FMDV OH99株基因组全序列的测定及其基因特征研究

采用RT-PCR方法对FMDV OH99株基因组全序列进行了分子克隆与测序.结果表明OH99株基因组全基因组序列长8040nt,其中5'NCR长1026nt,前导蛋白(L)编码区长603nt.该毒株结构蛋白与非结构蛋白编码区的核苷酸序列为6318nt,3'NCR长93nt,其后是poly(A)尾巴,测序结果表明该结构至少含有56个A.应用分子生物学软件,将OH99株与其它参考毒株进行了序列比较,并对其基因特征、推导的氨基酸序列进行了研究分析.结果显示,在分类地位上OH99株归属于O型FMDV,与OTY TW/97具有较高的同源性,而与其他参考毒株的差异性比较大,而且在基因组功能未知区域和3A编码区域具有两处明显的基因片段缺失现象,其中3A编码区缺失30nt,与OTY TW/97株相同,但功能未知区域的缺失状况与OTY TW/97稍有差异.根据VP1基因序列,对OH99株与参考毒株进行了系统发生树分析,分析结果表明OH99株与OTY TW/97株在同一基因型内,其遗传关系最近,而与其毒株遗传关系较远.     

口蹄疫病毒O/NY00株基因组L片段的克隆及其基因特征

采用RT—PCR方法对口蹄疫病毒O／NY00株基因组L片段进行了分子克隆和序列测定。结果表明：获得的O／NY00株基因组L片段长7805nt,其中包括715nt的5’非编码区和6999nt的多聚蛋白编码区。将O／NY00株与其它参考毒株进行序列比较,结果显示：O／NY00株与O／SKR／2000、O／1JKG／3／2001遗传关系最近,而与其它毒株遗传关系较远,属于0型口蹄疫ME-SA拓扑型Pan／ksia株的成员。与Cathay拓扑型的代表毒株O／TAW／97比较,两者在主要抗原位点1和位点3呈现出明显的以拓扑型为特征的氨基酸差别,提示两拓扑型毒株之间有较高的抗原差异。     

森林脑炎病毒疫苗株的全基因组序列分析

实验设计针对森林脑炎病毒的特异性引物,以被森林脑炎疫苗株病毒感染的鼠脑组织中提取的总RNA为模板,用PCR方法分段逆转录合成、扩增序列并测序,应用DNASTAR软件比较分析。结果表明,该病毒疫苗株的全基因组由10782个核苷酸组成,编码3414个氨基酸。森林脑炎疫苗株病毒全基因序列的测定,为研究该病毒疫苗株的生物学特性提供了分子基础。     

鹅源新城疫病毒ZJ1株全基因组的序列测定

依据GenBank上公布的新城疫病毒(NDV)的基因序列,自行设计了9对引物,运用反转录一聚合酶链反应(RT—PCR)获取覆盖NDV鹅源毒株ZJ1株全基因组的部分重叠片段。病毒RNA的5’及3’端的序列由cT)NA末端快速扩增技术(RACE)获取。整个病毒基因组序列由15192个碱基组成,比GenBank上公布的其它4个NDV毒株Beaudettec、B1、Lasota及Clone-30的全基因组序列长6个核苷酸。这6个核苷酸位于核衣壳蛋白(NP)基因内,相对于NDV毒株Lasota株全基因序列的1647nt～1648nt位。其它10个NDV毒株中的9个毒株也被验证具有此特征,且它们分属于3个不同的基因型。     

口蹄疫病毒China/99基因组RNA序列测定及比较分析

测定了1999年我国口蹄疫流行毒株(China/99, Tibet)基因组全序列, China/99基因组RNA全长8173个核苷酸(nt), 开放阅读框含盖6999 nt, 编码2332个氨基酸的聚合蛋白. 5′和3′非翻译区(UTR)分别长1081和93 nt. China/99与12株参考株基因组序列比较发现: China/99与英国2001年流行毒、海南和西藏1999年流行毒1d基因的序列同源性高达97%以上, 均属泛亚毒株; 在牛和猪FMDV的功能未知区、p2和p3区存在较为显著的核苷酸序列差异, 3a基因最为显著; l, 1a, 1b, 2a, 2c, 3b和3d基因没有核苷酸缺失或插入现象, 属于病毒必需基因; 口蹄疫病毒S片段、功能未知区和内部核糖体进入位点(IRES)二级结构均可分为3种类型. S片段和3′UTR折叠成一个三叶草类似结构.     

HCV基因组NS1区的分子克隆及序列测定

对广东省一名慢性丙型肝炎病人血清中的ＨＣＶ基因组ＮＳ１区进行分子克隆及序列测定。采用微粒吸附法提取ＨＣＶ ＲＮＡ,随机引物逆转录后进行聚合酶链反应。所用引物位于ＮＳ１区,扩增产物７８０ｂｐ在低熔点琼脂糖中电泳,加嘏相应条带处凝胶,与ｐＵＣ１８的连接批应直接在低熔点琼脂糖中完成。重组体转化ＪＭ１０９,挑取菌落增殖后提取的质粒采用ＰＣＲ和酶切法鉴定阳性克隆。将其中３２０ｂｐ的片段亚克隆到ｐＵＣ１８和ｐ     

狂犬病病毒aG株全基因组序列测定及遗传稳定性分析

目的探究狂犬病病毒(Rabies virus,RV)aG株全基因组序列特征及遗传稳定性。方法严格按疫苗生产工艺进行传代,提取主种子批、工作种子批及疫苗原液病毒RNA,通过RT-PCR技术扩增全基因组各片段基因,然后分别将其克隆到p GEM-T载体中,并进行序列测定;采用DNAStar软件包对aG株与Gen Bank中4aGV参考株(JN234411)以及18株基因1型RV参考株进行同源性分析。结果 aG株全基因组由11 925个核苷酸组成,共编码3 600个氨基酸。疫苗原液与主种子批全基因组核苷酸和氨基酸同源性均为100%,而工作种子批与主种子批的核苷酸与氨基酸同源性分别为99.97%和99.92%;aG株与4aGV参考株全基因组核苷酸与推导的氨基酸同源性均为99.9%,其与18株基因1型参考株核苷酸与氨基酸序列同源性分别为84.2%~97.6%和93.7%~98.3%;aG株传代病毒与4aGV参考株全基因组氨基酸序列高度保守,且各主要功能区未发生变异。结论狂犬病病毒aG株在实验室长期生产传代过程中,全基因组遗传特性稳定。     

麻疹病毒L4株基因组全序列的测定

将麻疹病毒L4株毒种接种于CEC细胞,传代培养及鉴定合格后,用Trizol法提取总RNA,进行分段RT-PCR扩增,并将PCR产物精制后测序分析。结果表明,成功测出麻疹病毒L4株15894 nt全基因组序列,为了解其基因组结构与生物功能的关系及研究开发麻疹病毒新型疫苗而奠定基础。     

我国森林脑炎病毒森张株编码区序列测定

为鉴定我国森林脑炎病毒亚型,了解基因组结构与生物功能的关系,同时为森林脑炎病毒新型疫苗研制打下基础,对森林脑炎病毒森张株编码区序列进行测定。根据已发表的Sofjin-HO、Oshima5-10株序列设计9对重叠引物,通过RT—PCR扩增不同的cDNA片段,分别克隆至pGEM—T载体,转化DH5α菌,挑阳性克隆PCR、酶切鉴定后测序。结果表明森张株编码区全长10245nt,编码3414个氨基酸。我国森林脑炎病毒森张株与Oshima5—10、Sofiin—HO、Sofiin同源性最近,属于远东亚型。     

口蹄疫病毒Asia1/YNBS/58株全基因组序列分析

口蹄疫是由口蹄疫病毒(Foot-and-mouth dis-ease virus,FMDV)感染引起的偶蹄动物(猪、牛、羊、骆驼等)共患的一种急性、烈性、接触性传染病。FMDV是小核糖核酸病毒科(Picornaviridae)口蹄疫病毒属(Aphthovirus)的成员,有7个血清型,分别为O、A、C、Asia1、SAT1、SAT2、SAT3,完整     

Generation of monoclonal antibodies against non-structural protein 3AB of foot-and-mouth disease virus

To identify linear epitopes on the non-structural protein 3AB of foot-and-mouth disease virus (FMDV), BABL/c mice were immunized with the 3AB protein and splenocytes of BALB/c mice were fused with myeloma Sp2/0 cells. Two hybridoma monoclonal antibodies (mAbs) cell lines against the 3AB protein of foot-and-mouth disease virus (FMDV) were obtained, named C6 and E7 respectively. The microneutralization titer was 1:1024 for mAb C6, and 1:512 for E7. Both mAbs contain kappa light chains, and were of subclass IgG2b. In order to define the mAbs binding epitopes, the reactivity of these mAbs against FMDV were examined by indirect ELISA. The results showed that both mAbs can react with FMDV, but had no cross-reactivity with Swine Vesicular Disease (SVD) antigens. The titers in abdomen liquor were 1:5×10⁶ for C6 and 1:2×10⁶ for E7. In conclusion, the mAbs obtained from this study are specific for the detection of FMDV, can be used for etiological and immunological researches on FMDV, and have potential use in diagnosis and future vaccine designs.     

口蹄疫病毒基因组内部核糖体进入位点一级和二级结构分析

以口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus,FMDV)强毒China/99株牛舌水泡皮为材料,用RT-PCR法提取RNA及扩增目的cDNA,然后与pGEM-T Easy载体连接并转化JM109菌株,再经重组质粒电泳、PCR和EcoRI酶切鉴定.用DNAstar软件比较了内部核糖体进入位点(IRES)的序列差异,并用RNAdraw软件绘制和分析了该区段的二级结构.8株FMDV IRES核苷酸序列比较表明该区段较为保守,并对非保守区域进行了分析.二级结构分析表明,FMDV IRES至少有3种二级结构图形:第一型有5个结构域,与Pilipenko等报道的一致;第二和三型分别有6和11个结构域,与Pilipenko等报道的结果不同.无论FMDV IRES二级结构如何不同,但单链区大部分核苷酸序列或基序相同,如AACUCC、GAAA、CUUU、AGG、AACC、GUAA等.茎环柄部核苷酸对维持二级结构的空间构像具有十分重要的作用,环中或单链区序列(基序)在维持其功能方面具有很重要的作用,如GAAA和CUUU基序分别是三级结构的组件和嘧啶区结合蛋白的结合位点.     

同源重组法制备口蹄疫病毒多基因重组腺病毒

通过细菌内同源重组的方法成功构建了含有O型口蹄疫病毒P1-2A和3C蛋白酶基因和3D基因的重组腺病毒表达载体.首先将P1-2A、3C和3D基因亚克隆连接到穿梭质粒pShuttle-CMV上,再将重组穿梭质粒用PmeI线性化后电转化携带有腺病毒骨架载体pAdeasy-1的大肠杆菌BJ5183感受态菌,经细菌内同源重组产生pAdcmv-p12x3c和pAdcmv-p12x3cd重组腺病毒质粒,经序列测定证实目的基因已正确的插入到腺病毒骨架载体中.重组腺病毒质粒经PacI线性化后转染HEK293细胞,转染1w内细胞出现典型病变.取转染细胞裂解液上清连续传代至第4代时,细胞于24~48h内即病变完全,收取接毒后24h细胞进行PCR和RT-PCR检测,表明目的基因已整合到腺病毒基因组内,且在mRNA水平上有表达.取第4、6、8和10代病毒,用蛋白酶K处理后可扩增出目的基因,证明此重组病毒可稳定存在.本研究为FMDV腺病毒活载体疫苗的研究奠定了基础.     

同源重组法制备口蹄疫病毒多基因重组腺病毒

通过细菌内同源重组的方法成功构建了含有O型口蹄疫病毒P1—2A和3C蛋白酶基因和3D基因的重组腺病毒表达载体。首先将P1—2A、3C和3D基因亚克隆连接到穿梭质粒pShuttle—CMV上,再将重组穿梭质粒用PmeI线性化后电转化携带有腺病毒骨架载体pAdeasy—1的大肠杆菌BJ5183感受态菌,经细菌内同源重组产生pAdcmv—p12x3c和pAdcmy—p12x3cd重组腺病毒质粒,经序列测定证实目的基因已正确的插入到腺病毒骨架载体中。重组腺病毒质粒经PacI线性化后转染HEK293细胞,转染1w内细胞出现典型病变。取转染细胞裂解液上清连续传代至第4代时,细胞于24～48h内即病变完全,收取接毒后24h细胞进行。PCR和RT—PCR检测,表明目的基因已整合到腺病毒基因组内,且在mRNA水平上有表达。取第4、6、8和10代病毒,用蛋白酶K处理后可扩增出目的基因,证明此重组病毒可稳定存在。本研究为FMDV腺病毒活载体疫苗的研究奠定了基础。     

Preparation and characterization of monoclonal antibodies against VP1 protein of foot-and-mouth disease virus O/China99

Monoclonal antibodies (McAbs) 1A9 and 9F12 against Foot-and-mouth disease virus (FMDV) serotype O were produced by fusing SP2/0 myeloma cells with splenocyte from the mouse immunized with O/China99. Both McAbs reacted with O/China99 but not with Asia 1, as determined by immunohistochemistry assay. The microneutralization titer of the McAbs 1A9 and 9F12 were 640 and 1 280, respectively. Both McAbs contain kappa light chains, but the McAbs 1A9 and 9F12 were IgG1 and IgM, respectively. In order to define the McAbs binding epitopes, the reactivity of these McAbs against VP1, P20 and P14 were examined using indirect ELISA, the result showed that both McAbs reacted with VP1 and P20. McAbs may be used for further studies of vaccine, diagnostic methods, prophylaxis, etiological and immunological researches on FMDV.     

口蹄疫病毒3D基因的克隆表达及功能分析

利用RT-PCR技术扩增了口蹄疫病毒(FMDV)编码RNA依赖的RNA聚合酶的3D基因,并将其克隆到原核表达质粒载体pET-28a(+)中.3D基因经测序确认后在大肠杆菌BL-21中表达,表达产物纯化的目的蛋白进行Western-blotting检测,获得分子量约55KDa的单一3D基因表达产物.利用RNA体外复制体系和荧光定量PCR技术,证明纯化的3D基因表达产物RNA依赖的RNA聚合酶具有较高的酶活性,可以在体外从头合成FMDV RNA,且主要以引物依赖的方式合成病毒基因组.     

新分离的副粘病毒Tianjin株的全基因组序列分析

副粘病毒Tianjin株是一株对普通棉耳狨猴具有高致病性,并可能与人类下呼吸道感染密切相关的毒株.为了明确其基因结构、变异特点及种系进化地位,采用RT PCR、测序和拼接,获得了副粘病毒Tianjin株全基因组序列,与GenBank登录的副粘病毒科7个属和尚未分类的28株病毒及7株仙台病毒代表株,进行同源性比较及系统进化分析.结果表明,副粘病Tianjin株属于副粘病毒科、副粘病毒亚科、呼吸道病毒属,与仙台病毒关系最近.基因组全长及组成规律与仙台病毒相似,只是L基因末尾A15240C变异而使L蛋白增加了一个谷氨酸残基.副粘病毒Tianjin株存在440个独特的核苷酸变异位点,导致110个氨基酸残基的改变,系统进化上构成独立的分支.副粘病毒Tianjin株在基因组序列、宿主亲嗜性和致病性等方面与已知仙台病毒存在较大的差异,可能代表仙台病毒的一个新基因型.     

马立克氏病病毒强毒GA株基因组BamH Ⅰ-L片段的序列分析

马立克氏病病毒（Ｍａｒｅｋ’ｓｄｉｓｅａｓｅｖｉｒｕｓ,ＭＤＶ）是一种能诱导鸡淋巴组织增生或淋巴肿瘤的细胞结合性疱疹病毒,由此而引起的马立克氏病（Ｍａｒｅｋ’ｓｄｉｓｅａｓｅ,ＭＤ）也是迄今为止唯一可以利用疫苗进行有效控制的肿瘤性疾病。鉴于此,作为研...