CRISPR在细菌分型和进化中的研究进展

规律成簇的间隔的短回文重复序列（CRISPR）是近年发现的一类存在于古细菌和细菌基因组内的结构,该结构可以使细菌获得对外源DNA如质粒和噬菌体的免疫,同时由于其结构的多态性,也可作为细菌分型和进化研究的位点。简要综述了CRSIPR系统的基本结构,及其在分型和进化应用方面的研究进展。     

细菌与石油污染的治理

简述了石油污染及其生物治理方法     

不动杆菌属的分型研究

本文综述了用于不动杆菌属的１２种分型方法,认为生物分型和抗菌谱分型简便易行,细胞包膜蛋白图谱分型特异性较强,质粒分型不太稳定,脂肪酸分型敏感性差,血清分型和酯酶分型尚需进一步研究,分子生物学分型具有广阔的前景。目前主张联合分型。     

绿脓杆菌分子分型方法研究进展

绿脓杆菌是一种常见的人畜共患机会致病菌,广泛存在于自然界,是造成实验动物污染和医院内感染的重要病原菌之一。分子分型方法是病原菌流行病学分析的重要手段,对于确定感染来源和途径,检测交叉污染和流行菌株方面非常有效。本文主要对绿脓杆菌分子分型方法的研究进展进行综述。     

粘细菌产生的水解酶类研究进展

粘细菌隶属于δ变形菌纲(Deltaproteobacteria),是重要的药源微生物类群,但是其分离培养困难,严重限制了粘细菌资源的发掘和开发利用。粘细菌是微生物捕食者,通过产生丰富多样的胞外水解酶,如淀粉酶、蛋白酶、几丁质酶、纤维素酶、磷酸酶、蛋白酶等来裂解其他微生物或分解纤维素等作为营养物质来源。目前,粘细菌分离纯化技术主要是利用被捕食菌或纤维素诱导法。可以说,粘细菌胞外水解酶是研究其分离培养方法的物质基础。然而,目前研究者们对粘细菌产生的水解酶类关注较少。本文主要对粘细菌产生的水解酶种类、性质及其功能进行归纳总结,为今后粘细菌分离培养技术和开发利用等相关研究提供参考。     

细菌冶金

本文论述了参与细菌冶金的微生物及其作用机制,以及细菌冶金在目前的应用状况,并对其优缺点作了论述。     

细菌的鉴定

尽管鉴定工作方案和分类工作方案有时表面上相似,但实际上是两回事。鉴定工作方案是根据一群有机体所共同具有的(或缺少的)一个,几个或一组特征为基础而制定出来的,因此只有当一群有机体被分类过以后,它的鉴定方案才能被设计出来。鉴定中所使用的特征一般并不包括分类研究中所使用的那些复杂的实     

植物种子内生细菌组的研究进展

种子是种子植物的繁殖器官,也是多种有益微生物和病原菌的传递载体。种子微生物与植物的生长发育、健康程度、品质及产量等密切相关。随着微生物生态学和微生物组学技术的发展,国内外有关植物微生物组的研究突飞猛进,尤其植物微生态相关的根际微生物组和叶际微生物组的研究已经成为焦点和热点。相比之下,对植物种子内生微生物组的研究还尚未引起足够的重视。细菌是种子内生微生物的主要类群,本文将重点从种子内生细菌的类群组成、生物学功能、传播途径和核心微生物组四个方面对近年来的研究进展进行概括总结,剖析当前种子内生微生物组研究领域亟待解决的问题以及未来的研究方向与思路。     

乳酸菌的细菌素

乳酸菌的细菌素山东大学微生物所济南２５０１００刘稳,马桂荣山东医科大学微生物教研室济南２５００１２朱文淼长期以来,乳酸菌广泛应用于乳制品、蔬菜、水果及肉食品的发酵与防腐中。许多乳酸菌除产生乳酸、乙酸和过氧化氢外,还可产生一些具有抑菌生物活性的细菌素（...     

一种新的细菌荚膜染色方法

一种新的细菌荚膜染色方法孙迅,王宜磊,朱陶（山东省菏泽高等师范专科学校生物系,２７４０１５）本文推荐一种用淀粉作为背景衬托基质的细菌荚膜染色法。该法能够较好地适用于实验教学常用菌株如圆褐固氮菌等的荚膜染色。荚膜染色无论在实验教学还是在细菌学鉴定等方面...     

大肠埃希氏菌的分型方法及其研究进展

大肠埃希氏菌是一种条件性致病菌,致病性的大肠埃希氏菌具有高度的传染性,会严重危害健康。快速准确地测定大肠埃希氏菌的污染来源对有效缩小疫情影响范围极有帮助,从而避免对人类健康和经济贸易造成重大损失。建立简便高效的分型方法是微生物溯源的关键,常见的大肠埃希氏菌分型方法可分为表型分型和分子分型,这些分型方法各有优劣,具有不同的适用范围。本文详细介绍了大肠埃希氏菌的分型方法,并对国内外大肠埃希氏菌分型的研究进展进行综述,为致病菌溯源方法的选择提供参考依据,对防御并控制致病菌引起的流行病传播具有重要的意义。     

MALDI-TOF MS对肺炎链球菌鉴定与分型的应用

目的 探讨MALDI-TOF MS对肺炎链球菌鉴定和质谱分型的应用价值。方法 收集2009年1月至2013年5月温州医科大学附属第二医院临床分离的112株肺炎链球菌标本,采用Optochin敏感试验和全自动细菌分析仪对收集的菌株进行鉴定验证,并用Microflex MALDI-TOF质谱仪进行分析鉴定。根据质谱图的相似性进行细菌同源聚类树分析并构建质谱分型模型,采用荚膜肿胀试验对参与分型的菌株进行血清型比较。结果 除20株不符合检测条件之外,92株临床菌株和1株标准株经质谱分析均为肺炎链球菌,选取的60株菌株以0.5的差异水平,将60株肺炎链球菌分为18个质谱型别,在这些菌株的血清分型中有19F、19A、23F、23A、3和14六个血清型别,分布于不同的MALDI-TOF MS分型中,其中19F有18株,占30%（18/60）,分布在6种不同的MALDI-TOF MS分型中,也有3型血清型较为集中地分布于相应的MALDI-TOF MS一个型别里。结论 MALDI-TOF MS能快速、准确、简便地鉴定肺炎链球菌,且能达到种的水平。对比血清型,按照0.5差异水平,建立的18个质谱分型部分的型别与血清型有一致性,但也存有差异。     

食品微生物快速检测技术研究进展

本研究概述了食品微生物引起的食源性疾病及对人类的危害;介绍了国内外9种食源性微生物快速检测技术的研究现状,指出电喷雾离子化多级质谱对氨基糖苷类抗生素的检测分析技术、分析即用型纸片技术、免疫分析检测技术、分子生物检测技术、阻抗技术以及其他新物理、生化技术检测方法,传统的检测的灵敏度和专一性有一定提高,但操作繁琐;现在发展的分子生物学方法为食品中快速、灵敏的病毒检测带来了更多的希望,各种快速检测方法还只是实践中的一个参考.其今后的发展方向主要是:克服现有分子生物学方法的缺点,绘制各种菌落图谱,开发在线检测软件,能定量测定微生物细胞特征和性能,简化采集、培养等程序,提高检测效率.     

多杀性巴氏杆菌分子分型方法简述

多杀性巴氏杆菌是一种能感染多种动物甚至是人的重要革兰氏阴性病原菌。目前临床上用于多杀性巴氏杆菌诊断的分型方法主要包括血清学分型方法和分子分型方法。其中血清学分型方法主要基于免疫学实验技术建立,操作过程繁琐,技术要求高,工作量大,不适用于临床上大规模快速开展多杀性巴氏杆菌流行病学调查的需要;而基于分子生物学手段建立的分子分型方法相对于传统的血清学分型方法而言具有快速、简单、灵敏、灵活等特点,特别是某些分子分型方法与传统的分型方法形成了较为精确的对应关系,因而在临床上得到了广泛的应用。目前适用于临床上开展多杀性巴氏杆菌分离鉴定的分子分型方法主要包括多重PCR方法及多位点序列分型法(MLST),其中多重PCR方法又包括基于荚膜编码区及脂多糖外核编码簇建立的PCR方法。本文将重点就这3种常用的多杀性巴氏杆菌分子分型方法进行综述,介绍其建立原理、实现手段以及各自的优缺点,为临床上开展多杀性巴氏杆菌的流行病学调查特别是分子流行病学调查提供参考。     

Molecular methods for typing of Helicobacter pylori and their applications

Microbial typing is a useful tool in clinical epidemiology for defining the source and route of infection, for studying the persistence and reinfection rates, clonal selection in the host and bacterial evolution. Phenotypic methods such as biotyping, serotyping and hemagglutinin typing have little discriminatory power compared to genotypic methods concerning the typing of Helicobacter pylori. Therefore great efforts have been made to establish useful molecular typing methods. In this context, the most frequently used genotypic methods are described based on our own experience and the literature: (1) restriction endonuclease analysis, (2) endonuclease analysis using pulsed-field gel electrophoresis, (3) ribotyping, (4) polymerase chain reaction (using either random primers or repetitive DNA sequence primers), and (5) polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism analysis of e.g. the urease genes. Furthermore, reproducibility, discriminatory power, ease of performance and interpretation, cost and toxic procedures of each method are assessed. To date no direct comparison of all the molecular typing methods described has been performed in the same study with the same H. pylori strains. However, PCR analysis of the urease gene directly on suspensions of H. pylori or gastric biopsy material seems to be useful for routine use and applicable in specific epidemiological situations.     

细菌还原氧化态硒产生红色单质硒的研究进展

硒是一种生命必需的微量元素,但高浓度时毒性较强且会造成环境污染。许多细菌可以将亚硒酸盐(SeO32-)或硒酸盐(SeO42-)等毒性较高的氧化态硒还原为毒性较小的红色单质硒(Se°),形成硒-蛋白复合物,它们对于获得最佳补硒方式和治理硒环境污染具有应用潜力。近年来,关于这一生物还原过程,人们进行了大量的研究,包括碳源、氧气、元素硫、谷胱甘肽以及一些氧化还原酶和膜转运蛋白等在内的多种物质都被发现可能影响或参与了细菌对硒的代谢。综述了细菌进行生物还原氧化态硒的影响因素及不同细菌产生红色单质硒机理的研究进展。     

A comparison of molecular typing methods for Moraxella catarrhalis

AIMS: Three molecular typing techniques were examined to determine which method was the most discriminatory in order to perform epidemiological typing of Moraxella catarrhalis. METHODS AND RESULTS: Twenty-five Mor. catarrhalis isolates obtained from nasopharyngeal aspirates collected from Aboriginal and non-Aboriginal children were subjected to random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis, automated ribotyping and pulsed field gel electrophoresis (PFGE). RAPD analysis determined two Mor. catarrhalis types, automated ribotyping with PstI determined four Mor. catarrhalis ribogroups and PFGE analysis with NotI determined 21 pulse field groups within the 25 isolates examined. CONCLUSIONS: Analysis of discrimination index and typeability demonstrated that PFGE is the most discriminatory method for typing Mor. catarrhalis. SIGNIFICANCE AND IMPACT OF THE STUDY: This study confirms that PFGE is the most appropriate molecular tool for the epidemiological study of Mor. catarrhalis.     

Evaluation of methods for extraction of bacteria from soil

Abstract Several methods for dispersion of soil were tested for possible use in procedures for extraction of bacteria. Physical cell damage on cells and efficiency in extraction of indigenous cells from soil, were investigated. Cell damage by the dispersion methods was investigated by measuring the physical cell integrity and viability of pure cultures of Escherichia coli and Bacillus subtilis , as well as soil bacteria extracted from soil, when dispersed in slurries of γ-sterilized soil. Separation of bacteria and soil particles on the basis of buoyant density was conducted with the nonionic density gradient medium Nycodenz. When slurries of γ-sterilized soil with added pure cultured cells were centrifuged (10000 × g ) over cushions of Nycodenz (1.3 g ml⁻¹), practically all the added cells were recovered in a layer on top of the cushion. This proves that a reversible attachment and cosedimentation is not an important phenomenon in this procedure. The efficiency of the different dispersion methods for the extraction of indigenous soil bacteria, was assessed after separation of dislodged and attached soil bacteria. This separation was done either on the basis of sedimentation rate by low speed centrifugation, or buoyant density by Nycodenz density gradient centrifugation. The physical dispersion by ultrasonic treatment and chemical dispersion by the use of a chelating agent together with a detergent, were inferior to physical dispersion either by Waring blender (for large volumes) or a rotating rubber pestle treatment (for smaller volumes). The physical dispersion did not appear to be destructive to the cells tested.     

纤维素降解菌的研究与应用进展

本文介绍了纤维素降解菌的研究进展和纤维素基因工程菌的开发,以及纤维素降解菌在农业和工业的应用进展,为探索和应用纤维素降解菌提供了新方向和思路.