IgE介导牛乳蛋白过敏婴幼儿肠道菌群改变初探

目的 应用高通量测序技术探讨IgE介导的牛乳蛋白过敏(cow′s milk protein allergy, CMA)婴幼儿肠道菌群结构和组成的变化。方法 回顾性分析2012年6月-2013年6月入组食物过敏患儿,选择出IgE介导的CMA(IgE-CMA)患儿4例,非IgE介导的CMA(non-IgE-CMA)患儿4例,采集粪便样本进行454焦磷酸测序分析,血清样本进行细胞因子检测。结果 与non-IgE-CMA患儿相比较,IgE-CMA患儿肠道菌群多样性Shannon指数(t=-2.996,P=0.010)和Simpson指数(t=-1.786,P=0.036)显著改变,菌群多样性下降,菌群丰富度指数ACE(t=0.406,P=0.021)显著升高。β-多样性PCA分析可显著区分两组,提示IgE-CMA患儿肠道菌群发生显著改变。LEfSe组成差异分析发现肠道菌群中硬壁菌门和拟杆菌门的改变与CMA的不同表型无关,IgE-CMA婴儿中链球菌、肠球菌、鞘氨醇单胞菌、双歧杆菌、罗思氏菌属、红球菌和梭菌属第Ⅺ簇等减少,而厌氧杆菌和狭义梭菌属增加,可用于鉴别诊断CMA表型。结论 IgE可决定CM...     

胃癌患者化疗前后口腔菌群与肠道菌群变化特征

目的研究胃癌患者化疗前后口腔菌群与肠道菌群的变化特征,为该类患者的治疗提供参考。方法选取2017年2月至2020年2月于我院接受治疗的96例胃癌患者为观察组,另外选取同期我院健康体检者90例为对照组,收集两组对象唾液样本和粪便样本,其中观察组患者需收集化疗前及化疗后两个时间点的样本。采用16S rRNA基因高通量测序法检测菌群构成,分析两组对象组间及观察组患者化疗前后口腔菌群与肠道菌群变化特征。结果化疗前,观察组患者唾液样本、粪便样本菌群Simpson指数、Shannon指数、厚壁菌门、拟杆菌门丰富度与对照组比较差异均无统计学意义(均P>0.05)。化疗前,观察组患者唾液样本及粪便样本中放线菌门丰富度显著高于对照组,变形菌门丰富度显著低于对照组(均P<0.05)。化疗后,观察组患者唾液样本中厚壁菌门、放线菌门、变形菌门丰富度较化疗前显著下降,拟杆菌门丰富度显著上升(均P<0.05);同时粪便样本中厚壁菌门、变形菌门丰富度较化疗前显著上升,拟杆菌门、放线菌门丰富度显著下降(均P<0.05)。化疗后,观察组患者唾液样本中韦荣球菌属、罗氏菌属、普氏菌属丰富度较化疗前显著增加,放线菌属、链球菌属、奈瑟菌属、粪梭杆菌属丰度显著下降(均P<0.05);同时粪便样本中链球菌属、肠志贺菌属、乳杆菌属丰富度较化疗前显著增加,粪梭杆菌属、双歧杆菌属、拟杆菌属丰富度显著下降(均P<0.05)。结论化疗对胃癌患者口腔菌群及肠道菌群构成有一定程度影响,患者口腔菌群中韦荣球菌属丰度上升,而肠道中正常菌群的生长受抑制。     

婴幼儿腹泻患者肠道菌群分布特点研究

目的研究不同年龄段腹泻患儿肠道菌群分布特点,探讨不同年龄腹泻患儿肠道菌群与疾病的关联。方法选取9例符合临床诊断标准的0~1岁婴儿腹泻患者和8例符合临床诊断标准的1~3岁幼儿腹泻患者的粪便样本,同时于健康儿童中随机选取6例粪便样本作为对照,提取各组对象粪便总DNA,采用PCR-DGGE进行菌群多样性与差异性分析。结果 0~1岁腹泻患儿肠道菌群与健康对照组相比,肠道菌群构成差异显著,条件致病菌巴黎链球菌数量显著增加。1~3岁腹泻患儿肠道菌群与健康对照组相比,条件致病菌解没食子酸链球菌、屎肠球菌数量显著增加,长双歧杆菌数量下降。结论婴幼儿腹泻患者肠道菌群的构成与健康对照组相比差异显著,该特点可作为婴幼儿腹泻早期诊断的实验依据。     

健康与腹泻林麝肠道菌群的多态性

目的分析圈养状态下正常林麝和腹泻林麝粪便菌群的组成差异,找到能够影响肠道总菌群稳态的标志菌,为减少林麝腹泻提供防治新策略。方法测序分析54只健康林麝(正常组)和18只有腹泻症状的林麝(腹泻组)肠道菌群总DNA中16S rRNA基因V3-V4区,注释微生物种类和数量。计算Chao1、Ace、Shannon和Simpson等多样性指数,进行聚类分析。结果正常组和腹泻组之间共有的可操作分类单元(OTUs)2 366个,正常组特有的OTUs 409个,腹泻组特有的OTUs 150个。按组计算α多样性指数,结果表明腹泻组Chao1指数(1 352.766±75.497,t=10.798 7,P0.000 1)、Ace指数(1 381.480±75.937,t=11.037 5,P0.000 1)均高于正常组(1 126.655±81.090,1 149.175±81.370),Shannon指数(6.839±0.546,t=1.810 3,P=0.053 0)、Simpson指数(0.937±0.041,t=3.644 4,P0.000 1)均低正常组(7.097±0.448,0.974±0.025)。通过Wilcoxon秩和检验,MRPP分析计算比较值A为0.072 4,组间差异大于组内差异(Significance=0.01),差异有统计学意义。2组门水平上比较,找到5个差异物种,分别为拟杆菌门(Bacteroidetes)、螺旋体门(Spirochaetes)、放线菌门(Actinobacteria)、广古菌门(Euryarchaeota)和黑水仙菌门(Melainabacteria)。属分类水平上,找到差异物种23个,其中有代表性的物种为拟杆菌属(Bacteroides)、另枝菌属(Alistipes)、不动杆菌属(Agathobacter)、甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)、根瘤菌属(Rhizobiaceae)和黄金杆菌属(Chryseobacterium)。结论腹泻发生时,林麝的肠道菌群丰富度和多样性有所下降,菌群总量显著增加。拟杆菌门物种丰富度极显著性减少的同时,作为潜在致病菌标志的变形菌门(Proteobacteria)比例上升,Chryseobacterium数量极显著升高,研究结果丰富了对林麝腹泻基于肠道菌群变化的认识。     

冬末春初圈养梅花鹿健康与腹泻个体粪便菌群的比较分析

腹泻是制约梅花鹿(Cervus nippon)养殖发展的主要因素之一，通常与肠道菌群失衡有关，而健康与腹泻梅花鹿个体菌群组成变化尚不清楚。为探究健康与腹泻梅花鹿肠道菌群差异，分析梅花鹿腹泻原因，以圈养雄性梅花鹿为实验对象，采集正常及腹泻梅花鹿粪便共18份，通过16S rRNA基因测序进行比较分析。研究结果表明，腹泻组菌群丰度及多样性较健康组均有所下降。在门至属水平，腹泻组理研菌科(Rikenellaceae)、克里斯滕森菌科(Christensenellaceae)等有益菌丰度下降，Treponema＿2菌属等促炎菌丰度上升。此外，瘤胃球菌科UCG-014菌属(Ruminococcaceae＿UCG-014)和理研菌科RC9菌属(Rikenellaceae＿RC9＿gut＿group)在健康组中显著富集；疣微菌门(Verrucomicrobia)、拟普雷沃氏菌属(Alloprevotella)、阿克曼氏菌属(Akkermansia)在腹泻组显著富集。腹泻梅花鹿与健康梅花鹿粪便菌群组成和多样性存在显著差异，疣微菌门丰度升高可能是导致梅花鹿腹泻的一个原因。     

妊娠期合并甲状腺功能减退患者肠道菌群的研究

目的 探究妊娠期甲状腺功能减退患者肠道菌群特征,为该类患者的治疗提供参考。方法 选择2018年12月至2019年12月于大连大学附属中山医院住院分娩的妊娠期甲状腺功能减退患者8例为甲减组,选择同期健康妊娠期妇女14例为对照组。收集两组对象孕晚期粪便样本,采用16S rRNA测序法对其肠道菌群进行分析。结果 两组对象肠道菌群构成存在明显差异,甲减组患者肠道菌群Simpson指数显著降低(t=-2.093,P=0.023),Ace指数(t=-2.025,P=0.003)及Chao1指数(t=-1.922,P=0.022)较对照组显著升高。与对照组相比,甲减组患者肠道厚壁菌门的丰度增高,变形菌门和放线菌门的丰度降低;在属水平上,甲减组患者肠道Dialister、Blautia、unidentified_Ruminococcaceae、unidentified_Enterobacteriaceae和Subdoligranulum丰度增加,Bifidobacterium、Phascolarctobacterium和Streptococcus丰度降低。结论 ...     

喂养方式对西安地区0～2个月婴儿肠道菌群的影响

目的 探讨母乳和混合喂养方式对西安地区婴儿肠道菌群的影响。方法 收集24例0～2月龄西安地区健康婴儿粪便样本,根据婴儿的喂养方式,将样本分为母乳喂养组（17例）和以奶粉为主的混合喂养组（7例）。利用16S rRNA基因测序技术对不同喂养方式的婴儿肠道菌群进行测序,比较不同喂养方式对婴儿肠道菌群多样性和菌群差异的影响。结果 母乳喂养组婴儿粪便样本Ace指数和Chao1指数显著高于混合喂养组（t=4.886, P<0.05; t=6.855, P<0.05）, Shannon指数显著低于混合喂养组（t=2.126,P<0.05）。门水平上,2组样本均以放线菌门、厚壁菌门、变形菌门和拟杆菌门为主,但比例存在差异。相比混合喂养组,母乳喂养组婴儿粪便样本放线菌门和拟杆菌门丰度显著升高（U=6,P<0.05;U=0,P<0.05）,厚壁菌门和变形菌门丰度显著降低（U=24,P<0.05;U=16,P<0.05）。属水平上,母乳喂养组婴儿粪便样本双歧杆菌相对丰度（72.04%）显著升高,同时发现罗氏菌属和葡萄球菌属相对丰度也高于混合喂养组（U=17,P<...     

采用高通量测序技术 研究抗生素对小鼠肠道菌群的影响

目的探讨不同浓度抗生素对小鼠肠道菌群多样性和结构的影响,并预测相关功能变化。方法 15只SPF级ICR小鼠随机分为正常组、低浓度抗生素组和高浓度抗生素组,连续灌胃5 d后,采集小鼠新鲜粪便样本。利用Illumina MiSeq测序平台,对细菌的16S rRNA V3-V4区进行高通量测序,并对测序的结果进行生物信息学分析。结果高、低浓度抗生素组小鼠肠道菌群组成与正常组存在明显差异。与正常组相比,高剂量组小鼠肠道肠球菌属、志贺埃希菌属相对丰度显著升高(t=-2.71,P=0.026;t=-2.30,P0.05);分节丝状菌属、拟普雷沃菌属相对丰度显著降低(t=2.88,P=0.020;t=2.49,P=0.037),理研菌属极显著降低(t=3.79,P=0.005)。低剂量组小鼠肠道菌群变形菌纲成为优势菌,芽胞杆菌属、粪球菌_2、苏黎世杆菌属、普雷沃菌属_2、普雷沃菌属_7、志贺埃希菌属、沙雷菌属和放线菌属等相对丰度显著升高(均P0.05);梭杆菌属、泛菌属极显著升高(t=-3.19,P=0.013;t=-3.50,P=0.008);分节丝状菌属、理研菌属相对丰度显著降低(t=2.69,P=0.028;t=2.33,P=0.048)。PICRUSt功能预测分析显示,抗生素组显著增加人类疾病、细胞过程和环境信息处理功能层的基因拷贝数,显著降低有机系统、遗传信息处理和代谢功能层的基因拷贝数。结论广谱抗生素能破坏小鼠肠道的微生态平衡,有必要深入研究抗生素对心血管、免疫性、感染性及神经退行性疾病发展的潜在作用。     

基于16S rDNA高通量测序技术对克罗恩病患儿肠道菌群变化的研究

目的研究克罗恩病(Crohn′s disease, CD)儿童和正常人群肠道菌群的分布,寻找与CD发生发展显著相关的菌属结构。方法纳入CD患儿36例和健康儿童21例,CD患儿分为活动期22例、缓解期14例,采用16S rDNA高通量测序技术,分析各组肠道菌群的生物多样性与结构组成。结果 CD组患儿(活动期与缓解期)肠道菌群丰富度指数、香浓多样性指数较健康儿童组有明显下降,差异有统计学意义(F=8.829 0,P=0.001 0,P=0.004 5;F=8.890 0,P=0.000 3,P=0.035 6)。在门类水平,所有CD患儿肠道菌群的放线菌门数量减少,变形菌门数量增多。在菌属水平,与健康儿童组相比,所有CD组患儿Faecalibacterium相对丰度显著减低,Klebsiella(克雷伯菌属)、Enterococcus(肠球菌属)相对丰度显著升高。活动期CD组Blautia(布劳特菌属)、Bifidobacterium(双歧杆菌属)、Subdoligranulum、Lachnospira(毛螺旋菌属)、Anaerostipes(丁酸弧菌属)、Eubacterium_rectale_group(直肠杆菌属)的相对丰度明显下降。结论 CD患儿肠道菌群结构及相对丰度较健康儿童存在显著差异。肠道菌群结构的异常与儿童CD的发生发展存在相关性。     

不同脑卒中风险中老年人群肠道菌群的差异

目的研究不同脑卒中风险中老年人群肠道菌群的差异,为后续研究提供参考。方法选取2017年2月至2019年2月来我院接受检查的中老年脑卒中风险者126例,根据不同卒中风险程度分为低危组(48例)、中危组(45例)、高危组(33例);同时进行认知功能筛查,选出轻度认知功能障碍患者35例为轻度障碍组,剩余91例认知功能正常者设为照组。采集所有受试者粪便并提取细菌DNA,分析肠道菌群构成情况;同时比较不同卒中风险者肠道短链脂肪酸水平并分析肠道菌群与认知功能的关系。结果低危组患者肠道菌群主要由瘤胃球菌科、柔嫩梭菌属、毛螺旋菌科、罗氏菌属及丁酸弧菌属构成。中危组患者肠道菌群主要由韦荣球菌科、埃希菌属及乳杆菌科构成。高危组患者肠道菌群主要由韦荣球菌科、肠杆菌科构成。低危组患者肠道瘤胃球菌科、毛螺旋菌科、普雷沃菌科丰富度显著高于中危组,肠杆菌科、韦荣球菌科、梭菌属及链球菌科丰富度显著低于中危组及高危组(均P0.05)。低危组患者肠道丁酸水平显著高于中危组和高危组(均P0.05)。轻度认知功能障碍患者肠道氨基酸球菌科、肠杆菌科、梭杆菌科丰富度显著高于对照组,而乳杆菌科、瘤胃菌科、毛螺菌科及普雷沃菌科丰富度显著低于对照组(均P0.05)。结论不同脑卒中风险及不同认知功能障碍中老年人肠道菌群存在显著差异。     

Recent advances in the study of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus replication and pathogenesis

It has now been over twenty years since a novel herpesviral genome was identified in Kaposi's sarcoma biopsies. Since then, the cumulative research effort by molecular biologists, virologists, clinicians, and epidemiologists alike has led to the extensive characterization of this tumor virus, Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus(KSHV; also known as human herpesvirus 8(HHV-8)), and its associated diseases. Here we review the current knowledge of KSHV biology and pathogenesis, with a particular emphasis on new and exciting advances in the field of epigenetics. We also discuss the development and practicality of various cell culture and animal model systems to study KSHV replication and pathogenesis.     

The structure, reproduction and taxonomy of Vidalia and Osmundaria (Rhodophyta, Rhodomelaceae)

Comprises species occurring mostly in subtidal habitats in tropical, subtropical and warm-temperate areas of the world. An analysis of the type species, V. spiralis (Sonder) Lamouroux ex J. Agardh, a species from Australia, establishes basic characters for distinguishing species in the genus. These characters are (1) branching patterns of thalli, (2) flat blades that may be spiralled on their axis, (3) width of the blade, (4) primary or secondary derivation of sterile and fertile branchlets and (5) position of sterile and fertile branchlets on the thalli. Application of the latter two characters provides an important basic method for separation of species into three major groups. Osmundaria , a genus known only in southern Australia, was studied in relation to Vidalia , and its separation from the Vidalia assemblage is not accepted. Species of Vidalia therefore are transferred to the older genus name, Osmundaria. Two new species, Osmundaria papenfussii and Osmundaria oliveae are described from Natal. Confusion in the usage of the epithet, Vidalia fimbriala Brown ex Turner has been clarified, and Vidalia gregaria Falkenberg, described as an epiphyte on Osmundaria pro/ifera Lamouroux, is revealed to be young branches of the host, Osmundaria prolifera.     

New or rare chromosome counts in Artemisia L. (Asteraceae, Anthemideae) and related genera from Kazakhstan

Fifteen chromosome counts of six Artemisia taxa and one species of each of the genera Brachanthemum, Hippolytia, Kaschgaria, Lepidolopsis and Turaniphytum are reported from Kazakhstan. Three of them are new reports, two are not consistent with previous counts and the remainder are confirmations of very scarce (one to four) earlier records. All the populations studied have the same basic chromosome number, x = 9, with ploidy levels ranging from 2x to 6x. Some correlations between ploidy level, morphological characters and distribution are noted.     

肝癌中HBV和HCV基因和抗原的分布及意义

采用原位分子杂交方法检测HCV RNA及HBV X基因;采用免疫组织化学方法研究HCV核心抗原,非结构区C33c抗原及HBxAg在肝细胞肝癌中的定位及分布.结果表明(1)HCV RNA、HBV X基因在肝细胞肝癌组织检出率分别为40%(55/136)和82%(112/136).HCV RNA定位于癌细胞的胞浆内,阳性细胞呈散在、灶状及弥漫分布三种形式;HBV X基因在肝癌细胞中的分布呈胞浆型、核型及核浆型,阳性细胞也呈上述三种分布形式;(2)HCV C33c抗原、核心抗原在肝细胞肝癌中的阳性率为81%(133/164)及86%(141/164).C33c抗原定位于癌细胞及肝细胞的胞浆内;核心抗原既定位于癌细胞核中,又可定位于胞浆中.C33c抗原阳性细胞以灶状分布为主;而核心抗原阳性细     

Selection with two alleles and complete dominance

For a plant selection model with frequency-independent viabilities, fertilities and selfing rates, it is shown that apart from global fixation, for certain parameter combinations a protected polymorphism and facultative fixation (either allele may become fixed according to initial frequencies) may both occur. Facultative fixation requires different selling rates for the dominant and recessive type. Protection of the polymorphism requires resource allocation for male and female function. In this connection the problem of purely genetically caused population extinction is discussed.
For general frequency dependence and regular segregation, the chances for establishment of a completely recessive gene are compared to those of a completely dominant gene. It is proven that the process of establishment of the recessive gene, despite a fitness advantage, may be considerably endangered by drift effects if random mating prevails. The recessive gene may reach the same effectivity in establishment as a dominant gene, only if the recessive homozygote mates exclusively with its own type during the period of establishment.