中国盖类资源数据库管理信息系统的建立与应用

本文阐明了建立在兽类资源管理系统的意义,然后详细介绍了系统的设计目标,数据结构及系统软件的设计,介绍了标本,物种分布名录及文献库管理的功能,并对本系统创建及应用的物种,地名代码体系作了介绍。     

鱼类资源信息管理系统的建立及应用

本文介绍了中国科学院昆明动物研究所研制、开发的“鱼类资源信息管理系统”和用此系统建立的鱼类标本及物种分布信息库。对系统需求的基本分析、结构设计、数据结构、基本功能和特点,及完整的统计及查询功能,对本系统创建和应用的物种和地名代码体系作了介绍。通过全文可以了解昆明动物研究所鱼类标本及云南鱼类分布名录数据库的现状。     

中国兽类名录(2021版)

中国是全球兽类物种多样性最高的国家之一,掌握我国兽类物种多样性和分类地位是兽类学研究的基础前提,也是科学保护野生种群的前提。为厘清中国兽类的物种数量及分类地位等关键分类学信息,中国动物学会兽类学分会组织国内长期致力于兽类各类群分类的科学研究人员,在总结前人研究的基础上,根据最新的形态学和分子遗传学证据,综合现代兽类分类学家意见,经编委会充分讨论,形成了最新的中国兽类名录,包括我国现阶段兽类12目59科254属686种。该中国兽类名录使用基于系统发生关系的分类系统,并对物种有效性进行了充分慎重的确认和讨论。     

中国兽类标本馆藏数量

我国兽类资源丰富,兽类物种共计12目59科254属686种。近40年来我国的兽类标本采集和馆藏数量快速增加。根据最新发表的兽类名录对19家博物馆（标本馆）兽类标本馆藏的调查结果表明,我国至少保藏兽类标本166 178号,馆藏数量排名前五位的单位分别是中国科学院昆明动物研究所、中国科学院动物研究所、四川省林业科学研究院、中国科学院西北高原生物研究所和西华师范大学,馆藏数量占比84.9%。在馆藏标本中,小型兽类占91.5%,而大中型兽类标本特别是鲸豚类很少,有待加大力度对这些类群标本进行收集与保藏。     

脊椎动物标本资源信息管理系统的研制及应用*

本文介绍了由中国科学院昆明动物研究所研制开发的“脊椎动物标本资源信息管理系统”和用此系统建立的有关标本资源管理库。首先简要说明了建立脊椎动物标本资源信息管理系统的目的和意义,然后详细介绍了该系统的结构设计、数据模型、基本功能和特点,以及本系统创建或应用的物种和地名代码体系。最后介绍了已经用此系统建立的昆明动物研究所标本馆鸟类、兽类和鱼类标本资源管理库的基本情况。     

龙溪—虹口国家级自然保护区兽类和鸟类多样性红外相机调查结果初报

掌握野生动植物本底资源是各级自然保护区生物多样性监测研究和保护管理的重要环节。为了建立龙溪-虹口国家级自然保护区内兽类和鸟类多样性资源的长期监测机制,于2013年9月至2014年11月,我们采用红外相机技术在龙溪沟和虹口峡谷等区域按公里网格布设了57个监测点,调查地面活动的兽类和鸟类。红外相机累计工作达11,847个工作日,共记录到兽类和鸟类物种61种,其中兽类5目12科21种,鸟类3目10科40种,包括猎隼（Falco cherrug）、光背地鸫（Zoothera mollissima）、长尾地鸫（Zoothera dixoni）、灰翅鸫（Turdus boulboul）、锈脸钩嘴鹛（Pomatorhinus erythrogenys）、红嘴鸦雀（Conostoma aemodium）和褐鸦雀（Paradoxornis unicolor）7种鸟类为保护区新记录种。调查到的兽类被列为国家I级和II级重点保护野生动物的分别为4种和5种,被IUCN红色名录评估为“濒危EN”和“易危VU” 的物种各3种,被评为 “近危NT”级别的物种有4种;鸟类被列为国家II级重点保护野生动物的有5种,被IUCN红色名录评估为“濒危EN”的物种有1种。本次调查补充更新了龙溪-虹口自然保护区地栖息鸟类名录,初步了解了保护区内地面活动大中型兽类和鸟类的物种组成和分布,为保护区建立野生动物红外相机常规监测和保护管理提供了基础数据。     

基于红外相机技术对广东车八岭国家级自然保护区大中型兽类与雉类的编目清查与评估

近年来, 红外相机技术已被广泛应用于国内外自然保护地内地栖鸟兽的物种编目和动态评估。本文以广东车八岭国家级自然保护区为例, 探讨基于红外相机技术如何进行保护区全境大中型兽类和雉鸡类的物种编目清查与评估。通过对车八岭保护区全境为期1年的调查, 共记录兽类和雉鸡类18种, 其中兽类15种, 鸡形目鸟类3种。基于物种累计曲线, 采用全年数据所需的最小调查网格数、最少调查相机日均要少于雨季或旱季, 而旱季调查需要的最小调查网格数和最少调查相机日比雨季更少。通过红外相机图像数据获得了车八岭保护区的大中型兽类和地栖雉鸡类物种名录、物种丰富度、每个物种的相对多度、分布图和凭证标本等重要内容。     

中国兽类多样性监测网的建设规划与进展

兽类类群和物种多样,分布范围广,适应于多种生境类型,对栖息地变化特别敏感,是生物多样性保护管理与评价的关键指示类群。中国兽类多样性监测网是由中国科学院近年来推动建立的中国生物多样性监测与研究网络的专项网之一,重点对分布于我国境内的陆生兽类物种多样性及资源进行监测与研究。针对当前我国兽类监测研究面临的三大根本任务(兽类物种有什么?在哪里?有多少?),当务之急是应尽快建立和完善我国兽类各类群的监测技术规范,制定常态监测计划,全面建设全国性的兽类多样性监测网络技术体系和监测数据公共信息平台。本文在总结国内外兽类监测研究的基础上,提出了我国陆生兽类多样性监测网的建设规划,重点介绍该监测网的科学目标、布局、监测技术和监测数据产品等。本文也总结了近年来我国陆生兽类多样性监测网建设所取得的重要进展及存在的问题,为全面推动我国兽类多样性联网监测明确发展方向。     

贵州佛顶山自然保护区兽类资源及其特征分析

2011年8月～2012年3月野外调查共发现佛顶山保护区兽类53种,分属8目22科,其中国家一级重点保护物种2种,二级重点保护物种10种,IUCN红色名录受胁物种5种及CITES附录Ⅰ与附录Ⅱ物种各5种。佛顶山在中国自然地理动物地理区划上,属东洋界中印亚界华中区(IV)西部山地高原亚区(IVB),物种生态地理动物群为亚热带林灌、草地-农田动物群。在垂直分布上,佛顶山兽类可按植被类型特征分为4层。与梵净山、雷公山、朱家山自然保护区的兽类比较表明,佛顶山与梵净山相似度较高,佛顶山位于这几处保护区之间,对于兽类物种的迁移运动,起着重要的"生态廊道"结点作用。     

青藏高原濒危兽类保护与管理研究进展

青藏高原是全球生物多样性热点区域和优先保护区,分布着多种重点保护物种及青藏高原特有种,物种丰富度高且濒危物种占比大。本文针对青藏高原分布的有蹄类、猫科、熊科、犬科、鼬科、翼手目、小型兽类7个动物类群,从濒危现状、濒危成因、已开展的研究工作和管理对策、取得的保护成效等角度分别论述了各类群的保护与管理研究进展。在青藏高原有蹄类中特有种占比远高于其他类群;81% ~ 100%的有蹄类、猫科、熊科、犬科动物被列为国家重点保护野生动物;45% ~ 100%的有蹄类、猫科、熊科动物被中国脊椎动物红色名录或IUCN红色名录列为受威胁物种,远高于全球平均水平。全球变暖、栖息地破碎化、环境污染、过度放牧、偷猎与非法贸易是青藏高原濒危兽类生存的主要威胁。相关法律法规的贯彻实施、自然保护地建设及开展的大量调查监测和研究,为青藏高原濒危兽类保护生物学研究提供了法律保障和科学依据。鉴于目前保护与管理工作的局限性,建议构建全面系统的大数据平台,开展青藏高原地区保护成效快速评估及自然保护地空间优化布局研究,将国际先进的交叉学科理论方法与实践创新优势相结合,为濒危兽类的保护与管理提供指导与建议,从而为我国生物多样性保护和生态文明建设提供重要的科技支撑。     

中国淡水蟹分类与分布名录(十足目: 拟地蟹科, 溪蟹科)

中国是世界上淡水蟹物种多样性最高的国家。然而, 迄今为止还没有一个系统的、涵盖全国范围的淡水蟹分类和分布名录。本文收集了涉及中国淡水蟹分类和分布的文献, 采用国际上更新的短尾下目淡水蟹类高级阶元分类系统, 通过系统梳理, 汇编成中国淡水蟹分类与分布名录。该名录共收录了截至2018年1月记述的所有中国淡水蟹类, 共计2科45属311种。其中, 拟地蟹科(Gecarcinucidae Rathbun, 1904) 1属28种; 溪蟹科(Potamidae Ortmann, 1896) 44属283种及亚种; 中国特有属共计38属, 占总数的84%; 特有种共计302种, 占97%。对各省淡水蟹的分布分析发现, 云南是中国淡水蟹物种多样性最丰富的省份, 已记述16属50种; 其次为台湾(4属41种)。本名录首次全面概括了中国淡水蟹类的分类和分布, 可为深入开展全国范围的淡水蟹类生物多样性保护提供科学依据。     

获取生物物种名录信息的R程序包SP2000

物种名录为衡量区域和全球生物多样性提供了数据基础。随着互联网的兴起与发展, 人们将地球上已知的动物、植物、微生物等类群的物种名录信息存储到公共数据平台中, 并对物种名录进行快速及时地更新, 这极大地促进了分类学、保护生物学和宏观生态学等学科的发展, 成为政府或国际组织开展物种保育现状评估、红色名录编撰和生物多样性保护的重要依据。物种2000中国节点(http://www.sp2000.org.cn)和Catalogue of Life网站(http://www.catalogueoflife.org)分别是中国和全球最大的生物物种名录数据平台, 截至2020年6月4日, 其收录的物种数分别为122,280种和1,829,672种。然而这些数据平台仅提供物种查询、检索、下载等基本功能, 难以满足使用者准确、快速地批量获取所需生物物种名录数据信息的需求, 制约了这些大数据平台在生物多样性研究和保护中的作用。因此, 我们选取R语言开发了程序包SP2000, 旨在帮助用户批量获取中国或全球生物物种名录信息。该程序包具有跨Windows、MacOS、Linux等多个系统运行、操作便捷、代码开源等特点。为了方便用户使用, 本文详细介绍了SP2000的基本原理、特点及使用指南, 包括程序包的下载、安装、运行和参数设置等。     

Resources Evaluation of Seed Plants in Yulong Snow Mountain,Lijiang, Northwestern Yunnan

Yulong Snow Mountain (Jade Dragon Snow Mountain), located in northwestern Yunnan, is belonging to one of three biodiversity centers of China. In this paper, we analyzed the composition of seed plant resource species in Yulong Snow Mountain based on databases and checklists of seed plants, and specimens collected recently in this area. More than 2815 seed plant species in Yulong Snow Mountain region were recorded, among which 96 species are endangered. Furthermore, we classified and evaluated these plant resources based on their use and biological characteristics. In addition, we propose a systematic and sustainable approach to solve the conflicts between the conservation and the economical development. This study updated the checklist of seed plants of Lijiang Alpine Botanical Garden, while also documented the basic information of plant resources in Yulong Snow Mountain. These findings provided scientific basis for future research and conservation.     

中国丝盖伞属Inocybe(Fr.)Fr.名录(英文)

我国记载的丝盖伞属Inocybe(Fr.)Fr.共有98个分类单位,包括90种5变种3变型。根据CABI数据库和《国际植物命名法规》(维也纳法规)订正了文献中的部分拉丁学名,将曾经报道的、但应作为属内异名的名称列在其正名之后,错误拼写和错误引用均在相应名称后有所说明;已组合到其他属和不合格发表的名称补充于名录之后。在以往报道的名称中有16个为属内异名,1个已被组合到其他属,5个拉丁学名存在错误拼写,1个为错误引用,4个为不合格发表名称。订正后的名录含丝盖伞属88个名称,包括78种7变种3变型,并记载了各分类群的地理分布。     

基于PC/Linux的致敏性评估网站的构建及其应用

利用数据挖掘技术,根据WHO-IUIS变应原列表,从Swiss-prot和NCBI,以及国际上现存的变应原数据库、科学文献等,收集、建立了完整的变应原数据库。基于PC机和Linux操作系统,利用相关软件,搭建了致敏性评估网站。利用FastA算法,通过将未知蛋白与数据库中的已知蛋白进行比对,从而判断其致敏性。结果表明构建的网络平台能够加速数据的分析过程。     

陕西省维管植物名录(2021版)

陕西省位于黄土高原和秦巴山区的核心地带, 复杂多样的生态地理环境孕育了丰富的植物种类。为了及时总结并展现陕西省植物物种多样性与分布信息, 基于已公开发表的论著, 本文更新构建了2021版陕西省维管植物名录。结果表明, 陕西省野生、归化及栽培维管植物有5,161种及种下分类群, 包含209科1,316属4,701种, 种下分类群有112亚种488变种17变型。物种数比上一版名录增加了214种, 主要是近年来发现的新分布野生植物, 也有少量的新物种和外来入侵植物。新版名录中科的范围界定与编排采用了以分子系统学结果为主要依据的新的分类系统, 并以Excel格式数据集的形式发表, 便于公众获取并检索利用。本文建议应持续开展野外考察工作, 尤其是加强对巴山地区的调查, 对外来入侵植物的监测也不容忽视。     

RIBDB: an SRS based infrastructure for REALIS

The REALIS project is an EU-funded consortium for the post genomic analysis of the food pathogen Listeria monocytogenes. The data generated by the consortium members is stored under the RIBDB database, a system built using SRS which integrates consortium data, public databases, and applications for analysis. RIBDB is available to all consortium members through a web server, with the option of installing a local mirror of the main server for local analysis.     

Assessment of a Standardized Pre-Operative Telephone Checklist Designed to Avoid Late Cancellation of Ambulatory Surgery: The AMBUPROG Multicenter Randomized Controlled Trial

Objectives

To assess the impact of a standardized pre-operative telephone checklist on the rate of late cancellations of ambulatory surgery (AMBUPROG trial).

Design

Multicenter, two-arm, parallel-group, open-label randomized controlled trial.

Setting

11 university hospital ambulatory surgery units in Paris, France.

Participants

Patients scheduled for ambulatory surgery and able to be reached by telephone.

Intervention

A 7-item checklist designed to prevent late cancellation, available in five languages and two versions (for children and adults), was administered between 7 and 3 days before the planned date of surgery, by an automated phone system or a research assistant. The control group received standard management alone.

Main Outcome Measures

Rate of cancellation on the day of surgery or the day before.

Results

The study population comprised 3900 patients enrolled between November 2012 and September 2013: 1950 patients were randomized to the checklist arm and 1950 patients to the control arm. The checklist was administered to 68.8% of patients in the intervention arm, 1002 by the automated phone system and 340 by a research assistant. The rate of late cancellation did not differ significantly between the checklist and control arms (109 (5.6%) vs. 113 (5.8%), adjusted odds ratio [95% confidence interval] = 0.91 [0.65–1.29], (p = 0.57)). Checklist administration revealed that 355 patients (28.0%) had not undergone tests ordered by the surgeon or anesthetist, and that 254 patients (20.0%) still had questions concerning the fasting state.

Conclusions

A standardized pre-operative telephone checklist did not avoid late cancellations of ambulatory surgery but enabled us to identify several frequent causes.

Trial Registration

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