铜绿假单胞菌氨基糖苷16SrRNA甲基化酶基因分析

目的调查215株湖州地区临床分离铜绿假单胞菌对氨基糖苷类抗生素的耐药性和16S rRNA甲基化酶基因分布情况。方法收集2011年1月至2012年12月湖州地区临床分离铜绿假单胞菌215株,琼脂稀释法测定5种氨基糖苷类抗菌药物（庆大霉素、阿米卡星、妥布霉素、伊帕米星、奈替米星）的MIC值;PCR检测armA、rmtA、rmtB、rmtC、rmtD和npmA六种氨基糖苷类16S rRN甲基化酶基因,序列分析明确基因型。测定产16S rRNA甲基化酶菌株对常见抗菌的敏感性,并检测碳青霉烯耐药株产碳青霉烯酶情况。结果铜绿假单胞菌对异帕米星敏感率最高为81.4%,对5种氨基糖苷类抗生素全部耐药的22株菌株中,17株检出armA基因;未发现其他16S rRNA甲基化酶基因阳性菌株。17株armA阳性菌株对碳青霉烯类抗生素耐药5株（耐药率为29.4%）,对头孢他啶、头孢吡肟、哌拉西林/他唑巴坦、环丙沙星耐药率均超过40%。5株碳青霉烯耐药菌株中检测到2株产VIM-2型金属碳青霉烯酶。结论铜绿假单胞菌对氨基糖苷类抗生素耐药率高,检测到16S rRNA甲基化酶基因armA。产16S rRNA甲基化酶铜绿假单胞菌耐药性强,部分菌株同时产金属碳青霉烯酶,给临床抗感染治疗及院内感染控制带来挑战。     

耐碳氢霉烯类铜绿假单胞菌金属β-内酰胺酶和 基因捕获元件基因检测及同源性分析

摘要：目的　了解大连地区分离的耐碳氢霉烯类铜绿假单胞菌的金属β-内酰胺酶、整合子I和ISCR1的分布情况,并分析其基因多态性特征。方法　收集临床分离的89株耐亚胺培南铜绿假单胞菌,PCR检测金属酶、整合子I、ISCR1耐药基因。脉冲场凝胶电泳（PFGE）进行细菌基因分型。结果　89株亚胺培南耐药的铜绿假单胞菌中,ISCR1基因阳性菌25株（25/89,28%）,其中84%（21/25）为多重耐药,5类及以上药物耐药的菌株占64%（16/25）,金属酶基因阳性为11株（11/89,12%）,其中有8株携带IMP-1基因,3株携带VIM-2,整合子I基因阳性43株（43/89,48%）。但携带金属酶的菌株整合子I、ISCR1基因扩增均为阴性;PFGE分型结果显示：89株耐亚胺培南的铜绿假单胞菌分为15基因型（A~O）,其中A型46株、B型16株、C型4株、D型5株、E型4株、F型3株、G型2株、H型2株,I型~O型各有1株。基因型集中的A型~G型,各型中的菌株来源于不同医院,呈多态性,每群均存在克隆株。结论　基因捕获元件整合子I基因及ISCR1广泛分布在大连地区耐碳氢霉烯类铜绿假单胞菌中,并与细菌的多重耐药、泛耐药显著相关,特别是ISCR1基因;大连地区整合子I、ISCR1并未携带金属酶基因盒。PFGE结果提示本地区铜绿假单胞菌具有基因多态性,但仍存在高度同源性的流行优势基因型。     

耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌金属β-内酰胺酶和基因捕获元件基因检测及同源性分析

目的了解大连地区分离的耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌的金属β-内酰胺酶、整合子I和ISCR1的分布情况,并分析其基因多态性特征。方法收集临床分离的89株耐亚胺培南铜绿假单胞菌,PCR检测金属酶、整合子I、ISCR1耐药基因。脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行细菌基因分型。结果 89株亚胺培南耐药的铜绿假单胞菌中,ISCR1基因阳性菌25株(25/89,28%),其中84%(21/25)为多重耐药,5类及以上药物耐药的菌株占64%(16/25),金属酶基因阳性为11株(11/89,12%),其中有8株携带IMP-1基因,3株携带VIM-2,整合子I基因阳性43株(43/89,48%)。但携带金属酶的菌株整合子I、ISCR1基因扩增均为阴性;PFGE分型结果显示:89株耐亚胺培南的铜绿假单胞菌分为15个基因型(A~O),其中A型46株、B型16株、C型4株、D型5株、E型4株、F型3株、G型2株、H型2株,I型~O型各有1株。基因型集中的A型~G型,各型中的菌株来源于不同医院,呈多态性,每群均存在克隆株。结论基因捕获元件整合子I基因及ISCR1广泛分布在大连地区耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌中,并与细菌的多重耐药、泛耐药显著相关,特别是ISCR1基因;大连地区整合子I、ISCR1并未携带金属酶基因盒。PFGE结果提示本地区铜绿假单胞菌具有基因多态性,但仍存在高度同源性的流行优势基因型。     

庆大霉素耐药阴沟肠杆菌16S rRNA甲基化酶基因的研究

目的了解庆大霉素耐药阴沟肠杆菌中16S rRNA甲基化酶基因的分布情况。方法筛选临床分离的庆大霉素耐药的阴沟肠杆菌30株。采用聚合酶链反应（PCR）方法扩增16S rRNA甲基化酶五种相关耐药基因armA、rmtA、rmtB、rmtC和rmtD,PCR产物进行电泳分析和测序,抗菌药物的药物敏感性试验采用纸片扩散法进行,Whonet 5.4软件进行数据分析。结果 30株庆大霉素耐药阴沟肠杆菌中16S rRNA甲基化酶基因的检出率为56.7%（17/30）,其中30.0%（9/30）检出armA基因、26.7%（8/30）检出rmtB基因,未检出rmtA、rmtC和rmtD基因。30株庆大霉素耐药阴沟肠杆菌对妥布霉素、阿米卡星耐药率分别为93.3%,83.3%;对其他抗菌药物除亚胺培南较敏感外,其余抗菌药物耐药率大于60.0%。结论庆大霉素耐药阴沟肠杆菌中16S rRNA甲基化酶基因主要是armA和rmtB基因,碳青霉烯类对该菌有较好体外抗菌活性。     

多药耐药铜绿假单胞菌氨基糖苷类修饰酶和16S rRNA甲基化酶基因分析

目的了解临床分离的铜绿假单胞菌对氨基糖苷类、β-内酰胺类、喹诺酮类抗菌药物耐药情况、氨基糖苷类耐药相关基因和16S rRNA甲基化酶基因存在情况以及菌株之间的亲缘性。方法采用琼脂稀释法测定临床分离的30株铜绿假单胞菌对7种临床常用于治疗铜绿假单胞菌感染的抗菌药物的敏感性,采用聚合酶链反应分析氨基糖苷类修饰酶、16S rRNA甲基化酶基因型及其他基因型,运用SPSS统计分析软件对菌株样本亲缘性做聚类分析。结果30株铜绿假单胞菌对临床常用抗生素的耐药率分别是奈替米星70%、妥布霉素63.3%、庆大霉素63.3%、环丙沙星53.3%、亚氨培南40%和阿米卡星13.3%,而多黏菌素B的耐药率为0。21株氨基糖苷类耐药菌株中（其中20株为多药耐药菌株）,氨基糖苷类耐药基因型aac（6＇）-Ⅰ阳性13株（61.9%）、aac（6＇）-Ⅱ阳性13株（61.9%）、ant（2＇＇）-Ⅰ阳性10株（47.6%）、ant（3＇＇）-Ⅰ阳性9株（42.9%）、aac（3）-Ⅱ阳性1株（4.8%）,另有1株菌oprD2基因缺失,未检出基因型aac（6＇）-Ⅰae、aph（3＇）-Ⅲ、aac（6＇）-aph（2＇＇）和ant（4＇）-Ⅰ;16S rRNA甲基化酶基因rmtA基因型阳性19株（90.4%）、armA基因型阳性有8株（38.1%）,未检出基因型rmtC、rmtD。聚类分析结果显示分离的菌株中存在克隆传播。结论大部分测试的铜绿假单胞菌对临床常用的铜绿假单胞菌抗感染药物已产生广泛耐药,尤其对氨基糖苷类抗生素。这些菌株的氨基糖苷类修饰酶常见耐药基因型检出率高,16SrRNA甲基化酶基因型rmtA和armA的检出率亦较高。30株测试菌株中存在克隆传播。     

一株广泛耐药恶臭假单胞菌耐药机制研究

目的研究一株临床分离广泛耐药恶臭假单胞菌(extensively drug resistant Pseudomonas putida,XDR-PP)的耐药机制,以期指导临床合理使用抗菌药物。方法采用VITEK-2compact全自动微生物分析系统对菌株进行鉴定及药敏试验;改良Hodge试验初筛碳青霉烯酶;EDTA-亚胺培南协同试验和亚胺培南双纸片增效法初筛金属酶;PCR检测16SrRNA甲基化酶基因、金属β-内酰胺酶基因及可移动性遗传元件基因,产物测序,结果经BLAST软件比对分析。结果该菌株对所检测的抗菌药物均耐药。改良Hodge试验、EDTA-亚胺培南协同试验和亚胺培南双纸片增效法结果均为阳性。基因检测结果显示,金属β-内酰胺酶基因阳性的有blaVIM-2和blaIMP-4两种基因,16SrRNA甲基化酶基因阳性的有armA基因,13种可移动性遗传元件中,intI、tnpU和merA基因阳性,其余均为阴性。结论blaVIM-2、blaIMP-4、armA、intI、tnpU以及merA基因是导致其广泛耐药的重要机制。恶臭假单胞菌中同时检出blaVIM-2和blaIMP-4两种金属β-内酰胺酶基因及armA基因为国内首次报道。     

基于16S rRNA和rpoB基因的分子系统发育分析在铜绿假单胞菌鉴定中的应用

为对比16S rRNA和rpo B基因分子系统发育分析与传统表型分类法对铜绿假单胞菌的鉴定,评估16S rRNA和rpo B基因序列分析在铜绿假单胞菌鉴定中的应用,用表型分类方法对临床自动微生物鉴定系统鉴定为铜绿假单胞菌的23株分离株进行再鉴定,PCR扩增23株分离株16S rRNA和rpo B基因片段,并测序进行系统发育分析。结果表明,表型再鉴定结果与自动微生物鉴定系统鉴定结果一致。基于两个基因的系统发育分析均显示分离株p22与不动杆菌属序列聚为一枝,其余22株分离株与铜绿假单胞菌序列聚为一枝。因此p22应鉴定为不动杆菌,16S rRNA和rpo B基因序列分析均能准确鉴定铜绿假单胞菌并能较好建立假单胞菌属内种间关系。     

耐亚胺培南铜绿假单胞菌的耐药性特征及oprD基因突变分析

为了分析亚胺培南耐药铜绿假单胞菌(IMPRPAE)临床分离株的耐药性及oprD基因变异情况,本研究收集了2014年1月至2017年12月临床标本中分离的35株IMPRPAE,采用VITEK2-compact系统分析IMPRPAE的耐药性;PCR法扩增基因oprD并测序分析其序列突变类型。IMPRPAE共15株,其中1株oprD基因PCR扩增阴性。余14株阳性菌株进行oprD基因测序发现其中1株无突变,11株有框码移位(其中有2株发现携带插入序列ISPpu21, IS1394),2株有终止密码子提前出现。本研究中铜绿假单胞菌oprD基因突变是亚胺培南耐药的主要原因。     

呼吸监护室下呼吸道铜绿假单胞菌β-内酰胺类抗生素耐药相关基因研究

目的了解呼吸监护室下呼吸道分离的铜绿假单胞菌中β-内酰胺类抗生素耐药相关基因存在状况。方法自呼吸监护室下呼吸道感染患者的痰标本中分离37株铜绿假单胞菌,采用聚合酶链反应(PCR)检测耐药基因(TEM、SHV、OXA-1群、OXA-10群、PER、VEB、GES、CARB、IMP、VIM、SPM、GIM、DHA和oprD2)。结果37株铜绿假单胞菌中CARB阳性15株(40.5%),oprD2基因缺失33株(89.2%),其余基因均阴性。结论呼吸监护室下呼吸道分离的铜绿假单胞菌CARB基因携带率高,oprD2基因缺失严重。     

10株铜绿假单胞菌的全基因组序列分析

目的 了解不同分离来源铜绿假单胞菌的全基因组基本特征,以此分析基因组多态性及其遗传进化关系。方法 选择10株医源性和食源性来源的铜绿假单胞菌代表性菌株,应用Solexa高通量测序技术对其进行全基因组测序,以此进行多位点序列分型(multilocus sequence typing, MLST),比较各菌株基因组中携带的耐药基因、毒力基因及插入序列(insertion sequence, IS)元件,并通过比较基因组学分析方法拟合泛基因组和核心基因组积累曲线,筛选核心基因SNP构建系统发育分子进化树。结果 10株菌的基因组从6.3～7.0 Mbp大小不一,包含5 868～6 598个基因,平均G+C含量为67.1%;发现10个菌株各具不同的ST型。在这10个菌株的基因组中,共检测到75种耐药基因,包括抗β-内酰胺酶类、抗氨基糖苷类、抗氟喹诺酮类等;共发现188种毒力基因,不同来源菌株间无明显差异;各菌株之间IS元件种类和数量差异较大。分析发现,铜绿假单胞菌具有开放型泛基因组和稳定型核心基因组;10株菌可分为3个进化分支,且不同分离时间和来源无明显相关性。结论 本研究获得10株不同分离来源的铜绿假单胞菌的全基因组序列,初步证实食品及患者分离来源菌株基因组数据无明显相关性,为后续铜绿假单胞菌的分子流行病学和致病性机制研究提供数据参考。     

Recent advances in the study of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus replication and pathogenesis

It has now been over twenty years since a novel herpesviral genome was identified in Kaposi's sarcoma biopsies. Since then, the cumulative research effort by molecular biologists, virologists, clinicians, and epidemiologists alike has led to the extensive characterization of this tumor virus, Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus(KSHV; also known as human herpesvirus 8(HHV-8)), and its associated diseases. Here we review the current knowledge of KSHV biology and pathogenesis, with a particular emphasis on new and exciting advances in the field of epigenetics. We also discuss the development and practicality of various cell culture and animal model systems to study KSHV replication and pathogenesis.     

The structure, reproduction and taxonomy of Vidalia and Osmundaria (Rhodophyta, Rhodomelaceae)

Comprises species occurring mostly in subtidal habitats in tropical, subtropical and warm-temperate areas of the world. An analysis of the type species, V. spiralis (Sonder) Lamouroux ex J. Agardh, a species from Australia, establishes basic characters for distinguishing species in the genus. These characters are (1) branching patterns of thalli, (2) flat blades that may be spiralled on their axis, (3) width of the blade, (4) primary or secondary derivation of sterile and fertile branchlets and (5) position of sterile and fertile branchlets on the thalli. Application of the latter two characters provides an important basic method for separation of species into three major groups. Osmundaria , a genus known only in southern Australia, was studied in relation to Vidalia , and its separation from the Vidalia assemblage is not accepted. Species of Vidalia therefore are transferred to the older genus name, Osmundaria. Two new species, Osmundaria papenfussii and Osmundaria oliveae are described from Natal. Confusion in the usage of the epithet, Vidalia fimbriala Brown ex Turner has been clarified, and Vidalia gregaria Falkenberg, described as an epiphyte on Osmundaria pro/ifera Lamouroux, is revealed to be young branches of the host, Osmundaria prolifera.     

New or rare chromosome counts in Artemisia L. (Asteraceae, Anthemideae) and related genera from Kazakhstan

Fifteen chromosome counts of six Artemisia taxa and one species of each of the genera Brachanthemum, Hippolytia, Kaschgaria, Lepidolopsis and Turaniphytum are reported from Kazakhstan. Three of them are new reports, two are not consistent with previous counts and the remainder are confirmations of very scarce (one to four) earlier records. All the populations studied have the same basic chromosome number, x = 9, with ploidy levels ranging from 2x to 6x. Some correlations between ploidy level, morphological characters and distribution are noted.     

肝癌中HBV和HCV基因和抗原的分布及意义

采用原位分子杂交方法检测HCV RNA及HBV X基因;采用免疫组织化学方法研究HCV核心抗原,非结构区C33c抗原及HBxAg在肝细胞肝癌中的定位及分布.结果表明(1)HCV RNA、HBV X基因在肝细胞肝癌组织检出率分别为40%(55/136)和82%(112/136).HCV RNA定位于癌细胞的胞浆内,阳性细胞呈散在、灶状及弥漫分布三种形式;HBV X基因在肝癌细胞中的分布呈胞浆型、核型及核浆型,阳性细胞也呈上述三种分布形式;(2)HCV C33c抗原、核心抗原在肝细胞肝癌中的阳性率为81%(133/164)及86%(141/164).C33c抗原定位于癌细胞及肝细胞的胞浆内;核心抗原既定位于癌细胞核中,又可定位于胞浆中.C33c抗原阳性细胞以灶状分布为主;而核心抗原阳性细     

Selection with two alleles and complete dominance

For a plant selection model with frequency-independent viabilities, fertilities and selfing rates, it is shown that apart from global fixation, for certain parameter combinations a protected polymorphism and facultative fixation (either allele may become fixed according to initial frequencies) may both occur. Facultative fixation requires different selling rates for the dominant and recessive type. Protection of the polymorphism requires resource allocation for male and female function. In this connection the problem of purely genetically caused population extinction is discussed.
For general frequency dependence and regular segregation, the chances for establishment of a completely recessive gene are compared to those of a completely dominant gene. It is proven that the process of establishment of the recessive gene, despite a fitness advantage, may be considerably endangered by drift effects if random mating prevails. The recessive gene may reach the same effectivity in establishment as a dominant gene, only if the recessive homozygote mates exclusively with its own type during the period of establishment.