碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌基因型检测及同源性分析

目的了解福建医科大学附属第一医院耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（KPC）的耐药基因分型及同源性分布情况。方法收集临床分离的29株KPC,改良Hodge试验检测碳青霉烯酶表型。PCR检测碳青霉烯酶blaKPC、blaIMP-1、blaVIM-1、blaOXA-48及blaNDM-基因;阳性结果进行DNA测序,并进行BLAST比对确定其基因型。采用肠杆菌科基因间重复序列（ERIC—PCR）对KPC进行同源性分析。结果29株KPC中Hodge试验阳性27株,阳性率为93．1％（27／29）。PCR扩增和DNA测序显示28株为blaKPC-2,株为blaIMP-1,未检出blaVIM-2、blaOXA-48和blaNDM-1基因。同源性分析发现KPC主要存在两种型别：28株A1和1株A2。结论blaKPC-2型碳青霉烯酶是该院KPC的主要型别,A1型已在该院流行,应加强院感监测和预防。ERIC—PCR是一种简便、快捷的基因分型技术,适合同源性的初步分型筛查。     

耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的耐药机制研究

目的了解碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌及耐药机制。方法对2012-2013年临床分离的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌共计12株进行分析,药敏采用MIC方法检测,用WHONET 5.6软件进行分析,KPC表型检测采用改良Hodge试验,基因检测采用PCR方法。结果 12株碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌改良Hodge试验阴性,基因测序为KPC-2型。结论 KPC-2基因是引起本院肺炎克雷伯菌耐药的主要原因。     

血液中肺炎克雷伯菌碳青霉烯类耐药危险因素的调查

目的探讨血液中分离的肺炎克雷伯菌耐碳青霉烯类抗菌药物的危险因素,为临床治疗提供理论依据。方法回顾性收集2009年6月至2012年12月期间血液中分离出肺炎克雷伯菌的住院患者的临床资料,采用病例对照研究,单因素分析和多因素Logistic回归分析血液感染肺炎克雷伯菌耐碳青霉烯类抗菌药物的危险因素。结果泌尿道插管、血型(A型)、使用氨基糖苷类及抗真菌类抗菌药物是血液感染肺炎克雷伯菌耐碳青霉烯类抗菌药物的独立危险因素。结论临床治疗过程中,需要特别注意的环节是:泌尿道插管;氨基糖苷类和抗真菌类抗菌药物的合理使用。     

肺炎克雷伯菌产碳青霉烯酶特性与耐药趋势研究

目的探讨临床分离的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae carbapenem-resistant,CRKP)的耐药机制及耐药趋势,为抗感染治疗提供依据。方法收集2008-2013年分离的CRKP 178株,分别运用VITEK-2 Compact全自动细菌分析仪和K-B纸片法检测菌株对药物的敏感性,改良Hodge试验确定是否产碳青霉烯酶以及EDTA抑制试验确定是否产金属酶,用PCR扩增和基因测序技术检测耐药基因。结果临床分离出肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumonia,Kpn)中CRKP的比例从2008年0.1%升至2013年2.2%,呈明显上升趋势;药敏结果显示,其对碳青霉烯类高度耐药外,对头孢曲松、氨曲南、环丙沙星等多种抗菌药物呈现出多重耐药;改良Hodge试验阳性170株(阳性率为95.5%);EDTA双纸片协同试验阳性1株(阳性率为0.6%)。PCR共检出150株携带KPC-2酶基因(blaKPC-2),阳性率为84.3%(150/178),1株肺炎克雷伯菌同时携带blaKPC-2和blaIMP-4,占0.6%(1/178)。结论台州医院分离的CRKP比例逐年升高,对多种抗菌药物高度耐药,产KPC-2型碳青霉烯酶是分离菌株对碳青霉烯类抗菌药物耐药主要原因。     

福建某基层医院CRE碳青霉烯类耐药基因分析

目的 对福建省南平市第二医院分离的碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌进行碳青霉烯类基因和其他β-内酰胺类耐药基因检测。方法 收集碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌,采用Vitek-2 Compact全自动细菌鉴定/药敏仪器进行细菌鉴定和药敏试验;采用改良Hodge试验对实验菌株进行表型检测;利用PCR及测序法对常见的碳青霉烯类和β-内酰胺类耐药基因进行检测;质粒接合试验检测碳青霉烯类耐药基因是否具有可转移性。结果 共收集到4株碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌,呈多重耐药性。2株改良Hodge试验阳性。试验菌株均检出碳青霉烯类耐药基因（NDM-1、IMP-8或VIM-2）,并同时携带有其他β-内酰胺类基因;4株细菌中有3株的碳青霉烯类耐药基因接合成功。结论 碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌已在福建基层医院出现,并具有一定传播性,应引起相关主管部门的注意,以防耐药菌的流行。     

基于转录组测序的黄芩素对碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌的研究

目的 通过转录组测序(RNA sequencing, RNA-Seq)初步探讨黄芩素对碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)的作用机制。方法 采用VITEK MS质谱检测仪和Vitek2-Compact药敏分析对菌株T3进行鉴定和药敏试验。通过微量肉汤稀释法测定黄芩素(baicalein, BE)对碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌T3的最低抑菌浓度(minimum inhibitory concentration, MIC)。用Illumina NovaSeq 6000转录组测序平台对1/2 MIC黄芩素处理的肺炎克雷伯菌株T3和正常对照组进行RNA-Seq;利用Trimmomatic、Rockhoppe、edgeR和Goatools等生物信息学工具软件处理转录组数据,并分析得到的2组间差异表达基因、基因本体论(gene ontology, GO)注释、GO富集及KEGG代谢通路。结果 菌株T3为对碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌,黄芩素对碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌T3的MIC为160μg/mL。与对照组相比,黄...     

肺炎克雷伯菌碳青霉烯酶检测方法的研究进展

碳青霉烯类抗生素是治疗产超广谱β-内酰胺酶以及高产头孢菌素酶肠杆菌科细菌感染最有效的药物.但近年来,出现越来越多对其耐药的细菌,其中肺炎克雷伯菌碳青霉烯酶(Klebsilla pneumoniae carbapenemase,KPC)是引起肠杆菌科细菌对碳青霉烯类耐药的主要机制,目前产KPC细菌呈世界范围流行趋势,且其感染死亡率高,故需快速、灵敏的检测方法,以提高感染患者治愈率.     

耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌对多黏菌素耐药性的研究进展

多黏菌素是目前临床治疗耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)感染为数不多的抗生素.近年来,对多黏菌素耐药的CRKP显著增加,为临床抗感染治疗带来前所未有的挑战.目前,CRKP对多黏菌素耐药的可能机制主要包括表达质粒介导的mcr基因、激活...     

铜绿假单胞菌对碳青霉烯类抗生素耐药相关基因的筛选

为了在基因组水平筛选获得铜绿假单胞菌PAO1对碳青霉烯类抗生素耐药相关基因,本研究通过构建PAO1转座突变体文库、筛选对亚胺培南、美罗培南和比亚培南耐药及敏感突变株;通过随机PCR、核苷酸测序及序列比对的手段,确定了突变体中转座子的插入位点及其破坏的基因,获得了48个PAO1中对碳青霉烯类抗生素耐药和敏感相关的基因,其中27个基因突变后表现为耐药性增强,21个基因突变后表现为药物敏感性增强.本实验筛选获得的48个基因中有5个与Alvarez-Ortega和Dotsch等人筛选的基因重复.通过对PA0011,PA0667及PA3901进行基因敲除及遗传互补,进一步确证这3个基因均与PAO1对碳青霉烯类的耐药性相关.本次筛选发现了38个新的与碳青霉烯类耐药相关的基因,其中包括13个class4类基因.对这些新基因的进一步研究,不仅有利于全面了解铜绿假单胞菌的耐药机制及其调控网络,而且有利于药物作用靶点的发现,为有效治疗铜绿假单胞菌的感染提供新思路.     

血流感染碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌的耐药分析及同源性研究

本研究旨在探讨血流感染碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumonia, CRKP)的耐药特点、分子分型特征和菌株同源性,为CRKP感染的临床诊治和预防控制提供理论参考。收集2015年4月至2018年3月期间就诊于上海市某三甲医院患者血标本分离的肺炎克雷伯菌(KP)非重复菌株,采用VITEK 2 Compact全自动细菌鉴定仪鉴定细菌并进行药物敏感性试验,共获得51株CRKP。对CRKP菌株使用纸片扩散法或琼脂稀释法进行15种抗菌药物的敏感性试验;采用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)检测碳青霉烯酶基因型;通过脉冲场凝胶电泳和多位点序列分型(MLST)技术分析菌株同源性。结果显示,51株CRKP对检测的15种临床常用抗菌药物呈广泛耐药,对其中的哌拉西林、头孢唑啉、头孢吡肟、头孢噻肟、头孢呋辛、头孢他啶、头孢哌酮/舒巴坦、哌拉西林/他唑巴坦和环丙沙星耐药率为100%;对阿米卡星、庆大霉素和复方新诺明的耐药率较高,分别为76.5%、90.2%和62.8%;对替加环素耐药率较低,为3.9%。51株CRKP均检测出blaKPC基因,经测序鉴定为blaKPC-2基因,提示产KPC-2是CRKP对碳青霉烯类耐药的主要机制。MLST检测到4种ST型别,以ST11型为主,共 43株(84.3%),另有ST15型6株(11.8%),ST4845型1株及1株新分型。51株CRKP的PFGE图谱相似性系数在62.9%～100%,可分为19个簇(A-S簇),每簇分别包含1～12个菌株。其中A簇(13.7%)和G簇(23.5%)包含的菌株相对较多,且MLST分型均为ST11型,为优势簇。G簇包含7个型别,G4型为主要克隆菌株。 ST11型为CRKP的主要型别,PFGE分析表明该院存在菌株的克隆传播,应规范抗菌药物使用,同时加强细菌耐药性监测和医院内感染的防控工作。     

Klebsiella ornithinolytica sp. nov., formerly known as ornithine-positiveKlebsiella oxytoca

The nameKlebsiella ornithinolytica sp. nov. is proposed for a group ofKlebsiella strains referred to previously as NIH Group 12 at the National Institute of Health, Tokyo. The members of this species are Gram-negative, encapsulated, nonmotile rods with the general characteristics of the familyEnterobacteriaceae and of the genusKlebsiella. They give positive results in tests for indole production, Voges-Proskauer, citrate utilization, lysine and ornithine decarboxylases, urease, -galactosidase, malonate utilization, growth in KCN, and esculin hydrolysis, and they produce acid and gas fromd-glucose, and acid froml-arabinose, cellobiose, lactose, melibiose, raffinose, rhamnose, sucrose, trehalose,d-xylose, adonitol,d-arabitol, myo-inositol, sorbitol, arbutin, salicin, -methyl-d-glucoside, and mucate. They give negative drolysis, DNase, pectinase, and acid production fromd-arabinose, melezitose, and dulcitol. They can grow at 4°C and 42°C, and do not produce any pigment. DNA relatedness of eight strains ofKlebsiella ornithinolytica to three strains including the type strain of this species averaged 88% in reaction at 75°C. DNA relatedness to the already recognizedKlebsiella species inEnterobacteriaceae was 1 to 20%. Phenotypic and DNA relatedness data also indicated that a group of organisms referred to as Enteric Group 47 orKlebsiella Group 47 at the Centers for Disease Control (Atlanta, Georgia) was identical withK. ornithinolytica. The type strain ofK. ornithinolytica is NIH 90-72 (JCM 6096).     

肺炎克雷伯菌CS309耐药基因检测和NDM-1基因的克隆及原核表达

目的 检测产NDM-1肺炎克雷伯菌CS309是否同时携带产IMP、VIM型金属β-内酰胺酶或KPC型碳青霉烯酶的耐药基因,同时构建NDM-1基因原核表达质粒,并在大肠埃希菌中进行表达。方法 采用聚合酶链反应（PCR）扩增IMP、VIM和KPC耐药基因;以产NDM-1肺炎克雷伯菌CS309为DNA模板,PCR扩增NDM-1全长,并将其与pGEM-T克隆载体连接后转化至大肠埃希菌DH5α,继而对阳性克隆进行双酶切,将酶切片段与pET-28a(+)表达载体连接,并转化大肠埃希菌BL21,再用异丙基-β-D-硫代半乳糖苷（IPTG）诱导蛋白表达,并采用SDS-PAGE和Western blot技术验证NDM-1蛋白。结果 经PCR和测序证实,该菌同时携带NDM-1和IMP-4两种金属酶基因,未扩增出VIM、KPC耐药基因。经双酶切和测序证实,原核表达质粒pET-28a(+)-NDM-1构建成功。SDS-PAGE发现,重组菌株经诱导后在28 kDa附近有明显条带,与预期蛋白大小27.9 kDa一致。Western blot表明诱导产生的融合蛋白可与NDM-1抗体特异性结合。结论 肺炎克雷伯菌CS309同时携带NDM-1和IMP-4两种金属酶基因;成功构建了NDM-1基因的原核表达质粒,该质粒在大肠埃希菌BL21中高效融合表达。     

Klebsiella pneumoniae Produces No Histamine: Raoultella planticola and Raoultella ornithinolytica Strains Are Histamine Producers

Histamine fish poisoning is caused by histamine-producing bacteria (HPB). Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca are the best-known HPB in fish. However, 22 strains of HPB from fish first identified as K. pneumoniae or K. oxytoca by commercialized systems were later correctly identified as Raoultella planticola (formerly Klebsiella planticola) by additional tests. Similarly, five strains of Raoultella ornithinolytica (formerly Klebsiella ornithinolytica) were isolated from fish as new HPB. R. planticola and R. ornithinolytica strains were equal in their histamine-producing capabilities and were determined to possess the hdc genes, encoding histidine decarboxylase. On the other hand, a collection of 61 strains of K. pneumoniae and 18 strains of K. oxytoca produced no histamine.     

Klebsiella pneumoniae produces no histamine: Raoultella planticola and Raoultella ornithinolytica strains are histamine producers

Histamine fish poisoning is caused by histamine-producing bacteria (HPB). Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca are the best-known HPB in fish. However, 22 strains of HPB from fish first identified as K. pneumoniae or K. oxytoca by commercialized systems were later correctly identified as Raoultella planticola (formerly Klebsiella planticola) by additional tests. Similarly, five strains of Raoultella ornithinolytica (formerly Klebsiella ornithinolytica) were isolated from fish as new HPB. R. planticola and R. ornithinolytica strains were equal in their histamine-producing capabilities and were determined to possess the hdc genes, encoding histidine decarboxylase. On the other hand, a collection of 61 strains of K. pneumoniae and 18 strains of K. oxytoca produced no histamine.     

碳青霉烯酶在碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯杆菌的分布及分子流行病学

目的了解碳青霉烯酶在碳青霉烯类抗生素耐药肺炎克雷伯杆菌的分布及其分子流行病学。方法收集我院2010年1月至2012年12月分离的碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯杆菌120株,采用改良Hodge试验及EDTA协同试验进行碳青霉烯酶表型的确认,用PCR方法扩增碳青霉烯酶基因(KPC、IMP、NDM、VIM、OXA-48),经电泳检测扩增产物后纯化测序。通过MLST及ERIC-PCR进行分子流行病学分析。结果120株碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯杆菌中,95株CRKP菌株改良Hodge试验阳性,64株菌株EDTA协同试验阳性。经PCR及测序确认,83株主要携带KPC-2型碳青霉烯酶,占69.2%;其次为IMP-4型金属酶,占28.3%(34/120),NDM-1型金属酶15株,占12.5%,未发现VIM和OXA-48碳青霉烯酶。ERICPCR及MLST分型显示出20个基因分型,其中ST395-A型和ST11-B型主要流行于产KPC-2型菌株中,占43.88%;ST263-B型和ST15-C型主要流行于产NDM-1菌株中,占13.27%;而ST11-B型主要分布于产IMP-4和KPC-2菌株中,占24.49%。结论我院碳青霉烯酶耐药肺炎克雷伯杆菌存在多种碳青霉烯酶,主要以KPC-2为主,产不同种类碳青霉烯酶菌株存在不同的流行基因型。