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1.
目的探究强直性脊柱炎(ankylosing spondylitis,AS)患者肠道真菌菌群的多样性特征,分析健康人群与AS患者肠道真菌的结构差异。方法收集17例健康人群新鲜粪便样本和24例AS患者新鲜粪便样本,分别称为HC组和AS组,提取两组粪便样本总DNA;根据真菌ITS2区设计引物进行扩增,利用Illumina HiSeq PE250平台进行ITS2高通量测序;测序结果经过Reads拼接,OTUs(operational taxonomic units)聚类,Alpha和主成分分析,物种组成统计,显著性差异分析,最终得到样本物种信息。结果对肠道真菌菌群进行Alpha分析,各多样性指标中,shannon和observed_species指数差异有统计学意义(P0.05),其余指数差异均无统计学意义,故不能明确两组间多样性的差异。主成分分析提示差异显著。对肠道真菌结构进行分析,门的水平分析显示,担子菌门(Basidiomycota)在HC组和AS组中差异显著,接合菌门(Zygomycota)在两组间差异极显著;纲和属的水平分析显示,Ascomycota_unidentified纲在两组中差异显著,伞菌纲(Agaricomycetes)、Incertae_sedis_10纲、Orbiliomycetes纲差异极显著。Agaricomycetes_unidentified_1属、Amphinema属、Geoglossales_unidentified_1属、腔块菌属(Hydnotrya)差异显著,鹅膏菌属(Amanita)和锁瑚菌属(Clavulina)差异极显著。结论本实验证实了在AS患者中存在肠道真菌菌群失调,其特征是生物多样性和结构的改变,揭示肠道真菌也可能在AS发病中发挥作用。  相似文献   

2.
目的 利用高通量测序技术,分析母亲和新生儿真菌群落结构的相关性。方法 选取25名孕妇及其新生儿,分别从母体口腔、羊水、胎盘和新生儿口腔采集样本,利用Illumina MiSeq平台进行高通量测序。结果 4个组的优势菌门为子囊菌门和担子菌门,丰度最高的共有属为红酵母属(Rhodotorula)、Davidiella、Meyerozyma、马拉色菌属(Malassezia)和隐球菌属(Cryptococcus)。新生儿口腔真菌群落结构特征与母体真菌群落结构相似。结论 提示新生儿口腔真菌定植发生在出生前。母体口腔真菌微生物可能通过胎盘到达羊水,最终定植于新生儿口腔。  相似文献   

3.
高通量测序分析云南腾冲热海热泉真菌多样性   总被引:4,自引:1,他引:3  
【目的】本研究揭示云南腾冲热海热泉真菌多样性及群落分布格局,探讨其理化因子对真菌群落结构的影响。【方法】利用Illumina Hi Seq2500高通量测序平台对腾冲热海热泉沉积物宏基因组ITS基因进行测序,并进行生物信息分析。【结果】从5个热泉样品中共检测到343484条有效序列,包括5个真菌门,20个纲,66个目。右姐妹泉(JMQR)、左姐妹泉(JMQL)、蛤蟆嘴泉(M)、桥泉(QQ)及鼓明泉(GMQP)分别以Agaricales、Eurotiales、Capnodiales和Hypocreales等为优势目。在属水平上,共获得365个属,从JMQR中检测到212个属,以裂褶菌属(Schizophyllum)为最优势;从JMQL中挖掘到197个属,以青霉属(Penicillium)为最优势类群;从M和QQ中分别获得222个和270个属,均以枝孢属(Cladosporium)为最优势;从GMQP中发现179个属,以侧齿霉属(Engyodontium)丰度最高。NH4+含量、温度及pH影响不同优势真菌的分布,其中以pH与优势类群(OTU1%)结构变化显著性最高(P=0.05)。【结论】云南腾冲热海高温热泉蕴藏着极其丰富的真菌物种,其不同样品真菌分布具有差异性,pH可能是影响热泉真菌群落分布的重要因素之一。  相似文献   

4.
目的 研究克罗恩病(Crohn′s disease,CD)儿童和正常人群肠道菌群的分布,寻找与CD发生发展显著相关的菌属结构。 方法 纳入CD患儿36例和健康儿童21例,CD患儿分为活动期22例、缓解期14例,采用16S rDNA高通量测序技术,分析各组肠道菌群的生物多样性与结构组成。 结果 CD组患儿(活动期与缓解期)肠道菌群丰富度指数、香浓多样性指数较健康儿童组有明显下降,差异有统计学意义(F=8.829 0,P=0.001 0,P=0.004 5;F=8.890 0,P=0.000 3,P=0.035 6)。在门类水平,所有CD患儿肠道菌群的放线菌门数量减少,变形菌门数量增多。在菌属水平,与健康儿童组相比,所有CD组患儿Faecalibacterium相对丰度显著减低,Klebsiella(克雷伯菌属)、Enterococcus(肠球菌属)相对丰度显著升高。活动期CD组Blautia(布劳特菌属)、Bifidobacterium(双歧杆菌属)、Subdoligranulum、Lachnospira(毛螺旋菌属)、Anaerostipes(丁酸弧菌属)、Eubacterium_rectale_group(直肠杆菌属)的相对丰度明显下降。 结论 CD患儿肠道菌群结构及相对丰度较健康儿童存在显著差异。肠道菌群结构的异常与儿童CD的发生发展存在相关性。  相似文献   

5.
阴道感染性疾病是育龄妇女最常见的妇科疾病,其主要的类型有细菌性阴道病和外阴阴道假丝酵母菌病。目前的临床诊断主要包括病原体的显微镜观察以及病原体代谢物的检测等,但因其诊断阳性率低、敏感性低等限制,导致抗感染药物选择困难、治愈率低、复发率高等。本综述在比较阴道感染性疾病,特别是细菌性阴道病以及外阴阴道假丝酵母菌病临床常见诊断方法的基础上,介绍了高通量测序技术在细菌性阴道病和外阴阴道假丝酵母菌病的病原体鉴定及诊断中的应用,以期为阴道感染性疾病的诊断、治疗及愈后提供实验依据。  相似文献   

6.
目的 探讨不同浓度抗生素对小鼠肠道菌群多样性和结构的影响,并预测相关功能变化。方法 15只SPF级ICR小鼠随机分为正常组、低浓度抗生素组和高浓度抗生素组,连续灌胃5 d后,采集小鼠新鲜粪便样本。利用Illumina MiSeq测序平台,对细菌的16S rRNA V3‒V4区进行高通量测序,并对测序结果进行生物信息学分析。结果 高、低浓度抗生素组小鼠肠道菌群组成与正常组存在明显差异。与正常组相比,高剂量组小鼠肠道肠球菌属、志贺埃希菌属相对丰度显著升高(t=‒2.71,P=0.026;t=‒2.30,P<0.05);分节丝状菌属、拟普雷沃菌属相对丰度显著降低(t=2.88,P=0.020;t=2.49,P=0.037),理研菌属极显著降低(t=3.79,P=0.005)。低剂量组小鼠肠道菌群变形菌纲成为优势菌,芽胞杆菌属、粪球菌_2、苏黎世杆菌属、普雷沃菌属_2、普雷沃菌属_7、志贺埃希菌属、沙雷菌属和放线菌属等相对丰度显著升高(均P<0.05);梭杆菌属、泛菌属极显著升高(t=‒3.19,P=0.013;t=‒3.50,P=0.008);分节丝状菌属、理研菌属相对丰度显著降低(t=2.69,P=0.028;t=2.33,P=0.048)。PICRUSt功能预测分析显示,抗生素组显著增加人类疾病、细胞过程和环境信息处理功能层的基因拷贝数,显著降低有机系统、遗传信息处理和代谢功能层的基因拷贝数。结论 广谱抗生素能破坏小鼠肠道的微生态平衡,有必要深入研究抗生素对心血管、免疫性、感染性及神经退行性疾病发展的潜在作用。  相似文献   

7.
高通量测序技术及其应用   总被引:14,自引:0,他引:14  
高通量测序技术是DNA测序发展历程的一个里程碑,它为现代生命科学研究提供了前所未有的机遇。详细介绍了以454、Solexa和SOLiD为代表的第二代高通量测序技术,以HeliScope TIRM和Pacific Biosciences SMRT为代表的单分子测序技术,以及最近Life Science公司推出的Ion Personal Genome Machine (PGM)测序技术等高通量测序技术的最新进展。在此基础上,阐述了高通量测序技术在基因组测序、转录组测序、基因表达调控、转录因子结合位点的检测以及甲基化等研究领域的应用。最后,讨论了高通量测序技术在成本和后续数据分析等方面存在的问题及其未来的发展前景。  相似文献   

8.
目的为了解湿疹患儿肠道菌群的结构与湿疹之间的关系,通过对湿疹患儿和健康儿童粪便样本细菌总DNA提取,利用高通量测序技术,比较健康儿童和湿疹患儿肠道菌群的异同。方法 10例年龄在2个月~2岁婴幼儿由皮肤科门诊确诊为湿疹伴有过敏性疾病家族史作为研究对象,年龄和性别相当健康儿童10例作为对照,分别收集其粪便标本并提取所有样本中细菌的总DNA,对16SrRNA基因进行高通量测序,获得两组的肠道菌群结构数据并进行菌群差异性分析。结果通过Roche 454高通量测序,两组肠道微生物菌群多样性指数比较差异无统计学意义。两组主要由Firmicutes(厚壁菌门)、Bacteroidetes(拟杆菌门)、Proteobacteria(变形菌门)和Actinobacteria(放线菌门)4个门组成;两组在门水平上进行菌群结构比较,差异无统计学意义。两组样本在属水平上共获得200个不同属的细菌,其中Bacillus(芽孢杆菌属)、Bilophila(噬胆菌属)、Christensenella(纺锤状细菌属)、Coprobacillus、Eikenella(艾肯菌属)、Enterobacter(肠杆菌属)、Eubacterium(真杆菌属)、Lactococcus(乳球菌属)、Megamonas(巨单胞菌属)、Leuconostoc(明串珠菌属)、Morganella(摩根菌属)、Rhizobacter(根杆菌属)、Proteus(变形菌属)、Sutterella(萨特菌属)、Veillonella(韦荣球菌属)、Akkermansia、Anaeroglobus、Anaerotruncus、Butyricicoccus、Epulopiscium、Gordonibacter、Lachnospiraceae uncultured、Robinsoniella和Varibaculum共24个属在两组间差异具有统计学意义。结论湿疹患儿肠道菌群与健康儿童相比,菌群多样性指数(Shannon指数和Simpson指数)未见明显差异,但在菌群结构上发生了一些变化,某些特别的细菌菌属存在显著性差异。  相似文献   

9.
【目的】为了解不同枸杞产区枸杞根际真菌多样性的差异,从枸杞根际土壤真菌群落的角度试图解释宁夏枸杞优良品质与其土壤微生物菌群的联系。【方法】采用Mi Seq高通量测序方法,分别将我国4个不同地区枸杞根际土壤样品进行ITS区的高通量测序,并分析了物种组成和丰度、Alpha多样性、Beta多样性和菌群结构,测定不同产区枸杞主要有效成分,同时对枸杞品质和其土壤理化因子及枸杞根际真菌种群多样性的相关性做了分析。【结果】多糖含量和甜菜碱含量均是中宁枸杞高于兴仁和精河,格尔木含量最低;宁夏兴仁、宁夏中宁、新疆精河3个地区菌群结构类似,子囊菌门和结合菌门占总菌群的80%左右,而青海格尔木除了子囊菌门占58%外,壶菌门和新丽鞭毛菌门远远高于其他3个地区,比例占总菌群的近25%;4个地区枸杞根际土壤真菌菌群结构相似性依次为宁夏兴仁、新疆精河、宁夏中宁、青海格尔木。【结论】枸杞根际土壤样品真菌物种组成丰富,不同地区枸杞根际土壤真菌种群结构有一定差异;枸杞主要有效成分含量与枸杞根际土壤真菌种群结构具有一定相关性。  相似文献   

10.
目的

通过高通量测序分析哮喘模型小鼠呼吸道菌群的变化情况。

方法

将12只SPF级BALB/c雄性小鼠随机分为对照组和模型组, 每组6只。采用卵清蛋白致敏方法建立哮喘小鼠模型后, 进行支气管组织切片病理学观察, ELISA法检测血清IgE水平, 测定肺指数, 采集咽拭子后提取DNA行高通量测序分析。

结果

与对照组比较, 模型组小鼠血清IgE水平明显升高(P < 0.05), 肺指数明显上升(P < 0.05), 可见支气管上皮粘膜有水肿, 少量淋巴细胞浸润, 平滑肌增生。模型组小鼠呼吸道菌群与对照组比较, 菌种丰度升高, 厚壁菌门较对照组减少(P < 0.05), 放线菌门和变形菌门增多(P < 0.05), 菌群结构有明显差异。

结论

哮喘小鼠存在呼吸道微生态菌群失衡。

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11.
目的 通过高通量测序技术探究妊娠期糖尿病对早产儿肠道菌群的影响,并对相关功能及代谢通路进行预测。 方法 选取符合入组条件的早产儿40例,依据孕母是否患有妊娠期糖尿病分为妊娠期糖尿病组(GDM组)和对照组,各20例,于出生后24 h内收集早产儿胎便进行16S rRNA基因测序,对测序结果进行物种分类学分析及生物信息学分析。 结果 GDM组显示出更低的物种丰富度及多样性(P=0.048)。两组物种组成存在显著差异(P=0.048),GDM组厚壁菌门与拟杆菌门比值明显升高,机会致病菌相对丰度增加,同时革兰阴性杆菌比例上升。PICRUSt功能预测分析表明,GDM组在碳水化合物转运及代谢、细胞外结构、环境信息处理代谢通路和免疫性疾病代谢通路的功能丰度增高。 结论 妊娠期糖尿病可导致早产儿肠道微生态平衡被破坏,肠道菌群失调或为母亲患有GDM的早产儿多种疾病发病率增高的原因之一。  相似文献   

12.
13.
目的 探索广西油茶地区人群肠道菌群的特征。 方法 采用1∶1病例对照研究方法,在广西油茶地区和非油茶地区按性别、年龄匹配收集20对健康男性人群粪便和血样,同时收集个体一般信息和食物摄入信息;测定血生化指标,采用16S rDNA的 V4-V5区序列进行高通量测序分析肠道菌群的差异。 结果 油茶组人群肠道菌群丰度(Ace指数、Chao1指数)较非油茶组显著增加(t=2.202、3.210,P=0.034、0.003);厚壁菌门、柔壁菌门在油茶组中丰度显著高于非油茶组,拟杆菌门、梭杆菌门在非油茶组中显著高于油茶组;油茶组Dialister、Faecalibacterium、毛螺旋菌属、普雷沃菌属、棒状杆菌、微球菌、双歧杆菌的丰度显著高于非油茶组;油茶组人群体质量、BMI、血清总胆固醇、低密度脂蛋白、超敏C 反应蛋白水平显著降低(t或z=2.682、3.843、2.238、2.702、1.581,P=0.007、结论 广西油茶地区人群肠道菌群多样性具有显著特征,为通过肠道菌群研究油茶的健康效应提供了新的理论依据。  相似文献   

14.
目的 研究色胺酮对葡聚糖硫酸钠(DSS)诱导溃疡性结肠炎(UC)模型小鼠肠道菌群的影响。 方法 用3% DSS自由饮用7 d诱导昆明种小鼠UC模型,灌胃125 mg/kg柳氮磺胺吡啶作为阳性对照,色胺酮组以78 mg/kg水溶液灌胃给药,观察小鼠给药前后的体征,进行疾病活动指数(DAI)评分,观察结肠组织形态变化;ELISA法检测小鼠血清中IL 6、IL 8、IL 10、IL 1β和TNF α水平变化;每组收集5个粪便样本,利用Illumina MiSeq测序平台采用细菌的16S rRNA进行V4-V5区高通量测序,对测序结果进行生物信息学分析。 结果 色胺酮和阳性药干预后,DAI评分表明小鼠体征有所改善,HE染色显示UC小鼠结肠组织损伤有一定程度修复,炎性细胞减少;ELISA检测显示小鼠血清中促炎性细胞因子IL 6、IL 8、IL 1β和TNF α水平下调,抑炎性细胞因子IL 10水平上升;测序后菌群物种注释及生物多样性分析显示色胺酮干预后UC小鼠失调的厚壁菌门/拟杆菌门比例得到一定程度恢复,菌群多样性有一定程度回调,菌群结构向正常状态恢复;肠道菌群LEfSe组间差异显著性分析结果表明4个菌属Erysipelotrichaceae_UCG_003、Sellimonas、Rikenellaceae_RC9_gut_group和Tyzzerella丰度可能与色胺酮对UC治疗作用相关。 结论 色胺酮治疗UC小鼠后,小鼠体征、结肠组织病理结构、细胞因子水平及肠道菌群变化等结果均表明色胺酮对UC小鼠肠道微生态具有调节作用,为色胺酮抗UC作用机制研究提供了新思路。  相似文献   

15.
目的研究高危型人乳头瘤病毒(hr-HPV)持续感染患者阴道菌群及宫颈免疫功能的变化特点,为宫颈癌的防治提供临床研究资料。方法选择286例连续2年同一型别hr-HPV阳性女性患者为观察组,124例hr-HPV阴性女性患者为对照组,比较两组患者阴道乳杆菌、支原体、衣原体、霉菌检出情况及细菌性阴道病、滴虫感染的差异,并比较两组患者宫颈分泌物物CD~+_4 T、CD~+_8 T细胞检测情况。结果观察组患者中单一型别感染214例(74.83%),2种及2种以上hr-HPV型别复合感染者72例(25.17%)。观察组患者中检出HPV16型165例(45.21%)、HPV18型36例(9.86%)、HPV31型31例(8.49%)、HPV33型22例(6.03%)、HPV51型12例(3.29%)、HPV52型75例(20.54%)、HPV53型15例(4.11%)、HPV58型9例(2.47%)。观察组患者阴道乳杆菌检出率低于对照组,而沙眼衣原体、解脲支原体、细菌性阴道病检出率均高于对照组,差异有统计学差异(P0.05)。观察组患者CD~+_4 T细胞水平(%)及CD~+_4/CD~+_8水平均低于对照组,差异有统计学意义(P0.05)。结论 hr-HPV病毒持续感染患者阴道菌群发生改变,导致宫颈微环境稳态被打破,宫颈局部免疫防御能力降低而成为宫颈癌变的主要促进因素。  相似文献   

16.
目的

利用高通量测序技术分析内毒素血症新生鼠肠道菌群的变化, 探究肠道菌群与内毒素血症的关系, 为临床诊治提供思路。

方法

复制新生大鼠内毒素损伤模型, 注射LPS后第24小时、第3天、第7天分别处死新生大鼠, 留取粪便并将对照组(C1组6只、C3组5只、C7组7只)和LPS组(L1组5只、L3组5只、L7组5只)按处死天数各分为3组。高通量测序分析各组间菌群多样性及相对丰度差异。

结果

(1) Alpha多样性分析提示对照组和LPS组菌群多样性及丰度有显著差异, C3组较L3组Shannon指数均值小(t=-3.386 8, P=0.009 5), Simpson指数均值大(t=3.102 4, P=0.014 6);C7组较L7组Shannon指数均值大(t=2.459 4, P=0.033 7), Simpson指数均值小(t=-2.475 6, P=0.032 8)。(2)物种组成分析表明LPS组的菌群结构发生改变, 在门水平LPS组较对照组变形菌门相对丰度高, 厚壁菌门相对丰度低; 在属水平上LPS组较对照组埃希菌-志贺菌属相对丰度高, 乳杆菌属相对丰度低; 且随着天数的递增LPS组埃希菌-志贺菌属呈递增趋势, 红球菌属呈递减趋势。

结论

内毒素血症可以改变新生鼠肠道菌群的组成, 并与肠道菌群失调有一定的关系。

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17.
基于高通量测序的裕民红花根际土壤细菌群落特征分析   总被引:5,自引:0,他引:5  
【背景】新疆裕民县是我国最大的红花种植基地,其独特的地理环境和气候条件适合红花生长且有利于红花良好品质的形成。【目的】探究新疆裕民县山地栽培红花不同生育期的根际土壤细菌群落及其与环境因子之间的关系,为揭示道地药材"道地性"的本质与规律提供科学依据。【方法】在3块裕民栽培红花样地中分别采取营养生长期与生殖生长期的根际、非根际土壤,测定其土壤性质,并提取基因组DNA对16S rRNA基因的V4高变区进行PCR扩增构建文库,经过Illumina HiSeq高通量测序平台测序后使用生物信息学技术分析土壤细菌的丰富度、多样性指数和群落结构,然后分析多样性指数与环境因子之间的相关性。【结果】从36个红花土壤样品中共得到10303个细菌操作分类单元(Operationaltaxonomicunit,OTU),分属于47门102纲201目381科738属405种,其中放线菌门(Actinobacteria,32.9%)和变形菌门(Proteobacteria,28.7%)是优势菌群。方差分析显示丰富度指数Chao1与多样性指数Shannon在4个样品分组的细菌群落中无显著差异,而主坐标分析(Principal coordinates analysis,PCoA)和属水平的物种丰度分布情况表明各样地之间的细菌群落构成差异明显。【结论】经分析,红花根际土壤中存在大量适应环境变化的细菌,这些细菌的存在可能对红花道地性的形成有积极作用。此外,土壤性质、植物的生长阶段和根系分泌物可能通过影响红花根际细菌群落来致力于红花道地性的形成。  相似文献   

18.
目的 对卵巢癌患者术后阴道微生态特征进行回顾性分析,为临床预防及诊疗提供参考.方法 选取158例卵巢癌术后患者为卵巢癌组,150例同期健康体检者为对照组,对留取样本进行革兰染色镜检及阴道五项联检检测,并对阴道微生态结果进行统计分析.结果 卵巢癌组阴道五联检各指标异常率高于对照组(均P<0.05).革兰染色油镜镜检联合五...  相似文献   

19.
张璐瑶  吴林玲  毕富玺  闫颖 《中国微生态学杂志》2021,33(12):1385-1390, 1397
目的通过对细菌性阴道病(BV)患者肠道菌群及阴道菌群16S rDNA扩增子测序,分析其结构、多样性、相关性以及BV对肠道菌群的影响,为今后治疗BV提供新的思路。方法选取符合纳入标准的BV患者11例(BV组),健康者9例(C组),留存阴道分泌物及新鲜粪便进行16S rDNA基因检测分析。结果C组阴道菌群以乳杆菌属为主,BV与加德纳菌属、普雷沃菌属、Sneathia、窄食单胞菌属(Stenotrophomonas)、阿托波菌属、Shuttleworthia、巨型球菌属密切相关。BV组肠道、阴道菌群丰富度均高于C组。Alpha多样性分析中C组和BV组肠道菌群、阴道菌群的Shannon指数组间比较,χ2值为29.137, P=0.000<0.05,两组阴道菌群Shannon指数组间比较差异具有统计学意义(P<0.05),BV组高于C组。物种多样性曲线反映本研究样本测序数据量的合理性,表明BV组的肠道菌群多样性、丰富度均高于C组,主坐标分析表明C组肠道与阴道的菌群结构差距较大,BV组肠道与阴道的菌群结构有相似之处,且两组肠道菌群结构接近。BV组阴道菌群中厚壁菌门丰度较C组低,放线菌门、拟杆菌门较C组高;BV组肠道菌群中拟杆菌门丰度较C组低;C组肠道中拟杆菌门明显高于阴道,厚壁菌门明显低于阴道; BV组阴道菌群中放线菌门丰度高于C组,差异均具有统计学意义(P<0.05)。结论BV阴道菌群与肠道菌群具有相关性,BV可能引起肠道菌群结构比例和多样性的改变。  相似文献   

20.
对来源于田间与室内飞蝗种群肠道细菌群落的454高通量测序(HTS)结果进行了分析,共分析鉴定出OTU(operational taxonomic unit)66个,其中室内飞蝗种群41个,田间飞蝗53个。全部OTU归属于6个门,9个纲,11个目,14个科,20个属。室内种群共含有12个属,其中优势类群为乳球菌属(Lactococcus)和拉乌尔菌属(Raoultella),分别占总种群的13.3%和36.1%。田间飞蝗鉴定出14个属,优势类群为芽胞杆菌属(Bacillus),占总种群的18.8%。田间飞蝗后肠菌落的Ace、Chao和Shannon指数均高于室内种群,而Simpson指标呈相反结果。研究表明来源于田间的飞蝗肠道细菌群落的丰富度和多样性均高于室内饲养的种群。分析结果为今后开展不同来源飞蝗肠道微生物资源研究提供依据。  相似文献   

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