戏说基因：基因家族中的特殊成员（二）

戏说基因：基因家族中的特殊成员（二）奇云四、争论中的“犯罪基因”马克思早就断言：犯罪必将贯穿于阶级社会发展的全部历史。人为什么会犯罪？是什么驱使行为人疯狂地破坏社会、侵扰他人呢？这个沉重的问题,数千年来一直为无数哲人所冥思苦想。亚里斯多德曾将贫穷、情...     

汉滩病毒M和S基因不同拼接方式嵌合基因免疫效果的研究

本文在前期工作的基础上,构建了汉滩病毒76－118株M基因G2片段与S基因5'端0.7Kb片段的嵌合基因真核表达载体pcDNA3.1-G2S0.7及pcDNA3.1-S0．7G2;用该质粒免疫BALB/c小鼠,结果表明两种质粒免疫小鼠可同时诱导产生抗滩滩病核蛋白（NP)及糖蛋白（GP）特异性的抗体,且前者刺激产生的抗体效价明显高于后者。淋巴细胞增殖实验表明,pcDNA3.1-G2S0.7组免疫小鼠脾细胞时NP及GP的增殖指数均明显高于空载体对照组,而pcDNA3.1-S0．7G2组未检测到其淋巴细胞有明显的增殖。这说明汉滩病毒M基因G2片段及S基因0.7Kb片段的嵌合基因既可刺激机体产生特异的抗汉滩病毒体液免疫应答,也可刺激机体产生特异的细胞免疫应答。不同拼接方式对嵌合基因免疫效果有很大影响,嵌合基因G2S0．7这种拼接方式明显优于S0．7G2。     

果实成熟过程相关调控基因研究进展

果实成熟过程中,多聚半乳糖醛酸酶（ＰＧ）参与果胶的分解,从而在果实软化中起作用,新近发现,果实软化过程中,协同展蛋白具有一定的作用：ＡＣＣ合成酶（ＡＣＳ）、ＡＣＣ氧化酶（ＡＣＯ）和ＡＣＣ脱氨酶与乙烯合成直接有关,ＡＣＳ是乙烯形成的关键酶,由多基因家族编码,各个基因协同表达,每一基因都有自己的转录特性,新近不断发现果实中ＡＣＳ基因家族中的新成员;ＡＣＯ是一种与膜结合的酶,这种酶具有结构上的立体专一性     

现代生物学基因研究进展——从遗传因子到超级基因（1）

基因是贯穿近现代生物学发展的一根主线,基因的概念一直处在不断的变化和发展中。伴随着生物学的发展,人们对于基因的认识由表及里、由浅入深,逐步深入到本质。按照时间的脉络追溯基因的发现及人们对基因认识不断深入的大致过程。     

浅谈基因符号的使用

现代遗传学以孟德尔定律重被发现和证实为纪元。开头的10年间,不仅提出基因的名称,而且建立了基因型和表型等概念。从而有了特定基因和个体基因型的表征性符号。见基因符号标志着相应的个体性状孟德尔的研究是从豌豆的相对性状入手的,他用大写字母A、B等代表显性性状,如圆粒、黄子叶;相应的小写字母a、o代表相对的隐性性状皱粒和绿子叶,如此等等。从其用这些符号代表的杂交结果来看,正是在形式上代表着基因。此后,在遗传分析中,例如用棋盘式作配子随机交配分析,一直沿用大写字母代表显性基因,小写字母代表隐性基因。不过,由于…     

基因概念的发展

１９０９年,约翰逊（Ｊｏｈａｎｎｓｅｎ）首次提出了基因（ｇｅｎｅ）的概念,用以替代孟德尔（Ｍｅｎｄｅｌ）早年所提出的遗传因子（ｇｅｎｅｔｉｃｆａｃｔｏｒ）一词,并创立了基因型（ｇｅｎｏ－ｔｙｐｅ）和表现型（ｐｈｅｎｏｔｙｐｅ）的概念,把遗传基础和表现...     

癫痫基因研究进展

本综述了癫痫基因的定位,癫痫候选基因的筛查和癫痫相关基因的寻找及其进展。     

汉滩病毒M和S基因不同拼接方式嵌合基因免疫效果的研究

本文在前期工作的基础上,构建了汉滩病毒76-118株M基因G2片段与S基因5'端0.7Kb片段的嵌合基因真核表达载体pcDNA3.1-G2S0.7及pcDNA3.1-S0.7G2;用该质粒免疫BALB/c小鼠,结果表明两种质粒免疫小鼠可同时诱导产生抗汉滩病毒核蛋白(NP)及糖蛋白(GP)特异性的抗体,且前者刺激产生的抗体效价明显高于后者.淋巴细胞增殖实验表明,pcDNA3.1-G2S0.7组免疫小鼠脾细胞时NP及GP的增殖指数均明显高于空载体对照组,而pcDNA3.1-S0.7G2组未检测到其淋巴细胞有明显的增殖.这说明汉滩病毒M基因G2片段及S基因0.7Kb片段的嵌合基因既可刺激机体产生特异的抗汉滩病毒体液免疫应答,也可刺激机体产生特异的细胞免疫应答.不同拼接方式对嵌合基因免疫效果有很大影响,嵌合基因G2S0.7这种拼接方式明显优于S0.7G2.     

人管家基因启动子序列中的组合转录调控元件分析

研究表明,第一内含子可能参与基因转录调控.利用统计方法提取人管家基因上游至第一内含子序列中潜在的组合转录调控模体,分析模体间的距离、区域分布等特征,探讨内含子参与基因转录调控的可能性及其参与方式.在管家基因中共获得960对潜在转录调控模体对,其中57%与实验已知的具有转录相互作用的因子对吻合,共涉及12组因子对.分析发现,绝大多数模体对(80%)偏向于上游区域及"上游-内含子"区域,进一步支持了内含子参与基因转录调控的假设,并据此推测内含子与上游序列之间具有转录协同作用,模体在基因转录起始位点(TSS)附近较为集中,模体对的两个模体之间距离较近,60%左右距离在200 bp以内,特别地,65%的模体对特征距离在100 bp以内,短距离间隔有利于转录因子间的协同作用.这些结果将有助于对人基因转录调控机制及内含子功能的深入认识.     

酵母基因上游区与内含子可能的短程和长程转录协同增效作用

根据实验观察到的DNA成环和弯折机制,以140bp为分界点,探讨高频转录基因上游区与内含子之间可能存在的短程和长程转录协同增效作用（synergy）。用与随机序列做对比的方法,抽提出最近距离在140bp以下的寡核苷酸对,以及最近距离在140bp以上的寡核苷酸对。仔细分析两种距离下的可能的协同寡核苷酸对的位置特征和碱基组分,发现短程协同作用的寡核苷酸对的平均最近距离都在110bp以下,位于上游区的CCAA是一个很明显的特征;而长程协同作用的寡核苷酸对的平均最近距离集中在250-400bp,并且在多数寡核苷酸对中,位于上游区的寡核苷酸是GC丰富的正调控元件。     

酵母基因上游序列中潜在的转录正调控位点分析

前期研究表明,高效转录酵母基因内含子在序列长度、寡核苷酸使用、以及位置分布等方面都有着区别于低转录内含子的特征 . 进一步观察发现：上游基因间区域的序列长度与基因转录频率也有与内含子序列相同的现象,转录频率高的上游基因间序列一般都比转录频率低的长 . 对高效转录和低效转录上游基因间序列的寡核苷酸使用频率进行统计比较分析,抽提出高转录基因上游区可能的转录正调控元件 . 与酵母的所有非编码序列比较,这些可能的正调控元件基本上也是过表达的 (over-represented) ,其中多数和实验所得的一些位点特征相吻合 . 这些元件富含 G 、 C ,这与内含子中可能的正调控元件在碱基组成上有一定的互补性 . 从这些特征看,高效转录基因上游的序列结构确实有利于基因的转录 .     

酵母核糖体蛋白基因组合转录调控位点统计分析

真核基因的转录调控是后基因组时代研究的主要问题之一,其基础是认识DNA上转录因子结合位点(模体)及分布状况。基于马尔可夫链模型对酵母核糖体蛋白基因上游启动子序列中模体出现次数进行统计,利用Z-score统计量抽提出过表达和低表达的模体,其中95%的模体与实验得到的转录因子结合位点相符合。然后将抽提出的模体两两配对,通过与背景序列比较,找出酵母核糖体蛋白基因中出现概率及距离分布均具有统计显著性的模体对,这些非随机出现的模体对具有潜在的组合转录调控功能,其中一些模体对的组合调控作用已有实验支持。对提取出的模体对在序列中的位置分布进行分析,发现近94%的模体对位于转录起始位点上游,超过半数的模体对两模体之间的最短距离在0～100bp之间,距离小于30bp的模体对接近30%,这样的短距离间隔有利于两模体的相同作用。这些结果将有助于对酵母核糖体蛋白基因转录调控机制的深入认识。     

人与小鼠核糖体蛋白基因内含子中的转录调控位点分析

前期对酵母和果蝇核糖体蛋白(Ribosomal protein, RP)基因内含子序列中的寡核苷酸分析表明, 内含子中含有潜在的转录因子结合位点。为进一步发掘核糖体蛋白基因内含子参与转录调控的证据, 文章首先基于频率分析方法抽提出人和小鼠核糖体蛋白基因第一内含子中高频(Over-represented)出现的寡核苷酸片段 (亦称模体, Motif), 这些寡核苷酸中超过85%与已知的转录因子结合位点吻合, 是潜在的转录调控元件。对抽提出的寡核苷酸进行碱基组成分析, 发现95%以上的寡核苷酸富含碱基C和G, 而较少富含A和T。从寡核苷酸在内含子中的分布情况看, 它们相对靠近第一内含子的5′端, 即距离基因转录起始位点和上游区域较近。推测这些特征可能与基因转录调控有关。     

酵母基因内含子中二聚体寡核苷酸转录调控位点的统计分析

对高效和低效转录酵母基因内含子序列中寡核苷酸的出现频率进行对照分析, 结果显示高效和低效内含子序列的结构有差异, 而且高效转录内含子序列含有较多潜在的转录因子结合位点. 观察实验获得的转录调控位点, 发现许多调控位点不是相邻接的寡核苷酸,而是由一对保守寡核苷酸构成, 这对寡核苷酸被一段长度固定的非保守区域间隔开. 于是对此形式的二聚体寡核苷酸(dyad)在高效和低效内含子序列中出现的频率进行统计比较分析,抽提出在高效内含子组出现的频率显著高于在低效内含子组出现频率的二聚体寡核苷酸, 分析这些二聚体寡核苷酸在两组内含子序列中的分布特征, 并对照实验结果, 这些二聚体寡核苷酸可能与基因转录的正调控有关.