麦洼牦牛TLR3基因编码区的克隆及生物信息学分析

利用分子克隆技术成功获得麦洼牦牛TLR3编码区基因序列,采用相关分析及预测软件对基因及其编码的蛋白质进行基本理化性质、二级结构及结构域等分析预测。结果表明该基因包含了1个2 715 bp的开放阅读框,编码904个氨基酸;所编码的蛋白质二级结构主要由α螺旋及无规则卷曲为主;TLR3基因进化树及基因同源性比对结果表明TLR3基因及其保守,牦牛TLR3基因与黄牛、绵羊和马等哺乳动物遗传距离很近。     

麦洼牦牛乳酸脱氢酶-B基因多态性的PCR-RFLP分析

为了从分子水平上检测麦洼牦牛Bos grunniens乳酸脱氢酶-1(LDH1)的H亚基编码基因Ldhb的多态性,实验提取79头麦洼牦牛基因组DNA,采用PCR-RFLP技术分析Ldhb基因多态性,并测定牦牛背最长肌中肌红蛋白含量。实验建立的牦牛Ldhb的G896A突变位点的PCR-RFLP检测方法,在79头麦洼牦牛中检测到Ldhb-AA和Ldhb-AG两种基因型,其中AG基因型频率为16.46%,并且这些样品的乳酸脱氢酶-1的电泳迁移率快于Ldhb-AA样品。本实验未检测到Ldhb-GG基因型;麦洼牦牛Ldhb基因多态性与背最长肌中的肌红蛋白含量之间未见相关性。     

北京黑猪FSHβ亚基基因的多态性与繁殖性状的关联分析

本研究以北京黑猪为研究对象,以FSHβ亚基基因为产仔性状的候选基因,分别采用PCR产物直接电泳和PCR-RFLP方法来检测FSHβ亚基基因2个位点的多态性.结合测序发现:FSHβ-1位点上,北京黑猪BB型的134与135 bp(D00621序列的6473与6474bp)之间插入273 bp的片段而产生多态,序列分析表明该插入片段为一典型的逆转座子,在插入片段中还发现了一个RNA聚合酶Ⅲ内部启动子;FSHβ-2位点上,由于扩增片段173 bp处存在C→T的突变,使得HaeⅢ酶切位点消失而产生多态;2个位点的A、B等位基因在北京黑猪群体中都有分布,且处于低度多态.x2适合性检验结果表明,该群体在这2个位点的突变都达到Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05).用SAS 8.2软件最小二乘法拟合线性模型,将基因座不同基因型与繁殖性状总产仔数(TNB)、产活仔数(NBA)和出生重(WB)进行了关联分析,结果表明:就初产母猪而言,FSHβ-1位点上,AA型比AB和BB型个体的TNB分别多0.96头和1.85头(P＜0.05),AA和AB型比BB型个体的NBA分别多0.95头和1.69头(P＜0.05).FSHβ-2位点上,AA型比AB型和BB型个体的TNB分别多1.57头和2.15头(P＜0.05);AA和AB型比BB型个体的NBA分别多1.00头和0.94头(P＜0.05);就经产母猪而言,FSHβ-2位点上,AA型个体的WB比BB型的WB重0.25 kg(P＜0.05).全部群体的FSHβ-1位点的A等位基因和初产母猪FSHβ-2位点的A等位基因对TNB、NBA和WB表现为正效应.     

糯谷猪FSHβ基因多态性与部分繁殖性能的关系

采用PCR扩增技术对贵州地方猪品种糯谷猪的FSHβ亚基基因进行了检测,结果发现有2个等位基因A和B,3个基因型AA、AB和BB.各种基因型数量BB型>AB型>AA型,BB型为优势基因型,优势等位基因为B.分析3种基因型与部分繁殖性能之间的相关性,证明AB型的总产仔数显著高于AA型(P<0.05),AA型与BB型间差异不显著(P>0.05);BB型和AB型间差异不显著(P>0.05),说明AB型为优势基因型,而在其他性状之间没有发现显著的差异.因此FSHβ亚基基因可以作为控制猪高繁殖率的候选基因.     

利用PCR-SSCP对人MINK基因的研究

人类MINK基因的两种突变导致长QT综合征（LQTS）。我们设计了两对引物利用PCR－SSCP结合直接测序法在病人及健康者中对MINK基因进行分析，结果发现第149位密码子产生A→G转换。在所研究的对象中，此变化在病人及正常对照者中均有存在。提示MINK基因的此突变性质为非病理性的多态突变。     

鸡FSH β基因5’调控区单核苷酸多态性分析

促卵泡激素(follicle-stimulating hormone, FSH)是由垂体前叶分泌的糖蛋白类促性腺激素.运用PCR-SSCP法检测鸡FSH β基因5'调控区的单核苷酸多态性.检测发现该区域存在6个SNP位点,即G-494A,T-470A,A-464G,-450处插入碱基A,A-405G,A-361G.同时分析了SNPs与文昌鸡早期产蛋性能的相关性.结果显示,FSH β基因调控区SNPs位点与鸡的早期产蛋性能显著相关.     

PCR-SSCP检测结核分枝杆菌利福平耐药相关基因rpoB突变

目的 建立聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术快速检测结核分枝杆菌利福平(RFP)耐药相关基因rpoB突变.方法 设计结核分枝杆菌RFP耐药相关rpoB基因PCR引物,建立PCR-SSCP技术检测临床菌株rpoB基因的突变导致的运动变位,同时采用PCR直接测序(PCR-DS)技术检测rpoB基因突变,并对上述方法检测结果进行分析和比较.结果 84株临床菌株均含有rpoB基因;PCR-SSCP和PCR-DS检测结果显示,56株RFP敏感菌株中rpoB基因分别有3株和2株检测出突变,检测特异性分别为94.6％ (53/56)和96.4％(54/56);28株RFP耐药菌株中rpoB基因分别有27株和28株发生突变,检测灵敏度分别为96.4％和100％.结论 本研究建立的PCR-SSCP技术能快速、简便、特异、敏感地检测结核分枝杆菌利福平耐药基因rpoB突变,具有临床应用前景.     

麦洼牦牛不同生长阶段肝脏差异表达基因分析

为探讨牦牛肝脏生长过程中基因的表达特征,采用Illumina高通量测序平台(HiSeqTM2500)对1日龄组(LD)、15月龄组(LM)和5岁龄组(LY)的健康麦洼牦牛肝脏进行转录组测序,并以qRT-PCR验证差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)的表达量.结果 显示,...     

鸡脂肪酸结合蛋白基因的克隆和测序分析

根据哺乳动物脂肪酸结合蛋白基因序列设计一对引物对鸡基因组进行PCR扩增,将163bp扩增片段进行克隆和测序,并与猪的脂肪酸结合蛋白（fatty acid binding protein,FABP）基因序列进行同源性比较。该基因因片段与猪的心脏脂肪酸结合蛋白（heart fatty acid binding protein,H-FABP）基因有68%的同源性,与猪的脂肪型脂肪酸结合蛋白（adipocyte fatty acid binding protein,A-FABP）基因有75%的同源性,演绎成氨基酸之后与猪的脂肪型脂肪酸结合蛋白相应的氨基酸有75%的同源性。Northern结果表明该基因只在脂肪组织中表达。     

黑线仓鼠FSHβ基因外显子3部分序列的克隆与分析

根据GenBank数据库中黑线仓鼠(Cricetulus barabensis)同源物种的FSHβ基因设计引物,利用PCR法在山东省沂南、临朐和曲阜3个地理种群随机选取的黑线仓鼠个体中克隆出FSHβ基因的部分外显子3,序列长度为775bp(GenBank登录号:GQ456067)。该序列与其他物种相应区域的同源性比较结果显示:黑线仓鼠与人(Homo sapiens)、大鼠(Rattus norvegicus)、小鼠(Mus musculus)、黑猩猩(Pantroglodytes)、羊(Ovis aries)等物种核苷酸序列的同源性为80%～96%,氨基酸序列的同源性为79%～100%。系统进化分析结果与物种亲缘关系的远近一致,说明该研究所得到的FSHβ基因序列可作为研究物种亲缘关系或遗传距离的理想标记。     

牦牛TGF-β2基因片段的克隆测序及系统进化分析

克隆测序了牦牛的TGF-β2基因,并进行了Blastn比较分析。结果表明,牦牛TGF-β2基因片段长为559bp,与普通牛、人、黑猩猩、小鼠的相应片段的同源性分别达98%、95%、94%、93%。在5′端调控区域没有类似TATA盒元件,推测TGF-β2基因在脾脏、肾脏组织细胞中表达量不是很高。由于TGF-β对细胞的生长、分化和免疫功能都有重要的调节作用,牦牛TGF-β2基因研究对高原畜牧业发展提供了科学资料。     

PCR—单链构象多态性分析对p53基因点突变检测的研究进展

单链构象多态性（ＳＳＣＰ）对分析基因的突变是一种有效的手段,并具有其独特的优点。ＰＣＲ与ＳＳＣＰ结合后检测灵敏度更高,而在许多类型的肿瘤都存在有ｐ５３抑癌基因的突变,章综述了ＰＣＲ－ＳＳＣＰ分析技术检测ｐ５３基因突变的进展。     

犏牛FSHβ基因的5'端侧翼区的序列测定和比较研究

目的：为探求犏牛FSHβ基因的5＇端侧翼区的序列特征,揭示该基因的变异和对家畜产仔率的意义,方法：根据奶牛FSHβ基因的5＇端侧翼区的基因序列设 计引物,应用PCR方法扩增并克隆了犏牛FSHβ基因的5＇端侧翼区的序列,扩增序列 长度为2022bp,包括5＇端上游调控序列、第一外显子和部分第一内含子,并与奶牛 该区段序列进行了比较研究.结果：序列分析结果表明：犏牛FSHβ基因的5＇端侧翼 区与文献报道的奶牛该基因的同源性为98.37%.结论：这为研究杂交一代犏牛雄性 雄性不育,为开展牦牛功能基因组计划和分子育种提供了一定的科学的理论依据.     

犏牛FSHβ基因的5'端侧翼区的序列测定和比较研究

目的:为探求犏牛FSHβ基因的5’端侧翼区的序列特征,揭示该基因的变异和对家畜产仔率的意义,方法:根据奶牛FSHβ基因的5’端侧翼区的基因序列设计引物,应用PCR方法扩增并克隆了犏牛FSHβ基因的5’端侧翼区的序列,扩增序列长度为2022bp,包括5’端上游调控序列、第一外显子和部分第一内含子,并与奶牛该区段序列进行了比较研究。结果:序列分析结果表明:犏牛FSHβ基因的5’端侧翼区与文献报道的奶牛该基因的同源性为98.37%。结论:这为研究杂交一代犏牛雄性雄性不育,为开展牦牛功能基因组计划和分子育种提供了一定的科学的理论依据。     

西藏牦牛ADD1基因第2外显子的PCR-SSCP检测及序列分析

利用PCR-SSCP和DNA测序方法对帕里牦牛、工布江达牦牛、类乌齐牦牛、康布牦牛、桑日牦牛、巴青牦牛、江达牦牛、斯布牦牛、嘉黎牦牛、桑桑牦牛、丁青牦牛等西藏11个牦牛类群共483头牦牛的ADD1基因(被认为是极可能影响肉质的候选基因)第2外显子序列进行遗传多态性分析。结果表明,66 bp处碱基T缺失和256 bp处A→G突变,共有AA、AB、BB 3种基因型;其中帕里牦牛只有AA基因型,江达牦牛只有AB基因型,康布牦牛、嘉黎牦牛、巴青牦牛、桑日牦牛、斯布牦牛均缺少BB基因型,丁青牦牛、类乌齐牦牛缺少AB型,均存在严重偏态;桑桑牦牛、工布江达牦牛中存在AA、AB、BB 3种基因型。除江达牦牛外,其它10个牦牛类群中AA为优势基因型,A基因为优势等位基因,分布较高。除帕里牦牛、巴青牦牛外,其它9个牦牛类群均处于中度多态(0.25相似文献   

牦牛血红蛋白β链基因的克隆及序列分析

从麦洼牦牛脊髓中提取总RNA,利用RT-PCR技术扩增血红蛋白β链基因,获得了513bp的cDNA,连接到PMD-18载体,进而转化到TOP-10感受态细胞中进行克隆测序。测序结果显示:牦牛血红蛋白β链基因与普通牛相比,序列相似率为99%,存在4个碱基的差异,并导致49、116和134位的3个氨基酸改变。     

非同位素PCR－单链构象多态性技术的建立和应用

ＰＣＲ－单链构象多态性技术问世以来,成为研究基因突变的工具,特别是在分子肿瘤学研究中,广泛应用于癌基因,抑癌基因突变的研究,常规ＰＣＲ－ＳＳＣＰ采用同位素标记ＰＣＲ产物,测序板电泳分离突变,在操作和费用上有种种局限,文章建立了一种非同位素ＰＣＲ－ＳＳＣＰ技术;通过不对称ＰＣＲ获得单链,普通ＰＡＧＥ分离,经银染检出突变,用这种方法,还研究了四株鼻咽癌细胞株ＣＮＥ１,ＣＮＥ２,ＨＫ１和ＳＵＮＥ１中肿瘤     

人肝细胞癌中抑癌基因PTEN/MMAC1/TEP1的突变分析

PTEN／MMAC1／TEP1(PTEN)是新近分离到的抑癌基因,在多种肿瘤中存在突变。我们检测了34例人肝细胞癌中PTEN基因第5外显子和第8外显子的突变。采用聚合酶链方法以内含子引物扩增第5和第8外显子,继之以单链构象多态性和测序技术分析PTEN基因突变。有4例肝细胞癌SSCP显示异常条带并经测序证实存在突变。2例发生于第4内含子,突变位点相同;另两例发生于第8外显子,其中1例碱基颠换导致PTEN蛋白产物304位半胱氨酸突变为甘氨酸。     

牦牛MC1R基因的多态性研究

旨在为探究牦牛MC1R基因多态性与毛色形成的相关性,利用PCR-SSCP和DNA测序技术,对64头牦牛(33头黑色九龙牦牛,31头白色天祝白牦牛)的MC1R基因多态性进行检测。结果表明:天祝白牦牛和九龙牦牛均有3种基因型(AA、BB、AB),但天祝白牦牛的多态性较低,而九龙牦牛表现为中度多态。经χ2适合性检验,2个牦牛品种在该基因多态位点上均偏离Hardy-Weinberg平衡。测序结果表明BB型与AA型在该片段的第179位碱基处存在C→A单碱基突变;第214位碱基处发生T→C突变。