广西巴马小型猪等位基因A频率均较高。     

云南地方猪种随机群体与选育群的遗传差异(英文)

为估计随机群体与选育群间的遗传差异,测定了云南地方猪种102个个体438bp的线粒体DNA D-loop片段,涉及4个随机群体、1个保种群和1个核心群。检测的16个多态位点界定了20个单倍型,撒坝猪核心群和版纳微型猪保种群的单倍型数量仅为3个和1个,而4个随机群体的单倍型数量都在6个以上,4个随机群体的单倍型多态度极显著高于这两个选育群(h=0.732对0.425和0.000,exact test,P≤0.0036)。结果发现,选育会导致遗传多样性过低, 尽管在随机群体中有较高的遗传多样性,基于此,及早干预和合理的育种计划将会有效地阻止核心群和选育群的遗传多样性下降。否则,选育甚至会在短短几年内使遗传多样性程度急剧下降, 表明育种、保种与遗传多样性保存之间存在着尖锐冲突。该文还讨论了几个群体的遗传关系。