从我国分离的3株蛙虹彩病毒与FV3主要衣壳蛋白基因同源性的比较

近年来,由虹彩病毒引起的爬行动物、两栖动物和鱼类疾病已在美洲、欧洲、亚洲和澳洲等地普遍流行[1].虹彩病毒科(Iridoviridae)成员是直径大小为120nm～300nm的球形病毒,其基因为单分子线状双链DNA[2].形态学和血清学研究已初步揭示蛙虹彩病毒属(Ranavirus)有某种程度的相似性[1].分布于世界各地的虹彩病毒是否都具有基因同源性?同源性有多大?为了回答上述问题,Mao等首先对蛙虹彩病毒的代表株,即早年从美国分离到的Frog virus3(FV3)进行了分子生物学研究,克隆并测出了主要衣壳蛋白(major capsid protein,MCP)基因的序列,由此建立了水生动物虹彩病毒比较分子生物学方法[3,4].     

兔出血症病毒中国株衣壳蛋白基因的克隆和序列分析

应用RT-PCR技术,从兔出血症病毒中国分离株WX84中成功扩增出预期大小为1.7kb的特异性条带,将扩增产物提纯后克隆入pGEMR-T载体,经转化、筛选及酶切鉴定后,获得了该株病毒衣壳蛋白基因的克隆,序列分析表明扩增的中国株RHDV衣壳蛋白基因片段长度为1 740bp,共编码580个氨基酸.该核酸序列与其它国家报道的多株RHDV序列相互间同源性高达98.2%～99.0%,其推导的氨基酸序列同源性也达98.3%～99.1%,为极度保守片段.     

我国分离的盖塔病毒衣壳蛋白基因和3'非翻译区分子特征研究

对我国海南省和河北省分离到的3株盖塔病毒(GETV)(M1、HB0215-3和HB0234)进行衣壳蛋白基因和3'UTR区序列测定,并分析比较该病毒的分子生物学遗传特征.首先应用逆转录聚合酶链反应扩增出病毒衣壳蛋白基因和3'UTR片段,纯化后连接到载体中进行测序,然后用Clastal X和DNASTAR软件对测定的核苷酸和推测的氨基酸序列进行比较分析,用MEGA软件绘制系统发生树.3株病毒衣壳蛋白基因分别由801、804和804个核苷酸组成,分别编码267、268和268个氨基酸,3株病毒之间核苷酸和氨基酸序列同源性为97.6%～100%和97.8%～100%,与其他GETV分离株核苷酸同源性在95.4%～99.6%之间.3株病毒3'UTR分别由411、401和401个核苷酸组成,发现中国株存在10个(45～54位)核苷酸缺失和2个(64位、148位)特有的核苷酸位点.进化分析表明盖塔病毒之间的进化关系与分离年代相关,中国境内流行的盖塔病毒是相对独立的一个类群.     

我国分离的盖塔病毒衣壳蛋白基因和3′非翻译区分子特征研究

对我国海南省和河北省分离到的3株盖塔病毒(GETV)(M1、HB0215-3和HB0234)进行衣壳蛋白基因和3′UTR区序列测定,并分析比较该病毒的分子生物学遗传特征。首先应用逆转录聚合酶链反应扩增出病毒衣壳蛋白基因和3′UTR片段,纯化后连接到载体中进行测序,然后用Clastal X和DNASTAR软件对测定的核苷酸和推测的氨基酸序列进行比较分析,用MEGA软件绘制系统发生树。3株病毒衣壳蛋白基因分别由801、804和804个核苷酸组成,分别编码267、268和268个氨基酸,3株病毒之间核苷酸和氨基酸序列同源性为97.6%~100%和97.8%~100%,与其他GETV分离株核苷酸同源性在95.4%~99.6%之间。3株病毒3′UTR分别由411、401和401个核苷酸组成,发现中国株存在10个(45~54位)核苷酸缺失和2个(64位、148位)特有的核苷酸位点。进化分析表明盖塔病毒之间的进化关系与分离年代相关,中国境内流行的盖塔病毒是相对独立的一个类群。     

鸭肠炎病毒核衣壳蛋白基因的克隆与原核表达

目的：对DEV贵州分离株NP基因进行克隆与序列分析,构建NP基因的原核表达载体,分析NP基因原核表达产物的免疫反应性。方法：根据GeneBank登载的DENNP基因序列设计引物,对DEV贵州分离株进行PCR扩增、克隆和测序,采用生物信息学软件程序分析NP蛋白的氨基酸序列;将该基因插入到原核表达载体pET32a上进行原核表达和Western Blotting分析。结果：DEV贵州分离株NP基因全长759bp,核苷酸序列与参考株一致;NP基因编码蛋白相对分子量为27．1kDa,理论pI为5．89,肽链上第10．15、88．92和182．186区段及其附近区域可能是B细胞表位优势区;构建得到的重组质粒pET32-NP可表达出一条大小约为48kDa的蛋白,且能与兔抗DEN-IgG发生特异性结合。结论：NP基因在DEN基因组中高度保守,其原核表达产物具有良好的免疫反应性。     

兔出血症病毒中国株衣壳蛋白基因的克隆和序列分析

应用RT—PCR技术,从兔出血症病毒中国分离株WX84中成功扩增出预期大小为1．7kb的特异性条带,将扩增产物提纯后克隆入pGEM^R—T载体,经转化、筛选及酶切鉴定后,获得了该株病毒衣壳蛋白基因的克隆,序列分析表明扩增的中国株BHD衣壳蛋白基因片段长度为1740bp,共编码580个氨基酸。该核酸序列与其它国家报道的多株BHDV序列相互间同源性高达98．2％一99．0％,其推导的氨基酸序列同源性也达98．3％--99．1％,为极度保守片段。     

鹅细小病毒主要免疫原性蛋白基因的克隆与序列分析

利用PCR技术,从纯化鹅细小病毒SYG99-5毒株鹅胚尿囊液中扩增出病毒主要免疫原性蛋白基因.将该PCR扩增片段克隆入pGEMR-T质粒载体的HincⅡ和SacⅠ位点之间,酶切分析筛选并进一步通过Southern杂交验证后,获得含1.6kb基因片段的重组质粒GpG3.序列测定结果表明,该片段与国外已报道的GPV B株苷酸序列有96%的同源性,氨基酸序列有97%的同源性.     

Asia1型口蹄疫病毒分离株结构蛋白基因的克隆与表达

口蹄疫病毒结构蛋白氨基酸的变化是病毒抗原性变异的分子基础,大部分抗原表位位于主要的免疫原蛋白VP1上,部分非线性抗原表位位于VP2和VP3上.本研究首次成功测定了Asia1型口蹄疫病毒(YNBS/58)四种结构蛋白基因(p1区)的核苷酸序列,全长2199个碱基,编码733个氨基酸,该基因与Ind63/72、Pka3/54、Israel、China/99、C1/Germany、A22、ZIM7/83/2毒株的p1基因核苷酸序列同源性分别为88.4%、86.0%、89.3%、68.6%、67.6%、66.8%、50.3%,推导的氨基酸序列同源性分别为94.1%、93.2%、95.1%、79.9%、77.0%、76.5%、58.1%;将YNBS/58株与Ind63/72、Pka3/54、Israel株的vp1、vp2、vp3、vp4基因和编码蛋白分别进行同源性比较,发现VP1的序列变异最大,VP2、VP3、VP4次之,且VP1的氨基酸变异主要集中在42-50位和137-156位.实现了YNBS/58株结构蛋白基因在大肠杆菌中的高效表达,其表达的融合蛋白以包涵体形式存在,分子量约为88kDa,占菌体总蛋白的16%左右,并利用镍柱对目的蛋白进行了纯化,纯度达90%以上,本实验为进一步研究A-sia1型口蹄疫病毒的分子流行病学、p1基因及其编码蛋白的生物学功能奠定了基础.     

Asia1型口蹄疫病毒分离株结构蛋白基因的克隆与表达

口蹄疫病毒结构蛋白氨基酸的变化是病毒抗原性变异的分子基础,大部分抗原表位位于主要的免疫原蛋白VP1上,部分非线性抗原表位位于VP2和VP3上。本研究首次成功测定了 Asia1 型口蹄疫病毒(YNBS/58)四种结构蛋白基因( p1 区)的核苷酸序列,全长 2199 个碱基,编码 733 个氨基酸,该基因与 Ind63/72、Pka3/54、Israel、China/99、C1/Germany、A22、ZIM7/83/2 毒株的 p1 基因核苷酸序列同源性分别为 88. 4%、86. 0%、89. 3%、68.6%、67.6%、66.8%、50.3%,推导的氨基酸序列同源性分别为 94.1%、93.2%、95.1%、79.9%、77.0%、76.5%、58.1%;将YNBS/58株与 Ind63/72、Pka3/54、Israel株的 vp1、vp2、vp3、vp4 基因和编码蛋白分别进行同源性比较,发现VP1的序列变异最大,VP2、VP3、VP4次之,且VP1的氨基酸变异主要集中在 42-50 位和 137-156 位。实现了YNBS/58株结构蛋白基因在大肠杆菌中的高效表达,其表达的融合蛋白以包涵体形式存在,分子量约为88kDa,占菌体总蛋白的16%左右,并利用镍柱对目的蛋白进行了纯化,纯度达 90%以上,本实验为进一步研究 A sia1型口蹄疫病毒的分子流行病学、p1基因及其编码蛋白的生物学功能奠定了基础。     

圆环病毒Cap基因及其编码的衣壳蛋白研究进展

圆环病毒负义链上的Cap基因是基因组中变化最大的基因,其编码病毒的衣壳蛋白,具有良好的免疫原性,N端的核定位信号与病毒的定位有关。本文对圆环病毒Cap基因的序列特点、编码衣壳蛋白氨基酸序列的特点、基本功能、在病毒复制、运输中的作用以及与MKRN1蛋白、热激蛋白Hsp40、受体蛋白gC1qR、补体因子C1qB的相互作用进行了总结,旨在阐明衣壳蛋白在病毒吸附、复制以及运输中发挥着重要作用,为今后深入研究提供重要的理论依据。     

鳜传染性脾肾坏死病毒主衣壳蛋白基因结构及序列分析

分析了鳜传染性脾肾坏死病毒(infectious spleen and kidney necrosis virus,ISKNV)的主衣壳蛋白(MCP)基因结构及其序列。对ISKNV DNA Kpn I L酶切片段的序列分析结果发现,该序列中含有完整的MCP基因。ISKNV MCP基因完整读码框为1362bp,比含量为56．24％,编码一个长为453aa、分子量为49．61kD、等电点为6．25的推定蛋白。结构分析发现,该基因具有启动子元件TATA框和CAAT基序。根据对虹彩病毒MCP系统进化树和脊椎动物虹彩病毒的生物学特性的分析比较发现,ISKNV、RSIV、SBIV、GIV和ALIV等在养殖海、淡水鱼类中引起其脾、肾、固有层和表皮细胞肿大的虹彩病毒,是独立于蛙病毒属和淋巴囊肿病毒属的又一新脊椎动物虹彩病毒类群。     

大蒜花叶病毒外壳蛋白基因cDNA的克隆和序列分析

我们从自然发病的大蒜中分离得到了大蒜花叶病毒。以其基因组ＲＮＡ为模板合成了３＇末端部分ｃＤＮＡ。从中选出一批插入片段在２．０ｋｂ以上的重组克隆,经Ｎｏｒｔｈｅｒｎ点杂交分析证实了所选克隆与基因组ＲＮＡ同源。通过对若干个克隆的插入片段两端部分序列的测定,选出一个克隆ｐＧＭ４９５,其插入片段的长度约为２．４ｋｂ,３′末端存有一个Ｐｏｌｙ（Ａ）结构,它应包含了编码该病毒外壳蛋白全部序列。序列测定的结果表明,这个ｃＤＮＡ片段全长为２３７９ｂｐ,其中含有与酶切图谱分析结果相符的ＥｅｏＲＩ、ＰｓｔＩ及ＢａｍＨＩ酶切位点。第一个终止密码子ＴＡＡ与３′ｇ末端相距２６４ｂｐ,我们根据碱基序列推定的氨基酸序列与其它已发表的Ｐｏｔｙｖｉｒｕｓ的外壳蛋白氨基酸序列以及外壳蛋白翻译后加工的蛋白酶专一切点相比较后推测,编码该病毒外壳蛋白序列可能起始于３′末端上游的１１７０ｂｐ处,共编码３０２个氨基酸,其分子量为３６ｋＤ,略大于ＳＤＳ－ＰＡＧＥ所测定的３３ｋＤ,非编码区域长２６４ｂｐ,富含ＡＴ,并有多个终止密码子的存在。趾３′末端３２～２７ｂｐ处有一个ＡＡＴＡＡ序列。     

鳜传染性脾肾坏死病毒主要衣壳蛋白基因的原核表达

根据鳜鱼传染性脾肾坏死病毒(Infectious spleen and kidney necrosis virus, ISKNV)主要衣壳蛋白(Major Capsid protein, MCP)基因(mcp)序列设计引物,PCR扩增得到一长约1400bp的DNA片段, 将其克隆到pGEM-T Easy Vector.氨基酸亲水性分析表明,在150-250位氨基酸之间亲水性很高,可构成主要抗原决定簇及形成跨膜区.mcp基因经PCR改造后克隆至原核表达载体pBV220,构建表达MCP的大肠杆菌基因工程菌,该工程菌经42℃诱导,SDS-PAGE检测,在约50kDa处有一特异蛋白带,含量约为菌体总蛋白的23%.用纯化和复性后的蛋白免疫新西兰大白兔制备抗血清,Western-blotting分析显示,重组MCP制备的抗血清能与ISKNV MCP特异结合,说明表达产物具有与ISKNV MCP相似的抗原特性.     

鳜传染性脾肾坏死病毒主要衣壳蛋白基因的原核表达

根据鳜鱼传染性脾肾坏死病毒(Infectious spleen and kidney necrosis virus,ISKNV)丰要衣壳蚩白(Major Capsid protein,MCP)基因(mcp)序列设计引物,PCR扩增得到一长约1400bp的DNA片段,将其克隆到pGEM-T Easy Vector。氨基酸亲水性分析表明,在150—250位氨基酸之间亲水性很高,可构成主要抗原决定簇及形成跨膜区。mcp基因经PCR改造后克隆至原核表达裁体pBV220,构建表达MCP的大肠杆菌基因工程菌,该工程菌经42℃诱导,SDS—PAGE检测,在约50kDa处有一特异蛋白带,含量约为菌体总蛋白的23％。用纯化和复性后的蛋白免疫新西兰大白兔制备抗血清,Western—blotting分忻显示,重组MCP制备的抗血清能与ISKNV MCP特异结合,说明表达产物具有与ISKNV MCP相似的抗原特性。     

水稻矮缩病毒小外壳蛋白基因的合成、克隆和序列分析

从感染水稻矮缩病毒(RDV)的水稻叶片中分离纯化了RDV,用人工合成的寡核苷酸为引物,合成了长度为1.0kb的小外壳蛋白基因,经PCR扩增后,克隆至pUC-19载体上。以双脱氧链终止法测序得到其全长序列,同已发表的RDV日本分离物小外壳蛋白基因序列相比有很高的同源率。     

Cloning and Sequencing of Coat Protein Gene of Papaya Ringspot Virus and Sequence Comparison of Strains of PRV-P and PRV-YS

Papaya rinspot virus (PRV) was isolated and purified from infected papaya (Carica papaya L. )leaves in Hainan Island. The first strand of cDNA was synthesized with Olig(dT)as a primer. The coat protein gene of PRV was obtained by PCR techniques with primers synthesized accoding to the DNA sequence of PRV-P. Full length of cDNA clone encoding coat protein of PRV was sequenced and analysed. The result shows that the strain of PRV we isolated contains 881 nucleotides with 287 amino acids. Sequences among several strains of PRV were compared and it indicates an over 90% homology in DNA sequence of PRV-G the strain we isolated with PRV-P and PRV-YS. Highly convered sequence was located in carboxyl end and interestingly highly variable region was in N-terminal.     

SEN病毒中国株流行病学研究及克隆和序列分析

为了解SEN病毒中国株的流行病学及基因序列 ,采集肝炎患者 (甲～戊型 )、非甲～非戊型肝炎患者、ALT升高的婴幼儿、尿毒症患者、静脉毒瘾者和健康体检人群的血清标本 ,用巢式PCR检测SEN病毒 ,结果他们的检出率依次为 13 3%、2 0 5 %、4 8%、5 8%、5 7%和 0。PCR获得了两种不同长度阳性片段。选取 5份阳性PCR产物进行纯化、连接及转化 ,获取重组克隆 ,命名为 pGCEM -SENVL(1、2、3)、pGEM -SENVS(1、2 ) ,进行DNA序列分析。结果与SEN病毒 (AX0 2 5 6 6 7)序列同源性分别为 87 7%、76 1%、88 2 %、72 7%和 78 8%。首次发现我国存在SEN病毒散发感染 ,并存在不同于SEN病毒 (AX0 2 5 6 6 7)的中国变异株 ,而且有同一患者存在两种变异株的复合感染     

Crystal Structure of the Capsid Protein from Zika Virus

Recently, Zika virus (ZIKV) emerged as a global public health concern and is distinct from other flaviviruses in many aspects, for example, causing transplacental infection, fetal abnormalities and vector-independent transmission through body fluids in humans. The capsid (C) protein is a multifunctional protein, since it binds to viral RNA in the process of nucleocapsid assembly and plays important roles in virus infection processes by interacting with cellular proteins, modulating cellular metabolism, apoptosis and immune response. Here we solved the crystal structure of ZIKV C protein at a resolution of 1.9 Å. The ZIKV C protein structure contains four α helices with a long pre-α1 loop and forms dimers. The unique long pre-α1 loop in ZIKV C contributes to the tighter association of dimeric assembly and renders a divergent hydrophobic feature at the lipid bilayer interface in comparison with the known C structures of West Nile and dengue viruses. We reported the interaction between the ZIKV C protein and lipid droplets through confocal microscopy analysis. Substitutions of key amino acids in the pre-α1 loop of ZIKV C disrupted the interaction with lipid droplets, indicating that the loop is critical for membrane association. We also recognized that ZIKV C protein possesses broad binding capability to different nucleotide types, including single-stranded and double-stranded RNAs or DNAs. Furthermore, the highly positively charged interface, mainly formed by α4 helix, is proposed to be responsible for nucleotide binding. These findings will greatly enhance our understanding of ZIKV C protein, providing information for anti-ZIKV drug design targeting the C protein.